La chiesa di Sant'Agostino si trova sulla via delle mura vicino alla omonima porta, nella parte più orientale dei colli di Bergamo, quasi estranea alla città, trovandosi in una posizione intermedia tra la parte alta e la parte bassa della stessa. Donato Calvi nel suo Effemeride sagro-profana di quanto di memorabile sia successo in Bergamo del 1670, colloca nel 1290 la data d'inizio alla costruzione del grande complesso. Dal 2015 è aula magna dell'Università degli Studi di Bergamo.
Storia Gli eremiti di sant'Agostino (1270-1443) e la costruzione della chiesa
La certezza di una preesistente chiesa a quella iniziata nel 1290, dedicata ai santi Filippo e Giacomo, è suffragata dai referti riemersi dagli scavi effettuati dal 2008 al 2010. Negli scavi sono state rinvenute tracce dell'edificio a pianta rettangolare, a navata unica, con una superficie di edificato nel 1290. I muri perimetrali di cui si è trovata traccia, sono larghi 80 cm, e realizzati in pietre sbozzate. L'edificio sicuramente era a navata unica, mentre è difficile stabilire l'antica forma dell'abside.La presenza di alcuni frati eremiti di sant'Agostino o giambonini - seguaci di Giovanni Bono - è possibile. Vi è infatti un atto del 1275 rogato nel burgo de Mugozone descritta come via nova que apelatur via de remitanis (poi via Pignolo), e un sedumen con fabbricati di proprietà di una comunità di frati probabilmente con una chiesa nella vicinia di Sant'Andrea. Un atto di donazione del 1076 disponeva che il 1º maggio di ogni anno, giorno dei santi Filippo e Giacomo, fosse distribuito pane a sessanta poveri della città. Questa devozione motiverebbe l'intitolazione della nuova chiesa, ma non certo la presenza di una preesistente.
Gli eremitani, quindi sono documentati a Bergamo dopo la seconda metà del XIII secolo. Ottennero dal vescovo Roberto Bonghi e dalla popolazione che abitava fuori dalle mura medioevali, di ricostruire la chiesa dell'XI secolo. C'era anche la volontà di riunire in un unico ordine eremiti di differenti comunità in un'unica locazione..
La chiesa fu intitolata ai santi Filippo e Giacomo con l'aggiunta di sant'Agostino d'Ippona, e fu consacrata l'11 febbraio 1347, dal vescovo Bernardo Bernardi. Secondo il Calvi, le dimensioni finali della chiesa, furono maggiori di quanto inizialmente si fosse progettato.
Si ha la certezza che la costruzione della chiesa fosse già terminata nel 1330, è infatti risalente al 1331 la costruzione del chiostro posto contro la parete nord della chiesa stessa e la sala capitolare, che risulta sicuramente ultimata nel 1341 come da un atto notarile del 29 novembre che cita: “«in capitulo novo fratrum heremitarum de Pergamo»”, mentre del 1333 la stesura di un testamento "in loco sagrestie ipsius monasterii" (nella sagrestia). Del 1336 il lascito testamentario di Cara Rivola, della nobile famiglia dei Rivola, che disponeva la sepolta davanti all'altare intitolato alle Undicimila Vergini. Contemporaneamente fu costruito il podiolo, o iconostasi, la parte rialzata che separava il presbiterio dell'aula ospitante i fedeli, che il Calvi cita come "haveva il choro in alta parte situato", sicuramente intendendo quello che era il poggiolo.
La chiesa e la vita dei frati, divennero una parte importante della città, tanto che nello statuto cittadino del 1391, fu stabilito un versamento di dieci lire imperiali ogni 7 dicembre per la chiesa, e il 27 agosto 1399 risulta fossero presenti 10.000 fedeli, tra questi anche il vescovo di Milano, ad ascoltare la predica del priore Giovanni da Romano..
Ai piedi dello scalone del palazzo della Ragione è posizionato il sarcofago di Giovanni Maria Suardi, che era stato inumato nella chiesa nel 1340, mentre quello di Guiscardo de' Lanzi, sepolto nel 1352, è andato perso.. Non fu però poco lo stupore, negli scavi del 2008, la scoperta che fossero ben 150 i loculi sepolcrali presenti sotto la pavimentazione della chiesa.
