Biografia Era figlio di Leonardo Santorio e di Carmosina Baratucci, entrambi originari di famiglie che vantavano una lunga tradizione forense. Nacque ad Ercole, frazione di Caserta, che tuttavia era sotto la giurisdizione dell'arcidiocesi di Capua.
Suo nonno paterno Carlo era stato assassinato vent'anni prima ed i Santorio erano stati costretti a lasciare la città, rifugiandosi a Gravina di Puglia, feudo della potente famiglia Acquaviva. Rientrati a Caserta, si vendicarono: lo zio Pasquale uccise pubblicamente gli assassini del padre. Il padre Leonardo, avvocato al servizio degli Acquaviva, conti di Caserta, seguì i destini politici di quella famiglia che, poiché era filo-francese, nella guerra franco-spagnola che interessò anche il Regno di Napoli, nel 1528 cadde in disgrazia in seguito alla vittoria spagnola, con la conseguente perdita di buona parte dei suoi beni.La circostanza è descritta dallo stesso Leonardo Santorio nella sua Dei successi del sacco di Roma e guerra del regno di Napoli, sotto Lotrech, stampato per la prima volta a Napoli nel 1858.
A soli otto anni Giulio Antonio fu avviato alla carriera ecclesiastica a Teano, dove era stato istruito dallo zio materno, con la consacrazione in Duomo avvenuta il 26 dicembre del 1540. Nel 1547 era a Napoli a studiare grammatica sotto Luigi Antonio Zompa detto il Sidicino,Definito un pedante da Giordano Bruno nel Candelaio. proprio quando la città si rivoltava contro il tentativo del viceré don Pedro di Toledo di introdurre un'Inquisizione a immagine di quella spagnola, ossia mirante a perseguire gli avversari politici del governo, oltre che a perseguitare gli eretici.Sulla rivolta di Napoli, R. Ajello, Una società anomala. Il programma e la sconfitta della nobiltà napoletana in due memoriali cinquecenteschi, Napoli 1996. Porterà per tutta la vita le cicatrici di quella rivolta: fu infatti ferito, pur non gravemente, dalle schegge di una cannonata sparata dal castello di Sant'Ermo.
L'anno successivo iniziò gli studi universitari, rifuggendo dalle allegre compagnie studentesche e determinato a «vivere bene et christianamente, come feci, con mortificare il senso della carne insultante».G. A. Santori, Vita ... , XII, p. 331. Suoi professori furono Tiberio Parisio e Felice di Sarno; seguirà poi i corsi di diritto tenuti da un noto giurista bolognese incaricato a Napoli dal 1543, Giovanni Bolognetti.
Un lungo soggiorno nella casa paterna di Caserta, nel 1552, gli consentì di scrivere il trattato anti-ereticale Pro confutatione articulorum et haeresum recentiorum Haereticorum et pseudo-apostolorum, ex Utriusque Testamenti textu decerpta, rimasto manoscritto: in tre libri espone la dottrina cattolica, i problemi controversistici con i riformati ed il culto ortodosso, dichiarando infine la necessità di combattere le eresie.
La Chiesa, paragonata all'arca di Noè, attraversa le acque del diluvio ma resta salda malgrado «sedizione, eresia, scisma e delitti». Ribadita la sua autorità, cui devono inchinarsi anche i re e i principi, rintraccia nella «superbia» la radice dell'eresia, «nefando delitto contro Dio»; gli eretici devono essere uccisi dai magistrati e dai giudici.«a magistratibus et iudicibus hoc exequendum est»: cfr. Pro confutatione, c. 421r. È necessario che le pene siano irrogate pubblicamente, perché «la pena di uno solo deve essere timore di molti, affinché gli altri edificati dall'esempio della pena, abbandonino l'eresia o la neghino e abiurino, o almeno non la insegnino».
Il Santorio rintraccia la giustificazione della pena riservata agli eretici in più passi nel Vecchio Testamento: per esempio, «la guerra spirituale degli eretici e scismatici contro la Chiesa di Dio è raffigurata graficamente e dipinta in Giudici 20-21. Si raccolgono in una sola Chiesa per giudicare e decidere su delitti ed eresie». Quanto al Nuovo Testamento, Santorio nega che il passo di «Il figlio dell'uomo non è venuto per distruggere le anime degli uomini, ma per salvarle». possa intendersi come un divieto alla punizione degli eretici: piuttosto, secondo lui, è l'affermazione che le condanne debbano essere eseguite dalle autorità civili.«nam et is ut apostata perfidiae a lege seculari occiditur», cit., c. 428v.
