mini|desno|230px|Navodni masonski kod na novčanici jednog američkog dolara.
Od kraja 18. stoljeća opisane su stotine teorija urote povezanih sa slobodnim zidarstvom. Te se teorije obično svrstavaju u tri glavne kategorije: političke (koje najčešće uključuju optužbe o kontroli vlada, posebno u Sjedinjenim Državama i Ujedinjenom Kraljevstvu), religijske (u kojima se slobodno zidarstvo povezuje s protukršćanstvom ili sotonističkim uvjerenjima i praksama) te kulturne (koje se odnose na popularnu kulturu i industriju zabave).
Mnoge teorije urote povezuju slobodne zidare (kao i vitezove templare) s obožavanjem vraga; takve su ideje utemeljene na različitim interpretacijama doktrinarnih učenja tih organizacija. Među tvrdnjama da slobodno zidarstvo kontrolira politiku, vjerojatno je najpoznatija teorija o Novom svjetskom poretku, iako postoje i druge. Ove teorije često uključuju različite aspekte i institucije američke vlade, ali se ponekad pozivaju i na stvarne događaje izvan SAD-a, poput skandala Propaganda Due u Italiji, kako bi im se dala dodatna vjerodostojnost.
Drugi niz teorija povezan je sa slobodnim zidarstvom i religijom, posebice s tvrdnjom da se unutar slobodnog zidarstva prakticira okultizam. Ove su ideje svoje temelje našle u poznatoj Taxilovoj prijevari. Osim toga, postoje i teorije koje se fokusiraju na skriveno umetanje masonskih simbola u inače obične predmete, poput urbanističkih planova, državnih pečata, korporativnih logotipa i sličnog.
Teorije urote o slobodnom zidarstvu pokrivaju gotovo svaki aspekt društva. Većina ih počiva na jednoj ili više sljedećih pretpostavki: da je slobodno zidarstvo zasebna religija koja zahtijeva vjerovanje u jedinstvenog "masonskog boga", a takvo vjerovanje proturječi učenjima glavnih svjetskih religija (najčešće se ističe suprotstavljenost kršćanstvu),Za primjer se može uzeti: da je 33. stupanj Drevnog i prihvaćenog škotskog obreda više od pukog počasnog stupnja i da većina slobodnih zidara nije svjesna postojanja tajnih upravljačkih tijela unutar svoje organizacije, koja provode okultne rituale ili kontroliraju ključne političke i društvene položaje, da postoji centralizirano svjetsko tijelo koje upravlja svim velikim ložama i da zbog toga slobodno zidarstvo na globalnoj razini djeluje kao jedinstvena organizacija s ujedinjenim ciljevima.
Ove teorije se uglavnom šire u krajnje desničarskim, fundamentalističkim, reakcionarnim, populističkim ili diktatorskim krugovima.
Analiza i kritika Prema istraživaču Jean-Philippeu Schreiberu sa Slobodnog sveučilišta u Bruxellesu, izraz "Sinagoga Sotonina", koji je 1873. godine papa Pio IX. primijenio na slobodno zidarstvo u enciklici Etsi multa, a potom popularizirao i učvrstio u katoličkoj imaginaciji biskup Léon Meurin u svojoj knjizi Slobodno zidarstvo, sinagoga Sotonina (1893.), odražava društvene fantazije jednog kršćanstva koje se osjeća ugroženim i izgubljenim pred izazovom prihvaćanja modernog svijeta. Prema Schreiberu, tijekom cijelog 19. stoljeća svaka prijetnja moralnom poretku nadahnutom Katoličkom crkvom, kao i svaki pokušaj modernizacije društva, sustavno su tumačeni od strane konzervativnih krugova kao rezultat djelovanja neke skrivene urote koju je potrebno demonizirati.
Alain de Benoist ističe da je i samo slobodno zidarstvo, pripisujući si mitsko podrijetlo još od gradnje Salomonova hrama, pridonijelo širenju ideje da masonska urota pokreće tijek povijesti.
Zagovornici odbacivanja takvih teorija često se pozivaju na zabranu slobodnim zidarima da se bave politikom, kako je navedeno u Andersonovim Konstitucijama, kako bi dokazali da slobodno zidarstvo nije konspirativna organizacija. Međutim, doslovno tumačenje tog pravila bilo bi naivno, jer iako slobodno zidarstvo kao institucija možda ne sudjeluje izravno u političkim događanjima, ono može na njih utjecati putem individualnog djelovanja svojih članova te kroz principe koje promovira unutar loža.
