Un virus de ADN (ou virus ADN) é un virus que ten como material xenético o ADN e que se replica usando unha ADN polimerase ADN-dependente.O ácido nucleico é xeralmente de dobre cadea (dsDNA) pero tamén hai virus de ADN monocatenario (ssDNA). O ADN monocatenario xeralmente é expandido a ADN bicatenario nas células infectadas. Os virus de ADN pertencen aos grupos I e II da clasificación de Baltimore dos virus. Aínda que virus do grupo VII, como o da hepatite B conteñen tamén un xenoma de ADN, non se consideran dentro do grupo dos "virus de ADN" da clasificación de Baltimore porque teñen reversotranscrición (replícanse por medio dun intermediato de ARN), e para os virus con reversotranscrición créase o seu propio grupo. Enfermidades importantes como a varíola e a varicela están causadas por virus de ADN.
Grupo I: virus de ADN bicatenario A organización do xenoma neste grupo varía considerablemente. Algúns teñen xenoma circular (Baculoviridae, Papovaviridae e Polydnaviridae) e outros teñen xenoma lineal (Adenoviridae, Herpesviridae e algúns fagos). Algunhas familias teñen xenomas lineais permutados circularmente (fago T4 e algúns Iridoviridae). Outros teñen xenomas lineais con extremos cerrados covalentemente (Poxviridae e Phycodnaviridae).
En 1974 describiuse o primeiro virus que infectaba a arqueas. Desde entón describíronse varios máis, a maioría dos cales teñen morfoloxías con cabeza e talo e xenomas de ADN lineal de dobre cadea. Describíronse tamén outras morfoloxías: forma afusada, forma bacilar, filamentosa, icosaédrica e esférica e outras.
As ordes nas que se divide este grupo defínense baseándose máis na morfoloxía que na semellanza de secuencia do seu ADN. Crese que a morfoloxía está máis conservada neste grupo que a similitude de secuencia ou a orde dos xenes, que é extremadamente variable. Actualmente recoñécense tres ordes e 31 familias. Propúxose unha cuarta orde, Megavirales, para os virus de ADN grande nucleocitoplasmáticos. Recoñécense catro xéneros que non foron aínda asignados a ningunha familia. A especie virus icosaédrico con torretas de Sulfolobus (Sulfolobus turreted icosahedral virus) é tan diferente a calquera outro virus descrito que case con certeza será situado nunha nova familia na próxima revisión das familias virais.
Quince das familias son de virus con envoltura. Entre elas están as tres familias da orde Herpesvirales e ademais as seguintes familias: Ascoviridae, Ampullaviridae, Asfarviridae, Baculoviridae, Fuselloviridae, Globuloviridae, Guttaviridae, Hytrosaviridae, Iridoviridae, Lipothrixviridae, Nimaviridae e Poxviridae.
Os virus bacteriófagos (virus que infectan a bacterias) que pertencen ás familias Tectiviridae e Corticoviridae teñen unha membrana de bicapa lipídica dentro da cápside proteica icosaédrica e dita membrana rodea o xenoma. O virus de crenarqueotas virus icosaédrico con torretas de Sulfolobus ten unha estrutura similar.
Os xenomas deste grupo varían considerablemente en lonxitude desde ~10 kb a unhas 1,2 megabases. O bacteriófago máis grande coñecido é o fago de Klebsiella vB_KleM-RaK2, que ten un xenoma de 346 kb.Simoliūnas E, Kaliniene L, Truncaitė L, Zajančkauskaitė A, Staniulis J, Kaupinis A, Ger M, Valius M, Meškys R (2013) Klebsiella phage vB_KleM-RaK2 - A giant singleton virus of the family Myoviridae. PLoS One 8(4):e60717
Rango de hóspedes As especies da orde Caudovirales e das familias Corticoviridae e Tectiviridae infectan bacterias. As especies da orde Ligamenvirales e as familias Ampullaviridae, Bicaudaviridae, Clavaviridae, Fuselloviridae, Globuloviridae e Guttaviridae infectan arqueas hipertermófilas do grupo Crenarchaeota. As especies da orde Herpesvirales e das familias Adenoviridae, Asfarviridae, Iridoviridae, Papillomaviridae, Polyomaviridae e Poxviridae infectan vertebrados. As especies das familias Ascovirus, Baculovirus, Hytrosaviridae, Iridoviridae e Polydnaviruses e do xénero Nudivirus infectan insectos. As especies da familia Mimiviridae e as especies de Marseillevirus, Megavirus, e os virófagos Mavirus e Sputnik infectan a protozoos. As especies da familia Nimaviridae infectan crustáceos. As especies da familia Phycodnaviridae e a especie virófago do Lago Orgánico da Antártida (Organic Lake virophage) infectan algas. Estes son os únicos virus de ADN de dobre cadea coñecidos que infectan algas. As especies da familia Plasmaviridae infectan especies bacterianas da clase Mollicutes. As especies do xénero Dinodnavirus infectan dinoflaxelados. Estes son os únicos virus coñecidos que infectan dinoflaxelados. As especies do xénero Rhizidiovirus infectan especies de stramenopiles e son os únicos virus que o fan. As especies do xénero Salterprovirus infectan arqueas halófilas do grupo Euryarchaeota.
