G.I. Joe Duke (Conrad S. Hauser) Ha imparato sette lingue alla scuola linguistica dell'esercito, ha passato l'addestramento nelle truppe aviotrasportate, è stato in Asia sud-orientale, ha lavorato come istruttore per le forze speciali, fino a quando Hawk non è stato promosso generale e ha cercato un comandante sul campo. Le sue specialità sono: fanteria aviotrasportata, ranger, intelligence, artiglieria più altre abilità classificate. Duke ha conquistato il rispetto di tutti in fretta facendosi la fama di duro con il cervello fino e veloce, portando la squadra alla vittoria in più occasioni. Le cose sono cambiate dopo il 1994: Duke ha intrapreso una notevole carriera nella sezione ombra di un'agenzia di spionaggio (probabilmente la CIA) e il suo modo di fare è mutato notevolmente. In questo periodo ha lavorato varie volte con il suo vecchio collega Snake Eyes, ha reclutato il suo apprendista Kamakura e ha anche assunto almeno una volta Storm Shadow; le sue azioni di intelligence hanno permesso di scoprire la riunione dei vecchi affiliati Cobra e Duke ha subito avvisato i piani alti e soprattutto Hawk. Una volta riunita la squadra Duke ha tenuto per sé un ruolo di consulente dietro le quinte, contribuendo a sventare alcune manovre dei Jugglers, ma alcune sue operazioni condotte all'insaputa dei Joe hanno messo a dura prova la fiducia dei suoi compagni. Dopo l'anno di spegnimento dell'unità Duke è stato nuovamente reclutato come comandante sul campo, ma ha passato molto tempo in Amazzonia - dove si era recato per conto di Hawk - dopo avere coperto le sue tracce; ora è tornato e ha promesso di seguire il manuale per il futuro.
Duke è il protagonista del primo film della serie cinematografica G.I. Joe - La nascita dei Cobra, interpretato da Channing Tatum. Il personaggio ritorna anche nel sequel G.I. Joe - La vendetta, interpretato dallo stesso attore.
Hawk (Clayton Abernathy) Valedittore di West Point, più esperienza sul campo di tanti generali, il colonnello Hawk è stato il primo comandante sul campo del Gruppo Delta. Non è il tipo di ufficiale che sputa ordini da una scrivania, ma piuttosto è sempre sul campo con i suoi uomini. Dopo l'assassinio del generale Lawrence Flagg, primo responsabile della squadra, Hawk viene promosso generale a due stelle e in seguito ai problemi di salute del generale Austin riceve la terza stella e il controllo completo dei G.I. Joe, insieme alle rogne che ne derivano, prima di tutto i Jugglers. Dopo lo scioglimento della squadra nel '94 Hawk resta a lavorare al Pentagono facendosi una fama presso i novellini dei circoli militari, che lo soprannomineranno Tomahawk (come l'ascia da guerra pellerossa e il missile omonimo), e riuscendo a infilarsi tra i Jugglers allo scopo di tenerli a bada. Nel 2001 le informazioni raccolte da Duke lo spingeranno a richiamare in servizio i Joe, che guiderà fino a un duello con il comandante Cobra in cui quest'ultimo gli sparerà alla schiena; Hawk sopravvive, ma la pallottola lede la spina dorsale mettendolo su una sedia a rotelle. Viene sostituito nel suo incarico prima da Duke e Flint, poi da Joe Colton, da Philip Rey, e infine di nuovo da Colton. Hawk non riesce a riprendersi psicologicamente e la sua ossessione per il comandante Cobra raggiunge il confine della follia, spingendolo a chiedere prima a Spirit e poi a Duke di intraprendere missioni personali alla sua ricerca. Per aiutarlo almeno in parte Joe Colton gli ha offerto un posto di consigliere militare presso la nuova squadra, posto che Hawk ha accettato.
Hawk compare nel film della serie cinematografica G.I. Joe - La nascita dei Cobra, interpretato da Dennis Quaid.
Flint (Dashiell Fairborne) Annoiato dalla vita accademica (era laureando in letteratura inglese) e arruolatosi nell'esercito per cercare sfide, Flint frequenta scuola aviotrasportati, scuola ranger, scuola forze speciali e scuola di volo. Acquisisce l'abilitazione di pilota d'elicotteri, paracadutista, tattiche desertiche e demolizioni; da ufficiale di carriera si è fatto notare per il suo acume tattico ed è stato reclutato dal suo amico Duke come stratega. Arrivato insieme a Lady Jaye, si è interessato a lei subito e per molto tempo i due hanno alternato appuntamenti nelle licenze e battibecchi sul campo di battaglia; alla chiusura, nel '94, Flint è passato a un incarico più tranquillo a Washington come consulente tattico e si è sposato con Jaye. Richiamato alle armi, nel 2001, Flint ha accettato con entusiasmo e ha coinvolto anche sua moglie. Verso il finale della nuova serie Lady Jaye, stanca della vita militare, ha litigato con lui proprio mentre lui cercava di dirle che voleva smettere dopo la missione in corso; uscendo a sbollire la rabbia viene attaccato da un emissario delle Ombre Rosse e quando Lady Jaye (corsa a perdonarlo) si mette in mezzo viene uccisa. La morte di sua moglie segna profondamente Flint, che perde la sua fiducia e arroganza da recluta diventando una bomba suicida ambulante: prima si infiltra da solo nel covo delle Ombre Rosse (portando una trasmittente per farsi trovare dai Joe), poi ricomincia nella nuova unità di Colton dando segni evidenti di insofferenza e inquietudine. A un certo punto si chiama fuori e lascia la base.
