Willaumez entrò nella marina francese a 14 anni e diede prova da subito di essere un marinaio competente. Giunto sino al rango di pilota, iniziò a studiare navigazione attirando l'attenzione dei suoi superiori sino al Luigi XVI in persona. Divenne ufficiale e prestò servizio sotto Antoine Bruni d'Entrecasteaux nella sua spedizione per riprendere Lapérouse ed esplorare l'Oceano Indiano e l'Oceania (tra cui la Tasmania).
Allo scoppio della Rivoluzione Francese, Willaumez prestò servizio nella colonia di Saint-Domingue dove condusse una brillante difesa a bordo della fregata Poursuivante contro la Hercule (74 cannoni) inglese nell'Azione del 28 giugno 1803. Combatté nella Rivoluzione haitiana comandando la stazione di Saint-Domingue.
Durante il Primo impero francese, nel 1806, Willaumez comandò uno squadrone nella Campagna dell'Atlantico del 1806. Salpò per il Capo di Buona Speranza, Brasile e poi verso i Caraibi, minacciando il commerci britannico con le sue forze. Ad ogni modo, l'insubordinazione del principe Girolamo Bonaparte che prestava servizio come capitano della Vétéran nel suo squadrone, gli fece perdere l'opportunità di un ricco convoglio nell'operazione. Successivamente un uragano danneggiò e disperse le sue navi, tre delle quali andarono irrimediabilmente perdute, mentre le altre tornarono lentamente in Francia.
Nel maggio del 1808, tentò di raggruppare le sue navi a Brest, Lorient e Rochefort in una flotta di 18 navi per supportare le colonie francesi nei Caraibi, ma il tempo avverso e le pessime condizioni delle navi mandarono in fumo i suoi piani e finirono per essere bloccate a Rochefort, dove combatté la Battaglia dell'Isola di Aix che segnò la fine del suo favore presso Napoleone.
Dopo la guerra, Willaumez prestò servizio come membro del Consiglio di Costruzione Navale e divenne, sotto la restaurazione borbonica, pari di Francia. Fu autore di un dizionario di terminologia navale e sponsorizzò una collezione di modellini in legno di famose navi.
Biografia I primi anni Willaumez era figlio di un capitano di fanteriaQuintin, (p. 367) says "artillery'; Levot (p.554) riporta di un membro della "guardia costiera". che era morto all'età di 68 anni lasciando sei figli. Jean-Baptiste era il maggiore e pertanto si prese cura dei fratelli minori, tutti morti in servizio poi nella marina francese.Hennequin, p.237
Nel 1777, all'età di 14 anni, si iscrisse come apprendista pilota nella marina militare francese e venne imbarcato a bordo della Bien-Aimé (74 cannoni) al comando del capitano de Bougainville,Levot, p.554 come parte dello squadrone dell'ammiraglio du Chaffault. L'anno successivo venne imbarcato sulla Flamand (56 cannoni) diretta alle Mauritius, come apprendista timoniere. Al suo arrivo, venne trasferito sullo schooner Fourmi. La FourmiRoche (p.213) venne catturata da un pirata inglese nel 1797 ed egli venne pertanto trasferito alla Louise che colò a picco al largo di Tamarin.Roche (p.286) Willaumez tornò quindi in Francia a bordo della corvetta Les Amis.
Il servizio a bordo della Amazone Giunto a Lorient, senza trovare alcuna nave che abbisognasse di servizi, Willaumez si portò a Brest, dove venne iscritto nell'equipaggio della Ville de Paris (90 cannoni),Hennequin, p.238 che alla fine del 1780 affondò anch'essa.La Ville de Paris (1764 – 1782), troisponts.wordpress.com Willaumez ad ogni modo aveva già chiesto un trasferimento e venne ben presto nominato pilota della fregata Amazone, agli ordini di La Pérouse, dal gennaio del 1781.
Nella Baia di Biscaglia, l’Amazone catturò la Pitt (12 cannoni); Willaumez ottenne quindi il comando di salpare per Lorient con la barca catturata e qui si riunì alla Amazone, che stava scortando un convoglio diretto in America.
