Carriera motociclistica Baltisberger è nato nel distretto di Betzingen di Reutlingen, in Germania. Suo padre era un medico, aveva tre sorelle e un fratello.
Partecipò a varie stagioni del motomondiale, a partire dal 1951 in cui sfiorò per la prima volta i punti in occasione del Gran Premio di Svizzera in classe 500 guidando una Norton e in classe 350 guidando una AJS. Ottenuti i suoi primi punti l'anno successivo alla guida di una BMW in classe 500, divenne pilota ufficiale della NSU dal motomondiale 1954, in squadra con Rupert Hollaus, Werner Haas e Hermann Paul Müller, e con questa casa ottenne i suoi 5 piazzamenti a podio, senza tuttavia ottenere alcuna vittoria.
Il suo anno migliore fu nel 1954 quando terminò la stagione al quinto posto nel campionato del mondo classe 250.
Durante la carriera ottenne anche due titoli nazionali tedeschi nel 1955 e 1956.
Baltisberger morì mentre guidava una NSU Max 250 al Gran Premio della Cecoslovacchia del 1956, un evento fuori concorso del motomondiale sul circuito Masaryk di Brno.
Risultati nel motomondiale Classe 500
Classe 350
Classe 250
Classe 125
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