I Thermotogae rappresentano un phylum del dominio Bacteria. Il phylum Thermotogae è composto da batteri Gram-negativi, anaerobi, e per la maggior parte termofili e ipertermofili.Gupta, RS (2014) The Phylum Thermotogae. The Prokaryotes 989-1015. Springer Berlin Heidelberg.

Tassonomia Questo phylum consiste di una sola classe (Thermotogae), quattro ordini (Thermotogales, Kosmotogales, Petrotogales, e Mesoaciditogales) e cinque famiglie (Thermatogaceae, Fervidobacteriaceae, Kosmotogaceae, Petrotogaceae, e Mesoaciditogaceae).Reysenbach, A.-L. (2001) Phylum BII. Thermotogae phy. nov. In: Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, pp. 369-387. Eds D. R. Boone, R. W. Castenholz. Springer-Verlag: Berlin. Contiene un totale di 15 generi e 52 specie.Euzeby JP. List of prokaryotic names with standing in nomenclature. http://www.bacterio.cict.fr/t/thermotogales.

La seguente filogenesi è basata sul lavoro di All-Species Living Tree Project.

La tassonomia correntemente accettata è basata su List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LSPN) and the National Center for Biotechnology Information (NCBI).

Phylum Thermotogae Reysenbach 2002 emend. Bhandari & Gupta 2014 [Thermotogaeota Oren et al. 2015] Classe Thermotogae Reysenbach 2002 [Togobacteria Cavalier-Smith 2002] Genere Caldotoga Xue et al. 1999 Specie Caldotoga fontana Xue et al. 1999 Ordine Thermotogales Reysenbach 2002 emend. Bhandari & Gupta 2014 Famiglia Fervidobacteriaceae Bhandari & Gupta 2014 Genere Fervidobacterium Patel et al. 1985 Specie ?F. pennivorans Friedrich and Antranikian 1999 Specie F. changbaicum Cai et al. 2007 Specie F. gondwanense Andrews and Patel Specie F. islandicum Huber et al. 1991 Specie F. nodosum Patel et al. 1985 (specie tipo) Specie F. riparium Podosokorskaya et al. 2011 Genere Thermosipho Huber et al. 1989 emend. Ravot et al. 1996 Specie ?T. ferriphilus Kendall et al. 2002 Specie T. activus Podosokorskaya et al. 2014 Specie T. affectus Podosokorskaya et al. 2011 Specie T. africanus Huber et al. 1989 emend. Ravot et al. 1996 (specie tipo) Specie T. atlanticus Urios et al. 2004 Specie T. geolei L'Haridon et al. 2001 Specie T. globiformans Kuwabara et al. 2011 Specie T. japonicus Takai and Horikoshi 2000 Specie T. melanesiensis Antoine et al. 1997 Famiglia Thermotogaceae Reysenbach 2002 emend. Bhandari & Gupta 2014 Genere Pseudothermotoga Bhandari & Gupta 2014 Specie P. elfii (Ravot et al. 1995) Bhandari & Gupta 2014 [Thermotoga elfii Ravot et al. 1995] Specie P. hypogea (Fardeau et al. 1997) Bhandari & Gupta 2014 [Thermotoga hypogea Fardeau et al. 1997] Specie P. lettingae (Balk, Weijma & Stams 2002) Bhandari & Gupta 2014 [Thermotoga lettingae Balk, Weijma & Stams 2002] Specie P. thermarum (Windberger et al. 1992) Bhandari & Gupta 2014 [Thermotoga thermarum Windberger et al. 1992] Specie P. subterranea (Jeanthon et al. 2000) Bhandari & Gupta 2014 [Thermotoga subterranea Jeanthon et al. 2000] Genere ?Thermopallium Duckworth et al. 1996 Specie Thermopallium natronophilum Duckworth et al. 1996 Genere Thermotoga Stetter and Huber 1986 Specie ?T. katamachii Takahata et al. 2000 Specie ?T. kuroii Takahata et al. 2000 Specie T. maritima Stetter and Huber 1986 (specie tipo) Specie T. naphthophila Takahata et al. 2001 Specie T. neapolitana Jannasch et al. 1989 Specie T. petrophila Takahata et al. 2001 Ordine Kosmotogales Bhandari & Gupta 2014 Famiglia Kosmotogaceae Bhandari & Gupta 2014 Genere Kosmotoga DiPippo et al. 2009 emend. Nunoura et al. 2010 [Thermococcoides Feng et al. 2010] Specie K. arenicorallina Nunoura et al. 2011 Specie K. olearia DiPippo et al. 2009 (specie tipo) Specie K. pacifica L'Haridon et al. 2016 Specie K. shengliensis (Feng et al. 2010) Nunoura et al. 2013 [Thermococcoides shengliensis Feng et al. 2010] Genere Mesotoga Nesbo et al. 2013 Specie M. infera Ben et al. 2013 Specie M. prima Nesbo et al. 2013 Ordine Mesoaciditogales Itoh et al. 2015 Famiglia Mesoaciditogaceae Itoh et al. 2015 Genere Athalassotoga Itoh et al. 2015 Specie Athalassotoga saccharophila Itoh et al. 2015 Genere Mesoaciditoga Reysenbach et al. 2013 Specie Mesoaciditoga lauensis Reysenbach et al. 2013 Ordine Petrotogales Bhandari & Gupta 2014 Famiglia Petrotogaceae Bhandari & Gupta 2014 Genere Defluviitoga Ben Hania et al. 2012 Specie Defluviitoga tunisiensis Ben Hania et al. 2012 Genere Geotoga Davey et al. 1993 Specie G. aestuarianus Holton et al. 2002 Specie G. petraea Davey et al. 1993 (specie tipo) Specie G. subterranea Davey et al. 1993 Genere Marinitoga Wery et al. 2001 Specie M. hydrogenitolerans Postec et al. 2005 Specie M. camini Wery et al. 2001 (specie tipo) Specie M. litoralis Postec et al. 2010 Specie M. okinawensis Nunoura et al. 2007 Specie M. piezophila Alain et al. 2002 Genere Oceanotoga Jayasinghearachchi and Lal 2011 Specie Oceanotoga teriensis Jayasinghearachchi and Lal 2011 Genere Petrotoga Davey et al. 1993 Specie P. halophila Miranda-Tello et al. 2007 Specie P. mexicana Miranda-Tello et al. 2004 Specie P. miotherma Davey et al. 1993 (specie tipo) Specie P. mobilis Lien et al. 1998 Specie P. olearia L'Haridon et al. 2002 Specie P. sibirica L'Haridon et al. 2002

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