thumb|right|300px|Magyarország zöld műholdképe thumb|right|300px|A Juhász Gyula-emlékfa Makón Szinte Magyarország egész területe a Pannonicum flóratartomány belső részére esik; a flóratartomány határain kívülre csak kis, határszéli területei terjeszkednek.
A Pannonicum növényvilága meglehetősen gazdag, mivel: több, karakteres és egymástól markánsan különböző flóratartomány között helyezkedik el; földtörténeti közelmúltjában egymástól erősen különböző éghajlatú szakaszok váltakoztak.
Magyarországról közel háromezer növényfajt írtak le; ebből mintegy 2350 a virágos növény. A Kárpát-medence növényzetének kialakulását (a harmadkortól napjainkig) a Pannonicum leírásánál ismertetjük.
A Kárpát-medence flóráját befolyásoló éghajlati hatások
Szubatlanti hatás: Nyugat-Európa felől érkezik, tehát főleg a Nyugat-Dunántúlon (Kemeneshát, Vasi-Hegyhát, Őrség, Göcsej) és a Kisalföld nyugati részén számottevő, de nem érvényesül az ország legnyugatibb részein (Soproni-hegység, Kőszegi-hegység, Vendvidék), ahonnan az Alpok hegyláncai elterelik a szubatlanti légtömegeket. Kelet-alpi hatás: a Keleti-Alpok felől érkezik; ez uralja a Soproni-hegység, a Kőszegi-hegység és a Vendvidék éghajlatát. Éppen ezért ezt a három kistájat az alpi flóratartomány Noricum flóravidékébe soroljuk. Északi (boreális) hatás: Az északi tajgazóna felől érkezik, és így főleg az Északi-középhegység hegyvidéki tájain (Zempléni-hegység, Bükk-vidék, Mátra, Börzsöny) érvényesül, de alárendelten a Soproni-hegység, a Kőszegi-hegység és a Vendvidék éghajlatát, növényzetét is befolyásolja. Kárpáti hatás: Az Északi-Kárpátok felől érkezik, és az Északi-középhegységben (Zempléni-hegység, Aggteleki-karszt, Bükk-vidék, Mátra, Börzsöny), valamint a Bereg-Szatmári-síkon érezteti hatását. Kontinentális hatás: Keletről érkezik; főképp a Nagyalföld, kisebbrészt a Kisalföld keleti fele és az Északi-középhegység éghajlatát, növényzetét befolyásolja. Pontusi hatás: Az ukrán és dél-orosz sztyeppek felől, délkeletről érkezik, így leginkább az Alföld délkeleti részén (a Tisza-Maros-Körös közén) érvényesül. Szubmediterrán hatás: A Földközi-tenger felől, délről érkezik. Leginkább a Dél-Dunántúlon észlelhető, de a Dunántúli-középhegységben és a Duna–Tisza köze déli részén is kimutatható. Nyugat-balkáni (illír) hatás: A Balkán-félsziget nyugati részéről érkezik, és leginkább a Zalai-dombságon érvényesül.
Flóraelemek típusonként
Kozmopolita elemek
Ilyen a Magyarországon élő növényfajok 6,3%-a.
A törzsfejlődés során régen kialakult fajok: saspáfrány (Pteridium aquilinum), mezei zsurló (Equisetum arvense); Világszerte hasonló, vízi környezetben élő fajok: kis békalencse (Lemna minor), nád (Phragmites australis).
Cirkumboreális elemek
Ilyen a Magyarországon élő növényfajok 8,1%-a.
erdei gyömbérgyökér (Geum urbanum), fekete áfonya (Vaccinium myrtillus), közönséges boróka (Juniperus communis).
Eurázsiai elemek
Ilyen a Magyarországon élő növényfajok 22,6%-a.
közönséges nyír (Betula pendula), erdei fenyő (Pinus sylvestris) réti boglárka (Ranunculus acris)
Európai elemek
Valódi európai elemek (ilyen a Magyarországon élő növényfajok 8,5%-a): mogyoró (Corylus avellana), kocsányos tölgy (Quercus robur), lucfenyő (Picea abies). Közép-európai elemek (ilyen a Magyarországon élő növényfajok 12%-a): korai juhar (Acer platanoides) bükk (Fagus sylvatica) kocsánytalan tölgy (Quercus petraea) gyertyán (Carpinus betulus)
Kontinentális elemek
Ilyen a Magyarországon élő növényfajok 14,6%-a.
Eurázsiai kontinentális elemek: lappangó sás (Carex humilis), pusztai árvalányhaj (Stipa joannis), tavaszi hérics (Adonis vernalis), törpe mandula (Amygdalus nana). Pontusi elemek: sárga len (Linum flavum), tátorján (Crambe tataria). Turáni elemek: pozsgás zsázsa (Lepidium cartilagineum = L. crassifolium), pamacslaboda (Krascheninnikovia ceratoides, syn. Eurotia ceratoides), heverő seprőfű (Kochia prostrata), homoki ballagófű (Salsola kali).