Taxonomía
Orde Caudovirales Familia Myoviridae – inclúe o fago T4 de enterobacterias Familia Podoviridae – inclúe o fago T7 de enterobacterias Familia Siphoviridae – inclúe o fago lambda de enterobacterias Orde Herpesvirales Familia Alloherpesviridae Familia Herpesviridae – inclúe os herpesvirus humanos, virus da varicela-zóster Familia Malacoherpesviridae Orde Ligamenvirales Familia Lipothrixviridae Familia Rudiviridae Familias non asignadas Familia Adenoviridae – comprende virus que causan infeccións por adenovirus humanas Familia Ampullaviridae Familia Ascoviridae Familia Asfarviridae – inclúe o virus da febre porcina africana Familia Baculoviridae Familia Bicaudaviridae Familia Clavaviridae Familia Corticoviridae Familia Fuselloviridae Familia Globuloviridae Familia Guttaviridae Familia Hytrosaviridae Familia Iridoviridae Familia Mimiviridae Familia Nimaviridae Familia Papillomaviridae Familia Phycodnaviridae Familia Plasmaviridae Familia Polydnaviruses Familia Polyomaviridae – inclúe o virus simio 40 (SV40), JC virus, BK virus Familia Poxviridae – inclúe o virus da varíola bovina, e o da varíola humana Familia Tectiviridae Xéneros non asignados Dinodnavirus Nudivirus Salterprovirus Rhizidiovirus Especies non asignadas Abalone shriveling syndrome-associated virus/virus asociado á síndrome do secado das peneiras (moluscos gasterópodos Haliotis) Bandicoot papillomatosis carcinomatosis virus/virus da carcinomatose papilomatose do bandicut (marsupial) KIs-V Haloarcula hispanica pleomorphic virus 1/virus pleomórfico 1 de Haloarcula hispanica (arquea) Haloarcula hispanica SH1 virus/virus SH1 de Haloarcula hispanica Marseillevirus Mavirus virophage/virófago Mavirus Megavirus Organic Lake virophage/virófago do Lago Orgánico (da Antártida) Sputnik virophage/virófago Sputnik Sputnik virophage 2/virófago Sputnik 2 Sulfolobus turreted icosahedral virus/virus icosaédrico con torretas de Sulfolobus (arquea) Thermus aquaticus virus IN93/virus IN93 de Thermus aquaticus (bacteria) Thermus thermophilus virus P23-77/virus P23-77 de Thermus thermophilus (bacteria)
Notas
Haloarcula hispanica SH1 virus, Thermus aquaticus virus IN93 e Thermus thermophilus virus P23-77 comparten varias características estruturais peculiares. É probable que sexan situados nun novo xénero ou familia na próxima revisión taxonómica. Propúxose o nome Halosphaerovirus para os virus SH1, PH1 e HHIV-2.Porter K, Tang SL, Chen CP, Chiang PW, Hong MJ, Dyall-Smith M (2013) PH1: An archaeovirus of Haloarcula hispanica related to SH1 and HHIV-2. Archaea 2013:456318. doi: 10.1155/2013/456318
Os do grupo chamado pleolipovirus, aínda que teñen unha organización do xenoma similar, difiren en que teñen tanto xenomas de ADN de dobre cadea coma dunha soa cadea. Este grupo non se encadra ben dentro do actual sistema de clasificación. Nel inclúense os seguintes virus:
Haloarcula hispanica pleomorphic virus 1/virus pleomórfico 1 de Haloarcula hispanica (arquea) Halogeometricum pleomorphic virus 1/virus pleomórfico 1 de Halogeometricum (arquea) Halorubrum pleomorphic virus 1/virus pleomórfico 1 de Halorubrum (arquea) Halorubrum pleomorphic virus 2/virus pleomórfico 2 de Halorubrum Halorubrum pleomorphic virus 3/virus pleomórfico 3 de Halorubrum Halorubrum pleomorphic virus 6/virus pleomórfico 6 de Halorubrum