Presi gli ordini minori a Napoli il 21 dicembre 1552, Santorio si laureò in utroque iure nel 1553 e iniziò a esercitare l'avvocatura, attività che lo obbligò più volte a recarsi a Roma, dove amava assistere alle pubbliche cerimonie di abiura di eretici che si tenevano nella chiesa dei domenicani alla Minerva, annotando e commentando i fatti in brevi appunti, che anni dopo raccoglierà in un manoscritto rimasto inedito.È la Historia abiuratorum, et haereticorum scripta, et notata a Cardinali Sanctae Severinae, dum privatus esset sacerdos, postea vicarius Casertanus, inde Neapolitanus, Inquisitor haereticae pravitatis ... che contiene 14 fogli autografi del Santorio recanti il titolo De persecutioni haereticae pravitatis historia, in Vaticano, nell'Archivio della Congregazione per la Dottrina della Fede.
Ministero sacerdotale Il 1º gennaio 1557 fu ordinato sacerdote e parroco della chiesa casertana di Sant'Orso d'Ercole; nel 1559 fu nominato vicario del vescovo Agapito Bellomo, incarico che gli valse anche la funzione di inquisitore della diocesi di Caserta. Era l'anno della morte di Paolo IV, accolta con giubilo da molti romani che assalirono le carceri di Tor Savella, di Tor di Nona, del Campidoglio e di Ripetta, liberando i detenuti e distruggendo gli incartamenti inquisitoriali.L. von Pastor, Storia dei Papi, VI, p. 585 e ss., VII, p. 11 e ss. Era anche l'anno del grande auto da fé di Valladolid, a cui assistette re Filippo II, commentando il Santorio che ai «condannati al fuogo e alla morte che gridavano misericordia e clemenza, il savissimo e giustissimo Re rispose, questa è la vera misericordia che voi meritate de la Catholica fé, e laceratori de la religione, recevete il meritato gastigo, perché la misericordia d'Iddio è che soi nemici siano puniti, essendovi voi alienati de la condizione de' Christiani, non sete degni di ricevere né profano uso di clemenza, né sentire il frutto della pietà christiana. Talmente che molti e molti furono bruggiati e giustiziati, e puniti com'heretici, il che diede bonissimo conforto a catholici ch'el Prencipe religiosissimo vendicava l'ingiuria pubblica de la fede e diede gran spavento a gli heretici et Apostati».G. A. Santorio, De persecutionis haereticae pravitatis historia, c. 13r-v.
Egli organizzava con molto ordine e disciplina le sue giornate: la recita dell'officio la mattina, lo studio degli incartamenti giudiziari e i vari affari nel pomeriggio, la lettura di Paolo e del vangelo di Matteo la sera; al martedì e al giovedì era riservato lo studio della storia e delle lettere. La stessa insofferenza per il disordine e l'amore per la precisione è dimostrata dagli avvisi che metteva alla porta del suo studio: «Tu che vuoi da noi una risposta, di' presto cosa vuoi, fatti, desideri, lamentele», mentre le donne dovevano parlare stando sul gradino d'ingresso, ché tanto «Giulio ascolta e mai una donna varcò il nostro ingresso».G. A. Santori, Vita XII, p. 336: «te Iulius audit, atterrit haud unquam nostrum hoc nam foeminam limen».
Zelante nel suo nuovo incarico, tanto da provare «tanta gioia et allegrezza, che bramava essere ucciso per la fede cattolica»,G. A. Santori, Vita, cit., p. 335. fu alle prese con l'"eresia" evangelica diffusa in Terra di Lavoro - da Napoli a Caserta - riguardo alla quale il Santorio scrisse essere stata propagata, dopo l'insegnamento del Valdés a Napoli, dal frate agostiniano Lorenzo Romano il quale, costretto nel 1554 a fuggire a Roma, vi fu arrestato e abiurò.G. A. Santori, De persecutionis haereticae pravitatis historia, c. 12r. Una prima repressione effettuata dall'Inquisizione diocesana portò nel maggio del 1552 al processo di Capua, nel quale furono giudicati 117 imputati: due i bruciati al rogo, Iacobetto Gentile e Vincenzo Gentile, 27 condannati al carcere e gli altri esiliati o liberati.P. Scaramella, «Con la croce al core». Inquisizione ed eresia in Terra di Lavoro (1551-1564), Napoli, 1995, p. 11.
