Carriera Dopo alcune stagioni da dilettante in Francia passa professionista nel maggio del 1977 con la Lejeune-BP. Ottenne subito dei buoni piazzamenti ma dopo neanche due stagioni lasciò l'Europa per gareggiare da individuale negli Stati Uniti; qui colse la sua prima affermazione fra i professionisti in una tappa della Coors Classic.
Nel 1980 vinse la stessa Coors Classic, e venne selezionato dalla nazionale statunitense per prendere parte ai Campionati del mondo di Sallanches; in uno dei circuiti più difficili affrontari in una competizione iridata la vittoria arrise al francese Bernard Hinault mentre Boyer, inaspettatamente, chiuse al quinto posto assoluto, perdendo la volata ristretta per la quarta posizione dall'italiano Wladimiro Panizza, e risultando così uno dei soli quindici atleti in grado di portare a termine la manifestazione.
Nella stagione successiva non ottenne vittorie ma prese parte per la prima volta al Tour de France 1981 e alla Parigi-Roubaix 1981, portando a termine entrambe le prove seppur in posizioni di rincalzo. Nel 1982 ritornò a vincere, ancora una tappa alla Coors Classic, e prese nuovamente parte ai campionati del mondo, a Goodwood, dove fu decimo. Nel 1983 ottenne il suo miglior risultato in una grande classica, arrivando quinto alla Freccia Vallone, e in un Grande Giro, concludendo dodicesimo il Tour de France, mentre nel 1984 ottenne la miglior affermazione della stagione e della sua carriera al Tour de Suisse vincendo la sesta tappa.
Boyer corse in totale cinque edizioni del Tour de France, due del Giro d'Italia e nove volte i Campionati del mondo di ciclismo su strada; nel 1998 è stato inserito nella Cycling Hall of Fame degli Stati Uniti. Si fece notare oltre che per le sue doti sportive per i suoi comportamenti particolari, che lo fecero definire da Cyrille Guimard un "marginal".
Nel biennio 1984-1985 oltre a rimanere un ciclista professionista ricoprì anche il ruolo di direttore sportivo in una formazione statunitense che portava il suo nome, la Jonathan Boyer-Heuer-Mavic; Boyer è stato attivo anche nell'ultraciclismo, specialità non riconosciuta dall'Unione Ciclistica Internazionale, vincendo la Race Across America sia nella categoria assoluta che nella categoria Solo Enduro.
Nel 1998 è stato condannato per aver molestato sessualmente una minorenne; dal 2007 vive in Ruanda dove ha allenato la nazionale del paese ed assieme alla moglie sviluppa un programma di ciclismo chiamato Africa Rising Cycling Center.
Palmarès Strada
1975 (dilettanti, tre vittorie) 4ª tappa Tour cycliste de l'Essonne (cronometro) Classifica generale Tour cycliste de l'Essonne 10ª tappa Rapport Toer (Uitenhage > Jansenville) 14ª tappa Rapport Toer (Verwoerddam > Edemburg)
1976 (dilettanti, due vittorie) Trofeo Baronia 2ª tappa Paris-Vierzon
1977 (dilettanti, una vittoria) Paris-Ezy
1979 (Sidi-Grab'on, una vittoria) 4ª tappa Coors Classic
1980 (Sidi-Grab'on, una vittoria) Classifica generale Coors Classic
1982 (Mengoni-Sidi, una vittoria) 2ª tappa Coors Classic
1983 (Sem-France Loire, una vittoria) 6ª tappa, 1ª semitappa Grand Prix de l'Avenir (Nevers > Saint-Honoré-les-Bains)
1984 (Supermercati Brianzoli, una vittoria) 6ª tappa Tour de Suisse (Lugano > Fiesch)
Altri successi
1982 (Mengoni-Sidi) Estes Cycling Challenge Colorado (criterium)
1983 Berna (criterium)
1985 Copperopolis (criterium)
1987 (7-Eleven) 3ª tappa Redlands Bicycle Classic (cronosquadre)
Piazzamenti Grandi Giri
Giro d'Italia 1984: 43º 1985: 35º
Tour de France 1981: 38º 1982: 23º 1983: 12º 1985: 31º 1987: 98º
Classiche monumento
Milano-Sanremo 1984: 32º
Parigi-Roubaix 1981: 55º 1982: 18º
Liegi-Bastogne-Liegi 1984: 17º
Competizioni mondiali Campionati del mondo San Cristóbal 1977 - In linea: ritirato Sallanches 1980 - In linea: 5º Praga 1981 - In linea: 48º Goodwood 1982 - In linea: 10º Altenrhein 1983 - In linea: 30º Barcellona 1984 - In linea: ritirato Giavera del Montello 1985 - In linea: ritirato Colorado Springs 1986 - In linea: ritirato Villach 1987 - In linea: 67º
Note
Collegamenti esterni