La storia di Siracusa in epoca moderna riguarda gli avvenimenti che coinvolsero la città di Siracusa dall'epoca spagnola fino al XIX secolo.
In questi secoli la città fu oggetto di ingenti ristrutturazioni: venne fortificata, per contrastare gli assalti dei nemici della corona spagnola, e venne ricostruita nel suo centro storico, a causa del violento terremoto del Val di Noto che la semi-distrusse.
In seguito fu sede del dominio austriaco; ultima roccaforte degli Asburgo.
Si instaurò infine la monarchia dei Borbone. La città venne punita quando aderì ai moti rivoluzionari per l'unificazione dell'Italia: i Borbone le tolsero il titolo di capoluogo, passandolo a Noto; che lo manterrà fino al 1865. Campo Marchese Del Carretto, militare del regno borbonico, dichiarò Siracusa il 4 agosto del 1837 «città scellerata». Seguì un periodo nefasto, caratterizzato da oneri economici da versare al regno ed epidemie, con conseguente abbandono della città da parte dei suoi abitanti.
La situazione mutò il 1 agosto del 1860 quando un gruppo di garibaldini entrò in città e la dichiarò parte delle conquiste di Garibaldi. Con l'entrata nel Regno d'Italia, Siracusa riottenne il titolo di capoluogo.
Epoca spagnola Da Carlo V al Grande assedio di Malta
Il primo periodo del Regno di Carlo V Nel 1516, quando re Ferdinando II d'Aragona morì, il monarca spagnolo lasciò scritto nel suo testamento che la città di Siracusa (all'epoca separata dal resto dell'isola per via della Camera reginale) e le terre ad essa appartenenti (la Camera controllava importanti territori della Sicilia orientale) passavano per sua volontà in potere della Serenesima reyna doña Germana (la moglie di Ferdinando, nipote del re di Francia Luigi XII, nonché infante del Regno di Navarra), la quale a sua volta avrebbe dovuto rispondere all'erede del trono iberico Carlo d'Asburgo; futuro imperatore del Sacro Romano Impero (con il nome di Carlo V) e primo re della Spagna unificata. Siracusa aveva dunque una regina differente da quella degli altri sudditi della corona iberica (e si narra che tra Germana e Carlo fosse nata una storia d'amore clandestina).
I siracusani vissero gli ultimi anni della Camera in maniera turbolenta, poiché aizzati contro di essa dalle altre realtà territoriali che non accettavano di dipendere da un'autorità la cui sede fosse Siracusa: significativa in tal senso fu la ribellione di Lentini che al nuovo re scrisse di abolire la Camera, oppure, se non li riteneva degni di decidere del loro destino, di consegnarli tutti «ai Turchi e ai Mauri, per essere tagliati a pezzi, e così perdendo il corpo, poter salvare almeno l'anima»».Gioacchino Barbera, Antonello Paladino: pittori messinesi nel siracusano dal XV al XVIII secolo, 1996, p. 20.
Carlo nominò vescovo di Siracusa lo spagnolo Pietro Urries (don Pedro de Urrea); a costui il Papa Leone X spedì nel maggio del 1517 il breve apostolico recante le seguenti parole: «Ecclesiam Syracusanam primam Divi Petri filiam et secundam post Antiochenam Christo dicatam» (Chiesa siracusana prima figlia di san Pietro e seconda dedicata a Cristo dopo Antiochia).Giuseppe Agnello, Santi Luigi Agnello, Il Duomo di Siracusa ed i suoi restauri: discorso letto il 14 gennaio 1927 nel Salone Torres del Palazzo Arcivescovile di Siracusa, 1996; Rocco Pirri, Notitiae Syracusanae Ecclesiae in Sicilia Sacra, II, p. 599. Si deve inoltre allo spagnolo Lucio Cristóbal Escobar, siciliano d'adozione, la prima opera dell'epoca moderna incentrata sulla storia siracusana greca e romana.Francesco Benigno, Nicoletta Bazzano, Il tessitore di Antequera: storiografia umanistica meridionale, 2001, p. 279.