L'atto di vendita del 17 giugno 1410 di alcuni edifici da parte degli eremitani per la ristrutturazione della chiesa e un lascito testamentario del medesimo anno di Zebedeo di Davide Maroni da Ponte per solum in rehedificatione seu reparatione vel costructione monasterij predicti, e altri lasciti, sono un evidente tentativo di ripresa..
Gli scontri tra le famiglie di Bergamo delle diverse fazioni guelfe e ghibelline sicuramente contribuì allo sfacelo del convento. L'incendio a seguito dell'attacco dei guelfi nel 1403 non portò però danni alla struttura della chiesa, stabat chiesa tamen illesa, stabat illesum dormitorii corpus, ma gravi deterioramento al convento, tanto che nel 1441 venne abbandonato, lasciando solo due frati. Nel 1443 il cenobio e la chiesa si trovavano in un grave stato di degrado, tanto che alcuni aneddoti raccontano come fra Benigno Peris, uno dei primi agostiniani arrivati a Bergamo, trovò la chiesa […] tanto dirocata e piena di spini che fin sotto l'altare maggiore si era una lupa co' suoi lupicini ricovrata..
Approfondimento Durante i lavori di scavo e di ricerca del 2010-2014, si pensava di trovare risposte circa la forma originaria della chiesa, perché le raffigurazioni, una del XV secolo su un codice mantovano e un'altra su una tela anonima ripresa poi da Alvise Cima nel 1693, è raffigurata con le due parti laterali di altezza inferiore. Poteva essere ritenuta quindi a tre navate; sembra invece che queste rappresentazioni siano idealizzate, senza una conoscenza reale dei luoghi e che la chiesa fu edificata con una navata unica scandita da grandi archi. Anche la facciata fa parte della costruzione iniziale dell'aula. L'incendio del 1403 aveva rovinato solo il convento e non la chiesa, che quindi non richiese lavori di restauro.
I frati osservanti (1443-1797) Bergamo, e tutto il territorio bergamasco, nel 1428 passò sotto il Serenissima. Nel gennaio 1443 nel convento di Bergamo arrivarono da Crema i frati dell'Osservanza regolare di Lombardia: Agostino e Bartolomeo Cazzuli. "Osservanza regolare" significava ritornare o essere fedele alla regola originaria del santo. Il movimento era allora guidato da Giorgio da Cremona, Giovanni da Novara e Giovanni Rocco da Pavia. Erano presenti i due fratelli Cazzuli, Agostino e Bartolomeo da Genova, che nel 1443 erano appena professi. Agostino ebbe poi un ruolo importante nella Congregazione dell'Osservanza di Lombardia. Fu avviato il culto a san Nicola da Tolentino, frate agostiniano del XIII secolo: a lui fu intitolato un altare, un ciclo di affreschi che ne raccontavano la vita, e fu fondata, nel 1502 una confraternita. L'intitolazione a sant'Agostino divenne lentamente la sola. Le famiglie aristocratiche e la nuova borghesia, arricchitesi con l'incremento dei commerci, ottennero il permesso di costruire cappelle private per seppellire i propri morti, quale esternazione di prestigio, dedicandole a un santo particolare, designato protettore di tutta la famiglia, in cambio di lasciti per i legati della messe a suffragio, che i frati garantivano quotidianamente.. La riparazione della chiesa e del convento, che fu la prima parte riedificata, avvenne grazie a frate Giovanni da Novara (1433-1455), che ottenendo il permesso di vendere alcune proprietà, diede inizio alla risistemazione. Tra le spese ritenute prioritarie risultano quelle relative alla biblioteca, indicando quanto il priore ritenesse importante la cultura, cosa che caratterizzò questo convento anche successivamente.. Architettonicamente le cappelle si presentano simili, segno che vi erano precise indicazioni e regole imposte dai religiosi. Durante il XV secolo furono costruite sette cappelle su ogni lato, alcune anche oltre il podiolo a indicare che i frati osservanti non volevano mantenere questa separazione tra i laici e gli ecclesiastici. Non vi è documentazione certa, ma un aneddoto racconta che Martin Lutero, durante il suo viaggio di ritorno da Roma, soggiornò presso il convento.<ref>La sua presenza a Bergamo e nella chiesa è stata indicata da Luigi Tadini: di qualche pittore bergamasco quando Lutero, fattosi Agostiniano, fu a Bergamo per celebrarvi la sua prima messa nella Chiesa di Sant’Agostino.</ref>
