mini|desno|Franjevački samostan sv. Duha u Fojnici, fotografija izbliza. Franjevački samostan Fojnica nalazi se u Fojnici, ispod brda Križa. Starost samostana nije moguće precizno utvrditi, no dokumenti potvrđuju nazočnost franjevaca u Fojnici još početkom četrnaestog stoljeća, na osnovi čega se dade zaključiti da su još u prvim desetljećima tog stoljeća na području Fojnice imali manju kuću koja je naknadno premještena na lokaciju današnjeg samostana.
Povijest Samostani u Fojnici bili su na više lokacija i više puta razarani.
Prvi je bio na Pazarišću. Vremenom su rasle potrebe za smještaj putnika namjernika i drugih zbog čega je trebala posebna soba. Onih drugih bili su sve brojniji, a samostan je bio uz prolazni put. Kad su okolnosti dovele da fratri tu više nisu mogli opstati, preselili su se na uzvišicu iznad Fojnice, na brdo Križ. Godne 1502. u gustoj šumi postavili su temelje novom samostanu, na istom mjestu gdje je i danas. Danas to izgleda atraktivna lokacija, no gledano iz situacije onog vremena i prostora, vidljiv je sasvim drugi motiv izbora lokacije. Za velikog osmanskog progona katolika, porušeni su i samostan i crkva u Fojnici. Bilo je to 1524. godine.Franjevački samostan Duha Svetoga u Fojnici fra Janko Ljubos, kustos: Blago samostana u Fojnici (pristupljeno 2. studenoga 2016.)
Zadnje je od 1863. godine. Nacrt je napravio Ante Ciciliani (Ceciliani) iz Trogira. Gradnju je vodio domaći majstor Matija Lovrinović (do 1865.), a zatim Špiro Marić s otoka Visa.Franjevačka provincija Bosna Srebrena Fojnica – samostan i župa Svetoga Duha (pristupljeno 28. listopada 2016.)
Obnovljen je pred rat, 1913. godine. Prema nacrtu arhitekta Lavrenčića samostan je znatno proširen izgradnjom dodatnog trakta 1940. godine. Taj se novi dio koristio kao stambeni prostor, a stara zgrada samostana za knjižnicu i muzej. Tijekom rata samostansko proširenje je završeno. Netolerancija novih komunističkih vlasti prema katolicima brzo se pokazala. Nacionalizirala je dio samostanskih prostorija u razdoblju od 1949. do 1959. godine, prema nalogu općinskih vlasti koje su dale da se te prostorije koriste u druge svrhe. U taj novi dio samostan završen tijekom rata uselila se JNA i ostala do 1959. godine. Vjeronaučna dvorana izgrađena je 1984. godine. Predratnih godina bilo je novo renoviranje. Stambeni je dio temeljito renoviran od 1987. do 1990. godine.
Rat u Bosni i Hercegovini donio je nemile događaje fojničkim franjevcima. Premda su se fojnički franjevci ponijeli kao iskreni bosanskohercegovački domoljubi, to nije spriječilo muslimanske ekstremiste 13. studenoga 1993. ubiti dvojicu franjevaca na svirep, surov i nedoličan način u prostorijama samostana. Ubijena su dvojica velikih bh. patriota. Ubijeni fra Leon Migić prvi je u Fojnici istaknuo zastavu BiH (zastava s ljiljanima) i to na zidine fojničkog samostana, da se mogla vidjeti gotovo iz svake ulice i mjesta grada Fojnice. Drugi ubijeni bh. patriot, fra Nikica Miličević dva je mjeseca prije smrti govorio: „Moja domovina, domovina moga naroda s kojim sam nikao, s kojim živim, je jedino Bosna.“ i isticao „Katolička Crkva je bezpridržajno bila 'za' na referendumu, 'za' jedinstvenu BiH.