Carriera Club Cresciuto nel , Ejupi nel 2010 debutta in prima squadra, che all'epoca disputava il campionato di Division 1 ovvero la terza serie nazionale. Rimane in rosa anche l'anno seguente, sempre disputando la Division 1.
Nel gennaio del 2012 si trasferisce al , scendendo di una categoria visto che la squadra militava in Division 2, trovando però più spazio viste le 40 presenze in campionato fatte registrare complessivamente nei suoi due anni di permanenza.
In vista della stagione 2014, fa ritorno al Kristianstads FF in Division 1. Nell'annata 2015 ha modo di giocare insieme al fratello minore Ylber, poi entrambi lasciano la squadra.
La carriera di Ejupi prosegue nel , altra formazione di Division 1, con cui firma un contratto annuale.
Nel novembre del 2016 è stato reso noto che – a partire dal successivo gennaio – Ejupi sarebbe tornato a giocare a Kristianstad per una nuova società di Division 1, il , nata dalla fusione tra il suo vecchio Kristianstads FF e il Kristianstad BoIS. Al termine di un'annata in cui ha divergenze con il nuovo tecnico Atli Eðvaldsson, subentrato a stagione in corso, esercita un'opzione per lasciare la squadra.
A partire dal 2018, Ejupi diventa un giocatore del e debutta così nel campionato di Superettan, la seconda serie nazionale, sotto la guida dell'allenatore Joakim Persson con cui aveva iniziato la stagione precedente al Kristianstad FC prima dell'esonero di quest'ultimo. Al primo anno al Varberg si impone subito come titolare fisso, colleziona infatti 26 presenze, tutte dal primo minuto. I neroverdi terminano quel campionato in terzultima posizione, ma nella sfida di ritorno del doppio spareggio contro l'Oskarshamns AIK è proprio Ejupi a siglare il gol che vale la salvezza. Il 2019 è invece l'anno in cui il Varberg centra la prima promozione in Allsvenskan nella storia del club, ed Ejupi contribuisce con 3 reti in 29 presenze, saltando solo una partita (per somma di ammonizioni). Nel 2020 dunque anche lo stesso Ejupi esordisce nella massima serie svedese, continuando a giocare gran parte delle partite nell'undici di partenza del tecnico Persson. Decide poi di non rinnovare il proprio contratto con il Varberg in scadenza il 30 novembre 2020, svincolandosi, ma prima dell'inizio del campionato 2021 è tornato ad unirsi al Varberg con un contratto annuale.
Il 10 marzo 2022 si è unito fino al successivo dicembre all'Helsingborg, squadra neopromossa in Allsvenskan che era alla ricerca di un centrocampista dopo il grave infortunio occorso a Brandur Hendriksson Olsen.
Prima dell'inizio della stagione 2022-2023 si è legato per due anni agli austriaci dell'.
Statistiche Presenze e reti nei club Statistiche aggiornate all'8 novembre 2020.
StagioneSquadraCampionatoCoppe nazionaliCoppe continentaliAltre coppeTotaleCompPresRetiCompPresRetiCompPresRetiCompPresRetiPresReti 2010 D1 7 0 CS 0 0 - - - - - - 7 0 2011 D1 9 0 CS 0 0 - - - - - - 9 0 2012 D2 19 1 CS 0 0 - - - - - - 19 1 2013 D2 21 1 CS 0 0 - - - - - - 21 1Totale Sölvesborgs GoIF 40 2 0 0 - - - - 40 2 2014 D1 24 3 CS 5 1 - - - - - - 29 4 2015 D1 24 1 CS 2 2 - - - - - - 26 3Totale Kristianstads FF 64 4 7 3 - - - - 71 7 2016 D1 19 0 CS 1 1 - - - - - - 20 1 2017 D1 20 4 CS+CS 4 0 - - - - - - 22 4 2018 B 26+2 6+1Nel play-out. CS 3 0 - - - - - - 31 7 2019 B 29 3 CS 3 0 - - - - - - 32 3 2020 A 25 1 CS 2 0 - - - - - - 27 1Totale Varberg 80+2 10+1 8 0 - - - - 90 11Totale carriera 223+2 20+1 20 4 - - - - 245 25
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