Entrò nell'ordine dei gesuiti e divenne professore di paleografia presso il Pontificio Istituto Biblico Vaticano. Dal 1958 fu segretario del cardinale Augustin Bea durante i preparativi per il Concilio Vaticano II.
Disilluso dai risultati del Concilio, chiese di essere dispensato da alcuni voti presi e di lasciare l'ordine dei gesuiti. Nel 1964 si trasferì a New York dove visse fino alla morte. Durante la sua permanenza negli Stati Uniti d'America ottenne la cittadinanza statunitense.
Grande studioso di civiltà arcaiche, teologo ed esperto in lingue semitiche nonché prolifico scrittore, i suoi romanzi e libri di saggistica furono spesso critici nei confronti della gerarchia vaticana. Martin infatti riteneva che questa non avesse adempiuto la richiesta che la vergine Maria aveva fatta a Fátima. Tra le sue opere più significative vi troviamo The Scribal Character of The Dead Sea Scrolls, uno studio sui manoscritti del Mar Morto, Hostage To The Devil, che trattava di satanismo, di possessione demoniaca e del rito cattolico dell'esorcismo e The Final Conclave, che avvisava dell'attività dello spionaggio sovietico nella Santa Sede.
Biografia Infanzia e studi universitari Martin nacque a Ballylongford, nella contea di Kerry, in Irlanda, in una famiglia non povera, ma nemmeno ricca, ai cui figli veniva insegnato l'irlandese. La famiglia era molto religiosa e la fede cattolica era praticata e insegnata. I suoi genitori, Conor e Katherine Fitzmaurice Martin ebbero cinque figli, tra cui Malachi, e cinque figlie. Quattro dei cinque figli divennero sacerdoti, tra cui anche il fratello Francis Xavier Martin, che oltre ad essere un sacerdote fu anche uno storico.
Martin studiò al Belvedere College di Dublino per poi proseguire gli studi di filosofia gli ultimi tre anni all'University College di Dublino. Il 6 settembre 1939 entrò come novizio nella Compagnia di Gesù.Annuario Pontificio, 2010, p. 1438. Insegnò quindi per tre anni e trascorse quattro anni a Milltown Park, sempre a Dublino. Fu infine ordinato sacerdote nell'agosto 1954.
Dopo aver completato il corso di studi a Dublino, Martin si recò in Belgio per conseguire un dottorato in archeologia, orientalistica e lingue semitiche all'Università Cattolica di Malines. Perfezionò le proprie conoscenze all'Università Ebraica di Gerusalemme e all'Università di Oxford studiando l'ebraico, l'arabo e gli scritti arabi ed ebraici che trattavano di Gesù. Durante questo periodo si dedicò anche allo studio della psicologia sperimentale, della fisica e dell'antropologia.
Attività accademica e religiosa Martin iniziò la sua attività accademica dedicandosi all'analisi dei manoscritti del Mar Morto i cui risultati furono pubblicati in 24 articoli scientifici riguardanti la paleografia semitica. Successivamente si occupò di scavi archeologici nei pressi di Biblo cercando di decifrafre il sistema di scrittura ivi trovato, nonché a Tiro e nella penisola del Sinai. Proprio mentre si trovava in Egitto, Martin assistette al suo primo esorcismo. Nel 1958 pubblicò un'opera in due volumi che trattava dei rotoli del mar Morto.
Nel 1958 Martin fu scelto dal cardinale Augustin Bea come segretario personale. Mantenne la carica fino al 1964 e aiutò nel corso degli anni di servizio il cardinale nei suoi lavori in Vaticano. Durante il suo incarico al servizio di Bea, Martin assistette al Concilio Vaticano II (1962-1965) e seppur in principio nutriva speranze per gli esiti del concilio, durante gli ultimi lavori conciliari li trovo invece angoscianti. Durante gli anni del concilio Martin strinse amicizia con i reverendi George Higgins e John Courtney Murray S.I.
