Transpeptidase é o nome dun tipo de encima que se pode referir a: DD-transpeptidase, un encima bacteriano que establece enlaces cruzados entre as cadeas de peptidoglicano para formar paredes celulares ríxidas. Gamma-glutamil transpeptidase, un encima hepático. D-glutamil transpeptidase Unha transpeptidase seleccionadora de proteínas (protein-sorting transpeptidase), como por exemplo a sortase, que corta o sinal de selección C-terminal das súas proteínas diana e despois une covalentemente a parte restante á superficie celular.