Hercegovački slučaj ili Hercegovačka afera odnosi se na sukob između hercegovačkih franjevaca i Mostarsko-duvanjske biskupije oko raspodjele župa u navedenoj biskupiji. Sukob između franjevaca i biskupijskog klera nastao je obnovom redovne crkvene hijerarhije u Bosni i Hercegovini, nakon što ju je Austro-Ugarska okupirala 1881. godine. Hercegovački slučaj stvara veliki problem u odnosu između hercegovačkog svećenstva i katoličkih vjernika.
Povijest
Biskup Paškal Buconjić Godine 1846. Sveta Stolica osnovala je Apostolski vikarijat za Hercegovinu, koja je tada bila dio Osmanskog Carstva, a smatrala se misijskim područjem. Prvi vikari bili su svi franjevci, uključujući fra Rafu Barišića, fra Anđea Kraljevića i fra Paškala Buconjića. I Barišić i Kraljević zatražili su od pape uvođenje svjetovnog klera u Hercegovini, što je konačno odobreno nakon pada Osmanskog Carstva u toj regiji, a 1881. papinskom bulom Ex hac augusta Apostolski vikarijat uzdignut je na Mostarsko-duvanjsku biskupiju.
Hercegovački franjevci bili su u lošim odnosima s biskupom Kraljevićem, tvrdeći da im nije davao dovoljno prikupljene milostinje za izgradnju samostana u Humcu. Sukob između biskupa i franjevaca dosegao je vrhunac za vrijeme Buconjićevog mandata jer su franjevci kontrolirali sve župe u Hercegovini, dok je biskup, iako je i sam bio franjevac, želio imati na raspolaganju biskupijsko svećenstvo. Anonimno pismo poslano je caru Franji Josipu u kojem se tvrdilo da biskup davao Austro-Ugarske donacije Osmanlijama. Franjevačka kustodija se isključila iz ovog pisma.
U veljači 1877. Kraljević je zatražio od Kongregacije za evangelizaciju naroda da pošalje apostolskog vizitatora u Hercegovinu i optužio Buconjića da zanemaruje župe i hercegovačke franjevce da silom uzimaju uzdržavanje od vjernika tijekom uskrsne pričesti. Kongregacija je imenovala biskupa Kazimira Forlanija apostolskim vizitatorom; stigao je u Mostar u veljači sljedeće godine. Forlani je završio svoje izvješće u svibnju 1878.; savjetovao je biskupu da djeluje u dogovoru s franjevcima, da evidentira prihode i rashode te da pomogne izgradnju samostana na Humcu. Pitanje župa ostalo je neriješeno.
Glavno pitanje tijekom Buconjićevog episkopata bila je podjela župa između biskupijskog klera i franjevaca, koji su pokušali potvrditi svoju dominaciju u Hercegovini s Rimom. Iako je papinska bula Ex hac augusta ukinula privilegije koje su franjevci uživali u svom misionarskom radu, i dalje su željeli zadržati sve župe u biskupiji. Franjevci su bili uvjereni da Buconjić, franjevac, neće ometati njihov posjed župa. Međutim, u prosincu 1881. kustos Zovko napisao je generalu Reda o župama u Hercegovini. General je pitao Zovka o pravu posjeda tih župa, na što je Zovko u veljači 1882. odgovorio da su franjevci osnovali i kontroliraju te župe te stoga imaju pokroviteljstvo nad njima. Tog prosinca, Zovko je ponovno pitao generala o situaciji sa župama u Hercegovini; general je odgovorio da se hercegovački franjevci nemaju čega bojati jer Buconjić voli Franjevačku kustodiju. Buconjić je potvrdio generalu da neće oduzeti župe franjevcima, već da će zadržati novoosnovane župe za biskupiju.
Novi kustos, Luka Begić, koji je izabran u svibnju 1883., zabrinuo se da bi položaj franjevaca bio ugrožen, čak i ako bi biskupija kontrolirala samo novoosnovane župe, te je inzistirao da čak i te župe pripadnu Franjevačkoj kustodiji. Razgovarao je s Buconjićem o tom pitanju; Buconjić je udovoljio njegovim zabrinutostima i složio se da novoosnovane župe pripadnu Kustodiji. Begić je obavijestio generala o sporazumu u srpnju 1883.; nije dobio odgovor pa je ponovno pisao u ožujku 1885., kada je Buconjić trebao posjetiti Rim i riješiti pitanje. Tog svibnja, generalov zamjenik Andrea Lupori odgovorio je, tražeći od Buconjića da sa sobom ponese ugovor o župama koji je potpisao i definitorima Kustodije.