Szubmediterrán elemek
Ilyen a Magyarországon élő növényfajok 13,2%-a.
Valódi szubmediterrán elemek: gesztenye (Castanea sativa), húsos som (Cornus mas), molyhos tölgy (Quercus pubescens). Szubmediterrán-középeurópai elemek: naprózsa (Fumana procumbens), pukkanó dudafürt (Colutea arborescens). Pontusi-szubmediterrán elemek: sárga cserszömörce (Cotinus coggygria), sajmeggy (Cerasus mahaleb). Nyugat-szubmediterrán elemek: hármaslevelű szellőrózsa (Anemone trifolia). Kelet-szubmediterrán elemek: szarvas bangó (Ophrys cornuta). Szubatlanti-szubmediterrán elemek: pirítógyökér (Tamus communis), szúrós csodabogyó (Ruscus aculeatus), sallangvirág (Himantoglossum hirsutum agg.),
Balkáni elemek
Ilyen a Magyarországon élő növényfajok 2,6%-a.
Valódi balkáni elemek: ezüst hárs (Tilia tomentosa). Kelet-balkáni (moesiai) elemek: közönséges orgona (Syringa vulgaris) – Magyarországon nem őshonos! Nyugat-balkáni (illír) elemek: pofók árvacsalán (Lamium orvala), hármaslevelű fogasír (Cardamine trifolia, Syn: Dentaria trifolia), illír sáfrány (Crocus tommasinianus), magyar kikerics (Colchicum hungaricum), zalai bükköny (Vicia oroboides).
Szubatlanti-(szubmediterrán) elemek
Ilyen a Magyarországon élő növényfajok 3,5%-a.
seprőzanót (Sarothamnus scoparius), csarab (Calluna vulgaris), rejtőke (Teesdalia nudicaulis).
Északi elemek
Ilyen a Magyarországon élő növényfajok 0,5%-a.
tőzegeper (Comarum palustre), tőzegáfonya (Vaccinium oxycoccus), tőzegkáka (Rhynchospora alba).
Havasi (alpin-szubalpin) elemek
Ilyen a Magyarországon élő növényfajok 2,5%-a.
Valódi szubalpin elemek: osztrák zergevirág (Doronicum austriacum). Szubalpin-boreális elemek: havasi éger (Alnus viridis), havasi ikravirág (Arabis alpina).
Kárpáti elemek
pirosló hunyor (Helleborus purpurascens), tátrai hölgymál (Hieracium bupleuroides ssp. tatrae), ősz bogáncs (Carduus glaucus), magyar bogács (Carduus collinus), kárpáti sáfrány (Crocus heuffelianus), kárpáti kutyatej (Euphorbia carpatica), magyar kőhúr (Minuartia frutescens).
Pannóniai endemizmusok
Ilyen a Magyarországon élő növényfajok 2,7%-a.
A Pannonicum bennszülött elemei.
A flóratartomány egész területén élő (szubendemikus) fajok (0,8%): kései szegfű (Dianthus serotinus), Sadler-imola (Centaurea sadleriana), Janka-tarsóka (Thlaspi jankae), szakállas csormolya (Melampyrum barbatum) magyarföldi husáng (Ferula sadlerana). A flóratartomány egyes területein élő (valódi endemikus) fajok (1,9%): dolomitlen (Linum dolomiticum), magyar méreggyilok (Vincetoxicum pannonicum), mecseki varjúháj (Sedum neglectum ssp. sopianae), magyar vadkörte (Pyrus magyarica), Hazslinszky-berkenye (Sorbus austriaca ssp. hazslinszkyana) és egyéb berkenye kisfajok.
Adventív elemek
Ilyen a Magyarországon élő növényfajok 3,1%-a.
Észak-Amerikából behurcolt elemek: betyárkóró (Erigeron canadensis) magas aranyvessző (Solidago gigantea), fehér akác (Robinia pseudo-acacia). zöld juhar (Acer negundo) Dél-Amerikából behurcolt elemek: Kicsiny gombvirág (Galinsoga parviflora). A Mediterráneumból behurcolt elemek: kék búzavirág (Centaurea cyanea) Ázsiából behurcolt elemek: kisvirágú nenyúljhozzám (Impatiens parviflora), nagyvirágú nenyúljhozzám (Impatiens glandulifera), napraforgó szádorgó (Orobanche cumana). A trópusokról behurcolt elemek: aszályfű (Eleusine indica).
Magyarország vegetációs övei
1. Az erdős puszták övének része a Nagyalföld. Az északi erdős pusztán a magas füvű sztyepprétek juhar- és hárselegyes kocsánytalan tölgyesekkel váltakoznak mozaikszerűen úgy, hogy az erdőkben az erdős pusztai és árnyas erdei elemeknek váltakoznak foltszerűen. Ennek az övnek eredeti növénytársulásait jóformán csak pusztuló töredékek formájában ismerjük. Jellemző társulásai: löszön (illetve iszapon): tatár juharos lösztölgyes (Aceri tatarico - Quercetum), mezei juharos tölgyesek (Aceri campestri – Quercetum roboris), hársas–tölgyesek (Dictamno – Tilietum cordatae), homokon pedig: pusztai tölgyes (Festuco rupicolae – Quercetum roboris) és gyöngyvirágos tölgyes (Convallario–Quercetum).