Teorija masonske protukršćanske urote Prema autoru Claussu Werneru, prvi put se ideja o masonskoj urote pojavila u Bečkom listu 1793. godine. Međutim, ranije reference na slične tvrdnje mogu se pronaći u djelu francuskog eudista Jacques-Françoisa Lefranca iz 1791. godine, Skinut veo za znatiželjne, ili tajna revolucije otkrivena uz pomoć masonerije.
Krajem 19. stoljeća, katolički svećenici George Dillon i Nicolas Deschamps, kao i američki isusovac Leonard Feeney, tvrdili su da je Napoleon Bonaparte surađivao sa slobodnim zidarima kako bi uništio kršćansku civilizaciju. Ipak, pri tome su zanemarili činjenicu da je Napoleon Konkordatom iz 1801. godine ponovno uspostavio katoličanstvo u Francuskoj. Povezanost Napoleona i slobodnog zidarstva pojavljuje se i u književnim djelima, primjerice u romanima Alexandrea Dumasa. Katolički svećenik i antimason Henri Delassus citirao je anonimni članak iz Journal de Genève iz 1881., u kojem je istaknuti slobodni zidar, ali neimenovani političar, privatno izjavio kako mu je cilj slomiti katoličanstvo.
Svećenik George Dillon tvrdio je da slobodno zidarstvo ima snažne veze s revolucionarnim pokretom Karbonari, pozivajući se na knjigu francuskog publicista Jacquesa Crétineau-Jolyja, Rimska Crkva i Revolucija, u kojoj se uz odobrenje pape Pija IX. 1861. godine spominje urota unutar Karbonarija poznata kao Alta Vendita.
30. stupanj Škotskog obreda, poznat kao vitez kadoš, Katolička enciklopedija iz 1918. godine opisala je kao protukatolički jer navodno uključuje ritual simboličkog poniženja papinske tijare. Talijanski filozof Julius Evola smatrao je da je ovaj stupanj inspiriran templarima, ali da sadrži subverzivne elemente koji ga pretvaraju u "kontra-inicijaciju". Prema Evoli, tijekom ceremonije inicijacije kandidat mora simbolično uništiti krunu i tijaru, što predstavlja odbacivanje autoriteta pape i kraljeva. Evola je tvrdio da ovaj čin odražava povijesne događaje koje su slobodni zidari potaknuli, uključujući Francusku revoluciju, stvaranje američke demokracije, Proljeće naroda, Prvi svjetski rat, tursku i španjolsku revoluciju.
Francuski povjesničar Abel Clarin de La Rive tvrdio je da postoji povezanost između slobodnog zidarstva i luciferijanizma, pozivajući se na tekst Upute za 23 vrhovna vijeća svijeta, koji je pripisao Albertu Pikeu. Ova tvrdnja kasnije je popularizirana, između ostalog, od strane američkog strip crtača Jacka Chicka, iako su slobodni zidari tvrdili da se radi o lažnom dokumentu povezanom s Léo Taxilovom prijevarom (Diana Vaughan). Kanadski mistični autor Manly Palmer Hall također je povezivao slobodno zidarstvo s Luciferom, tvrdeći da se unutar nje mogu pronaći elementi luciferijanske simbolike.
Američki autor Louis A. Post, u knjizi "Masovna" obmana: Katolički biskupi planiraju uništiti misu, optužio je slobodno zidarstvo za infiltraciju Katoličke crkve, sugerirajući da su slobodni zidari preuzeli kontrolu nad najvišim razinama Crkve. Prema talijanskom piscu Pieru Carpiju, u knjizi Proročanstva Ivana XXIII., budući papa Angelo Roncalli (kasnije Ivan XXIII.) bio je 1935. godine pozvan da se pridruži inicijacijskom društvu s masonskim elementima, koje je naslijedilo učenja rozenkrojcera. Carpi tvrdi da su članovi tog reda bili Louis Claude de Saint-Martin, grof Alessandro Cagliostro i grof Saint Germain. Navodno postoje dokumenti koji potvrđuju da je Roncalli bio iniciran u slobodno zidarstvo tijekom svoje diplomatske službe u Turskoj. Prema francuskom autoru Jacquesu Duchaussoyu, Carpijeva knjiga izazvala je paniku među crkvenim vlastima, zbog čega je ubrzo povučena iz prodaje. Meksički profesor Alfonso Sierra Partida tvrdio je da su laici Angelo Roncalli (papa Ivan XXIII.) i Giovanni Montini (papa Pavao VI.) istoga dana inicirani u masonskoj loži u Parizu, no kada je pokušao objaviti te tvrdnje u novinama, one su odbijene. Neki tradicionalistički katolici vjeruju da je navodna inicijacija pape Ivana XXIII. povezana s Drugim vatikanskim saborom, koji oni vide kao početak uništenja Crkve.