Kustodija je odlučila da Begić treba slijediti Buconjića u Rim s uputom da franjevci zadrže župe zapadno od Neretve, dok biskup treba raspolagati onima na istočnoj obali; u slučaju da se to ne prihvati, Begiću je naloženo da popusti "što je manje moguće". Buconjić i Begić stigli su u Rim 12. svibnja 1885. Kongregacija za evangelizaciju naroda je primila Begićev zahtjev u lipnju 1885. i obavijestila je Državno tajništvo o tom pitanju. Državni tajnik kardinal Luigi Jacobini zatražio je od nuncija kardinala Serafina Vannutellija u Beču da pita Buconjića o župama koje su franjevci trebali zadržati i onima koje su mu na raspolaganju. U prosincu 1885. Vannutelli je pitao Buconjića slaže li se s Begićevim prijedlogom ili da napiše koje župe franjevci trebaju zadržati, a koje bi trebale biti na njegovom raspolaganju. U siječnju 1886. Buconjić je obavijestio Vannutellija da neće oduzeti župe od franjevaca.
Nakon što je primio Buconjićev odgovor, Vannutelli je obavijestio Jacobinija da se sporazum između franjevaca i Buconjića ne bi trebao potvrditi te da bi župe trebalo podijeliti kao u Bosni, gdje je situacija bila ista kao i u Hercegovini. Vannutelli je predložio da barem jedna trećina župa bude pod upravom biskupa, ali budući da je i sam Buconjić bio franjevac, Vannutelli je smatrao da bi bilo nemoguće donijeti novo rješenje te da bi hercegovačkog kustosa trebalo obavijestiti da Rim ne želi donositi nikakve nove dekrete jer postoji sklad između biskupa i fratara. Jacobini je prihvatio Vannutellijev stav. Tako je Rim ostavio pitanje neriješenim. Fra Lujo Radoš je u ožujku 1888. bezuspješno poticao Kongregaciju za izvanredne crkvene poslove.
Lupori je savjetovao fra Nikoli Šimoviću da nunciju u Beču objasni stav franjevaca o tom pitanju i da pokuša dobiti potvrdu za svoj prijedlog. Krajem listopada 1889. posjetio je nuncija, koji mu je rekao da će pokušati riješiti stvar u interesu franjevaca. Nakon povratka u Mostar, Šimović je ponovno pisao nunciju, podsjećajući ga na Radošev prijedlog iz 1888. Nuncij je odgovorio u prosincu 1889., obećavajući podršku takvom prijedlogu. Međutim, pitanje je godinama ostalo neriješeno.
Godine 1892. Franjevačka kustodija Hercegovine uzdignuta je na razinu provincije. Nakon što je Begić izabran za provincijala 1898., pokušao je posredovati u bilo kakvom dogovoru kako ne bi zadržao nesiguran status quo. Buconjić je trebao posjetiti Rim nakon Uskrsa 1899., što je Begić vidio kao priliku za rješavanje pitanja župa. Kustos Rafael Radoš trebao se pridružiti Buconjiću u Rimu, ali je umro u ožujku 1899. U travnju te godine Begić je napisao generalu Reda da predstavlja Franjevačku provinciju u Hercegovini. Buconjić je s Begićem razgovarao o tom pitanju; obojica su željeli sačuvati snažnu franjevačku prisutnost u Mostarsko-duvanjskoj biskupiji. Buconjić je predložio da 25 župa pripadne franjevcima, dok bi 12 bilo na raspolaganju biskupu. Buconjić je također predložio osnivanje 12 dodatnih župa koje bi bile na raspolaganju biskupu. Papa Lav XIII. potvrdio je odluku 17. srpnja 1899.; 14 župa dodijeljeno je biskupijskom kleru, dok su ostale ostavljene franjevcima. Buconjić je odgodio objavu papine odluke do 1908.; i Buconjić i franjevci nisu bili zadovoljni odlukom.
U početku te svečane odluke stoji: "Smatrali smo zgodnim staviti pred oči svećenicima naših dijeceza, osobito mlađim, umnožene primjerke svečane Decizije s obzirom na župe koje su ustanovljene ili koje bi trebalo ustanoviti. A ova Decizija mora ostati čvrsta i stalna da bi se izbjegla bilo kakva razilaženja i promjenljivost želja". Buconjić je zatražio od pape dopuštenje da povjeri određene biskupije franjevcima jer je nedostajalo biskupijskih svećenika. No, s vremenom ta se odredba nije održala; pojavile su se nesuglasice i promjenjive želje, pa Buconjićeva namjera o raspodjeli župa nije bila poštovana.
