A taxonomía bacteriana é a taxonomía utilizada na clasificación bacteriana. É unha taxonomía linneana, é dicir, unha clasificación baseada no rango que se lle dá aos distintos taxons de bacterias.
Na clasificación científica establecida por Carl von Linné, cada especie está asignada a un xénero (nomenclatura binaria), que á súa vez ten unha xerarquía inferior á doutros rangos maiores, que sucesivamente son: familia, suborde, orde, subclase, clase, división/filo, reino e dominio). Na clasificación biolóxica dos seres vivos aceptada actualmente distínguense tres dominios: (Eukaryota, Bacteria e Archaea),Woese, C. R.; Kandler, O.; Wheelis, M. L. (1990). "Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya". Proceedings of the National Academy of Sciences 87 (12): 4576–4579. Bibcode 1990PNAS...87.4576W. DOI:10.1073/pnas.87.12.4576. PMC 54159. PMID 2112744. . os cales, en termos taxonómicos, a pesar de seguiren os mesmos principios, utilizan diferentes convencións entre eles e entre as súas subdivisións, que son estudadas polas diferentes disciplinas (Botánica, Zooloxía, Micoloxía e Microbioloxía); por exemplo en Zooloxía hai espécimes tipo, en tanto que en Microbioloxía hai cepas tipo.
Diversidade
Os procariotas comparten moitas características comúns, como a falta de membrana nuclear, unicelularidade, división por fisión binaria e xeralmente pequeno tamaño. As especies diferéncianse unhas das outras nalgunhas características que permiten a súa clasificación. As características máis importantes son: Filoxenia: Todas as bacterias derivan dun antepasado común e diversificáronse a partir del, polo que posúen diferentes niveis de parentesco evolutivo. Metabolismo: As diferentes bacterias teñen distintas capacidades metabólicas. Ambiente: As distintas especies prosperan en determinados ambientes, como poden ser temperaturas altas ou baixas, concentracións salinas elevadas etc. (ver extremófilos) Morfoloxía: Hai moitas diferenzas estruturais entre bacterias, como a forma das células, tinguidura de Gram (número de bicapas lipídicas) ou composición das capas. Patoxenicidade: Algunhas bacterias son patóxenas para plantas e animais.
Historia da clasificación As bacterias foron primeiramente observadas por Antoni van Leeuwenhoek en 1676, utilizando un microscopio simple que el mesmo construíu. Aos microorganismos que observaba chamoulles "animálculos" e publicou as súas observacións nunha serie de cartas enviadas á Royal Society de Londres. O nome "bacteria" non foi introducido ata máis tarde por Christian Gottfried Ehrenberg en 1838.
Clasificación clásica Situación entre os seres vivos
miniatura|Árbore da vida en Generelle Morphologie der Organismen (1866) de Haeckel. As bacterias foron inicialmente clasificadas como plantas formando a clase Schizomycetes, que xunto coas Schizophyceae (algas verde-azuladas/Cyanobacteria) formaban o filo Schizophyta.
