La storia di Vilnius, la capitale e la città più popolosa della Lituania, inerisce agli eventi storici che hanno riguardato tale centro abitato dalla sua costituzione. Originariamente principale agglomerato del Granducato di Lituania e divenuto in seguito parte della Confederazione polacco-lituana, passò più volte in mano alla Russia imperiale e a quella sovietica nel XX secolo, alla Germania o alla Polonia. Proprio in relazione a quest'ultima, Vilnius acquisì particolare interesse a livello internazionale nel periodo interbellico in merito al suo status politico, poiché solo de iure capitale dello Stato lituano fino al 1940. Oggi Vilnius è la capitale della Lituania: il Paese baltico raggiunse la sua indipendenza all'inizio degli anni Novanta e l'Unione Sovietica, a cui in precedenza era accorpato, riconobbe la sua indipendenza nell'agosto del 1991.
Storia antica e Granducato di Lituania
I primi insediamenti nell'area dell'attuale Vilnius sembrano essere di origine mesolitica. Numerosi ritrovamenti archeologici in diverse aree della città dimostrano che la zona è stata abitata da popoli di diverse culture sin dall'Alto Medioevo. In origine un insediamento baltico, in seguito fu abitato anche da slavi, ebrei e tedeschi. Prima di Vilnius, si suppone che il ruolo di capitale del Ducato di Lituania, lo stato sorto intorno al 1230 per opera di Mindaugas, fosse stato ricoperto da Voruta: poiché l'esatta posizione dell'insediamento è sconosciuta, si sono susseguite più di una quindicina di ipotesi relative alla sua localizzazione. Taluni, pur trattandosi di una corrente minoritaria, indicano che Voruta non fosse altro che Vilnius.
La città viene riportata per la prima volta in fonti scritte come Vilna nel 1323 come capitale del Granducato di Lituania nelle lettere di Gediminas. Tale sovrano edificò il suo castello di legno su una collina della città, localizzata in una buona posizione perché a cavallo di due fiumi, il Neris e la Vilnia. Vilnius divenne maggiormente conosciuta quando Gediminas emanò una disposizione che incentivava tedeschi ed ebrei residenti nelle principali città della Lega anseatica nel 1325 a trasferirsi a est, poiché il sovrano si dimostrava disposto ad accettare la loro presenza senza imporre alcun dazio. Vilnius ottenne i diritti di città grazie a Jogaila nel 1387, in seguito alla cristianizzazione della Lituania e alla costruzione della cattedrale di Vilnius. Inizialmente popolata da soli lituani, presto la popolazione iniziò a crescere man mano che artigiani e mercanti di altre nazionalità si stabilirono in loco.
Il re inglese Enrico IV trascorse un intero anno del 1390 sostenendo il fallito assedio di Vilnius da parte dell'ordine teutonico con i suoi 300 alleati cristiani. Durante questa campagna, Enrico di Bolingbroke fece prigionieri alcuni principi lituani che forse portò con sé in Inghilterra. La seconda spedizione di re Enrico in Lituania nel 1392 illustrò i vantaggi finanziari per i crociati: le armi possedute dai 100 inglesi appena giunti, ovvero degli archi lunghi portati da sei menestrelli, costarono in totale alla borsa dei Lancaster 4.360 sterline. Gran parte della somma andò a vantaggio dell'economia locale attraverso l'acquisto di argenteria e il noleggio di barche e attrezzature. Nonostante gli sforzi di Bolingbroke e degli inglesi, i due anni di attacchi a Vilnius si rivelarono infruttuosi. Il granduca Vitoldo si preoccupò nel 1419, a seguito di un incendio, di ammodernare e supervisionare il complesso dei castelli.
Tra il 1503 e il 1522, per proteggersi dagli attacchi dei tartari di Crimea, la città fu circondata da mura difensive che avevano nove porte e tre torri. Per metà in legno e metà in pietra, il perimetro misurava circa 3 chilometri, l'altezza era di 12 metri e lo spessore tra 2 e 3. Comunità di lituani, ebrei, ruteni e tedeschi erano presenti in diverse zone di Vilnius: gli ortodossi si concentrarono nella parte orientale della città a sinistra della "Strada del castello", mentre per lo più tedeschi ed ebrei occupavano il lato occidentale della città intorno alla "Strada tedesca". Vilnius raggiunse l'apice del suo sviluppo sotto Sigismondo II Augusto, granduca di Lituania e re di Polonia, che vi si trasferì nel 1544. Nel XVI secolo l'agglomerato visse una fase di costante crescita e sviluppo, anche grazie alla granduchessa e madre di Sigismondo Bona Sforza, la quale portò diversi architetti italiani ad allestire i lavori nel complesso dei castelli e nel palazzo reale.
