AlphaFold è un programma di intelligenza artificiale sviluppato da DeepMind (Alphabet/Google) per predire la struttura tridimensionale delle proteine. Il programma è stato progettato come un sistema di deep learning.
Storia Il software di AlphaFold è stato distribuito in più versioni. La prima nel 2018 AlphaFold 1 con la quale un'equipe di ricercatori si è posizionata al primo posto del 13° CASP (valutazione critica di tecniche per la predizione della struttura delle proteine). Con la versione AlphaFold 2 del 2020 si è posizionata nuovamente al 1º posto nella 14ª edizione del torneo CASP.. L'equipe ha raggiunto un livello di accuratezza distaccando nettamente tutti gli altri. Ha raggiunto un punteggio superiore a 90 per circa i 2/3 delle proteine del Global distance test di CASP, un test che misura il grado di un programma computazionale di predire una struttura proteica- comparata ad una struttura determinata in un esperimento di laboratorio, con valore 100 come riscontro perfettoRobert F. Service, ‘The game has changed.’ AI triumphs at solving protein structures, Science, 30 November 2020.
Il 22 luglio 2021, con uno sforzo congiunto tra AlphaFold e EMBL-EBI (Istituto europeo di bioinformatica), è stata pubblicata la base dati AlphaFold Protein Structure Database che contiene quasi tutte le strutture proteiche predette (circa 365.000) del proteoma umano UniProt e di 20 organismi modello. Il 28 luglio 2022 sono state pubblicate le strutture tridimensionali di oltre 200 milioni di proteine. Le proteine provengono da oltre 1 milioni di individui tra esseri umani, animali, piante, batteri e altri organismi. L'archivio è open source e liberamente consultabile su GitHub. Sempre nel 2022, il software rivale Meta AI ha predetto la struttura di 600 milioni di proteine. L'8 maggio 2024 viene prodotta AlphaFold 3 che è in grado di predire oltre alla struttura delle proteine, del DNA e dell'RNA, anche dei ligandi e le loro interazioni grazie ad una architettura di deep learning denominata Pairformer, versione evoluta dal precedente EvoFormer
Note
Altri progetti
Collegamenti esterni
Open access to protein structure predictions for the human proteome and 20 other key organisms presso l'istituto European Bioinformatics Institute
AlphaFold: The making of a scientific breakthrough, DeepMind, via YouTube. ColabFold (), version for homooligomeric prediction and complexes
Categoria:Apprendimento automatico Categoria:Intelligenza artificiale Categoria:Struttura proteica