Elterjedése: Tiszántúl, Nyírség, az Északi-középhegység előhegyei és öblözetei (részlegesen); A déli erdős puszta (szubmediterrán erdős puszta) jellemzője, hogy az alacsony füvű sztyepprétek sztyeppcserjésekkel és alacsony, lazább szerkezetű tölgyesekkel váltakoznak mozaikosan. A tölgyesekben: szürke nyáras–tölgyes, magyar nőszirmos tölgyes, salamonpecsétes homoki tölgyes (Festuco rupicolae – Quercetum roboris) molyhos tölgy is nő. A tölgyesek nyáras-borókásokkal (Junipero-Populetum albae) és homokpusztai gyepekkel, illetve homokpusztarétekkel váltakoznak.
Elterjedése: Duna–Tisza köze, Dél-Alföld; elsősorban homokon.
2. A szubmediterrán molyhos tölgyesek öve: a Magyar-Középhegység délnek néző lejtői; a Mecsek és a Villányi-hegység 200–550 m között.
3. A szubkontinentális tölgyesek öve: a dombvidéken és a középhegységekben (200–550 m között).
4. A gyertyános-tölgyesek öve: a Nyugat-Dunántúl jelentős része (a Soproni-hegységtől a Kemeneshátig), a Dél-Dunántúl egyes tájai, a Magyar Középhegység 400–600 m között.
5. A szubmontán bükkösök öve: a Nyugat-Dunántúl jelentős része (a Soproni-hegységtől az Őrségig), a Zalai-dombság, a Zselic, az Északi-középhegység 600–800 m közötti régiói.
6. A montán bükkösök öve: Kőszegi-hegység, Vendvidék, az Északi-középhegység 800 m feletti régiói.
A szubkontinentális tölgyeseket a Nyugat-Dunántúlon részben fenyőelegyes tölgyesek váltják fel. Egyebekben Magyarországon klímazonális fenyvesek nem nőnek; a néhány ősfenyves folt (pl. Fenyőfő) jégkorszaki reliktum. Egyéb fenyőerdőinket az erdőgazdálkodásban időnként fölerősödő fenyőtelepítő divatok idején ültették (így például a Sopron környékieket zömmel a XIX. század végén, az Aggteleki Nemzeti Park fenyveseit a múlt század hatvanas éveiben).
Magyarország növényzetének kialakulása
A Kárpátok felgyűrődése idején a Kárpát-medence éghajlata meleg és nedves, kiegyenlített szubtrópusi jellegű volt; ekkor képződtek az eocén, majd a miocén kor barnaszéntelepei. A miocén végén az éghajlat lassan hűvösebbé vált; az erdőségekben a juharok (Acer spp.), kőrisek (Fraxinus spp.), tölgyek (Quercus spp.) kerültek többségbe. A Kárpát-medence vegetációja ebben az időszakban a mainál jóval gazdagabb volt.
A 2-2,5 millió éve kezdődött jégkorszakban glaciális (hideg) és interglaciális (melegebb) időszakok váltogatták egymást. A növényfajok jelentős része kipusztult; mások a lehűlés elől „délre menekültek”. A legzordabb időszakokban az Alföld a mai Mongólia száraz kontinentális félsivatagi éghajlatára emlékeztetett.
Az utolsó eljegesedés után, 10-15 ezer éve az Alföld félsivatagos löszpuszta és erdőtundra növényzetének helyére összefüggő tajga települt; ezt az időszakot nevezzük fenyő-nyír korszaknak.
I. e. 7000 táján az éghajlat hirtelen felmelegedett és szárazzá vált. Az Alföld fátlan sztyeppé vált. Ezt az időszakot uralkodó növényéről mogyoró kornak nevezzük.
I. e. 5500–2500 között a klíma nedvesebbé vált és visszatelepültek a fák: ez az időszak a tölgy korszak – ekkor az Alföldet és a középhegységeket is kocsányos tölgyesek borították.
I. e. mintegy 2500 évvel, a bronzkorban egy lehűlés eredményeként a bükkösök leereszkedtek a hegyekből az Alföldre – ez volt a bükk korszak.
A maihoz hasonlóbb kép i. e. 800 táján alakult ki. Ekkor a Kárpát-medence mintegy 85%-át132/2003. (XII. 11.) országgyűlési határozat a 2003–2008. közötti időszakra szóló Nemzeti Környezetvédelmi Programról – 5.2. Magyarország természeti állapota erdő borította, csak az összefüggő erdősüléshez túl száraz Nagyalföld volt erdős sztyepp, azaz olyan füves síkság, amit kisebb-nagyobb, lombos fákból álló ligetek-erdők tarkítottak. Emellett sok volt az úgynevezett vizes élőhely is: mocsár, láp, tó, ér, patak, folyómenti ártéri terület.