È stato uno dei primi allenatori della storia moderna a sedere sulla panchina di entrambe le principali formazioni di Lisbona, avendo allenato sia lo che il nel corso della propria carriera. Tale traguardo è condiviso con pochi altri tecnici nella storia del calcio portoghese, tra cui Otto Glória, Jesualdo Ferreira, Fernando Santos e Jorge Jesus.
È inoltre, con 8 titoli vinti, il tecnico più titolato nelle competizioni CAF per club. Alla guida dell' ha vinto quattro CAF Champions League, stabilendo un record storico per il torneo continentale africano.
Caratteristiche tecniche Giocatore Sebbene agli inizi della carriera fosse stato impiegato come ala, la sua maturazione tattica lo portò a occupare stabilmente la zona mediana del campo. In questo ruolo si distinse per tecnica e visione di gioco, abbinando alle capacità di impostazione un tiro potente dalla distanza con cui contribuiva alla fase realizzativa.
Allenatore Le squadre di Manuel José erano solitamente disposte con un 3-5-2.
Carriera Giocatore Inizia a giocare a calcio nelle giovanili del , che nel 1962 lo aggrega al proprio vivaio. A partire dal 1965, il club lo cede in prestito per tre stagioni consecutive a diverse compagini portoghesi: veste prima la maglia del , poi quella del e infine quella del .
Nel 1968 torna a Lisbona, venendo aggregato all'organico del tecnico Otto Glória. Esordisce in prima squadra nell'agosto 1968. A fine stagione vince il campionato portoghese e la coppa nazionale. Conclusa l'esperienza con il , nel 1969 firma per l', club con cui giocherà per quattro stagioni.
Nel 1973 si trasferisce al , dove rimane per tre annate totalizzando 82 presenze e 8 reti. Dopo una parentesi di una stagione al , nel 1977 viene ingaggiato dall'. In quest'ultimo club, a seguito della retrocessione della squadra, assume nel 1978 il doppio ruolo di allenatore-giocatore, guidando la formazione all'immediata promozione in massima serie prima di ritirarsi definitivamente dal calcio giocato nel 1979.
Allenatore Dopo quattro stagioni alla guida dell', nel 1982 approda al , che conduce al quarto posto in campionato e alla prima qualificazione in Coppa UEFA nella storia del club. Nel 1983 viene ingaggiato dal , con cui nel 1985 centra il quinto posto in classifica, garantendo al club la sua prima storica partecipazione alle coppe europee.
Nel 1985 assume la guida tecnica dello , piazzandosi al terzo posto in campionato nella sua stagione d'esordio. In ambito europeo raggiunge i quarti di finale di Coppa UEFA, venendo eliminato dal . Sotto la sua gestione, lo Sporting stabilisce due primati storici: la più ampia vittoria esterna nelle competizioni UEFA per club – grazie allo 0-9 contro l' del settembre 1986, nei trentaduesimi di finale di Coppa UEFA – e il maggior scarto mai registrato in un derby di Lisbona, con il 7-1 inflitto al nel dicembre dello stesso anno. Il rapporto con la società si conclude nel gennaio 1987 con la risoluzione consensuale del contratto del tecnico, a seguito di un calo di rendimento della squadra in campionato.
Nella stessa finestra temporale approda sulla panchina del , società che allena per tredici mesi fino all'interruzione del rapporto avvenuta nel febbraio 1988. Nel marzo 1989 torna alla guida dello , club che conduce al quarto posto finale in campionato e alle semifinali della coppa nazionale. La seconda parentesi sulla panchina dei biancoverdi si conclude nel dicembre 1989. A decretare l'esonero è l'eliminazione dalla Coppa di Portogallo subita in casa contro il (1-2). Nel 1990 assume nuovamente la guida dell' nella seconda serie portoghese, terminando la stagione in undicesima posizione. Nel 1991 viene ingaggiato dal , con cui nel 1992 vince la Coppa di Portogallo sconfiggendo il in finale per 2-1. Nello stesso anno si aggiudica anche la Supercoppa nazionale, superando nuovamente la formazione portuense. Tra i risultati da segnalare sotto la sua gestione figura l'eliminazione dell'Inter dalla Coppa UEFA nel 1991, allora detentrice del trofeo. L'incarico si conclude nel 1996, dopo cinque anni di permanenza alla guida del club.
Nel novembre 1996 viene nominato allenatore del . A gennaio risolve il contratto con il club per accettare la chiamata del , in sostituzione di Paulo Autuori, concludendo la stagione al terzo posto in classifica. Il mandato termina prematuramente il 21 settembre 1997, quando la dirigenza decide per l'esonero a seguito di una sconfitta per 3-1 contro il . Dopo due anni di inattività, nel novembre 1999 subentra sulla panchina dell'. Nel 2001 lascia l'incarico per trasferirsi all', venendo sostituito sulla panchina dell'União Leiria da José Mourinho. In Egitto si afferma immediatamente vincendo la CAF Champions League, superando in finale i sudafricani del e la Supercoppa CAF nel 2002. La sua prima esperienza al Cairo è caratterizzata da alcuni risultati di rilievo, come la vittoria sui Galácticos del in amichevole e il successo per 6-1 nel derby contro lo del 16 maggio 2002. Il rapporto con l' si interrompe nel giugno 2002, alla scadenza del contratto, a causa di divergenze con la dirigenza riguardanti l'autonomia decisionale del tecnico e la gestione della squadra.
