Carriera Paparatto comincia a giocare a livello professionistico nel 2005 in Argentina, con la maglia del , con la quale però collezionerà soltanto 2 presenze prima di passare in Primera B Nacional con la maglia del . Torna nella massima serie argentina nel 2007 con la maglia del , dove rimarrà per 7 anni, diventandone anche capitano nell'ultima stagione. Il 15 gennaio 2014 si trasferisce in Major League Soccer, più precisamente ai , dove vincerà la MLS 2015 collezionando 19 presenze. Dopo aver passato i primi sei mesi del 2016 all', fa il suo ritorno in MLS in agosto, firmando per l'.
Il 13 novembre 2021 annuncia il proprio ritiro dal calcio.
Palmarès Competizioni nazionali
Portland Timbers: 2015
FC Dallas: 2016
FC Dallas: 2016
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