è una serie televisiva anime prodotta dallo studio Lerche Geneon Universal Entertainment, che funge da titolo conclusivo della serie videoludica Danganronpa.

La serie è stata diretta da Seiji Kishi (già regista dell'altro anime targato Danganronpa, Danganronpa: The Animation), con la collaborazione di Daisei Fukuoka e la supervisione dell'ideatore della serie, Kazutaka Kodaka. Ad occuparsi del character design hanno lavorato Kazuaki Morita e Ryoko Amisaki, con il contributo del character designer dei videogiochi della serie, Rui Komatsuzaki. Le musiche sono, invece, ad opera del compositore ufficiale Masafumi Takada.

Trama Danganronpa 3: The End of Hope's Peak Academy si suddivide in due archi narrativi: il e il .

Despair Arc Esso funge da prequel dell'intera serie Danganronpa, dato che in esso viene raccontato come gli studenti della classe 77 della Hope's Peak Academy sono diventati parte dei super liceali della disperazione, ed hanno aiutato Junko Enoshima a diffondere la disperazione in tutto il mondo, portando quasi alla totale distruzione da La Tragedia. Gli 11 episodi del Despair Arc, trasmessi ogni giovedì dal 14 luglio fino al 22 settembre 2016, hanno avuto come sigla d'apertura composta dalla band Binaria , e come sigla di chiusura cantata da Megumi Ogata (doppiatrice dei personaggi Makoto Naegi e Nagito Komaeda).

Future Arc Tale arco è il sequel delle vicende dei videogiochi della serie, Danganronpa: Trigger Happy Havoc, Danganronpa Another Episode: Ultra Despair Girls e Danganronpa 2: Goodbye Despair. Trasmesso ogni lunedì a partire dall'11 luglio fino al 26 settembre 2016, ha come sigla d'apertura "Dead or Lie" cantata da Maon Kurosaki e dal duo Trustrick , il quale canta anche la sigla di chiusura "Recall The End" .

Dopo che, nell'epilogo di Goodbye Despair, Makoto Naegi ha lasciato il gruppo di Hajime e gli altri sopravvissuti al gioco di uccisioni nell'isola Jabberwock, assieme a Kyoko Kirigiri e Aoi Asahina, giungono nel quartier generale della Future Foundation. Qui il giovane viene arrestato ed accusato dal vice-presidente Kyosuke Munakata, e gli altri direttori dei vari rami dell'organizzazione, non solo di tradimento per aver salvato gli Ultimate Disperazione, invece di ucciderli, ma anche di essere lui stesso parte di questi ultimi. Prima, però, che quello venga processato, il quartier generale della Future Foundation finisce sotto attacco e i membri al suo interno perdono conoscenza a causa di un gas. Quando quelli si risvegliano, dal grande schermo compare Monokuma che rivela loro che avrebbero partecipato ad un ultimo "gioco di uccisioni" per determinare chi avrebbe vinto tra Speranza e Disperazione. Ciascuno di loro si ritrova ad indossare un bracciale che, l'orso spiega, in precisi intervalli di tempo rilascia un liquido capace di addormentare chi lo indossa. Una volta che il tempo scade si entra in una fase in cui, mentre tutti dormono, un traditore che si nasconde tra loro deve uccidere una persona prima del loro risveglio. I bracciali hanno inoltre un'altra peculiarità: ciascuno dei reclusi ha una differente azione vietata, che se compiuta, il bracciale rilascia un potente veleno che la uccide istantaneamente. I partecipanti avrebbero dovuto, dunque, individuare quanto prima l'aggressore prima che, alla scadenza dei periodi tempo segnati sui bracciali, quello avrebbe avuto occasione di compiere un altro omicidio.