La polonizzazione di Vilnius procedette attraverso l'afflusso di elementi polacchi e l'assimilazione di cittadini non polacchi: tale processo ebbe inizio alla fine del XIV secolo con l'arrivo del clero da ovest, della szlachta, degli artigiani e dei mercanti; migrarono in numero maggiore dopo che la corte polacca di Sigismondo Augusto si trasferì in città.
Confederazione polacco-lituana
Dopo l'Unione di Lublino (1569) da cui nacque la Confederazione polacco-lituana, la città fiorì ulteriormente in parte grazie alla fondazione dell'Università di Vilnius da parte di Stefano I Báthory nel 1579. La struttura si trasformò presto in uno dei principali centri scientifici e culturali della regione e il più importante della Lituania. Il commercio, la vita culturale e una crescita demografica più o meno costante proseguirono come evince dagli statuti lituani emanati nel XVI secolo, l'ultimo dei quali risultava ancora in vigore nel XIX secolo. Nel 1610 la città fu devastata da un grande incendio che causò il crollo di alcune chiese protestanti: anche a Vilnius non tardò a diffondersi la Riforma luterana. Nel 1769 fu fondato il cimitero di Rasos, uno dei più antichi sopravvissuti della città.
La città si aprì a migranti giunti sia dall'est che dall'ovest: Oltre ai vecchi cittadini, iniziarono a conformarsi in maniera più nitida comunità ebraiche, ortodosse e tedesche più numerose. Ogni gruppo rivestì diversi ruoli in ambiti differenti, quali ad esempio l'artigianato, il commercio e la scienza. Nel XVII secolo, i cittadini di etnia polacca o polonizzati raggiunsero la maggioranza culturale e, probabilmente, anche numerica. Nel 1655, nel corso della guerra russo-polacca nel 1654–1667, Vilnius venne espugnata dalle forze dello zar russo e saccheggiata, per poi essere bruciata e subire profondi massacri tra i civili. Il bilancio delle circa 20.000 vittime comprendeva un'ampia percentuale di ebrei di Vilnius. La crescita della città perse il suo slancio per molti anni, ma l'incremento demografico non si arrestò mai del tutto. Nel periodo di declino della Confederazione, Vilnius divenne nota come "Gerusalemme del Nord" per via della foltissima comunità semita che risiedeva in Europa orientale.
Impero russo
Dopo la terza spartizione della Polonia nel 1795, l'insediamento fu annesso all'Impero russo e divenne la capitale del Governatorato di Vilna, una parte del Kraj Nord-Occidentale. Per consentire l'espansione della città, tra il periodo 1799-1805, le mura di Vilnius furono abbattute, rimanendo solo la Porta dell'Aurora (conosciuta anche come Aušros vartai, Medininkų vartai o Ostra Brama, Вострая Брама). Nel 1803 Alessandro I ristabilì l'Università di lingua polacca, mentre nel 1812 la città fu conquistata da Napoleone nella sua campagna di Russia. Dopo che questa fallì, la Grande Armée si ritirò dall'area dove morirono 80.000 soldati francesi e furono sepolti nelle trincee che avevano costruito mesi prima. Dopo la rivolta di novembre, l'Università di Vilnius fu chiusa e le repressioni si dimostrarono assai nocive per la crescita dell'agglomerato. I disordini civili nel 1861 furono soppressi con la forza dall'esercito imperiale russo e si impose la legge marziale; a nulla valse placare gli animi con l'appena avvenuta abolizione della servitù della gleba. Per via delle numerose insurrezioni accadute nel corso della rivolta di gennaio del 1863, Mosca decise di intervenire una seconda volta con il pugno duro. Il 13 maggio 1863 lo zar Alessandro II di Russia nominò Michail Nikolaevič Murav'ëv-Vilenskij a capo del Governatorato di Vil'na, divenuto presto conosciuto per le modalità con cui represse i focolai di protesta, tanto da guadagnarsi il poco invidiabile appellativo di "boia". Dopo la rivolta, entrò in vigore il bando della stampa lituana, attivo dal 1865 al 1904, con cui si vietò la stampa di testi scritti in lingua lituana adoperando l'alfabeto latino. Gli knygnešiai, ovvero i contrabbandieri di libri, agirono in tutta la Lituania, inclusa Vilnius.
