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La seconda stagione della serie televisiva Zoo è stata trasmessa in prima visione sulla CBS dal 28 giugno al 6 settembre 2016.

In Italia la stagione è andata in onda dal 24 luglio al 14 agosto 2017 su Rai 4.

nº Titolo originale Titolo italiano Prima TV USA Prima TV Italia 1 The Day of the Beast Il giorno della bestia 28 giugno 2016 24 luglio 2017 2 Caraquet Caraquet 28 giugno 2016 24 luglio 2017 3 Collision Point Punto di collisione 5 luglio 2016 24 luglio 2017 4 The Walls of Jericho Le mura di Gerico 12 luglio 2016 31 luglio 2017 5 The Moon and the Star La luna e la stella 19 luglio 2016 31 luglio 2017 6 Sex, Lies and Jellyfish Sesso, bugie e meduse 26 luglio 2016 31 luglio 2017 7 Jamie's Got a Gun Le vie del Signore sono infinite 2 agosto 20167 agosto 2017 8 Zero Sum Somma zero 9 agosto 2016 7 agosto 2017 9 Sins of the Father I peccati del padre 16 agosto 2016 7 agosto 2017 10 Yellow Brick Road Il ritorno del figliol prodigo 23 agosto 2016 14 agosto 2017 11 The Contingency La via verso la cura 30 agosto 2016 14 agosto 2017 12 Pangaea Pangaea 6 settembre 2016 14 agosto 2017 13 Clementine Clementine 6 settembre 2016 14 agosto 2017

Il giorno della bestia Jamie attende l'arrivo dei suoi amici nella casa del pescatore assieme al leopardo, quando all'improvviso il suo anfitrione si offre di fare un giro di pattuglia (ha infatti tramutato la casa in una fortezza); tuttavia Jamie scopre in seguito che un furetto contagiato è riuscito a superare il blocco. Esso si rivela solo il primo passo: la casa è invasa da orsi e lupi che uccidono il pescatore squarciandogli la gola, ma Jamie riesce a mettersi al sicuro con il leopardo in cantina.

Intanto Mitch, Jackson, Chloe e Abraham riescono a raggiungere un massiccio centro di raccolta a Washington e li Jackson scopre di essere stato morso da una tigre; tuttavia i medici lo rassicurano poiché la mutazione non si trasmette agli umani. Mitch spiega a Delavane la situazione e questa dona loro in un intero plotone per recuperare Jamie e il leopardo, che si mette subito in viaggio.

Jamie intanto, ormai assediata, decide di allontanare gli animali dal leopardo e, dopo aver lasciato delle traccia perché gli altri lo ritrovino, si allontana attirando gli animali con un bengala; tuttavia l'arrivo improvviso di un bisonte contagiato fuggito da un vicino zoo la costringe alla fuga nel bosco. Subito dopo arriva la squadra di Mitch che, grazie alle indicazioni lasciate da Jamie, recupera il leopardo; Mitch vorrebbe mettersi alla ricerca della ragazza, ma il ritorno degli animali costringe Abraham a trascinarlo via, nonostante la resistenza dello scienziato. Tornati a Washington, scoprono che la cura non funziona : la mutazione è infatti progredita nella "fase due", pertanto l'antidoto non fa effetto. Chloe intanto scopre che il gruppo sanguigno di Jackson è cambiato da 0- ad AB+, e si è quindi invertito. Dopo aver avvertito il fidanzato, i due iniziano a pensare che gli umani non siano immuni alla mutazione.

Delavane avverte Mitch che un dottore, Cobrax, si è recato in Patagonia tempo prima per trovare una cura, ma che poi era scomparso; in seguito un secondo plotone era stato inviato, in quanto si credeva che Cobrax avesse trovato un animale con una mutazione in fase due. Mitch e la squadra decidono di raggiungerli per scoprire di più. Intanto in Patagonia il plotone inviato trova un accampamento devastato con evidenti segni di un attacco animale, e poco dopo raggiungono la casa di Cobrax; ivi sono però attaccati da un animale mostruoso.

Caraquet Jamie riesce a sfuggire all'attacco degli animali e lascia sulla casa del pescatore un segno del suo passaggio, un'enorme scritta con i sassi che recita "Caraquet", ovvero la città dove lei si recherà. Subito dopo si mette in viaggio.