“Franjevački samostan Fojnica Fra Nikica Vujica, gvardijan: Osvrt u povodu XXII. godišnjice strijeljanja fojničkih fratara, 11. studenoga 2015. (pristupljeno 28. listopada 2016.) Muslimanski su ekstremisti iz 302. motorizirane brigade Armije BiH iz Visokog, i ubojica i trojica pomagača.Večernji.ba Ana Popović: Časnik Armije BiH: Žao mi je zbog ubojstva franjevaca!, 14. studenoga 2010. (pristupljeno 28. listopada 2016.) Strijeljali su gvardijana fra Nikicu Milićevića i vikara fra Leona Migića koji su tada obnašali službu Uprave Samostana u Fojnici. Prema svjedočenjima očevidaca, dvojica ubijenih franjevaca ubijeni su samo zato što su "uza se imali hrvatska obilježja; privjesak s grbom i hrvatskom šahovnicom koje je Čengiću zasmetao kada su mu ubijeni fratri otvorili vrata samostana". Čengić je bio u sastavu "Frkine jedinice", kojom je zapovijedao Ferid, Salemov, Provalić zvan Frka. Ta jedinica povezana je s u listopadu 1992. godine u Visokom formiranom postrojbom Armije BiH “Ljudi sjenke”, formacijski u sklopu 316. brigade. Činilo ju je 100-150 vojnika, 90 posto predratnih kriminalaca, tzv. Frkina jedinica, koja je po zlu postala poznata po zločinima nad Bosanskim Hrvatima u općinama Vareš, Breza, Visoko, Kakanj, Kiseljak i Fojnica.Kamenjar.com Objavio Marta G: Popis ratnih zločina i osumnjičenih zločinaca tzv Armije BiH nad Hrvatima Konjica i Jablanice koji nikad nisu procesuirani, 20. srpnja 2013. (pristupljeno 28. listopada 2016.) Ipak, ovo nije bilo ubojstvo kao u krčmi zbog omražene zastave. U pozadini su stajali i drugi motivi, koji su nažalost zatajeni u sudskom procesu. Na te su probleme u kasnijim žalbama franjevci ukazivali. Ubojica je priveden tek četiri mjeseca nakon počinjenja ovog teškog zločina. Vrhovni vojni sud u Sarajevu u predmetu iz 1994. godine i i Vrhovni sud Bosne i Hercegovine u predmetu iz 1995. godine za ovo su kazneno djelo procesuirali Miralema Čengića i osudili ga na 11, odnosno na 15 godina zatvora, te sudionike Nedima Zerdu, Samina Mušinbegovića i Vahida Begića na po šest mjeseci zatvora. Sudovi nažalost u kaznenom predmetu nisu utvrdili prave ubojičine razloge, motive i pobude, a to je da je ovo bilo kazneno djelo protiv čovječnosti i međunarodnog prava. Ubijeni su članovi Uprave samostana, a ostali fratri su ostali pošteđeni, čak i fratar očevidac kojeg je sudionik ubojstva držao. U presudi tužitelj nije donio mogućnost da je netko ovaj ratni zločin planirao i naredio, niti je napisana u presudi niti jedna riječ koja bi upućivala na mogućnost da se ovo dvostruko ubojstvo dovede u kontekst zločina vojnika protiv civila, zločina iz mržnje prema drugom narodu, dakle: organiziranog ratnog zločina. Samo nekoliko mjeseci nakon presude, tadašnji predsjednik BiH Alija Izetbegović ubojici je dao čak tri pomilovanja, a četvrto je pomilovanje dao ondašnji predsjednik FBiH Ejup Ganić i ubojica je bio na slobodi.
Dotrajalost je zgrade učinila svoje, pa je stari dio samostana gdje je bio muzej i knjižnica srušen 2000. godine, a gradnja novog na istom mjestu počela je po projektu Krešimira Kolovrata. Građevinski dio radova završen je 2001. godine.
Samostanske orgulje također su dane na obnovu. Kolaudacija obnovljenih samostanskih orgulja bila je 10. listopada 2012. godine.YouTube kanal TVKISSKiseljak Samostanska crkva u Fojnici: kolaudacija obnovljenih orgulja, 10. listopad 2012.g. Muzej franjevačkog samostana svečano je otvoren ponovo za javnost 27. svibnja 2014. godine.YouTube kanal Kanal 6 HD Svečano otvoren Muzej Franjevačkog samostana u Fojnici, 27. svibnja 2014. Svečano ga je otvorio predsjednik Vlade susjedne RH Zoran Milanović.kanal TVKISSKiseljak Predsjednik Vlade RH Zoran Milanović danas otvorio obnovljeni samostanski muzej u Fojnici, 27. svibnja 2014.
Muzej franjevačkog samostana u Fojnici kandidiran je 2016. za nagradu Europskog muzeja godine, u konkurenciji 60 najboljih muzeja u Europi.(boš.) Biznisinfo.ba Muzej samostana u Fojnici kandidat za najljepši muzej u Evropi 21. rujna 2016. (pristupljeno 23. siječnja 2020.)
