La dodicesima stagione di SpongeBob è stata trasmessa negli Stati Uniti tra l'11 novembre 2018 (15 giorni prima della morte del creatore della serie Stephen Hillenburg) e il 7 novembre 2020. In Italia la serie è stata trasmessa dal 20 maggio 2019 al 25 aprile 2021 su Nickelodeon e su Super! (su quest'ultimo canale solo dal 2020), con l'ulteriore trasmissione di alcuni episodi inediti.
È stato prodotto in seguito uno spin-off: Plankton - Il Film. {| class="wikitable" ! colspan="2" |Nº ! Titolo originale ! Titolo italiano ! Prima TV ! Prima TV italiana |- | rowspan="2" |242 | rowspan="2" | 1 |FarmerBob |SpongeBob contadino | 11 novembre 2018 | 20 maggio 2019 |- |Gary & Spot |Gary e Spot | 27 luglio 2019 | 8 giugno 2019 |- | rowspan="2" |243 | rowspan="2" | 2 |The Nitwitting |I senza cervello | 13 gennaio 2019 | 22 maggio 2019 |- |The Ballad of Filthy Muck |La ballata del puzzoso | 20 gennaio 2019 | 21 maggio 2019 |- | rowspan="2" |244 | rowspan="2" | 3 |The Krusty Slammer |Il Krusty carcere | 27 gennaio 2019 | 23 maggio 2019 |- |Pineapple RV |Viaggio in ananas | 17 luglio 2020 | 8 giugno 2019 |- | rowspan="2" |245 | rowspan="2" | 4 |Gary's Got Legs |Gary ha le gambe | 27 luglio 2019 | rowspan="2"| 16 giugno 2019 |- |King Plankton |Re Plankton | 22 giugno 2019 |- | rowspan="2" |246 | rowspan="2" |5 |Plankton's Old Chum |La giornata del Chum | 30 novembre 2019 | rowspan="2"| 15 giugno 2019 |- |Stormy Weather |Temporale imprevisto | 22 giugno 2019 |- | rowspan="2" |247 | rowspan="2" | 6 |Swamp Mates |Amici di palude | rowspan="2" | 11 aprile 2020 | rowspan="2" | 24 agosto 2020 |- |One trick-sponge |Un trucchetto |- | rowspan="2" |248 | rowspan="2" | 7 |The Krusty Bucket |Il Krusty Bucket | 10 agosto 2019 | rowspan="2"| 28 ottobre 2019 |- |Squid's on a Bus |Squiddi autista d'autobus | 28 settembre 2019 |- | rowspan="2" |249 | rowspan="2" | 8 |Sandy's Nutty Nieces |Nipotine pestifere | rowspan="2" | 29 giugno 2019 | rowspan="2" | 5 novembre 2019 |- | Insecurity Guards | Guardie di insicurezza |- | rowspan="2" |250 | rowspan="2" | 9 |Broken Alarm |La sveglia rotta | 6 luglio 2019 | rowspan="2" | 6 novembre 2019 |- |Karen's Baby |Il piccolo di Karen | 10 agosto 2019 |- | rowspan="2" |251 | rowspan="2" | 10 |Shell Games |Una casa per due | 7 marzo 2020 | rowspan="2" | 25 agosto 2020 |- |Senior Discount |Rispettate gli anziani | 6 luglio 2019 |- | rowspan="2" |252 | rowspan="2" | 11 |Mind the Gap |Lo spazio tra i denti | 14 settembre 2019 | 29 ottobre 2019 |- |Dirty Bubble Returns |Il ritorno di Dirty Bubble | 23 novembre 2019 | 24 febbraio 2020 |- | rowspan="2" |253 | rowspan="2" | 12 |Jolly Lodgers |Hotel da Incubo | 7 marzo 2020 | rowspan="2" | 25 agosto 2020 |- |Biddy Sitting |Baby Prugna | 8 febbraio 2020 |- |254 | 13 | rowspan="2" |SpongeBob's Big Birthday Blowout |SpongeBob, una grandiosa festa di compleanno - prima parte | rowspan="2" | 12 luglio 2019 | rowspan="2" | 13 luglio 2019 |- |255 | 14 |SpongeBob, una grandiosa festa di compleanno - seconda parte |- | rowspan="2" |256 | rowspan="2" | 15 |SpongeBob in RandomLand |La consegna a Randomland | rowspan="2" |21 settembre 2019 | rowspan="2"| 29 ottobre 2019 |- | SpongeBob's Bad Habit | Un brutto vizio |- | rowspan="2" |257 | rowspan="2" | 16 |Handemonium |Mani-comio | 23 novembre 2019 | 25 febbraio 2020 |- |Breakin''' |La pausa| 14 settembre 2019 | 29 ottobre 2019 |- | rowspan="2" |258 | rowspan="2" | 17 |Boss for a Day|Capo per un giorno| 17 luglio 2020 | 1 aprile 2022 (Nickelodeon) |- |The Goofy Newbie|Il nuovo assunto| 28 settembre 2019 | 4 novembre 2019 |- | rowspan="2" |259 | rowspan="2" | 18 |The Ghost of Plankton|Il fantasma di Plankton| 12 ottobre 2019 | rowspan="2"| 31 ottobre 2019 |- |My Two Krabses|I Due Krabs| 18 gennaio 2021 |- | rowspan="2" |260 | rowspan="2" | 19 |Knock Knock, Who's There?