Biografia Pereira aveva lasciato il suo paese, il Portogallo, a metà degli anni 1970 per sfuggire alla coscrizione obbligatoria e non partecipò alla Guerra coloniale portoghese. Espatriò nei Paesi Bassi, dove si unì a Greenpeace per mettere a disposizione le sue qualità fotografiche per fini politici.
Fu membro di Greenpeace e scomparve dopo una missione di sei mesi come fotografo sulla Rainbow Warrior.
Annegò quando due esplosioni squarciarono lo scafo della Rainbow Warrior nel porto di Auckland. Il resto dell'equipaggio riuscì a mettersi in salvo, ma Pereira, tra la prima e la seconda esplosione si attardò per recuperare il materiale fotografico e non riuscì a salvarsi.
Pereira aveva celebrato il suo 35º compleanno nell'atollo di Rongelap nelle Isole Marshall con l'equipaggio della Arcobaleno Warrior e aveva progettato di andare all'Atollo di Mururoa per mostrare al mondo le immagini dei test nucleari francesi.
Due membri dei servizi segreti francesi, Dominique Prieur e Alain Mafart, che si erano finti degli sposini in viaggio di nozze, furono condannati per omicidio colposo da un tribunale della Nuova Zelanda. Vennero condannati a dieci anni di prigione e rimasero agli arresti in Polinesia per due anni. Fernando Pereira è stato un martire per Greenpeace ed i suoi sostenitori.
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