Le inchieste e la repressione proseguirono fino al 1564: esse coinvolsero personalità di rilievo, come Galeazzo Caracciolo, fuggito a Ginevra, e Gian Francesco Alois, già compagno di studi del Santorio proprietario di latifondi nella provincia di Caserta e letterato imparentato con i Caracciolo: arrestato e condotto a Roma, abiurò il 23 dicembre 1552 senza tuttavia abbandonare la propria fede calvinista. Nel 1562 infatti, mentre uno zio del Santorio, il prete Pietro Cirillo, «heretico et amico intimo del barone» Consalvo Bernaudo, era costretto a fuggire in Svizzera,G. A. Santori, Persecutione eccitata contro al d. Giulio Santorio che fu poi il cardinale Santa Severina servo di Jesu Christo per la verità della fede cattolica, Biblioteca Apostolica Vaticana, ms. Barb. Lat. 4592, c. 140r: «il Santori non volse salvar uno suo stretto parente sospetto, portandosi come dovea per zelo della fede». Il Cirillo, tornato in Italia, sarà ancora arrestato e condannato al carcere a vita il 23 giugno 1566. l'Alois fu nuovamente fatto arrestare nell'ottobre del 1562 dal nuovo commissario generale del Sant'Uffizio, il domenicano calabrese Giovanni Luigi Campagna: processato e torturato insieme con il nobile di Aversa Giovanni Bernardino Gargano, il 4 marzo 1564 furono entrambi condannati alla decapitazione - e non direttamente al rogo, in virtù delle loro origini nobili - in piazza del Mercato, a Napoli, e i cadaveri furono bruciati e le ceneri disperse.
Al processo aveva partecipato anche il Santorio, che dal settembre 1563 era stato trasferito stabilmente presso l'Inquisizione di Napoli, coadiuvando il Campagna insieme con fra Valerio Malvicino e con il canonico Prospero Vitaliano.L. Amabile, Il Santo Offizio della Inquisizione in Napoli. Narrazione con molti documenti inediti, I, p. 267. Conseguenza della condanna fu il sequestro dei beni dell'Alois e del Gargano, che innescò la rivolta dell'aristocrazia napoletana,Già nel 1547 a Napoli erano avvenuti tumulti per i medesimi motivi. sospettosa che le inchieste dell'Inquisizione fossero un pretesto per spogliarla dei propri beni a vantaggio del fisco del Vicereame e delle casse del Sant'Uffizio, oltre che per regolare conti di natura politica.
Degna di menzione per l'eco in ambito accademico che ebbe è la vicenda di Domenico Scandella detto Menocchio, resa nota dallo storico Carlo Ginzburg nel saggio Il formaggio e i vermi. Il cosmo di un mugnaio del '500, pubblicato nel 1976.
Il Santorio, in occasione della seconda condanna dello Scandella, venne prontamente informato e, in una sua lettera del 14 agosto 1599, qualificò «gravissima» la vicenda, esigendo copia degli incartamenti processuali. La sentenza era stata emessa e prevedeva la condanna a morte di Menocchio, ma sull'opportunità di eseguirla l'inquisitore friulano sembrava avere dubbi, espressi in una lettera spedita a Roma il 5 settembre 1599.La lettera non è conservata: cfr Carlo Ginzburg, cit., p. 147. La risposta del Santori, il 30 ottobre, non lasciò alternative: «...non manchi di procedere con quella diligenza che ricerca la gravità della causa, a ciò che non vada impunito de' suoi orrendi et essecrandi eccessi, ma co 'l debito et rigoroso castigo sia essempio agli altri in coteste parti: però non manchi di esseguirlo con ogni sollecitudine et rigore di animo». Era questa, scriveva il Santori, anche la volontà di Clemente VIII.Carlo Ginzburg, cit., ivi.
Il 13 novembre il cardinale insistette: «Non manchi Vostra Reverentia di procedere nella causa di quel contadino della diocese di Concordia, inditiato di haver negata la virginità della beatissima sempre Vergine Maria, la divinità di Christo signor nostro, et la providentia di Dio [...] esseguisca virilmente tutto quello che conviene secondo i termini di giustitia».