Durante la sua permanenza a Roma, Martin fu professore di aramaico, ebraico, paleografia e di Sacra scrittura al Pontificio Istituto Biblico. Era anche impiegato alla sede distaccata romana del Loyola University Chicago come professore di teologia. Grazie al suo rapporto lavorativo come segretario privato del cardinale Bea, Martin lavorò come traduttore al Dicastero per la promozione dell'unità dei cristiani, di cui il cardinale fu presidente fino alla sua morte. Durante il periodo romano Martin conobbe anche capi e personalità dell'ebraismo, come il rabbino Abraham Joshua Heschel. Dal 4 al 6 gennaio 1964 accompagnò papa Paolo VI nel suo viaggio in Giordania e Israele.
Nel 1964, dopo essersi dimesso dal suo impiego al Pontificio Istituto Biblico, chiese anche di essere dispensato dai suoi voti nei confronti dell'ordine dei gesuiti, nonché la possibilità di uscire dallo stesso. Ricevette risposta nel maggio del 1965, quando poté provvisoriamente uscire dall'ordine mentre ricevette la dispensa dai voti di povertà e obbedienza il 30 giugno successivo. Seppur ottenne una dispensa dai voti di povertà e obbedienza, nel caso in cui Martin fosse rimasto un chierico avrebbe comunque dovuto mantenere l'obbligo di celibato previsto per il clero di rito romano. Martin confermò che rimase un sacerdote e che in seguito ad un'udienza privata con Paolo VI poté mantenere anche il voto di castità preso entrando nell'ordine dei gesuiti.
Negli Stati Uniti d'America Nel 1966 Martin si trasferì e si stabilì a New York dove prese impiego come lavapiatti, cameriere e autista di taxi, pur continuando la sua attività di scrittore. Fondò nello stesso periodo anche un'azienda che si occupava di antiquariato e fu attivo nei mezzi di comunicazione e nei giornali statunitensi fino alla fine della sua vita.
Nel 1967 ricevette il suo primo Guggenheim Fellowship, un premio in denaro che permette al premiato di lavorare senza preoccuparsi del sostentamento economico ordinario affinché tutto il tempo sia dedicato all'opera da realizzare. Nel 1970 pubblicò il libro The Encounter: Religion in Crisis per il quale vinse il premio Choice, conferito dalla American Library Association, ossia l'associazione delle biblioteche statunitensi. Nello stesso anno ottenne la cittadinanza statunitense. Negli immediati anni successivi diede alle stampe i libri Three Popes and the Cardinal: The Church of Pius, John and Paul in its Encounter with Human History, nel 1972, e Jesus Now, nel 1973.
Un secondo Guggenheim Fellowship ricevuto nel 1969 permise a Martin di incominciare a lavorare ad uno dei suoi quattro bestseller che sarebbe stato pubblicato soltanto nel 1976: Hostage to the Devil: The Possession and Exorcism of Five Living Americans. Nel libro l'autore affermava che era un esorcista e di aver assistito e praticato diversi esorcismi nel corso della sua vita da sacerdote. Secondo il giornalista McManus Darraugh, lo scrittore e sceneggiatore William Peter Blatty, famoso per aver concepito l'opera L'esorcista, avrebbe affermato che quanto riportato da Martin nel proprio libro non era nient'altro che un'opera di fantasia creata e pensata per vendere. Lo stesso Darraugh afferma che grazie a questo libro Martin divenne una persona iconica nel mondo del paranormale.
Martin trovò presto impiego nel campo dell'editoria e delle notizie, divenne infatti editore responsabile per la sezione religiosa del giornale National Review ricoprendo tale posizione dal 1972 al 1978, e si occupò anche di scrivere articoli per l'Encyclopædia Britannica. L'attività di scrittore continuò anche negli anni 80 e lo tenne impegnato fino alla fine della sua vita.
Nel 1989 Martin chiese e ottenne la possibilità di celebrare la messa. Durante questi ultimi anni di vita ricevette spesso supporto a riguardo delle sue interviste e dei contenuti dei suoi libri da circoli di cattolici legati alla tradizione, mentre era criticato da altri gruppi con tendenze spesso opposte, come il quindicinale National Catholic Reporter.Cfr. Cfr. Cfr.
Durante la visita di papa Giovanni Paolo II negli Stati Uniti nell'ottobre 1995, Martin fu invitato dall'emittente CNN come commentatore. A partire dal 1996 iniziò anche a presenziare in alcune puntate del celebre programma radiofonico Coast to Coast AM per trattare di esorcismi, angeli e demoni, con interventi anche del pubblico. Sempre in questi ultimi anni della sua vita, a partire dal 1997, Martin strinse amicizia con il teologo e poi sacerdote di orientamento sedevacantista Rama Coomaraswamy.
