Danganronpa V3: Killing Harmony, conosciuto in Giappone come , è un videogioco d'avventura di genere visual novel creata dalla Spike Chunsoft per PlayStation Vita e PlayStation 4. È il quarto videogioco, nonché il quinto titolo, della serie Danganronpa, anche se si discosta da quelli precedenti, essendo ambientato in una nuova storyline riguardante nuovi personaggi ed un nuovo scenario.
Il gioco è stato pubblicato per la prima volta in Giappone il 11 gennaio 2017, e, tramite la NIS America, ha raggiunto il mercato americano ed europeo solo, rispettivamente, il 26 ed il 29 settembre, e infine quello australiano il 6 ottobre dello stesso anno.
Trama Le vicende di gioco si svolgono nella , una misteriosa accademia in rovina e in stato di abbandono, dove 16 studenti si ritrovano ad essere intrappolati. Due di essi, Kaede Akamatsu e Shuichi Saihara, dopo essersi risvegliati all'interno di un armadietto di una classe, uscendo per esplorare il luogo, subito dopo si ritrovano ad essere inseguiti da dei grandi e minacciosi robot. Scappando per i corridoi, i due arrivano nella palestra dove si imbattono negli altri studenti, con i quali confermano di essere stati tutti rapiti e di essersi ritrovati improvvisamente in quel misterioso luogo. Poco dopo vengono raggiunti dai robot, che affermano di chiamarsi Exisal, e rivelano di essere guidati da 5 piccoli orsi robot (Monotaro, Monosuke, Monophanie, Monokid e Monodam) che si presentano come i Monokubs (モノクマーズ Monokumāzu?). Questi dopo aver notato che quelli sono tutti normali studenti, consegnano a ciascuno di loro vestiti speciali, che come affermano sono molto più appropriati per degli Ultimate, e successivamente li colpiscono con la luce di una particolare torcia elettrica che permettono loro di acquisire dei talenti.
Successivamente, infatti, Kaede e Shuichi si risvegliano nuovamente all'interno dell'armadietto, stavolta però presentandosi, rispettivamente, come la " Super Pianista Liceale"(Ultimate Pianist) e il "Super Detective Liceale" (Ultimate Detective). Subito dopo vengono poi raggiunti dai Monokubs che rivelano loro che l'Ultimate Academy era stata fondata apposta per loro 16 studenti, ciascuno dei quali, inoltre, aveva un laboratorio dedicato al proprio talento. In seguito i due ragazzi esplorano l'accademia, facendo conoscenza con gli altri studenti e scoprendo che essa è separata dal mondo esterno da un'enorme gabbia che la circonda. In seguito i Monokubs convocano questi in palestra per annunciare che avrebbero partecipato ad un gioco di uccisioni, e poco dopo fa la sua comparsa Monokuma, che si presenta come il preside dell'Ultimate Academy e spiega loro che durante quel gioco, in seguito ad un omicidio, ci sarebbe stato un processo di classe ( il Class Trial) in cui gli studenti avrebbero dovuto scoprire il colpevole, affinché questo fosse giustiziato per il proprio delitto, e se avessero fallito, sarebbero stati tutti condannati a morte, mentre il killer avrebbe vinto il gioco e avrebbe potuto abbandonare l'accademia.
