Laureato in ingegneria gestionale, è stato nel consiglio direttivo dell'Associazione Corridori Ciclisti Professionisti Italiani in qualità di revisore dei conti, e in quello della Federciclismo in quota atleti. Dal 2015 al 2018 è stato direttore sportivo del team BMC, mentre dal 2021 è direttore sportivo del Team BikeExchange, noto dal 2023 come Team Jayco AlUla.
Carriera Passa professionista nel 1999 con la squadra Lampre, dopo alcuni mesi a fine 1998 come stagista al Team Polti: nello stesso 1999 si aggiudica il Gran Premio d'Europa, cronometro a coppie insieme a Raivis Belohvoščiks. Nel 2003 vince una frazione alla Vuelta al País Vasco. Nel 2005 passa alla formazione spagnola Saunier Duval-Prodir, e in stagione si laurea campione italiano a cronometro. L'anno dopo è campione italiano di inseguimento individuale su pista.
Nel 2007 si trasferisce alla tedesca T-Mobile (nota come Columbia e HTC negli anni seguenti). Al Giro d'Italia di quell'anno, con una fuga nella tappa da Tivoli a Spoleto, conquista la sua prima maglia rosa lasciando la tappa a Luis Laverde; difenderà il primato per 4 giorni, per poi cedere la maglia ad Andrea Noè nella tappa del Santuario di Nostra Signora della Guardia Ai campionati italiani arriva secondo a cronometro ma, causa la seguente positività del vincitore Luca Ascani, bissa il titolo tricolore di due anni prima. Anche nel 2008 si conferma specialista delle corse contro il tempo, vincendo il suo terzo titolo italiano a cronometro a Montichiari; l'anno dopo fa suo il quarto titolo italiano a cronometro, nella Settimana Tricolore di Imola, il terzo consecutivo, oltre a conquistare una tappa in linea alla Vuelta al País Vasco (come già nel 2003).
Nel 2010 comincia subito la stagione classificandosi quarto al Tour of Oman e quinto alla Vuelta al País Vasco. Per prepararsi al meglio al Giro d'Italia prende parte al Giro di Romandia come capitano della Columbia, vincendo il prologo della corsa e concludendo settimo in graduatoria generale. Al Giro d'Italia si classifica nono, suo record, arrivando insieme ai migliori nelle salite più dure e concludendo molto bene anche le cronometro: è infatti decimo posto nel prologo di Amsterdam, terzo con la sua squadra nella cronosquadre di Cuneo, quarto nella settima tappa, quella di Montalcino con gli sterrati delle "strade bianche", settimo nella dodicesima frazione, difendendo la "Top 10" generale sullo Zoncolan e nella cronoscalata a Plan de Corones; nella cronometro conclusiva di Verona è infine secondo, battuto da Gustav Larsson per soli due secondi. A giugno conquista la prova a cronometro nella Settimana Tricolore di Treviso battendo Dario Cataldo e Adriano Malori. Convocato dal c.t. Paolo Bettini per i campionati del mondo di Melbourne, deve rinunciare a causa di un'infezione alle vie respiratorie.
Nel 2011 partecipa alla Tirreno-Adriatico, facendosi notare soprattutto nell'ultima tappa, una frazione a cronometro: ciò lo porta a concludere la corsa al sesto posto. In occasione del seguente Giro d'Italia la HTC-Highroad conquista il successo nella cronometro a squadre, ed essendo stato proprio Pinotti il primo a passare sotto il traguardo, si aggiudica il diritto di vestire la prima maglia rosa del Giro.
Per la stagione 2012 firma un contratto con la squadra statunitense BMC Racing Team, capitanata da Cadel Evans. In stagione vince la cronometro conclusiva del Giro d'Italia a Milano davanti a Geraint Thomas e Jesse Sergent, suo secondo successo nella corsa rosa. Dopo il Giro conclude terzo ai campionati italiani a cronometro a Levico Terme e quindi, dopo aver vinto una prova contro il tempo al Giro d'Austria, quinto nella cronometro su strada dei Giochi olimpici di Londra, a 2'09" dal vincitore Bradley Wiggins.
Al termine della stagione 2013 annuncia il ritiro dall'attività agonistica, non prima di aver vinto in stagione il suo sesto titolo nazionale nella prova a cronometro. Dopo il ritiro è stato per alcune stagioni, fino al 2018, direttore sportivo della sua ultima squadra, la BMC. Dal 2021 è invece nello staff tecnico della formazione australiana BikeExchange, svolgendo attività anche per la formazione femminile.