Al suo arrivo, l’Amazone era annessa alla flotta dell'ammiraglio de Grasse, e prese parte alla Battaglia delle Saintes nell'aprile del 1782. Il 29 luglio, mentre era in viaggio all'entrata della Baia di Chesapeake, l’Amazone, al comando del tenente de Moniguyot,Levot, p.555 incontrò la brigata inglese HMS Santa Margarita; e ne seguì uno scontro dove l’Amazon perse gran parte del proprio serpame e metà dei marinai tra morti e feriti. Il giorno successivo, lo squadrone francese al comando di Vaudreuil apparve all'orizzonte e ricatturò la Amazon liberandola. Per il valore con cui si era distinto a bordo della Amazon, e per essere stato per due volte pesantemente ferito, Willaumez ottenne un encomio solenne dall'ammiraglio e venne promosso seduta stante al rango di primo pilota.
Il servizio sulla Astrée Nel 1784, ritornato in Francia, Willaumez venne iscritto come primo ufficiale sul mercantile di 700 tonnellate Tharon, col quale compì due viaggi a Saint Domingue. La seconda volta, salvò la sua nave, che era in pericolo di andare a piccolo all'entrata della Loira. L'anno successivo, tornò nella Royal Navy e si imbarcò come primo pilota sull'aviso Sylphe;Hennequin, p.239 qui nuovamente salvò la sua nave dopo essere salpato dal porto e la condusse a Rochefort.
A Rochefort, Willaumez si trasferì sulla Lionne che era salpata dai Caribbean. Nel 1786, venne trasferito sulla Forte e poi sulla fregata Astrée, diretto nelle Indie.
In questo periodo, Willaumez si dedicò allo studio della navigazione e dell'astronomia, materie nelle quali dimostrò una tale passione che il comandante della stazione, Saint-Riveuil, gli regalò un sestante ed un cronometro. Willaumez ricevette anche un sestante personalmente da Luigi XVI con l'iscrizione "Donato dal re a M. Willaumez, primo pilota".
L’Astrée venne richiamata in Francia, con a bordo Antoine Bruni d'Entrecasteaux, governatore delle Mauritius. Al suo arrivo, quando Entrecasteaux venne nominato comandante della Patriote, questi portò Willaumez con sé.Hennequin, p.240
Il servizio sulla Recherche nella spedizione di D'Entrecasteaux
Quando a D'Entrecasteaux venne chiesto di investigare la sorte della spedizione Lapérouse e diede il comando alla Recherche, Willaumez, promosso sottotenente nel 1791, lo seguì ed ebbe il compito di condurre la navigazione e cronometrarla. Nel corso della campagna, D'Entrecasteaux lo promosse a tenente, e gli porse la medaglia di cavaliere dell'onorificenza dell'Ordine di San Luigi. Nel corso dell'esplorazione, egli diede il nome anche alla Penisola di Willaumez.
D'Entrecasteaux morì di scorbuto il 21 luglio 1793 e le sue navi salparono alla volta di Giava, dove vennero catturate dagli olandesi che erano all'epoca in guerra con la Francia. Willaumez rimase detenuto per qualche tempo prima di poter salpare nuovamente alla volta delle Mauritius dove venne imbarcato a bordo della Prudente al comando di Jean-Marie Renaud. Sulla Prudente, prese parte all'Azione del 22 ottobre 1794, dove comandò la batteria di una fregata e ricevette una ferita ad una mano.
In riconoscimento della sua condotta, il governatore delle Mauritius garantì a Willaumez il comando della corvetta Légère e gli chiese di portare i documenti della spedizione D'Entrecasteaux' in Francia. Légère ancorò a Brest due mesi dopo.
Al comando della Régénérée nello squadrone Sercey Nel marzo del 1795, Willaumez venne promosso capitano; a maggio di quell'anno venne nominato in servizio alla Pluton (74 cannoni), dove mise in pratica le proprie conoscenze ancora una volta. Salì quindi a bordo della Bergère da Brest a Rochefort, malgrado il blocco degli inglesi, e prese il comando della fregata Régénérée (40 cannoni).Hennequin, p.241
La Régénérée era parte di una divisione navale composta da due corvette e quattro fregate al comando del contrammiraglio Sercey, il quale aveva avuto il compito di salpare alla volta delle Mauritius e predare i mercanti inglesi nell'Oceano Indiano. Nel corso della campagna, la nave catturò 19 delle 23 navi di uno squadrone nell'Azione dell'8 settembre 1796 con due morti e sei feriti.
