Il campionato mondiale di motocross del 1999, fu la quarantatreesima edizione, si è disputato su 16 prove dal 14 marzo al 12 settembre 1999.
Al termine della stagione l'italiano Andrea Bartolini si è aggiudicato il titolo per la classe 500cc, il francese Frédéric Bolley si è aggiudicato la 250cc e l'altro italiano Alessio Chiodi ha conquistato la classe 125cc.
500 cc Calendario Prova Data Gran Premio Località Vincitore gara 1 Vincitore gara 2 Vincitore GP 1 11 aprile Gran Premio di Francia Castelnau-de-Lévis Alessandro Puzar Yves Demaria Yves Demaria 2 18 aprile Gran Premio di Spagna Osuna Trampas Parker Joël Smets Joël Smets 3 2 maggio Gran Premio d'Austria Schwanenstadt Andrea Bartolini Shayne King Andrea Bartolini 4 16 maggio Gran Premio d'Italia Castiglione Del Lago Peter Johansson Andrea Bartolini Peter Johansson 5 30 maggio Gran Premio della Repubblica Ceca Loket Andrea Bartolini Yves Demaria Andrea Bartolini 6 13 giugno Gran Premio di Germania Teutschenthal Peter Johansson Joël Smets Peter Johansson 7 11 luglio Gran Premio di Gran Bretagna Hawkstone Park Peter Johansson Peter Johansson Peter Johansson 8 18 luglio Gran Premio di Slovacchia Lučenec Joël Smets Yves Demaria Joël Smets 9 1º agosto Gran Premio del Belgio Namur Peter Johansson Shayne King Peter Johansson 10 8 agosto Gran Premio del Lussemburgo Folkendange Andrea Bartolini Andrea Bartolini Andrea Bartolini 11 22 agosto Gran Premio di Svezia Uddevalla Joël Smets Andrea Bartolini Joël Smets 12 29 agosto Gran Premio di Finlandia Kouvola Miska Aaltonen Andrea Bartolini Andrea Bartolini 13 5 settembre Gran Premio dei Paesi Bassi Lierop Willie Van Wessel Joël Smets Joël Smets
Classifica finale piloti PilotaMotoPunti1 Andrea BartoliniYamaha3672 Peter JohanssonKTM2943 Joël SmetsHusaberg2764 Yves DemariaHusqvarna2195 Shayne KingKTM2096 Miska AaltonenYamaha2047 Francisco Garcia VicoYamaha1838 Alessandro PuzarYamaha1739 Willie Van WesselHusqvarna15710 Christian BurnhamHonda131
250 cc Calendario Prova Data Gran Premio Località Vincitore gara 1 Vincitore gara 2 Vincitore GP 1 21 marzo Gran Premio di Spagna Talavera de la Reina Frédéric Bolley Frédéric Bolley Frédéric Bolley 2 28 marzo Gran Premio di Grecia Megalopoli Pit Beirer David Vuillemin David Vuillemin 3 11 aprile Gran Premio dei Paesi Bassi Valkenswaard Pit Beirer Marnicq Bervoets Marnicq Bervoets 4 18 aprile Gran Premio di Francia Ernée Mickaël Maschio Marnicq Bervoets Marnicq Bervoets 5 2 maggio Gran Premio del Venezuela Maracay Pit Beirer Frédéric Bolley Frédéric Bolley 6 16 maggio Gran Premio del Brasile Belo Horizonte Marnicq Bervoets Marnicq Bervoets Marnicq Bervoets 7 30 maggio Gran Premio di Gran Bretagna Foxhill Remy Van Rees David Vuillemin Remy Van Rees 8 13 giugno Gran Premio d'Italia Maggiora Pit Beirer David Vuillemin Pit Beirer 9 20 giugno Gran Premio di Francia Saint-Jean-d'Angély David Vuillemin Pit Beirer David Vuillemin 10 27 giugno Gran Premio del Belgio Kester Frédéric Bolley Frédéric Bolley Frédéric Bolley 11 11 luglio Gran Premio di Cechia Jinín David Vuillemin Frédéric Bolley Frédéric Bolley 12 1º agosto Gran Premio di Polonia Gdynia Pit Beirer Frédéric Bolley Pit Beirer 13 8 agosto Gran Premio del Lussemburgo Folkendange David Vuillemin Pit Beirer Frédéric Bolley 14 22 agosto Gran Premio del Belgio Nismes Frédéric Bolley Frédéric Bolley Frédéric Bolley 15 29 agosto Gran Premio di Germania Gaildorf Frédéric Bolley Stefan Everts Stefan Everts 16 12 settembre Gran Premio degli Stati Uniti Budds Creek Stefan Everts Kevin Windham Kevin Windham
Classifica finale piloti PilotaMotoPunti1 Frédéric BolleyHonda4422 Pit BeirerKawasaki4243 David VuilleminYamaha3794 Ryan HuguesHonda3755 Marnicq BervoetsKawasaki2786 Mickaël MaschioYamaha2657 Joshua CoppinsSuzuki2578 Leon GiesbersSuzuki1889 Remy Van ReesKawasaki16410 Alessandro BelomettiYamaha124
125 cc Calendario Prova Data Gran Premio Località Vincitore gara 1 Vincitore gara 2 Vincitore GP 1 14 marzo Gran Premio di Francia Verneuil-sur-Avre Alessio Chiodi Alessio Chiodi Alessio Chiodi 2 28 marzo Gran Premio d'Italia Cingoli Claudio Federici Alessio Chiodi Alessio Chiodi 3 11 aprile Gran Premio del Brasile Indaiatuba Claudio Federici Alessio Chiodi Alessio Chiodi 4 2 maggio Gran Premio di Spagna Bellpuig Alessio Chiodi Alessio Chiodi Alessio Chiodi 5 16 maggio Gran Premio dei Paesi Bassi Mill Steve Ramon Mike Brown Alessio Chiodi 6 30 maggio Gran Premio di Gran Bretagna Foxhill Claudio Federici Claudio Federici Claudio Federici 7 13 giugno Gran Premio del Portogallo Águeda Alessio Chiodi Alessio Chiodi Alessio Chiodi 8 11 luglio Gran Premio di d'Austria Launsdorf Alessio Chiodi Claudio Federici Alessio Chiodi 9 18 luglio Gran Premio di Slovenia Orehova Vas Claudio Federici Claudio Federici Claudio Federici 10 8 agosto Gran Premio di Svizzera Roggenburg Alessio Chiodi Claudio Federici Alessio Chiodi 11 22 agosto Gran Premio di Germania Bielstein Grant Langston Grant Langston Grant Langston 12 29 luglio Gran Premio di Croazia Mladina Claudio Federici Claudio Federici Claudio Federici
Classifica finale piloti PilotaMotoPunti1 Alessio ChiodiHusqvarna4012 Claudio FedericiYamaha3833 Mike BrownHonda2644 Thomas TraversiniHusqvarna2085 James DobbSuzuki1966 Steve RamonKawasaki1767 Patrick CapsHonda1668 Jeff DementYamaha1569 Luigi SeguyHonda11610 Grant LangstonKTM113
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1999 Motocross