Morte
Martin morì il 27 luglio 1999 a New York per un'emorragia cerebrale a 78 anni. La morte fu causata da un incidente domestico in cui Martin cadde dalle scale. Martin affermò, mentre si trovava in ospedale in seguito all'incidente, che fu come se qualcuno lo avesse spinto giù per le scale, seppur quando avvenne l'incidente era l'unica persona in casa.
Il funerale fu celebrato nella chiesa di sant'Antonio a Jersey City e fu sepolto nel cimitero Gate of Heaven a Hawthorne.
Pensiero Martin nel corso della sua vita affermò e sostenne idee ed opinioni che si discostavano spesso dalla narrativa ufficiale degli eventi fornita dal Vaticano.
Tre segreti di Fátima Martin parlò spesso dei tre segreti di Fátima ed era un sostenitore dell'interpretazione fornita da Nicholas Gruner.
Secondo Martin il terzo segreto al tempo non ancora rivelato, prediceva che l'Unione Sovietica sarebbe stata convertita al cristianesimo. Egli affermò anche che nel 1960, mentre resideva a Roma, si trovò fuori dalla stanza di papa Giovanni XXIII quando il pontefice, il cardinale Bea, di cui era segretario privato, e altri membri del clero, lessero la lettera di suor Lucia contenente il terzo segreto, potendo anche lui sentire la lettura del contenuto. Secondo Martin, poiché Giovanni XXIII auspicava in una cooperazione dell'Unione Sovietica per far partecipare i chierici ivi residenti alle sedute del Concilio Vaticano II, il pontefice deliberatamente decise di nascondere la lettera e a non dar seguito alle indicazioni fornite.
Altre teorie Martin non credeva alle presunte apparizioni di Međugorje e affermò di essere stato ingannato con falsi pretesti affinché egli le approvasse o mettesse una buona parola. Riguardo alle presunte apparizioni di Garabandal, Martin non prese mai posizione e preferì vedere gli eventi svilupparsi.
Nel 1997, durante un'intervista sul programma radiofonico Steel on Steel dell'emittente Radio Liberty Martin affermò che nel XX secolo due furono i pontefici uccisi: Papa Pio XI fu ucciso da Benito Mussolini a causa della pubblicazione della lettera enciclica Non abbiamo bisogno, critica del fascismo e dello Stato fascista; Papa Giovanni Paolo I fu ucciso dal cardinale Jean-Marie VillotCfr. su ordine dei vertici dell'Unione Sovietica.
Elezione di Giuseppe Siri al soglio pontificio Malachi Martin era un sostenitore della teoria secondo cui il cardinale Giuseppe Siri fu più volte eletto papa, ma che dovette rinunciare su pressioni e coercizione dei cardinali che non lo votarono. Martin affermò che Siri rifiutò perché era intimorito, ma affermò anche che la sua scelta fu fatta volontariamente. La prima elezione avvenne durante il conclave del 1963, a cui seguirono minacce nucleari che minavano l'esistenza stessa del Vaticano.Cfr. La seconda elezione avvenne durante il conclave dell'ottobre 1978. Martin, nella trasmissione radiofonica Steel on Steel affermò che Siri, dopo che gli fu comunicata la sua elezione, ricevette un biglietto in cui si minacciavano i famigliari di morte nel caso avesse accettato.
Chierici appartenenti alla massoneria Martin affermò che papa Giovanni XXIII e papa Paolo VI erano stati iniziati nella massoneria e che per un certo periodo parteciparono attivamente alle sedute. Foto che attestavano la partecipazione dei due pontefici alle riunioni erano secondo Martin in possesso della Segreteria di Stato.Cfr. Questa informazione fu riportata anche nel suo romanzo best-seller Vatican: A Novel dove, in modo allegorico, egli scriveva che i pontefici papa Giovanni AngelicaGiovanni XXIII e Angelo Roncalli. e papa Giovanni da BresciaPrimo nome di papa Paolo VI con riferimento alla provincia nella quale nacque. facevano parte della massoneria.