|Toc Toc, chi è?| 23 aprile 2021 | rowspan="2" |26 novembre 2021 (Super!) |- |Pat Hearts Squid|Patrick ospita Squiddi| 9 luglio 2021 |- | rowspan="2" |261 | rowspan="2" | 20 |Lighthouse Louie|Louie, la lumachina del faro| 18 gennaio 2021 | 25 febbraio 2020 |- |Hiccup Plague|Singhiozzo contagioso| 22 aprile 2022 | 30 gennaio 2022 (Super!) |- | rowspan="2" |262 | rowspan="2" | 21 |A Cabin in the Kelp|La paura dell'iniziazione| 12 ottobre 2019 | rowspan="2"| 26 febbraio 2020 |- |The Hankering|La voglia matta| 30 novembre 2019 |- | rowspan="2" |263 | rowspan="2" | 22 |Who R Zoo?|Lo zoo di SpongeBob| 8 febbraio 2020 | 27 febbraio 2020 |- |Kwarantined Krab|Tutti in quarantena!| 29 aprile 2022 | 2 dicembre 2021 |- | rowspan="2" |264 | rowspan="2" | 23 |Plankton's Intern|Stagista per Plankton| 30 aprile 2021 | rowspan="2" | 21 marzo 2022 |- |Patrick's Tantrum|La crisi di Patrick| 25 febbraio 2022 |- | rowspan="2" |265 | rowspan="2" | 24 |Bubble Bass's Tab|Il conto di Bubble Bass| rowspan="2"| 9 aprile 2021 | rowspan="2"| 25 aprile 2021 |- |Kooky Cooks|Cenetta quasi perfetta |- |266 |25 |Escape from Beneath Glove World|Fuga da Glove World| 18 gennaio 2020 | 26 agosto 2020 |- | rowspan="2" |267 | rowspan="2" | 26 |Krusty Koncessionaries|Krusty Krab ambulante| rowspan="2"| 7 novembre 2020 | rowspan="2"| 25 aprile 2021 |- |Dream Hoppers|Di sogno in sogno|}
SpongeBob Contadino SpongeBob e Patrick vanno a lavorare per un giorno alla fattoria del vecchio Jenkins, con grande sgomento di quest'ultimo.
Gary e Spot Sandy racconta le avventure notturne di Gary e Spot.
I senza cervello Insieme a Patrick, SpongeBob si unisce ai Senza cervello, una società in cui è obbligatorio rinunciare momentaneamente al proprio cervello. I loro "approcci verso la civiltà" non convincono molto la spugna, che decide di diventare più stupida. Successivamente interviene Patrick, che vuole restituire il cervello, e quindi l'intelligenza, all'amico. Una volta riottenuto l'intelletto, SpongeBob incontra Sandy, che ha riparato i danni dei Senza cervello.
La ballata del puzzoso Patrick porta la propria sporcizia ad un nuovo estremo, giocando con la spazzatura e diventando irriconoscibile.
Il Krusty carcere Plankton viene arrestato e Mr. Krabs partorisce l'idea di trasformare il Krusty Krab in una prigione. Tuttavia non è soddisfatto delle azioni dei propri dipendenti, i quali hanno reso la prigione un luogo accogliente. Krabs viene poi arrestato e rinchiuso in gabbia per aver liberato i prigionieri prima della data stabilita e perciò Plankton lo sbeffeggia lanciandogli del chum.
Viaggio in ananas SpongeBob e Patrick rendono mobile la casa-ananas del primo, per accompagnare Squiddi in un viaggio verso un luogo in cui nasce un rarissimo fiore musicale.
Gary ha le gambe Per facilitare la mobilità di Gary, Spongebob gli dona le sue gambe, e successivamente anche le braccia, che gli sarebbero ricresciute col tempo. Entusiasta, Gary inizia a prendersi cura del padrone, al che quest'ultimo perde l'uso dei propri arti per cui la lumaca è così costretta a sostituire SpongeBob al lavoro. Mr. Krabs va a casa di SpongeBob, scoprendo che è diventato letteralmente una lumaca, lo guarisce con un Krabby Patty e taglia braccia e gambe a Gary, riportando tutto alla normalità.
Re Plankton SpongeBob porta al Chum Bucket un acquario con dentro degli scimpanzé marini, temendo che Gary possa mangiarli se dovesse portarli a casa. Plankton se ne accorge e decide di rimpicciolirsi per entrare nell'acquario e diventare il re degli scimpanzé, così da poter esercitare il proprio dominio su di loro.