Katolički novinar Piers Compton, u knjizi Slomljeni križ, tvrdio je da su slobodni zidari i iluminati infiltrirali Crkvu kako bi je iznutra oslabili i preoblikovali u skladu sa svojim ciljevima. Francuski pisac Markiz de la Franquerie optužio je kardinala Mariana Rampolla za slobodnozidarsku infiltraciju Vatikana, kao i kardinala Pietra Gasparrija, tvrdeći da je vodio politiku blisku slobodnozidarskim krugovima. Franco Bellegrandi, bivši papinski komornik, tvrdio je da su se tijekom konklave za izbor nasljednika Pija XII. pojavili dokumenti koji su tvrdili da je izbor pape Ivana XXIII. bio nezakonit, jer su ga poduprli slobodni zidari. Tradicionalistički katolici citirali su Journal de Genève (1966.) i Quotidien du congrès national brésilien (1971.), koji su navodno sadržavali masonsku molitvu koju je Ivan XXIII. izrekao tijekom svog pontifikata."Gospodaru i Veliki Arhitekte, ponizno padamo pred Tvoje noge i zazivamo Tvoj oprost za naše prošle pogreške u trenutku kada smo spremni priznati našu braću slobodne zidare kao Tvoje odabrane vjernike. Suprotstavljali smo se slobodnom mišljenju jer nismo shvaćali da je prva dužnost svake religije, kako je to potvrdio koncil, priznati čak i pravo da se ne vjeruje u Boga. Progonili smo one koji su, unutar Tvoje Crkve, ostali vjerni istini, ali su se pridružili ložama, ne mareći za uvrede i prijetnje. Bez promišljanja, vjerovali smo da je znak križa uzvišeniji od tri točke koje tvore piramidu. Za sve to, molimo Te za oprost, Gospodine, i tražimo da nam pomogneš shvatiti da šestar na novom oltaru može imati jednako značenje kao naši stari križevi. Amen." – Journal de Genève od 3. siječnja 1966. te Quotidien du congrès national brésilien od 4. ožujka 1971.
Velika loža Illinoisa imala je bliske veze s mormonizmom i pomogla u osnivanju Crkve Isusa Krista svetaca posljednjih dana. Dana 6. travnja 1840., Veliku ložu Illinoisa osnovao je general, sudac i mormonski vođa James Adams, koji je odmah uspostavio veze s religijskom zajednicom Josepha Smitha. Grad Nauvoo u Illinoisu uskoro je imao tri masonske lože, a u susjednoj državi Iowi osnovane su još dvije, poznate kao "mormonske lože", s ukupno 1.550 članova. Sam Joseph Smith postao je učenik 15. ožujka 1842., što je dokumentirano u zapisima lože u Nauvoou. Pet prvih vođa mormonske crkve, uključujući Josepha Smitha, bili su inicirani u masonsku ložu.
Navodne religijske urote Postoje brojne tvrdnje, koje pretežno iznose konzervativni protestanti, da slobodni zidari na višim stupnjevima obmanjuju one na nižim stupnjevima te im postupno otkrivaju odvojenu, okultnu religiju. Neke od tih tvrdnji uključuju: da slobodni zidari štuju Baala, Bafometa, Dedžala ili Rahua – Baal je naziv za boga kod semitskih naroda na području Sirije i Fenicije. Dedžal je zla figura u islamu, koja će biti obećani Mesija i kasnije tvrditi da je Bog prije Sudnjeg dana prema islamskom eshatološkom narativu. Rahu je bestjelesan demon, neumrla odsječena glava osuđena da zauvijek luta svijetom u potrazi za svojim tijelom. da je slobodno zidarstvo po svojoj prirodi okultno i da štuje vlastitog boga, poput Velikog graditelja svih svjetova, Gnoze ili Jahbulona – kombinaciju bogova YHWH-a, Baala i Ozirisa.
Sirijsko-egipatski vahabitski učenjak Rashid Rida popularizirao je antisemitske i antimasonske teorije urote u arapskom svijetu, koje su kasnije prihvatili različiti islamistički pokreti tijekom 20. stoljeća. Prema Ridi, slobodno zidarstvo je izum Židova, a njegovi su stavovi kasnije ugrađeni u Povelju Hamasa iz 1988. godine.
Neke teorije urote koje povezuju slobodne zidare i iluminate također uključuju vitezove templare i Židove kao dio navodnog plana za univerzalnu kontrolu društva. Ovakve ideje pojavile su se još 1792. godine i bile su opisane u djelima više autora, prvo u Francuskoj i Škotskoj.
Teorija novog svjetskog poretka mini|desno|200px|Njemački propagandni plakat iz 1935.