Intanto Mitch e la sua squadra giungono in Patagonia e raggiungono la casa di Cobrax; ivi trovano una sola superstite, Dariela Marzan, una marine che li avverte che l'animale in fase due è un essere umano. Poco dopo la creatura li attacca, e si rivela essere proprio Cobrax, anch'egli contagiato. Il gruppo riesce a sedarlo e lo porta sull'aereo, per poi dare una degna sepoltura ai marines morti.

Sull'aereo Chloe e Mitch studiano Cobrax e Mitch capisce che la mutazione di fase due si può trasmettere anche agli umani, i quali diventano dei superpredatori, poiché essa distrugge la neomatrice, ovvero l'area che fa provare sentimenti, e lascia attivo solo il cervello di base, ovvero la zona dedicata alla sopravvivenza e all'aggressività.

Intanto Jackson, Abraham e Dariela ritornano all'accampamento devastato, ma durante il viaggio una pioggia acida rossa come il sangue si abbatte sulla foresta; all'accampamento incontrano un sopravvissuto, il quale rivela che la bestia che li ha uccisi tutti non era Cobrax, ma un elefante africano finito chissà come in Patagonia. Dariela sente attraverso la radio degli strani suoni, e sia lei che Abraham temono che la mutazione sugli umani, oltre a trasmettere tramite morsi, possa anche risvegliare le persone come se fossero zombie. Il gruppo quindi si divide : mentre Jackson, aiutato dal nativo, cercherà l'elefante, Abraham e Dariela ritorneranno alla casa di Cobrax.

Abraham e Dariela scoprono però che le persone non si sono risvegliate, ma che i loro cadaveri sono stati portati via dagli avvoltoi, i quali stanno facendo scorta di cibo (comportamento non normale per i rapaci). Intanto Jackson e il nativo ritrovano l'elefante e Jackson preleva un campione di sangue, ma il pachiderma li insegue, uccidendo il povero sopravvissuto, mentre Jackson è tratto in salvo da Dariela e Abraham che fuggono verso l'aereo, raggiungendolo poco prima che l'elefante li raggiunga.

Intanto Chloe libera involontariamente Cobrax, ma Mitch con un piano riesce a rinchiuderlo in una gabbia; a quel punto sopraggiunge però Dariela, la quale, infuriata per la morte dei suoi compagni e ritenendo Cobrax un pericolo, gli spara alla testa. Con Cobrax morto, Mitch si concentra sugli avvoltoi e scopre che la mutazione di fase due ha permesso loro di modificare l'ambiente : sono stati proprio gli avvoltoi a provocare la pioggia acida, rilasciando la loro bile nelle nuvole. Intanto Chloe tenta di contattare Delavane, ma questa muore improvvisamente a causa di una scossa elettrica all'interno della bocca.

Punto di collisione La squadra si dirige a Washington dove scopre che Delavane è stata uccisa da un branco di formiche molto grande; tuttavia la sua bocca scorticata lascia intendere che ci sia stata una scossa elettrica dall'interno. Davis fa sparire ogni cosa di Delavane e cerca di mettere le mani sul suo portatile, in quanto in esso si nasconde un segreto, ma Chloe lo porta via. Intanto Abraham lascia Dariela a Washington, pur essendone innamorato, e se ne va. Dariela tuttavia sente poco dopo alla stazione il generale Davis chiedere a un marine del portatile scomparso, per poi sparargli alla testa quando capisce che non ne sa nulla. Mentre cerca di fermare il generale, Dariela rimane coinvolta in un'esplosione, uscendone illesa, e scopre che la causa di ciò sono le formiche che riescono a generare una micidiale scossa elettrica, e decide di avvertire gli altri.

Mitch scopre così in seguito che sono state proprio le formiche a uccidere Delavane. Il gruppo scopre che gli insetti hanno intenzione di far saltare il generatore principale di Washington e si reca lì per fermarle; tuttavia, malgrado l'operazione riesca, Dariela inghiotte una formica e Abraham è costretto a costruire una sedia elettrica per uccidere l'insetto all'interno del suo corpo. Miracolosamente, Dariela sopravvive.

