Carriera Comincia a scoprire il mondo del motociclismo lavorando in un negozio specializzato nel 2002, fino al 2006. Dal 2004 inoltre lavora come collaudatore per KTM. Walkner ha vinto il titolo del campionato mondiale di motocross 2012 nella classe MX3. Su consiglio di Heinz Kinigadner, Walkner ha guidato il suo primo rally in Grecia nel 2014, dove ha vinto. È anche diventato campione del mondo come vincitore assoluto del Campionato mondiale FIM Cross-Country Rallies nel 2015 e nel 2021.
Al Rally Dakar 2015, ha vinto la terza tappa davanti allo spagnolo Marc Coma, e nella settima tappa è arrivato terzo. Nel Rally Dakar 2016 si è ritirato alla settima tappa, al terzo posto assoluto, dopo una caduta che gli ha fratturato la coscia. Nel 2017 è arrivato secondo assoluto nella classifica motociclistica e ha ottenuto il suo primo podio al Rally Dakar. Un altro anno dopo, al Rally Dakar 2018, è diventato il primo austriaco a vincere la classifica motociclistica nel Rally Dakar. Nel 2023 una serie di vicissitudini e un infortunio lo vedono ritirarsi nel Rally Dakar.
Un ulteriore infortunio nel 2024 ne preclude la possibilità di proseguire la propria carriera motociclistica. Continua a gareggiare passando alle quattro ruote con discreto successo.
Risultati Rally Dakar AnnoClasseScuderiaVetturaPos. 2015 Moto KTM Racing Team KTM 450 Rally Replica Rit 1 2016 Moto Red Bull KTM Factory Team KTM 450 Rally Replica Rit 0 2017 Moto Red Bull KTM Factory Team KTM 450 Rally Replica 2º 1 2018 Moto Red Bull KTM Factory Team KTM 450 Rally Replica 1º 1 2019 Moto Red Bull KTM Factory Team KTM 450 Rally Replica 2º 2 2020 Moto Red Bull KTM Factory Team KTM 450 Rally Replica 5º 0 2021 Moto Red Bull KTM Factory Team KTM 450 Rally Replica 9º 0 2022 Moto Red Bull KTM Factory Team KTM 450 Rally Replica 3º 0 2023 Moto Red Bull KTM Factory Team KTM 450 Rally Replica Rit 0
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