Nel febbraio 2003 viene ingaggiato dal , ma l'esperienza portoghese si conclude il 22 novembre dello stesso anno, quando José risolve consensualmente il contratto con il club per tornare alla guida dell'. Sebbene l'accordo con gli egiziani venga definito a fine 2003, il tecnico prende ufficialmente possesso della panchina solo il 1º gennaio 2004. Al suo ritorno, impone una profonda ristrutturazione della rosa, segnata dall'innesto di giocatori chiave come Mohamed Aboutreika. Sotto la sua guida, l' stabilisce due record storici di imbattibilità: una serie di 55 incontri senza sconfitte in tutte le competizioni ufficiali, tra il luglio 2004 e il dicembre 2005, e una striscia di 71 partite utili consecutive nel solo campionato egiziano tra il 2004 e il 2007. Questi risultati permettono al club di aggiudicarsi cinque campionati consecutivi e tre CAF Champions League nell'arco di quattro anni.
Il 2006 rappresenta l'apice di questo ciclo: José guida la squadra a uno storico treble – vincendo il campionato, la Coppa d'Egitto e la CAF Champions League – e al terzo posto nel Mondiale per club FIFA. Tali successi gli valgono il premio CAF Coach of the Year nel 2006, rendendolo il primo tecnico non africano a vincere il riconoscimento alla guida di un club. Per i suoi meriti, riceve la Medaglia dello Sport di I classe dal presidente egiziano Hosni Mubarak nel 2006 e il titolo di Commendatore dell'Ordine al merito dal presidente portoghese Aníbal Cavaco Silva nel 2008.
Nel maggio 2009, dopo aver vinto il quinto campionato egiziano consecutivo, Manuel José decide di concludere il suo secondo ciclo alla guida dell'. La scelta matura in seguito all'eliminazione dalla CAF Champions League per mano dei e alla volontà del tecnico di affrontare nuove sfide professionali. Il 13 maggio la FAF ne ufficializza la nomina a CT della selezione angolana. L'obiettivo primario del suo mandato è la preparazione della selezione per la fase finale della Coppa d'Africa 2010, di cui l'Angola è il paese organizzatore. Dopo aver superato la fase a gironi, l'Angola viene sconfitta di misura dal ai quarti di finale. A manifestazione conclusa, nel febbraio 2010, lascia l'incarico di commissario tecnico, adducendo ragioni di carattere personale. Nonostante i calciatori della rosa si fossero espressi pubblicamente a favore della sua permanenza, il tecnico rassegna le dimissioni assumendosi la responsabilità del risultato sportivo.
Il 31 maggio 2010 assume la guida tecnica dell', nel campionato saudita. Dopo aver vinto le prime sette gare di campionato, colleziona otto pareggi consecutivi, che lo portano a dimettersi il 23 dicembre. Il 1º gennaio 2011 torna per la terza volta alla guida dell', firmando un contratto valido per un anno e mezzo. A fine stagione vince il campionato. Il suo terzo mandato è segnato profondamente dalla strage di Port Said del 1° febbraio 2012, avvenuta durante l'incontro tra l' e l'Al-Ahly. In seguito alla sospensione definitiva del campionato e per ragioni di sicurezza dovute all'instabilità politica del Paese, nel maggio 2012 Manuel José lascia definitivamente il club egiziano, con un bilancio complessivo di 20 trofei vinti — tra cui sei campionati nazionali e quattro CAF Champions League — che lo consacrano come l'allenatore più vincente nella storia dell' e il più titolato in assoluto nelle competizioni continentali africane per club.
Il 3 luglio 2012 firma un contratto annuale con il , in Iran. Il 7 dicembre, dopo aver collezionato una serie di risultati negativi, viene sollevato dall'incarico. L'addio al club iraniano segna la sua ultima esperienza ufficiale come allenatore di prima squadra. Il 26 marzo 2017 annuncia ufficialmente il ritiro dall'attività di allenatore, all'età di 71 anni.
Nell'agosto 2017 assume l'incarico di consulente tecnico del settore giovanile del , venendo presentato ufficialmente dal presidente del consiglio di amministrazione Hassan El-Mestikawy. Il rapporto professionale prosegue per tre anni, concludendosi formalmente nel giugno 2020, data che segna il suo ritiro definitivo da ogni attività nel mondo del calcio.
Statistiche Presenze e reti nei club
StagioneSquadraCampionatoCoppe nazionaliCoppe continentaliAltre coppeTotaleCompPresRetiCompPresRetiCompPresRetiCompPresRetiPresReti 1965-1966 SD 2 0 CP 0 0 - - - - - - 2 0 1966-1967 PD 21 1 CP 1 0 - - - - - - 22 1 1967-1968 PD 14 3 CP 0 0 - - - - - - 14 3 1968-1969 PD 1 0 CP 0 0 CC 0 0 - - - 1 0 1969-1970 PD 22 1 CP 0 0 - - - - - - 22 1 1970-1971 SD 29 6 CP 0 0 - - - - - - 29 6 1971-1972 PD 30 3 CP 1 0 - - - - - - 31 3 1972-1973 PD 30 2 CP 1 0 - - - - - - 31 2Totale União de Tomar 111 12 2 0 - - - - 113 12 1973-1974 PD 28 2 CP 0 0 - - - - - - 28 2 1974-1975 PD 24 4 CP 0 0 - - - - - - 24 4 1975-1976 PD 30 2 CP 0 0 - - - - - - 30 2Totale Farense 82 8 2 0 - - - - 82 8 1976-1977 PD 29 1 CP 0 0 - - - - - - 29 1 1977-1978 PD 27 3 CP 1 0 - - - - - - 28 3 1978-1979 SD 1 1 CP 1 0 - - - - - - 2 1Totale Espinho 28 4 2 0 - - - - 30 4Totale carriera 288 29 5 0 0 0 - - 293 29
Statistiche da allenatore Club Statistiche aggiornate al 7 dicembre 2012. In grassetto le competizioni vinte.