La regola dell'N-terminale è una regola che definisce il tasso di degradazione delle proteine attraverso il riconoscimento del residuo N-terminale proteico. La regola stabilisce che l'aminoacido N-terminale di una proteina determina il suo tempo di dimezzamento (tempo dopo il quale viene degradata la metà della quantità totale di un dato polipeptide). La regola si applica sia agli organismi eucarioti che a quelli procarioti, ma con intensità, caratteristiche e risultati diversi. Nelle cellule eucariotiche, questi residui N-terminali sono riconosciuti e presi di mira dalle ligasi ubiquitiniche, che mediano l'ubiquitinazione, segnando così la proteina per la degradazione. La regola è stata inizialmente scoperta da Alexander Varshavsky e collaboratori nel 1986 presso l'Istituto di tecnologia del Massachusetts. Tuttavia, di questa "regola" si possono dedurre solo stime approssimative dell'emivita delle proteine, poiché cambiamenti degli aminoacidi N-terminali possono portare a variabilità e anomalie, mentre l'impatto degli aminoacidi possono dipendere dell'organismo coinvolto. Altri segnali di degradazione, noti come degroni, possono anche essere trovati nella sequenza.
Emivite per amminoacido Dipendendo della specie e dell'aminoacido in posizione N-terminale, si sono riscontrate emivite diverse:
Specie Amminoacidi Emivita Escherichia coliA. Varshavsky: The N-end rule pathway of protein degradation. In: Genes Cells. (1997), Band 2(1), S. 13–28. PMID 9112437. PDF. Arg, Lys, Phe, Leu, Trp, Tyr tutti gli altri 2 min > 10 h Saccharomyces cerevisiae(Lievito) Met, Gly, Ala, Ser, Thr, Val, Cys Pro Ile, Glu Tyr, Gln Leu, Phe, Trp, Asp, Asn, Lys, His Arg > 30 h 5 h 30 min 10 min 3 min 2 min MammiferiD. K. Gonda et al.: Universality and Structure of the N-end Rule. In: Journal of Biological Chemistry (1989), Band 264:28, S. 16700–16712, PMID 2506181. Val Met, Gly Pro, Ile Thr Leu Ala His Trp, Tyr Ser Asn Lys Cys Asp, Phe Glu, Arg Gln 100 h 30 h 20 h 7,2 h 5,5 h 4,4 h 3,5 h 2,8 h 1,9 h 1,4 h 1,3 h 1,2 h 1,1 h 1 h 48 min
Note
Categoria:Struttura proteica