Nonostante Makoto cerchi di spronare gli altri membri a non lasciarsi manipolare da Monokuma e, piuttosto, collaborare assieme, dopo la morte di Chisa Yukizome, trovata appesa al lampadario della stanza, Munakata suggerisce un'immediata votazione su chi fosse il maggior sospettato di essere "traditore", e dopo che Makoto viene votato colpevole dalla maggioranza, gli dice che, se realmente vuole cooperare avrebbe dovuto uccidersi. Subito dopo quindi Hina e Ryota Mitarai tentano di difendere il compagno, ma vengono aggrediti da Juzo Sakakura che, successivamente, dà al giovane una violenta ginocchiata, che subito dopo causa la morte di Daisaku Bandai, che muore avvelenato dal bracciale poiché gli era vietato di assistere alla violenza tra partecipanti. Prima che le cose volgano per il peggio, Kyoko con un estintore eleva una grossa coltre di fumo, permettendo a Makoto di scappare assieme ad Hina, mentre Great Gozu tiene occupato Juzo. Quando, poi, Makoto rivela che la sua azione vietata è correre per i corridoi, Hina se lo carica in spalla e corre via. Poco dopo i due vengono raggiunti da Munakata, dal quale comunque riescono a scappare grazie nuovamente all'intervento di Gozu, con cui poi si rifugiano in una stanza prima della scadenza del tempo limite; dopo il periodo in cui tutti si addormentano, l'uomo viene, tuttavia, morto dai suoi compagni. Successivamente, allora, analizzando una mappa dell'edificio che Miaya Gekkogahara, che si era unita poco prima a loro, gli presenta, Makoto decide di recarsi nella sala controllo per usare l'interfono per comunicare con tutti gli altri partecipanti ed invitarli a fermare la serie di uccisioni e rimanere uniti e avere fiducia l'uno dell'altro. Poco dopo, però, nella stanza irrompe Munakata che gli dice che con le sue banalità non avrebbe ottenuto nulla, ma anzi avrebbe solo ingannato gli altri a credere che avrebbero potuto liberarsi della disperazione, senza violenza né combattere. Dopo essere stato legato da Munakata, che poi, tramite l'interfono, comunica agli altri che lo avrebbe presto giustiziato, Makoto viene portato in salvo dal presidente Kazuo Tengan, col quale poi lo spadaccino intraprende un violento combattimento all'ultimo sangue che riuscirà a vincere uccidendo l'anziano, ma venendo gravemente ferito all'occhio destro.

Nel frattempo Makoto ed Hina ne approfittano per scappare, e durante la fuga, grazie agli interventi di Miaya, riescono a scampare alle aggressioni di Juzo, partito alla loro caccia per ordine di Munakata, e di Seiko Kimura, che si era imbattuta in loro mentre inseguiva con animalesca furia la vecchia amica Ruruka Ando. Alla scadenza del secondo tempo limite, al loro risveglio, dopo aver scoperto, guardando la visuale delle telecamere sparse, il corpo senza vita di Tengan, Makoto, Hina e Miaya, vanno nella sala controllo per contattare aiuto dall'esterno a Byakuya Togami grazie ad un'intuizione di Makoto che si rende conto che, rispetto al gioco di uccisioni della Hope's Peak, le regole stavolta non avrebbe impedito loro di sottrarsi al gioco e tentare di scappare dall'edificio. Byakuya, venuto a conoscenza della loro situazione, dopo averli rassicurati che sarebbe arrivato in loro soccorso, contatta Komaru Naegi e Toko Fukawa, sospettando che Monaca Towa fosse colei dietro tutta quegli avvenimenti. Quando tuttavia le due ragazze decidono di affrontare la bambina, questa rivela di non essere l'ideatrice del gioco di uccisioni, ma solo di essersi infiltrata nell'edificio tramite Miaya, che si rivela in realtà un robot da lei controllata (dopo aver assassinato la vera Miaya).