Incominciarono nei primi anni del '500 le calamità naturali che avrebbero accompagnato in maniera persistente la città aretusea per tutto l'arco storico moderno: peste, siccità e alluvioni verificatesi in sequenza nei primi due decenni cinquecenteschi, convinsero i siracusani (e pure il loro imperatore Carlo V) che fosse arrivato il tempo della fine del mondo. Profeti vennero consultati e poiché uno di loro predisse per il mese di febbraio del 1524 un nuovo diluvio universale, la città di Siracusa, come molte altre realtà geografiche dell'epoca, prese contromisure, che sostanzialmente si limitavano all'approvvigionamento di viveri e a una snervante attesa.Salvatore Agati, Carlo V e la Sicilia: tra guerre, rivolte, fede e ragion di Stato, 2009, p. 86.
Dato che il diluvio alla fine non si verificò, i siracusani si rassegnarono al susseguirsi di altre calamità climatiche, senza però più dar credito alle voci su possibili estinzioni di massa profetizzate (in tali fatti va comunque considerata la forte componente emotiva che caratterizzava il tempo spagnolo: mentre avanzava la Santa Inquisizione, i sudditi della corona iberica divenivano particolarmente sensibili all'espiazione del peccato, per cui accettavano il tutto come una «punizione divina» e l'unica cosa che potevano fare era pregare).
Nel 1526, dopo numerose pressioni, i siracusani ottennero dall'imperatore Carlo V la promessa che alla morte di Germana de Foix la Camera reginale sarebbe stata abolita e loro sarebbero ritornati a far pienamente parte del Regno di Sicilia. Bisogna sottolineare che Carlo V sulle sorti della Camera non era d'accordo con i siracusani, che più volte lo avevano pregato di rimettere la loro città tra il patrimonio demaniale del Regno, poiché l'Asburgo, oltre che a essere fortemente legato a Germana (quindi non voleva farle un torto togliendole i possedimenti che Ferdinando le aveva concesso in perpetuo), vedeva nella Camera una sorta di tutela per i siracusani (ed effettivamente il tempo gli darà ragione).Archivio storico per la Sicilia orientale, 1906, p. 434.
Il '26 fu l'anno in cui si diede inizio alla colossale opera di fortificazioni aretusee: Carlo V d'Asburgo accolse la richiesta d'aiuto dei siracusani, i quali li mandarono ambasciatori a corte per informarlo di un temerario assalto dei turchi dell'Impero ottomano, che arrivarono a bruciare la basilica di San Giovanni alle catacombe. (la cui cripta conteneva un tempo le reliquie di Marziano di Siracusa, il primo vescovo di Siracusa e, secondo la tradizione, dell'intero OccidenteBunson, Our Sunday Visitor's Encyclopedia of Saints , 2003, p. 519.). Spaventati dalla prospettiva di una facile invasione (non essendovi all'epoca mure o baluardi sufficienti a proteggerli) implorarono l'imperatore Carlo di intervenire,Salvatore Russo, Melo Minnella, Siracusa medioevale e moderna, 1992, p. XI. e costui lo fece; ma lo fece in un modo tale che sarebbe stato criticato da molti storici a venire: egli difatti ordinò che per circondare Ortigia di mura (all'epoca non ancora staccata dalla terraferma e sola parte abitata della città) si andasse a ricavare la pietra necessaria dagli antichi monumenti di origine greca e romana.
Gli spagnoli, così come gli abitanti dell'epoca, erano a conoscenza della vasta area archeologica che sorgeva nella parte abbandonata della città (Neapolis, la «Città Nuova», era una delle cinque città-quartiere di Syrákousai) e dato che tutti quei monumenti si trovavano in disuso da secoli e secoli ed erano stati altresì già in parte diroccati dai terremoti medievali, fu lì che la Spagna ordinò di trovare il materiale (pietra già lavorata) per rinchiudere i siracusani dentro Ortigia e scongiurare un'azione assalitrice della Sublime Porta.
Carlo V si mostrò singolarmente ferreo nel progetto di fortificazione di quello che per i siracusani era l'unico rifugio possibile (non vi sarebbe stata come a Messina o Palermo una netta differenza tra la parte civile e la parte militare del territorio; qui si stava direttamente trasformando la zona civile in zona militare).
E poiché l'ultimo che fece una cosa simile ad Ortigia fu uno dei suoi più potenti tiranni, Dionisio I di Siracusa, a egli Carlo V d'Asburgo venne associato da diversi storici moderni e contemporanei.