Grupo II: virus de ADN monocatenario Os bacteriófagos describíronse por primeira vez en 1927, pero non foi ata 1959 que Sinshemer, traballando co fago Phi X 174, demostrou que posuían xenomas de ADN dunha soa cadea. Malia este descubrimento, ata hai relativamente pouco tempo críase que a maioría dos virus de ADN pertencían ao clado de dobre cadea. Traballos recentes suxiren que isto podería non ser así, xa que os virus monocatenarios forman a maioría dos virus que se encontran en ambientes de augas mariñas e doces, sedimentos, terrestres, extremos, asociados a metazoos e en alfombras microbianas mariñas. Moitos destes virus "do medio ambiente" pertencen á familia Microviridae. Porén, a gran maioría aínda non foron clasificados nin asignados a xéneros e taxons superiores. Como a maioría destes virus non parecen estar relacionados ou están só relacionados moi de lonxe con virus coñecidos haberá que crear novos taxons para eles.
Taxonomía
As familias destes grupos asígnanse baseándose na natureza do xenoma (circular ou lineal) e o rango de hóspedes. Recoñécense actualmente nove familias.
Familia Anelloviridae Familia Bacillariodnaviridae Familia Bidnaviridae Familia Circoviridae Familia Geminiviridae Familia Inoviridae Familia Microviridae Familia Nanoviridae Familia Parvoviridae
Clasificación
Propúxose dividir os virus de ADN monocatenario circular en catro tipos. Esta división parece reflectir as súas relacións filoxenéticas. Os xenomas de tipo I caracterízanse por un xenoma de ADN circular pequeno (de aproximadamente 2 kb), coa proteína Rep e o principal marco de lectura aberto (ORF) con orientacións opostas. Este tipo é característico dos circovirus, xeminivirus e nanovirus. Os xenomas de tipo II teñen a rara característica de posuír dous ORFs Rep separados. Os xenomas de tipo III conteñen dous ORFs principais coa mesma orientación. Esta disposición é típica dos anelovirus. Os xenomas de tipo IV teñen os xenomas meirandes, de case 4 kb, e con ata oito ORFs. Estre tipo de xenoma encóntrase en Inoviridae e Microviridae.
Dada a gran variedade de virus de ADN monocatenario que se describiron este esquema (se é aceptado polo ICTV) terá que ampliarse.
Rango de hóspedes
As familias Bidnaviridae e Parvoviridae teñen xenomas lineais mentres que as outras familias téñenos circulares. Os Bidnaviridae teñen un xenoma dividido en dúas partes e infectan invertebrados. Os Inoviridae e Microviridae infectan bacterias; os Anelloviridae e Circoviridae infectan animais (mamíferos e aves, respectivamente); e os Geminiviridae e Nanoviridae infectan plantas. Tanto en Geminiviridae coma en Nanoviridae o xenoma está composto de máis dunha molécula de ADN (que podemos chamar "cromosoma"). Os Bacillariodnaviridae infectan diatomeas e teñen un xenoma moi peculiar: a molécula de ADN maior é circular (de ~6 kb de lonxitude), e a molécula de ADN menor é lineal (de ~1 kb) e complementaria de parte da molécula maior.
Bioloxía molecular
Todos os virus deste grupo requiren a formación dunha forma replicativa (un intermediato de ADN de dobre cadea) para replicar o seu xenoma. Este créase normalmente a partir do ADN viral coa axuda da ADN polimerase do hóspede.
Especies non asignadas
Coñécense varios virus de ADN monocatenarios máis, que non están aínda clasificados.
Virus animais