Palmarès Strada
1996 (Dilettanti) Trofeo Marcallo con Casone
1997 (Dilettanti) Coppa Ardigo
1998 (Polti, tre vittorie) 1ª tappa Giro Ciclistico Pesca e Nettarina di Romagna Igp (Ozzano dell'Emilia > Forlimpopoli) Medaglia d'Oro Città di Monza 5ª tappa Oberösterreich Rundfahrt (Linz > Budweis)
1999 (Lampre, una vittoria) Gran Premio d'Europa (con Raivis Belohvoščiks, cronocoppie)
2000 (Lampre, una vittoria) 5ª tappa Tour de Pologne (Szczawno-Zdrój > Wałbrzych)
2003 (Lampre, una vittoria) 4ª tappa Vuelta al País Vasco (Vitoria > Santesteban)
2005 (Saunier Duval - Prodir, una vittoria) Campionati italiani, prova a cronometro
2007 (T-Mobile Team, una vittoria) Campionati italiani, prova a cronometro
2008 (Team Columbia, tre vittorie) 21ª tappa Giro d'Italia (Cesano Maderno > Milano, cronometro) Campionati italiani, prova a cronometro Classifica generale Tour of Ireland
2009 (Team Columbia, due vittorie) 5ª tappa Vuelta al País Vasco (Güeñes > Zalla) Campionati italiani, prova a cronometro
2010 (Team HTC, due vittorie) Prologo Tour de Romandie (Porrentruy, cronometro) Campionati italiani, prova a cronometro
2012 (BMC Racing Team, due vittorie) 21ª tappa Giro d'Italia (Milano, cronometro) 7ª tappa Österreich-Rundfahrt (Podersdorf > Podersdorf, cronometro)
2013 (BMC Racing Team, una vittoria) Campionati italiani, prova a cronometro
Altri successi 2003 (Lampre) Classifica scalatori Vuelta al País Vasco
2004 (Lampre) 1ª tappa Tour de Langkawi (Taiping, cronosquadre)
2009 (Team Columbia) 3ª tappa Tour de Romandie (Yverdon-les-Bains, cronosquadre) 1ª tappa Giro d'Italia (Lido di Venezia, cronosquadre) Coppa Lella Mentasti - Gran Premio di Stresa
2011 (Team HTC) 1ª tappa Giro d'Italia (Venaria Reale > Torino, cronosquadre)
2012 (BMC Racing Team) 1ª tappa Giro del Trentino (Riva del Garda > Arco, cronosquadre) Classifica traguardi volanti Vuelta al País Vasco
Pista 2006 Campionati italiani, inseguimento individuale
Piazzamenti
Grandi Giri
Giro d'Italia 2005: 48º 2006: 60º 2007: 18º 2008: 65º 2009: 40º 2010: 9º 2011: ritirato (19ª tappa) 2012: 41º
Tour de France 1999: 113º 2001: 52º 2002: ritirato (5ª tappa)
Vuelta a España 2001: 126º 2013: non partito (12ª tappa)
Classiche monumento
Milano-Sanremo 2005: 117° 2006: 115° 2007: ritirato
Liegi-Bastogne-Liegi 2003: ritirato 2004: 111º
Giro di Lombardia 1999: ritirato 2001: ritirato 2003: ritirato 2005: 61º 2006: 35º 2008: 45º 2009: 86º 2010: ritirato 2013: ritirato
Competizioni mondiali
Campionati del mondo Valkenburg 1998 - Cronometro Under-23: 12º Plouay 2000 - Cronometro Elite: 10º Lisbona 2001 - Cronometro Elite: 25º Madrid 2005 - Cronometro Elite: 17º Salisburgo 2006 - Cronometro Elite: 20º Stoccarda 2007 - Cronometro Elite: 14º Varese 2008 - Cronometro Elite: 13º Mendrisio 2009 - Cronometro Elite: 5º Copenaghen 2011 - Cronometro Elite: 26º Limburgo 2012 - Cronosquadre: 2º Limburgo 2012 - Cronometro Elite: ritirato Toscana 2013 - Cronometro Elite: 7º
Giochi olimpici Londra 2012 - In linea: 107º Londra 2012 - Cronometro: 5º
Competizioni europee Campionati europei Uppsala 1998 - Cronometro Under-23: 2º
Riconoscimenti Memorial Bardelli nel 2007 e 2008
Note
Altri progetti
Collegamenti esterni