Dopo che Monokuma e Monokubs scompaiono, lasciando a ciascuno di loro dei tablet, i "Monopad", contenenti le regole della scuola, tra la confusione e la tensione degli studenti, si erge Kaede che convince i compagni a non lasciarsi intimorire dalle parole degli orsi, ma bensì lavorare tutti quanti assieme per cercare una via d'uscita dalla Ultimate Academy. Poco dopo, quindi, dopo che Gonta Gokuhara rivela loro di aver trovato nella stanza delle caldaie un tombino, gli studenti giungono nella zona sotterranea, dove trovano un tunnel che, come indica un segnale, porta all'uscita dell'accademia. Il gruppo di giovani, quindi, tenta di raggiungere l'uscita, ma non riesce ad attraversare il tunnel a causa delle numerose trappole preparate da Monokuma e i suoi "figli"; alla fine, malgrado gli incoraggiamenti continui di Kaede, quelli sono costretti ad arrendersi, e, giunto il Periodo Notturno, si ripropongono di andare a riposare nelle loro stanze del dormitorio e rivedersi la mattina dopo nella mensa per discutere il da farsi. Durante tale riunione, poi, irrompe Monokuma che per spingerli a dare inizio al gioco di uccisioni, presenta loro come movente una ricompensa per il primo omicidio, affermando che il responsabile avrebbe avuto la possibilità di scappare dalla scuola senza dover essere sottoposta al processo. In risposta Kaede dichiara che nessuno di loro l'avrebbe accettata e sarebbero tutti scappati da lì, e in suo supporto arriva Kaito Momota, che si oppone con forza a Monokuma, arrivando quasi ad aggredirlo. Ciò spinge i Monokubs ad intervenire, evocando i loro Exisal per uccidere il giovane per aver violato la regola di non compiere violenza contro il preside, tuttavia con uno di essi erroneamente schiacciano e distruggono Monokuma. A dispetto, però, delle speranze degli studenti, l'orso il giorno dopo ricompare nuovamente, e annuncia un ulteriore movente, affermando che se entro 2 giorni nessuno di loro avesse compiuto un omicidio, li avrebbe fatti uccidere tutti da un'orda di Monokuma.
Dopo ciò Kaede e Shuichi per affrontare la seria minaccia, decidono di agire e di attuare un loro piano per smascherare la persona che guidava Monokuma. Precedentemente, infatti, i due avevano scoperto una misteriosa porta dietro una delle librerie della biblioteca, e Shuichi, ipotizzando che quello fosse il luogo dove era nascosto colui che guidava Monokuma e il macchinario con cui poteva produrre repliche dell'orso, aveva posto della polvere sul lettore di carte per l'apertura della porta. Quando i due scoprono che quello era stato usato, giungono alla conclusione che uno di loro studenti era entrato da lì, e per questo raccolgono tre fotocamere usa e getta e alcuni sensori di movimento dal magazzino dell'accademia e grazie all'aiuto di Miu Iruma, l'Ultimate Inventrice, li piazzano verso le due entrate della biblioteca e la libreria scorrevole, in modo che, alla scaduta del tempo limite, quando uno di loro fosse entrato dalla porta nascosta per creare i Monokuma per uccidere gli studenti, i sensori avrebbero captato i suoi movimenti e fatto scattare in automatico delle foto dalle fotocamere, che avrebbero permesso di scoprire la sua identità. Giunto, dunque, l'ultimo giorno limite, Shuichi e Kaede si nascondono nella classe più vicina alle scalinate che portano giù alla biblioteca, ad attendere di ricevere un segnale da un ricevitore, una volta che i sensori avrebbero individuato qualcuno muovere la libreria scorrevole. Poco dopo, infatti, mentre notano un gruppo di studenti recarsi nel piano sotterraneo, il ricevitore suona ed i due allora si precipitano verso la biblioteca. Tuttavia una volta giunti lì, assieme a Kaito e Tenko Chabashira, scoprono il corpo senza vita di Rantaro Amami.
In seguito Monokuma e i Monokubs fanno radunare tutti gli studenti sulla scena del delitto, per premiare della ricompensa il colpevole della morte di Rantaro. Poiché nessuno degli studenti si fa avanti a confessare il delitto commesso, Monokuma allora decide di istituire il processo, consegnando loro i "Monokuma File" e annunciando che avrebbero dovuto effettuare un'investigazione per scoprire l'assassino. Nonostante ciò Kaede comunque continua a spronare durante l'investigazione e anche per gran parte del susseguente processo i compagni a collaborare assieme per risolvere il caso e scoprire l'identità di quello che guidava Monokuma. Ad un certo punto, però, i sospetti per il delitto iniziano a cadere su Shuichi, e poiché il giovane si mantiene silenzioso, nonostante incalzato dai compagni a dire la verità, in sua difesa interviene Kaede che, poi, lo incoraggia a non avere paura di esporre la verità. Shuichi, allora, prova che è la ragazza ad aver ucciso erroneamente Rantaro, sperando di eliminare la persona dietro Monokuma: prendendo di nascosto una palla di metallo dal magazzino, dopo che Shuichi era corso via dalla classe, Kaede aveva lanciato la palla all'interno del condotto che collegava la classe con la biblioteca. Grazie ad un percorso composto di libri sparsi sopra le librerie (che la ragazza aveva costruito mentre lei e Shuichi avevano sistemato le fotocamere ed i sensori) la palla era stata poi indirizzata verso il punto dove Rantaro era stato attirato dal flash di una delle fotocamere (che aveva di proposito attivato), ed era infine caduta sulla sua testa, uccidendolo nell'impatto.