Intanto Kyoko, Ryota e Koichi Kizakura, giungono in una stanza dove si imbattono in Ruruka, mentre piange la morte dei suoi amici Seiko e Sonosuke Izayoi; qui, poco dopo, vengono raggiunti da Juzo, il cui tentativo di ucciderli, comunque, viene respinto da Kizakura che, sfruttando una trappola, lo trafigge con una lancia alla spalla. D'improvviso poi Ruruka fa scattare un'altra trappola per eliminare Kyoko, tuttavia prima che questa possa cadere giù da una botola, viene portata in salvo da Kizakura che, però, costretto a compiere la sua azione vietata, aprendo la mano sinistra per afferrarla, avvelenato cade giù al suo posto. In seguito Kyoko smaschera Ruruka rivelando che era stata la stessa ragazza ad uccidere Izayoi, attivando la sua azione vietata, facendogli mangiare uno dei suoi dolci. Il motivo, spiega la detective, era legato alla sua azione vietata, che la costringeva a non far scappare nessuno dall'edificio, e per questo, quando il giovane aveva scoperto dietro ad una libreria un'uscita segreta, era stato costretto a tradirlo ed eliminarlo. In seguito, allora, Juzo, nonostante Ruruka cerchi di fermarlo, si affretta ad aprire la porta, ma scopre poi che non esiste un'uscita segreta, e che non possono scappare perché la struttura si trova nelle profondità dell'oceano. Conscia di ciò, Kyoko, nel frattempo era andata via con Ryota, e in seguito si riunisce con Makoto ed Hina, con i quali si barrica in una stanza prima della scadenza del tempo limite e rivela loro tutto ciò che ha scoperto. In seguito a ciò dopo che Makoto, Hina e Ryota si risvegliano, scoprono il corpo senza vita di Kyoko, morta per la sua azione proibita che non le permetteva di arrivare al quarto periodo di tempo con Makoto ancora vivo. Dall'interfono, poi, Munakata gli rinfaccia che la morte della compagna sbugiarda le sue banalità e lo invita a porre fine al loro conflitto venendolo ad affrontare. Makoto, spronato dalle parole di Kyoko che, prima di morire, gli aveva detto di non perdere il proprio ottimismo ed aveva affidato a lui la sua speranza raggiunge Munakata nella sala di controllo, e dopo aver tentato invano a dissuaderlo dall'uccidersi a vicenda, Makoto è costretto a combatterlo. Lo spadaccino, però, sventa abilmente i suoi piani d'attacco e lo sottomette facilmente, ma mentre si appresta ad ucciderlo, è costretto a fermarsi dato che, come indicato dalla sua azione proibita, non può aprire le porte, e senza Makoto non avrebbe potuto, quindi, scappare dalla struttura. Egli, comunque, continua a malmenarlo furiosamente, accusandolo di essere stato corrotto dalla Disperazione, e afferma che avrebbe eliminato a qualsiasi costo chiunque fosse stato parte della Disperazione. Alla fine, però, Makoto, dichiarando che anche se Kyoko fosse stata corrotta dalla Disperazione, sarebbe stato sempre grato di averla conosciuta, convince finalmente Munakata a placare la sua furia cieca e i suoi intenti violenti ed ossessivi.

I due vengono raggiunti, poi, da Hina che comunica loro, grazie al quadernino di Kyoko, di aver scoperto la verità sulle uccisioni: non esiste alcun aggressore, bensì tutte le morti erano stati suicidi, nei quali erano coinvolti i monitor sparsi per tutto l'edificio. Per confermare tale teoria Makoto si fa legare con una corda e porre di fronte ad uno di essi, e mentre, poi, tutti gli altri si addormentano, Makoto ha modo di confermare che è grazie ai bracciali, che segnalano la distanza dai monitor, viene svegliata la persona più vicina agli stessi. Fissando lo schermo dinnanzi a lui, Makoto assiste ad uno strano video che lo porta ad avere un'allucinazione in cui Kyoko e i compagni morti nella Hope's Peak lo convincono ad unirsi a loro ed uccidersi. Dopo essersi liberato dalla corda, senza più controllo di sé, si accinge ad uccidersi con un pugnale caduto dal monitor, ma viene fermato appena in tempo da Juzo che era rimasto sveglio, dopo essersi tagliato la mano per liberarsi del bracciale. Successivamente il pugile, dopo aver scoperto la verità dal protagonista, prima di morire, si reca nella stanza degli interruttori dell'alimentazione, e abbassandoli, spegne definitivamente i monitor e libera i partecipanti sopravvissuti dai braccialetti. Al risveglio degli altri, in seguito, tramite un videomessaggio per Ryota, i sopravvissuti scoprono che a organizzare il gioco di uccisioni è stato Tengan, che dichiara di averlo fatto per vedere le colonne della speranza cadere in disperazione ed uccidersi a vicenda.