Alla fine, Jackson rivela a Mitch di possedere la mutazione, e Chloe scopre che sul computer di Delavane ci sono le informazioni riguardanti il progetto Noè : esso ucciderà non solo tutti gli animali, ma anche due milioni di persone, ovvero tutte quelle possedenti la mutazione in fase due.

Intanto Jamie, continuando il suo cammino, si rifugia nella notte in una macchina abbandonata da un agente, e al mattino incontra Logan, un altro sopravvissuto, e prosegue il viaggio con lui.

Le mura di Gerico Mitch calcola che a Jackson ci vorranno cinque settimane per trasformarsi del tutto; pertanto ha a disposizione quel tempo per trovare una cura. Intanto Chloe scopre che un bradipo in Asia ha assunto la capacità di provocare terremoti tramite ultrasuoni e che ora è prigioniero a Washington. È proprio il generale Davis ad andarlo a prelevare, per portarlo in una zona più sicura, ma poco dopo la sua partenza l'edificio crolla.

Mitch indaga sul caso e scopre che a causare il crollo non è stato il bradipo ma una colonia di talpe che è in seguito stata uccisa da un gas nocivo. Poco dopo la squadra è messa in fuga da un alligatore. Chloe scopre che Davis vuole usare il bradipo come dimostrazione per il gas MI-1, che distrugge tutti gli animali mutati lasciando in vita i sani. Il gruppo si infiltra lì, ma Davis riconosce Dariela; questa però lo cattura e lo costringe a dargli il bradipo. Mentre Jackson e Mitch recuperano l'animale, le due ragazze decidono di distruggere il gas MI-1. Tuttavia Davis riesce ad avvertire i soldati che si precipitano ad aiutarlo; i marine sono messi in fuga da Dariela, ma uno di essi spara alla bombola del gas, distruggendola e costringendole alla fuga. Dariela è costretta a chiudere le porte per evitare che il gas uccida l'intero edificio, ma Chloe rimane intrappolata; quando il gas si dipana, è ormai in fin di vita, con lo sconforto di Jackson, ma ha modo di rivelargli che, tramite un'immagine satellitare, ha scoperto che Jamie si trova a Caraquet. Il gruppo la porta sull'aereo e ivi ha modo di piangerla.

Intanto Jamie scopre che Logan era stato incaricato da alcune persone per trovare il leopardo con la cura, e che queste lo stanno ancora cercando; dopo averli eliminati lasciandoli divorare dai lupi, i due raggiungono Caraquet, ma la trovano distrutta dalle fiamme.

La luna e le stelle Mitch scopre che la mutazione in fase due ha provocato nel DNA di Jackson la nascita di una tripla elica, contenente i geni di diversi animali, tra i quali le formiche, i bradipi e gli avvoltoi, che appunto grazie a ciò ottengono la capacità di modificare l'ambiente. Intanto Jackson, piangendo Chloe, scopre che le sue lacrime sono diventate nere e dense, il che significa che la mutazione sta progredendo, in quanto anche Cobrax aveva gli stessi sintomi. Poco dopo il gruppo è contattato da Alyson Morgan, l'ex-matrigna di Mitch dirigente del governo, che rivela che le piantagioni della sua proprietà stanno morendo; se Mitch la aiuterà lei gli permetterà di andare a Caraquet (dato che l'aereo è suo). Con le spalle al muro, Mitch scopre che la causa di ciò sono minuscoli cristalli rilasciati dall'acqua. Poco dopo un dipendente di Alyson inizia a soffocare e dalle sua bocca esce un grosso serpente, ma Jackson riesce a calmarlo mostrandogli il morso che gli ha causato la mutazione, svelando così il suo segreto a tutta la squadra.

Mitch capisce quindi che sono proprio i serpenti a provocare la morte delle piante cambiando pelle e crea un veleno non letale per gli umani che li stermina. Poco dopo Alyson gli rivela che, tramite un giornale molto vecchio del 1895, ha scoperto che le mutazioni si erano già verificate negli animali un secolo prima. Tuttavia nessuno allora aveva creduto alla notizia, poiché il giornale in questione era molto poco affidabile.