Dopo che Kaede viene votata colpevole, Shiuchi si dispera affermando di sentirsi in colpa poiché quella aveva compiuto il delitto perché si era fidata delle sue deduzioni che colui dietro Monokuma era uno di loro. In risposta la ragazza dichiara di essere l'unica responsabile, e di averlo fatto per poter portarli tutti in salvo da Monokuma prima che il tempo limite scadesse. Prima di essere condannata a morte per il delitto commesso, Kaede dichiara di voler affidare a ciascuno dei compagni, in particolare a Shuichi, l'incarico di portare avanti il proprio desiderio di porre fine al gioco di uccisioni sconfiggendo Monokuma e scappando dall'accademia assieme tutti uniti. Dopo aver assistito alla sua cruenta morte, Shuichi rimane inizialmente affranto e in preda ai sensi di colpa, finché non decide di recarsi nel laboratorio della compagna. Qui, mentre ascolta il Clair de Lune, ricordando le parole d'incoraggiamento di Kaede ad essere più confidente, riesce a trovare la forza di abbandonare le sue paure, e le promette che avrebbe lottato per scoprire la verità senza più nascondersi.
Nel corso dei capitoli successivi Shuichi, quindi, nell'affrontare le proprie paure e debolezze, solidifica via via i rapporti con i suoi compagni, diventando inoltre sempre più affidabile e pronto a sostenerli, grazie alle sue osservazioni e le sue deduzioni, con le quali risolve i vari casi che si susseguiranno. Durante il gioco di uccisioni gli studenti esplorando sempre di più l'accademia, e vengono a scoprire via via la verita intorno allUltimate Academy e il motivo della loro prigionia. Grazie ai cosiddetti Flashback Light, una serie di particolare torce elettriche, i giovani riacquistano via via sempre nuove memorie sulle loro identità e gli eventi che li avevano portati lì. Emerge dunque che essi sono ex studenti della Hope's Peak Academy, che tuttavia avevano deciso di eliminare le memorie dei loro talenti, dopo essere stati selezionati per entrare a far parte del Gofer Project. Esso era un progetto ideato dal preside della Hope's Peak Makoto Naegi per far sì che quelli potessero salvarsi da una sciagura che aveva colpito la Terra. In seguito alla caduta di alcuni meteoriti, infatti, tutte le città del mondo erano state colpite da un micidiale virus che aveva decimato l'intera popolazione, portando quasi all'estinzione degli esseri umani. Dopo aver perso le loro memorie, gli studenti erano però finiti vittima della "Caccia agli Ultimate" che un gruppo che incitava alla distruzione dell'intera umanità, aveva organizzato per catturarli ed ucciderli. Alla fine i 16 studenti avevano recuperato le loro memorie e, poiché gli unici immuni al letale virus, erano stati convinti dal preside Makoto ad accettare di partecipare al Gofer Project, che poi aveva inscenato un finto funerale per far credere che tutti loro fossero morti, e la caccia nei loro confronti terminasse. In seguito, quindi, erano stati portati nella Ultimate Academy, che in realtà è un'enorme astronave lanciata nello spazio, così da preservare gli ultimi semi di speranza per l'umanità, alla ricerca di un nuovo pianeta da popolare. Tra i 16 studenti si era, tuttavia, infiltrato anche il leader del gruppo che aveva dato loro la caccia, e che aveva portato a bordo Monokuma, e dato inizio al gioco di uccisioni.