Biskup Alojzije Mišić Nakon što je postao biskup, Mišić je raspolagao samo s 12 biskupijskih svećenika, dok su ostali članovi klera bili franjevci. Balkanski ratovi i Prvi svjetski rat onemogućili su školovanje novih biskupijskih svećenika, dok je broj franjevaca rastao. S obzirom na potrebe, moralo se osnivati više župa, pa je, kao i njegov prethodnik, Mišić imao ovlast imenovati franjevce u novootvorene župe uz odobrenje generala Franjevačkog reda. Hercegovački franjevci iskoristili su tu situaciju i jasno stavili do znanja da neće služiti u novim župama osim ako im one ne budu pravno prenesene. Mišić nije pokazivao velik interes za povećanje broja biskupijskog klera, premda mu je od 1925. Propaganda slala oko 2000 američkih dolara mjesečno za svjetovno svećenstvo. Ta sredstva ostala su neiskorištena i propala su u bankama tijekom Drugog svjetskog rata. Također je odbijao imenovati novo zaređene svjetovne svećenike na župske dužnosti.
Kao biskup, Mišić je utemeljio 14 novih župa te sagradio 21 crkvu i 24 župna doma. Među župama koje je osnovao nalaze se Čapljina (1917.), Izbično (1917.), Čitluk (1918.), Gradac–Blizanci (1918.), Tepčići (1918.), Jablanica (1919.), Grljevići (1919.), Kongora (1921.), Prisoje (1922.), Kruševo (1924.), Ledinac (1930.), Rašeljke (1934.), Crnač (1935.) i Šipovača (1939.). Prvi ozbiljniji sukob između franjevaca i Biskupije izbio je 1917. nakon osnutka župe Čapljina; iako je ta župa trebala prijeći u ruke biskupijskog klera, Mišić nije realizirao taj prijenos.
Hercegovački franjevci pokušali su iskoristiti Mišićevo podrijetlo i neupućenost u lokalne prilike kako bi preokrenuli Deciziju, Svete Stolice iz 1899. o raspodjeli župa i ukidanju biskupijskog klera, na svoju korist. Dana 25. travnja 1922. provincijal hercegovačkih franjevaca Alojzije Bubalo uputio je papi peticiju kojom traži da im se dodijele župe koje je Decizija odredila za biskupijsko svećenstvo. Zahtijevali su sve postojeće župe u Mostarsko-duvanjskoj biskupiji, župe koje bi se u budućnosti osnovale, kao i župu Neum iz Trebinjsko-mrkanske biskupije. Franjevci su svoje zahtjeve opravdavali manjkom biskupijskog klera – navodeći da su aktivna samo tri svjetovna svećenika. Međutim, glavni uzrok nedostatka svjetovnog klera bila je nedovoljna briga prethodnog biskupa Buconjića i sadašnjeg biskupa Mišića za formaciju i promicanje svjetovnog klera. U to vrijeme Mišić je trebao putovati u Rim na ad limina posjet papi, u pratnji fra Jerka Borasa, kustosa hercegovačkih franjevaca. Boras je trebao predati peticiju generalu Franjevačkog reda Bernardinu Klumperu, koji bi je potom iznio papi. Kako Klumper tada nije bio prisutan, peticija je predana prokuratoru Callistu Zuccottiju. Prije nego što je Zuccotti predao peticiju papi, sazvao je razgovor s Mišićem, zaštitnikom Franjevačkog reda kardinalom Orestom Giorgijem i Borasom te zaključio da Mišić osobno treba doraditi i predati peticiju papi.
Mišić je prepravio peticiju 22. svibnja 1922. i podnio je kao vlastitu. Jedina izmjena odnosila se na brisanje razlike između postojećih i budućih župa – u njegovoj verziji sve su župe tretirane jednako. Taj je korak bio motiviran time što je prethodna formulacija bila u suprotnosti s kanonskim pravom, koje nalaže da svaka novoosnovana župa na području već postojeće pripada biskupu, a ne redovničkom redu. Kongregacija za izvanredne crkvene poslove zatražila je od Mišića popis župa koje bi mogle pripasti biskupu. Na kraju kongregacija nije prihvatila peticiju i uputila je da je odobri biskupov konzistorij.