Ernst Haeckel en 1866 situou o grupo no filo Moneres (en alemán, procedente do grego μονήρης, simple) pertencente ao reino Protista e definiunas como organismos homoxéneos e sen ningunha estrutura, que constaban só dunha porción de plasma. Subdividiu o filo en dous grupos: Gymnomoneren (sen envoltura). Dentro destas os principais grupos que distinguiu foron: Protogenes — como Protogenes primordialis, agora clasificados como eucariotas e non como bacterias. Protamoeba — agora clasificados como eucariotas. Vibrio — un xénero de bacterias con forma de coma descrito en 1854.PACINI (F.): Osservazione microscopiche e deduzioni patologiche sul cholera asiatico. Gazette Medicale de Italiana Toscano Firenze, 1854, 6, 405-412.) Bacterium — un xénero de bacterias con forma de bastón descrito en 1828, que máis tarde daría o nome a todos os membros das Monera (en alemán Haeckel dicía Moneren en singular, e Moneres en feminino plural). Bacillus — un xénero de bacterias con forma de bastón formadoras de esporas descrito en 1835.EHRENBERG (C.G.): Dritter Beitrag zur Erkenntniss grosser Organisation in der Richtung des kleinsten Raumes. Physikalische Abhandlungen der Koeniglichen Akademie der Wissenschaften zu Berlin aus den Jahren 1833-1835, 1835, pp. 143-336. Spirochaeta — bacterias moi finas e de forma espiral descritas en 1835.EHRENBERG (C.G.): Dritter Beitrag zur Erkenntniss grosser Organisation in der Richtung des kleinsten Raumes. Abhandlungen der Preussischen Akademie der Wissenschaften (Berlin) aus den Jahre 1833-1835, pp. 143-336. Spirillum — bacterias espirais descritas en 1832.EHRENBERG (C.G.): Beiträge zur Kenntnis der Organization der Infusorien und ihrer geographischen Verbreitung besonders in Sibirien. Abhandlungen der Koniglichen Akademie der Wissenschaften zu Berlin, 1832, 1830, 1-88. Lepomoneren (con envoltura). Entre elas estaban: Protomonas — agora clasificado como eucariota. O nome foi reutilizado en 1984 para un xénero non relacionado de Bacteria.Protomonas entry in LPSN [Euzéby, J.P. (1997). List of Bacterial Names with Standing in Nomenclature: a folder available on the Internet. Int J Syst Bacteriol 47 (2): 590-2. DOI:10.1099/00207713-47-2-590. ISSN 0020-7713. PMID 9103655. Vampyrella — agora considerado eucariota.
O grupo foi máis tarde reclasificado como Procariotas por Chatton.
Cómpre salientar que na clasificación das Cyanobacteria (vulgarmente coñecidas por "algas verde-azuladas") houbo unha pugna entre consideralas algas ou bacterias (por exemplo, Haeckel clasificou Nostoc no filo Archephyta das Algae.).
En 1905 Erwin F. Smith aceptou 33 nomes válidos para os xéneros de bacterias e uns 150 inválidos,Erwin F. Smith Nomenclature and Classification in Bacteria in Relation to Plant Diseases vol. 1 (1905) e en 1913 VuilleminVuillemin. 1913. Genera Schizomycetum. Annales Mycologici. 11,512-527. nun estudo concluíu que todas as especies de bacterias poderían distribuírse nos xéneros seguintes: Planococcus, Streptococcus, Klebsiella, Merista, Planomerista, Neisseria, Sarcina, Planosarcina, Metabacterium, Clostridium, Serratia, Bacterium e Spirillum.
Porén, diferentes autores con frecuencia reclasificaban os xéneros debido á falta de caracteres visibles polos que guiarse, o que orixinou unha situación caótica que foi resumida en 1915 por Robert Earle Buchanan Buchanan, R E J Bacteriol. 1916 Nov;1(6):591-6.ISSN 0021-9193 PMCID 378679 Naquela época, todo o grupo recibiu diferentes rangos e nomes segundo o autor, principalmente os seguintes: Schizomycetes (Naegeli 1857) Bacteriaceae (Cohn 1872,COHN, FERDINAND 1872 a Organismen in der Pockenlymphe. Virchow's Archiv, 55, 229-238. p. 237) Bacteria (Cohn 1872b,COHN, FERDINAND 1872 b Untersuchungen ilber Bakterien. Beitrage zur Biologie der Pflanzen, 1 (Heft 1), 127-224. p. 136) Schizomycetaceae (DeToni e Trevisan 1889,DETONI, J. B., AND TREVISAN, V. 1889 Schizomycetaceae, in Saccardo's Sylloge Fungorum, 8, 923-1087. p. 923) Ademais, as familias nas que se dividían as clases foron subdivididas, e cambiaban dun autor a outro e algúns utilizaban nomes en alemán e non en latín.PMCID 378699 A primeira edición do Código Bacteriolóxico de 1947 resolveu algúns destes problemas.International Bacteriological Code of Nomenclature 1947 PMC518444