Jacopo Filippo Foresti fu il frate incaricato della parte architettonica della chiesa. Riuscendo a ottenere molti contributi e lasciti dalla città e dalle famiglie, autorizzò la demolizione e ricostruzione della parete di sinistra per poter costruire le nuove cappelle; sono sue le firme dei contratti con le famiglie. Il Foresti autorizzò anche modifiche nel cenobio come la raffigurazione degli otto volti nel chiostro, nonché le tredici colonne in pietra, simili a quelle presenti sotto le celle del dormitorio. Tra i tanti lasciti testamentari, importante fu quello di Salvino Rivola che proprietario della cava di pietra a Castel Belfonte, che serviva il materiale per la costruzione del secondo chiostro, lasciò la cava al convento in cambio di una messa perpetua da recitare all'altare di san Nicola..
Il XVI secolo è quello che cambiò architettonicamente l'aspetto della chiesa: fu tolto il podiolo formato da un muro, facendo spostare le cappelle lateralmente. Nella relazione della visita di san Carlo Borromeo del 1575 non è infatti descritta questa separazione, solo un'inferriata divide il clero dai fedeli. Gli altari addossati al podiolo furono spostati nelle cappelle laterali, che vennero arricchite di affreschi, lesene e colonne.
Donato Calvi descrive l'interno della chiesa di Sant'Agostino così come era verso il 1670: "l'altar maggiore della chiesa spira maestà et decoro con una bellissima balaustrata di marmi mischi... All'altare di S. Orsola è una tavola dipinta da Andrea Previtali celebre pittore bergamasco nella quale si vede S. Orsola accompagnata dal numero delle sue vergini con arie di volti delicati, et vaghi panneggiamenti". Il barocco in questo secolo aveva trasformato quella che era l'antica chiesa gotica. Giovanni Battista Angelini nel suo poema Bergamo descritto fa una descrizione particolareggiata della chiesa alla fine della dominazione veneta e alle porte della Repubblica Cisalpina.
La chiesa diventa caserma La chiesa e il convento si salvarono dalla distruzione per la costruzione delle mura venete che vide l'abbattimento di ventiquattro chiese, ma i frati furono espropriati dai molti terreni che erano il loro sostentamento. Il declino del cenobio e dell'ordine degli agostiniani nella bergamasca, avvenne per conseguenza dell'editto veneziano del 15 ottobre 1752 che stabiliva la soppressione di ogni ordine religioso, contro il volere di papa Clemente XIII..
Il decreto fu reso esecutivo nel 1797 con l'arrivo di Napoleone Bonaparte e la proclamazione della Repubblica Cisalpina. La chiesa fu sequestrata e trasformata in caserma militare. Le famiglie cercarono di salvare gli arredi degli altari, che erano di loro proprietà, ma moltissimo andò perso. La chiesa nel 1827 era adibita a maneggio, e dalle Notizie patrie opera di Carlo Fachinetti in grandissimo degrado, così come testimoniano le fotografie della seconda metà dell'800.
Se fino allora piazza Vecchia era stato il luogo delle pubbliche esecuzioni, l'ex convento divenne una prigione, l'ex chiesa sede e magazzino della milizia e il grande prato della Fara posto di fronte, divenne il luogo delle decapitazioni con la ghigliottina. Rimane documentata quella di Pacì Paciana, brigante per cui si mischia un po' di storia con un poco di leggenda, al quale forse avevano già tagliato la testa dopo la cattura, ma che venne comunque esposto acefalo alla pubblica visione, con la testa ai piedi del patibolo.