La giornata del Chum Plankton vuole disfarsi del Chum scaduto, ma una nuova legge lo vieta. Grazie all'aiuto di SpongeBob lo nasconde per tutta a Bikini Bottom. Plankton viene beccato, ma SpongeBob lo salva inventando la "giornata del Chum". Plankton è così costretto a mangiare tutto il Chum presente a Bikini Bottom.
Temporale imprevisto SpongeBob fa amicizia con una piccola nuvola e tenta di proteggerla da un meteorologo che, ritenendola una minaccia, vuole aspirarla con un aspirapolvere.
Amici di palude Bubble Bass e Patrick devono salvare il giocattolo del primo caduto in una sporca palude, con SpongeBob che racconta la storia.
Il trucchetto di SpongeBob SpongeBob vuole mostrare i suoi nuovi trucchi di magia, ma nessuno dei suoi amici vuole assistere. Alla fine solo Patrick, ritornato da una palude, guarda lo spettacolo di magia di Spongy.
Il Krusty Bucket Plankton crea Plankrabs, un ibrido tra Plankton e Mr. Krabs, allo scopo di ottenere la formula segreta del Krabby Patty. La creatura prende non solo la ricetta, ma anche l'intero controllo del ristorante attraverso una semplice, ma molto rilassante, stretta di mano con Mr. Krabs. I due rivali dunque si alleano per cercare di eliminare Plankrabs, ma senza successo. Così i due vengono assunti al nuovo ristorante per pulire i bagni e ricominciano a litigare, distruggendo il luogo di lavoro. Alla vista del bagno distrutto, Plankrabs si divide in due e, per risolvere la situazione, Mr. Krabs porta i due Plankrabs a stringersi a vicenda, riuscendo a riprendere il controllo del Krusty Krab.
Squiddi autista d'autobus Squiddi decide di cambiare lavoro, diventando un autista di autobus. Tutto è tranquillo fino all'arrivo di SpongeBob e Patrick, che vogliono fare un giro.
Nipotine pestifere SpongeBob deve fare da babysitter alle figlie della sorella di Sandy: Macadamia, Nocciolina e Mandorla, le quali creeranno scompiglio al Krusty Krab, alla laguna e a casa di SpongeBob. Qui le nipotine cercheranno di uccidere Patrick e, per risolvere la situazione, la spugna fa giocare i quattro a braccio di ferro: grazie ad una irrefrenabile voglia di cibo, Patrick vincerà la sfida. Infine Sandy riesce a riportare in superficie le cuginette, attraverso un castello gonfiabile che si trasforma in un sottomarino.
Guardie di insicurezza SpongeBob e Patrick controllano il museo e cercano di fermare Squiddi intento ad esporci un proprio dipinto.
La sveglia rotta SpongeBob nota di avere la sveglia rotta, a causa della quale ha dormito troppo, e chiede a Patrick di ricostruirla. In seguito a molti prodotti fallimentari e ritardi al lavoro, SpongeBob rischia di essere licenziato, perciò costruisce una macchina che, sfruttando una reazione a catena, è in grado di svolgere le mansioni al suo posto, mentre lui stesso può dormire. La macchina va però in sovraccarico, anche se alla fine Mr. Krabs non lo licenzia e Patrick fornisce la sveglia "riparata".
Il piccolo di Karen Karen e Plankton ricevono un bambino per posta.
Una casa per due Patrick scopre che la sua casa è in realtà il guscio di una tartaruga marina di nome Tony che ha dormito per troppo tempo.
Lo spazio tra i denti Per zittire SpongeBob, Squiddi gli ripara i denti eliminando lo spazio tra di essi, che impediva alla spugna di produrre una voce meravigliosa. Sfortunatamente, durante un concerto di SpongeBob lo spazio fra i denti si riforma, ma Squiddi lo richiude in tempo con una dentiera. Per evitare che accada di nuovo, Squiddi lo ripara con del cemento, ma la sera stessa si pente per aver reso la spugna tanto popolare da rubargli la scena e cerca di rimuovere il cemento, ma senza successo. Tuttavia sarà SpongeBob stesso a far ricomparire lo spazio scontrandosi con un sacco.
Il ritorno di Dirty Bubble Dopo aver scontato sei mesi di prigione, quando Dirty Bubble viene liberato ha un nuovo carattere e viene assunto al Krusty Krab. Col suo lavoro però, rischia di ritornare cattivo, anche se SpongeBob scopre che può tornare buono se lavato. Una gomma da masticare lo fa tornare irrimediabilmente cattivo e risucchia SpongeBob. La spugna però lo cattura assorbendo dall'interno tutta l'acqua che Dirty Bubble ha succhiato, e riesce a farlo arrestare.
Hotel da incubo