Durante la seconda metà del XIX e l'inizio del XX secolo, la città sperimentò un periodo di rilancio per le minoranze locali; la comunità ebraica prese parte al movimento di risveglio nazionale, il quale spingeva per l'indipendenza e per la nomina di Vilnius come capitale. Vilnius fu uno dei luoghi più tolleranti, progressisti e liberali della Lituania, retaggio derivante dagli anni del Granducato di Lituania. Uno dei più importanti poeti e scrittori polacchi e bielorussi pubblicò le loro opere nel XX secolo in quel momento. Fu il luogo in cui fu fondato il primo settimanale bielorusso di breve durata noto come Naša Niva.
Vilnius divenne un importante luogo d'azione del risveglio nazionale lituana il 4-5 dicembre 1905, quando si tenne il Grande Seimas nel Palazzo dell'attuale Filarmonica Nazionale, con oltre 2.000 delegati provenienti da tutte le regioni della Lituania e dall'estero. Si decise di invocare la creazione di uno Stato autonomo di etnia lituana all'interno dell'Impero russo con il suo parlamento (Seimas) a Vilnius.
La vita culturale riprese a fiorire dopo la rivoluzione russa del 1905. La Società degli Amici della Scienza di Wilno vide la luce nel 1906 allo scopo di pubblicare opere in lingua polacca e realizzare contributi scientifici. La Biblioteca Emilia e Eustachy Wróblewski, fulcro della cultura polacca, macaque nel 1912, esattamente lo stesso anno di quando il teatro polacco riaprì i battenti. Nonostante tali aperture, le politiche di russificazione esercitate nei decenni precedenti si fecero ancora sentire, tanto che per le sue visioni eccessivamente revisioniste del sistema russo il vescovo Eduard Baron von der Ropp, nel 1907, fu allontanato da Vilnius a Vicebsk.
I russi persero la città nel corso della prima guerra mondiale in favore dell'Impero tedesco, il quale restò nella regione dal 1915 al 1918.
Periodo interbellico Guerra polacco-lituana
Quando vi era ancora l'occupazione tedesca, il Consiglio di Lituania proclamò l'atto d'indipendenza della Lituania a Vilnius il 16 febbraio 1918. In esso, si esplicava la volontà da parte dei lituani di dare vita a uno Stato indipendente con Vilnius come capitale. L'amministrazione civile tedesca dell'Ober Ost rifiutò di consegnare la piena autorità alla Lituania, preferendo invece sponsorizzare la costituzione di Stati satellite che avrebbero permesso alla Germania di esercitare la sua influenza molto a est in Europa.
Alla fine, il 1º gennaio 1919, la guarnigione tedesca si ritirò e cedette l'autorità sulla città a un comitato polacco locale, contro le richieste dell'amministrazione lituana: tale evento permise la costituzione di un'amministrazione polacca composta da ex membri delle formazioni locali di autodifesa polacca, a quel tempo arruolati nel Wojska Lądowe. In contemporanea, i lituani si ritirarono insieme ai tedeschi. Il 5 gennaio 1919 la città fu presa dalle forze bolsceviche che avanzavano da est e Vilnius fu proclamata la capitale della Litbel (la Repubblica Socialista Sovietica Lituano-Bielorussa). Per i successivi quattro mesi la città divenne un fantoccio in mano ai comunisti, mentre imperversava la guerra polacco-sovietica. Il 19 aprile 1919 la città fu nuovamente conquistata dalla Polonia nell'ambito dell'offensiva di Vilna, passando di nuovo quindici mesi dopo, il 14 luglio 1920, dalle forze sovietiche: in quest'occasione, i lituani appoggiarono i sovietici poiché fu loro promessa Vilnius e il suo circondario.