Pastoralni rad Fojnički franjevci i grad Jajce Franjevci iz Fojnice su nakon turskog osvajanja Jajca opsluživali preostale katolike Hrvate iz Jajca. Jajački Hrvati su po dolasku Turaka ostali bez crkve sv. Katarine koju su Turci porušili, crkve sv. Marije koju su pretvorili u džamiju, toranj sv. Luke prenamijenili u minaret, a Turci su porušili franjevačke samostane u Jajcu, Grebenu i Jezeru. Da bi imali gdje odsjesti, fojnički franjevci su imali svoje sjedište na desnoj obali Vrbasa, u mjestu Lučini nedaleko od Jajca. Nastamba je izgorjela 1620. godine. Obnovljena je nekoliko godina poslije. Sve ukazuje da je to bila prostrana zgrada, jer je udomila sve fojničke franjevce nekoliko godina, nakon požara samostana i crkve 1664. godine.Franjevačka provincija Bosna Srebrena Jajce – samostan sv. Luke i župa Uznesenja Marijina (pristupljeno 12. listopada 2016.)
Pastoralni djelokrug fojničkih franjevaca Sve koji su živjeli u prostoru uz lijevu obalu rijeke Bosne sve do Save, pa preko Banje Luke do Bihaća, Livna, Duvna, Rame i svu današnju središnju Bosnu, fojnički su fratri pastorizirali.
Kroz povijest mijenjalo se područje koje je pastoralno opsluživao fojnički franjevački samostan. Prema izvješću biskupa M. Maravića 1647. godine, pokrivali su župe: Fojnicu, Jajce, Kamengrad, Kotor, Vodičevo, Dragotinu, Ljubiju, Banju Luku, Motike, Dragočaj i Kozarac.
Izvješće fra Nikole Ogramića-Olovčića 1673. spominje da franjevci uz gornje župe opslužuju još Bihać i Dobretiće, što je ukupno 16.443 katolika.
Uslijedilo je veliko iseljavanje katolika u vrijeme Bečkog rata (1683. – 1699.) i nestale su brojne župe i samostani. Zbog toga je ostalo mnogo manje katolika raspršenih na velikom području, koje su fojnički franjevci pokrivali. Prema Dragičevićevom izvješću 1743. opslužuju župe: Fojnicu, Lašvu, Jajce, Dobretiće, Banju Luku, Ivanjsku, Kotor, Majdan, Vodičevo, Bihać, Ramu, Livno, Duvno, Skoplje s Kupresom, što je ukupno 18.443 katolika.
Broj se katolika vremenom povećao. Godine 1762. bilo je 27.315, a 1779. god. 36.240 katolika. Nadležnost fojničkog samostan 1856. god. bila je nad župama: Fojnicom, Brestovskim, Busovačom, Zenicom, Gučom Gorom, Dolcem, Orašjem (Ovčarevo), Jajcem, Dobretićima, Varcarom, Kotorom, Banjom Lukom, Ivanjskom, Gradiškom, Sasinom, Volarom, Starom Rijekom, Bihać, Skoplje, Malim Selom, Kupres, Rama, Triješćanima, Vidošima, Goricom, Čuklićem i Ljubunčićem, sveukupno 60.588 katolika.
U drugoj polovici 19. stoljeća osnovani su novi samostani (Gorica, Guča Gora, Petrićevac, Rama) koji su rasteretili fojničke franjevce i dio župa je prenesen pod nadležnost novih samostana. Dio tih župa predan je 1883. svjetovnom svećenstvu.
Fojnička župa brojila je 1991. godine 5223 katolika (1974.: 4950). Danas ima 3613. vjernika. Teritorijalno je opsežna i obuhvaća sljedeća naseljena mjesta: Fojnica, Bakovići, Bakovićka Citonja, Banja, Bistrica, Bježanija, Božići, Carev Do, Crvene zemlje, Djedov Do, Drin, Dugo brdo, Gojevići, Gradina, Kamenik, Kazijevići, Lučice, Lužine, Mujakovići,Nadbare, Ostruška Citonja, Ostružnica, Otigošće, Paljike, Podcitonja, Ponjušina, Ragale, Rajetići, Slakovići, Selišće, Šavnik, Šćitovo, Tješilo, Trošnik, Zarastin i Zimije.
Uz spomenutu župnu crkvu, na području župe nalazi se i nekoliko podružnih: Gojevići (Sv. Franje Asiškog, 26 x 12 m, izgr. 1972./1973. umjesto drvene crkve iz 1946.; projekt: M. Subotić, B. Borić), Šćitovo (Presv. Srca Isusova, 20 x 10 m, izgr. 1974./1975., projekt: D. Duvnjak), Otigošće (Sv. Ane, 10 x 6 m, izgr. 1980., projekt: D. Duvnjak), Kazijevići (Porcijunkula, 7 x 4 m, izgr. 1969., projekt: B. Borić). Od drugih sakralnih objekata postoji i 15 grobljanskih kapelica.
Crkva