Fu Dionisio il primo a trasformare Ortigia in una roccaforte militare: lì vi risiedeva solamente lui, la sua corte e i suoi soldati. Stavolta, invece, la fortificata Ortigia avrebbe accolto oltre i soldati anche l'intera popolazione; una convivenza inedita ma necessaria, poiché la sempre crescente minaccia del sultano ottomano non permetteva ai popoli costieri di vivere liberamente al di fuori delle mura: essi sarebbero stati rapiti dai corsari e poi venduti come schiavi negli empori dei turchi.
L'arrivo dei cavalieri ospitalieri di Gerusalemme
Oltre alle fortificazioni, Carlo mise a protezione di quella che per lui era la chiave levantina del RegnoLiliane Dufour, Henri Raymond, Siracusa tra due secoli, 1998, p. 54. (sorgendo Siracusa sulla costa siciliana che si affaccia al Levante) la rinomata Compagnia dei cavalieri ospitalieri di San Giovanni di Gerusalemme: costoro, erranti dal 1522 poiché sfrattati dall'isola di Rodi da un attacco della Sublime Porta, approdarono infine a Siracusa nel 1529; controversa risulta essere la narrazione storica sul loro arrivo nella città aretusea. Secondo alcune fonti essi vi giunsero di propria iniziativa dopo aver lasciato solennemente la Francia,Cronista dell'Ordine, Giacomo Bosio, Storia dei Gran Maestri e cavalieri di Malta [...], vol. 3, p. 90. mentre stando ad altre cronache essi vi giunsero su espressa richiesta dell'Asburgo.Tiron, abate, Historia y trajes de las Ordenes Religiosas, vol. II, 1854, p. 8.
Sta di fatto che quando il Gran Maestro Philippe de Villiers de L'Isle-Adam approdò al porto della città, Carlo V si trovava fuori sede, nel nord Italia, per farsi incoronare una seconda volta imperatore (i popoli nemici del suo potere non l'avevano voluto riconoscere tale nel 1519), che egli rifiutò la richiesta dei cavalieri di Gerusalemme di far diventare Siracusa la base principale del loro nuovo OrdineGiacomo Bosio, P. III, lib. 2, p. 27: Storia dei Gran Maestri e cavalieri di Malta [...], vol. 3, p. 56. e che affrettò l'iter per la cessione delle isole di Malta e Gozo (oltre alla libica Tripoli, che però non sarà a lungo da essi mantenuta), esortandoli a lasciare la città aretusea e a dirigersi nei loro nuovi feudi (l'unico pegno di obbedienza al re di Sicilia era la consegna annuaria di un falcone). I cavalieri, dopo essere rimasti un anno intero a Siracusa, salparono da qui alla volta della loro nuova casa nel luglio del 1530. Nasceva così l'Ordine dei cavalieri di Malta, che sarebbe rimasto legatissimo a Siracusa fino alla fine della propria storia bellica.
L'epoca di Carlo fu costellata dalla continua lotta alle forze ottomane, tenendole a bada e impedendo loro di impadronirsi dei baluardi occidentali (anche se una parte dell'Europa era già caduta in loro potere). Mentre la guerra siculo-spagnola si spostava nell'Africa settentrionale, Siracusa veniva sempre più fortificata e riempita di soldati di Sua Maestà Cattolica. Le si bloccò il commercio e perse molto potere politico quando, nell'ottobre del 1536, morì la sua regina Germana: Carlo, mantenendo la promessa fatta ai siracusani dieci anni prima, abolì la Camera reginale e dichiarò Siracusa città demaniale. S'intensificò allora l'emigrazione della nobiltà da questi luoghi e aumentò la dipendenza da cariche distanti dal territorio aretuseo.; Archivio storico siracusano, vol. 3-4, 1957, p. 55.
Nel frattempo i soldati spagnoli creavano spesso ammutinamenti e ribellioni contro la corona, per via delle mancate paghe e, inevitabilmente, una città militare come Siracusa soffriva particolarmente del verificarsi di tali eventi, poiché le rappresaglie dei soldati finivano sempre con il coinvolgerli.
Vi erano poi altri potenti nemici con i quali bisognava confrontarsi: dalla Francia di Francesco I (acerrimo nemico di Carlo V e pericoloso alleato della Sublime Porta) ai veneziani che, alleati dei francesi e degli ottomani, già più volte in passato erano entrati in conflitto con la Siracusa spagnola.
Il terremoto del 1542