La cronometro maschile Junior dei Campionati europei di ciclismo su strada 2020, sedicesima edizione della prova, si disputò il 24 agosto 2020 su un percorso di 25,6 km con partenza ed arrivo a Plouay, in Francia. La medaglia d'oro fu appannaggio della ceca Mathias Vacek, il quale completò il percorso con il tempo di 32'39"13, alla media di 47,04 km/h; l'argento andò al tedesco Marco Brenner e bronzo all'italiano Lorenzo Milesi.
Accreditati alla partenza 36 ciclisti, dei quali 33 ne presero parte e completarono la gara.
Ordine d'arrivo (Top 10) CorridoreSquadraTempo1 Mathias VacekRep. Ceca32'39"132 Marco BrennerGermaniaa 4"3 Lorenzo Milesia 18"4 Fran MiholjevićCroaziaa 47"5 Juan AyusoSpagnaa 53"6 Joonas KuritsEstoniaa 1'01"7 Pavel BittnerRep. Cecaa 1'10"8 Eddy Le HuitouzeFranciaa 1'11"9 Cian UijtdebroeksBelgioa 1'12"10 Igor ArrietaSpagnaa 1'13"
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Categoria:Campionati europei di ciclismo su strada 2020