Con poco supporto dalla colonia delle Mauritius, Sercey dovette inviare nuovamente la Régénérée e la Vertu, al comando del capitano Magon, in Francia.Troude, vol.3, p.55 Le fregate partiano dal teatro dell'Oceano Indiano in settembre salpando dalle Mauritius a RochefortRoche, p.460 scortando due mercanti spagnoli della Compagnia Reale delle Filippine in Europa.Fonds Marine, p.215
Lungo la rotta, le due fregate ed i due mercantili si fermarono all'Îles de Los per eseguire le dovute riparazioni e ottenere dell'acqua potabile;Troude, vol.3, p.130 ancorarono a Tamara, Vertu si mise ai ripari, mentre la Régénérée salpò verso la vicina isola di Factori. Il 24 aprile, la HMS Pearl (32 cannoni), al comando del capitano James Ballard, attaccò Vertu; dopo un'ora di battaglia, la Régénérée, attaccò con una cannonata, intervenne e costrinse la Pearl ad abbandonare il conflitto. La Régénérée inseguì la Pearl per 36 ore prima di abbandonarla.
Il 10 maggio 1798, le navi partirono alla volta dell'Europa. Giunte a Tenerife, i mercantili vennero posti sotto la tutela del governatore locale in quanto ritardavano considerevolmente il viaggio delle fregate. Il 27 luglio, mentre le fregate si preparavano a salpare nuovamente, vennero osservate dalla HMS Brilliant (28 cannoni), al comando di Henry Blackwood. Alle 6:00, le fregate francesi erano pronte a salpare e iniziarono a sparare sulla Brilliant; la Régénérée wera vicina al nemico quando la Vertu, prese la via del vento; Régénérée imitò la sua manovra, ma non riuscì a prendere sufficiente spinta lasciando correre via la Brilliant. La Vertu tornò poi anch'essa a Tenerife. Qui, la Régénérée la rimpiazzò ed entrambe le fregate giunsero a Rochefort il 5 settembre successivo.
Il servizio a Saint-Domingue sulla Poursuivante
Promosso al rango di commodoro nel gennaio del 1799, Willaumez venne destinato a Saint-Malo a guidare una campagna con tre fregate e una corvetta. Ad ogni modo, la spedizione non poté partire e Willaumez fece ritorno a Parigi dove, assieme a Fleurieu, documentò la spedizione D'Entrecasteaux.
Nel 1801, alla Pace di Amiens, Willaumez venne nominato comandante della Duguay-Trouin (74 cannoni), parte di uno squadrone al comando del contrammiraglio Latouche-Tréville a Villaret de Joyeuse diretto a Saint-Domingue;Hennequin, p.242 lo squadrone era composto di sei navi di linea, sei fregate e due corvette oltre a trasportare soldati.
Willaumez ottenne il comando della stazione meridionale di Saint-Domingue e, pur non avendo truppe a propria disposizione in loco, cercò di mantenere l'ordine. Egli seppe inoltre guadagnarsi la fiducia della popolazione nera dell'isola, al punto che il generale Laplume gli concesse la somma di di franchi da portare a Port-au-Prince. Nel novembre del 1802, dopo che il generale de Rochambeau ebbe rimpiazzato il generale Charles Leclerc, iniziò a giustiziare le persone di colore locali per annegamento; fece trasferire l'intera guarnigione del Fort Dauphin a bordo della Swiftsure e poi la gettò a mare.Herpin, p.78 Rochambeau quindi ordinò a tutte le navi francesi di portare avanti schemi simili; solo Willaumez si rifiutò di eseguire gli ordini, dicendo che "gli ufficiali della marina francese non sono giustizieri. Non obbedirò."Merrien, p.114
Dopo 18 mesi, Willaumez trasferì la sua bandiera a bordo della fregata Poursuivante, con la quale si portò poi alle stazioni militari a ovest ed a sud dell'isola, portando avanti diversi raids contro i rivoluzionari haitiani. Il 27 giugno 1803, la Poursuivante lasciò Les Cayes presso Cap-Haïtien, in compagnia della corvetta Mignonne,Troude, vol.3, p.286 sotto il comando di Jean Pierre Bargeau.James, p.187
Nelle prime ore del mattino del 28 giugno 1803, la Poursuivante individuò un grande convoglio di circa cinquanta navi, con tre navi di linea di scorta; tra queste vi erano la HMS Hercules, la Cumberland e la Goliath. Alle nove si aprì il fuoco.Hennequin, p.243