Subdivisións baseadas na tinguidura de Gram A pesar de que hai pouco acordo sobre a subdivisión de Bacteria en subgrupos, a tinguidura de Gram utilizouse moito como unha ferramenta de clasificación, e en consecuencia, ata que apareceu a filoxenia molecular, o reino Prokaryotae foi dividido en catro divisións,Gibbons (N.E.) and Murray (R.G.E.): Proposals concerning the higher taxa of bacteria. International Journal of Systematic Bacteriology, 1978, 28, 1-6. Un esquema de clasificación aínda seguido formalmente polo Manual de bacterioloxía sistemática de Bergey para a orde dos tomos.George M. Garrity: Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. 2. Auflage. Springer, New York, 2005, Volume 2: The Proteobacteria, Part B: The Gammaproteobacteria Gracilicutes (gramnegativas) Photobacteria (fotosintéticas): clase Oxyphotobacteriae (usan auga como doante de electróns, inclúe a orde Cyanobacteriales=algas verde-azuladas, agora filo Cyanobacteria) e clase Anoxyphotobacteriae (fotótrofos anaeróbicos, ordes: Rhodospirillales e Chlorobiales) Scotobacteria (non fotosintéticas, agora denominadas Proteobacteria e outros filos non fotosintéticos gramnegativos) Firmacutes [sic] (grampositivos, despois denominados FirmicutesMURRAY (R.G.E.): The higher taxa, or, a place for everything...? In: N.R. KRIEG and J.G. HOLT (ed.) Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, vol. 1, The Williams & Wilkins Co., Baltimore, 1984, p. 31-34) outros ordes como Bacillales e Actinomycetales (agora no filo Actinobacteria) Mollicutes (as Mollicutes non captan ben a tinguidura de Gram, por exemplo, Mycoplasma) Mendocutes (tinguidura de Gram desigual, "bacterias metanóxenas" agora coñecidas como Archaea)
Era molecular "Bacterias arcaicas" e reclasificación de Woese
Woese coidaba que as bacterias, arqueas, e eucariotas representaban liñas separadas de descendencia, que diverxeron cedo dunha colonia de organismos ancestrais. Porén, uns poucos biólogos argumentan que Archaea e Eukaryota xurdiron dun grupo de bacterias. En calquera caso, pénsase que os virus e as arqueas empezaron a relacionarse aproximadamente hai dous mil millóns de anos, e que puido haber coevolución entre membros destes grupos.C. Michael Hogan. 2010. Virus. Encyclopedia of Earth. Editors: Cutler Cleveland and Sidney Draggan É posible que o último antepasado común de bacterias e arqueas fose un termófilo, o que abre a posibilidade de que as baixas temperaturas fosen "ambientes extremos" para as arqueas naqueles tempos, e os organismos que vivían en ambientes máis fríos aparecesen só máis tarde. Como Archaea e Bacteria non están máis relacionadas entre si que cos eucariotas, ao termo procariota só lle queda o significado válido de "non eucariota", o que limita a súa utilidade.
Coa aplicación de metodoloxías melloradas quedou claro que as bacterias metanóxenas eran moi diferentes e críase (erradamente) que eran reliquias de antigas bacterias Balch, W.; Magrum, L.; Fox, G.; Wolfe, R.; Woese, C. (1977). "An ancient divergence among the bacteria". Journal of molecular evolution 9 (4): 305–311. DOI:10.1007/BF01796092. PMID 408502. e así Carl Woese, considerado o precursor da revolución da filoxenia molecular, identificou tres liñas primarias de descendentes, as Archaebacteria, as Eubacteria e os Urkaryotes, estes últimos agora representados polo compoñente nucleocitoplasmático dos Eukaryotes.Francolini, C.; Egeth, H. (1979). "Perceptual selectivity is task dependent: The pop-out effect poops out". Perception & psychophysics 25 (2): 99–110. PMID 432104. Estas liñaxes foron formalizadas no rango Dominio (regio en latín), e dividíronse os seres vivos en 3 dominios: os Eukaryota, as Archaea e as Bacteria Este é o esquema que se usa aínda hoxe.
Subdivisións
En 1987 Carl Woese dividiu as Eubacteria en 11 divisións baseadas nas secuencias do ARN ribosómico de 16 S, que con varias engádegas aínda se utiliza.Woese, C. R. (1987). "Bacterial evolution". Microbiological reviews 51 (2): 221–271. PMC 373105. PMID 2439888. .
Oposición Algúns autores opuxéronse á división en tres dominios debido a varias razóns, a miúdo en favor de clasificacións máis tradicionais e antropocéntricas.