Nel 1763 fondò la Fondazione Senckenberg per sostenere le scienze naturali. Fondò anche la Botanischer Garten der Johann Wolfgang Goethe-Universitat Frankfurt am Main.
In sua memoria e per proseguire nelle sue iniziative venne fondata nel 1817 la Società Senckenberg per la ricerca naturale. Il museo Naturmuseum Senckenberg e la Biblioteca Universitaria di Francoforte portano il suo nome.
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