Flint compare nel film della serie cinematografica G.I. Joe - La vendetta, interpretato da D. J. Cotrona.
Stalker (Lonzo R. Wilkinson) Nato a Detroit, Stalker rivela il talento per il comando già da ragazzo diventando capo di una grossa gang di strada; quando perde due fratelli in una guerra tra bande decide di cambiare vita e si arruola. Un suo cugino nell'esercito di stanza in Germania riceve sue lettere e le gira alla madre per nasconderle che Lonzo è un ranger in Vietnam. Guida un'unità LRRP (Long Range Recon Patrol, Pattuglia di Ricognizione di Lungo Raggio), sei uomini che si introducono in profondità nel territorio nemico; al secondo turno sono con lui Wade Collins, Ramon Escobedo, Dickie Steperson, un nippo-americano dal cognome impronunciabile di nome Tommy (Thomas Arashikage) e uno sconosciuto taciturno soprannominato "Snake Eyes". Alla fine della guerra torna a casa, poi viene reclutato da Hawk nei GI Joe; Stalker pensa allora al suo vecchio compagno silenzioso e lo scova sulle montagne. Come sergente della squadra è in pratica il vice di Hawk e porta avanti l'unità fino alla chiusura. Si forma una famiglia sposando una concittadina e si fa trasferire a Detroit in un ufficio reclutamento; nel 2001 è richiamato e torna in servizio, restando nel numero dei pochi chiamati per la nuova formazione del 2005 e Stalker assume il comando sul campo mentre i Joe affrontano nuove sfide e nuovi e vecchi nemici.
Scarlett (Shana O'Hara) Nata da una famiglia del sud, Shana è la penultima di cinque figli; il padre ha un dojo dove addestra i tre fratelli maggiori e la inizia alla lotta, con disappunto della madre. Dopo avere vinto tornei e competizioni da ragazzina il suo mondo è sconvolto dall'incidente del padre che rimane su una sedia a rotelle; cerca allora una nuova strada nell'esercito, dove qualcuno la soprannomina Scarlett. Si specializza in intelligence e operazioni sotto copertura, frequenta un corso del SAS (Special Air Service, le teste di cuoio inglesi), uno dei Marine per cecchini e apprende da un istruttore dell'MI6 a usare la balestra; ma è l'esperienza come praticante d'arti marziali che la fa notare ai GI Joe e a farla inserire nella primissima formazione. Addestra nella lotta i suoi compagni, finendo in un breve corpo a corpo con Snake Eyes, che si trattiene perché sa di esserle superiore. Scarlett comincia a sviluppare un interesse romantico per l'inavvicinabile collega e si innamora di lui dopo che Snake la salva da un incidente in elicottero perdendo faccia e voce; da allora è sempre al suo fianco, vincendo via via le sue resistenze e finendo per fidanzarsi con lui dopo lo smantellamento della squadra. Due settimane prima del matrimonio Snake Eyes la lascia nel cuore della notte per una missione per conto di Duke (passato alle Black Ops) e Scarlett ne resta ferita nei sentimenti come nell'orgoglio. Nel 2001 lo rivede e lo schiaffeggia, passando parecchio tempo a rinfacciargli l'abbandono; dopo avere visto due volte la morte in faccia (i due sono imprigionati ed esposti a un virus) Scarlett lo perdona e torna con lui. Nonostante tutto non sopporta che Snake scenda in campo all'improvviso anche durante i rari momenti di relax; la loro storia va avanti comunque, mentre l'abilità di Scarlett si avvicina a quella del suo ragazzo. L'apice del loro rapporto è la morte di Snake Eyes durante una missione per salvare Scarlett dal sottomarino di Destro, seguita poco dopo dalla resurrezione di lui. Scarlett ha in effetti un solo rimpianto, cioè non essere considerata completamente pari a Snake Eyes su questioni riguardanti il clan Arashikage, né da lui né dai membri sopravvissuti.
Scarlett compare nella serie cinematografica, interpretata da Rachel Nichols (G.I. Joe - La nascita dei Cobra) e Samara Weaving (Snake Eyes: G.I. Joe - Le origini). Nel primo film live action l'aspetto del personaggio femminile ispira un po' la Vedova Nera (Natasha Romanoff), la supereroina della Marvel Comics e della sua serie cinematografica.
Snake Eyes (nome segreto) Il suo vero nome è classificato top secret, anche per i GI Joe, e non se ne conosce il motivo. Soldato, ninja, guerriero, mistico, sabotatore, commando, insegnante, combattente, atletico, infiltratore, amico e persona capace di comprendere gli altri: Snake Eyes è tutto questo. Un incendio ha distrutto il suo dossier e gran parte del suo passato; anche chi lo conosce da tempo sa ben poco di lui, solo frammenti e testimonianze in prima persona (Stalker, la Baronessa, Storm Shadow, il Comandante Cobra, Destro, Billy, Firefly, Zartan). Nato da parto gemellare, questo giovane condivideva un rapporto speciale con la sorella Terri, che gli diede una sua foto come portafortuna alla partenza per il Vietnam; Snake si è arruolato pensando di proteggere i suoi cari così lontano, e inviato in Vietnam finisce in un'unità LRRP come mitragliere (porta la mitragliatrice M60). La squadra viene annientata, si salvano solo lui e un ragazzo di nome Tommy; i due finiscono nella squadra del sergente Lonzo Wilkinson e a questo punto il carattere di Snake Eyes cambia. Snake Eyes si chiude in se stesso per difendersi dal dolore, temendo di perdere anche questi amici, restando aperto solo per Tommy, che gli offre un posto nell'attività di famiglia a guerra finita.