Per un certo numero di anni dopo le controverse consacrazioni del 1988, il dialogo fra la Fraternità sacerdotale San Pio X e la Santa Sede fu scarso o del tutto assente. Questo stato di cose finì quando i fedeli di mons. Lefebvre condussero un grande pellegrinaggio a Roma per il Giubileo dell'anno 2000.
Status precedente alle consacrazioni di Écône Quando fu fondata nel 1970, la Fraternità Sacerdotale Pio X aveva una chiara approvazione canonica, sebbene solo per un periodo di sei anni. Poco dopo la sua istituzione, Mons. Lefebvre iniziò ad avere relazioni tese con alcune autorità ecclesiastiche. La situazione raggiunse il culmine nel 1974, quando rilasciò una dichiarazione pubblica in cui metteva in discussione la validità del Concilio Vaticano II e delle sue riforme. L'anno successivo ciò indusse la Santa Sede e papa Paolo VI alla soppressione della FSSPX. Nel 1976, egli procedette all'ordinazione dei suoi seminaristi senza l'approvazione canonica e, pertanto, subì la sanzione della sospensione ab ordinum collatione per un anno. A seguito di un ulteriore esame da parte del Vaticano, gli venne inflitta un'ulteriore sanzione, la sospensione a divinis, e gli venne vietato l'esercizio di qualsiasi funzione sacerdotale.
Questa situazione poco chiara si protrasse fino al maggio 1988, quando, a seguito di negoziati con il cardinale Joseph Ratzinger, allora prefetto della Congregazione per la Dottrina della Fede, Lefebvre firmò un protocollo volto a regolarizzare lo status canonico della FSSPX. La prima parte del documento riguardava la dottrina, e in essa si accettava che la FSSPX: promettesse fedeltà alla Chiesa cattolica e al Papa; accettasse la dottrina sul Magistero contenuta nella sezione 25 della Lumen gentium; si impegnasse a evitare ogni polemica e ad adottare un atteggiamento positivo nei confronti della Santa Sede; riconoscesse la validità della Messa e dei sacramenti, come promulgati dai papi Paolo VI e Giovanni Paolo II; promettesse di rispettare la disciplina comune della Chiesa e le sue leggi, comprese le disposizioni speciali concesse alla Fraternità.
La seconda parte del protocollo era di natura giuridica e illustrava in dettaglio gli aspetti canonici relativi al funzionamento della FSSPX. Questa parte era suddivisa in sei sezioni. In primo luogo, la FSSPX sarebbe stata regolarizzata canonicamente come società clericale di vita apostolica, ottenendo così un buon livello di autonomia e la possibilità di incardinare i propri membri. In secondo luogo, sarebbe stata istituita una commissione romana per gestire eventuali controversie sorte con la Fraternità. Due membri della Fraternità avrebbero fatto parte di questa commissione. In terzo luogo, il protocollo definiva canonicamente il rapporto tra le varie categorie di persone e la Fraternità; in particolare, per quanto riguardava i laici, si precisava che sarebbero rimasti sotto la giurisdizione del vescovo diocesano, ma avrebbero potuto rivolgersi alla Fraternità «in ragione dei riti liturgici [presumibilmente tridentini]». In quarto luogo, stabiliva le condizioni alle quali possono essere effettuate le ordinazioni. Nell'immediato, lo stesso Lefebvre sarebbe stato autorizzato a conferire le ordinazioni, mentre a lungo termine il protocollo prevedeva una procedura più regolare. In quinto luogo, si proponeva che papa Giovanni Paolo II nominasse un vescovo della Fraternità presentato da Lefebvre. Tale vescovo non avrebbe dovuto essere il Superiore generale della Fraternità, ma avrebbe dovuto far parte della Pontificia Commissione. In sesto luogo, il protocollo prevedeva la revoca di tutte le sanzioni canoniche nei confronti di Lefebvre e l'applicazione di una «amnistia» a tutte le case della Fraternità che fino a quel momento avevano operato senza approvazione ecclesiastica.
Poco dopo aver firmato il protocollo, Lefebvre iniziò ad avere dei ripensamenti al riguardo e li espresse in una comunicazione a Ratzinger. In una lettera del 2 giugno, espresse la sua intenzione di consacrare vescovi senza l'approvazione papale. Il 9 giugno Giovanni Paolo II gli scrisse, chiedendogli di non procedere. Il 15 giugno, egli annunciò l'intenzione di consacrare quattro vescovi, cosa che fece il 30 giugno 1988. Nel sermone pronunciato durante tale evento, Lefebvre sostenne che era necessario consacrare i vescovi per preservare la tradizione dalle distorsioni successive al Concilio Vaticano II e rimanere così fedele a Roma.
Durante il pontificato di Giovanni Paolo II Il 2 luglio 1988 papa Giovanni Paolo II istituì la Pontificia commissione "Ecclesia Dei" (PCED) per la cura pastorale di coloro che avevano interrotto i rapporti con la FSPPX a seguito della quattro consacrazioni episcopali del 30 giugno 1988, atto che la Santa Sede ritenne illecito e scismatico.: “tale disobbedienza - che porta con sé un rifiuto pratico del Primato romano - costituisce un atto scismatico… La radice di questo atto scismatico è individuabile in una incompleta e contraddittoria nozione di Traditione.”
Giovanni Paolo II definì tale atto come radicato in «una nozione incompleta e contraddittoria della Tradizione» e rivolse a tutti i seguaci del movimento lefebvriano un appello «solenne e accorato» perché si sottomettessero alla legittima autorità pontificia e cessassero di fornire qualsiasi sostegno a detto movimento. A ciò aggiunse l'avvertimento che «l'adesione formale allo scisma è una grave offesa a Dio e comporta la pena della scomunica decretata dal diritto della Chiesa».
La commissione inizialmente collaborò con padre Josef Bisig per istituire la Fraternità Sacerdotale San Pietro e poi rimase dormiente fino al 2000.
La PCED era nata per aiutare quei membri e aderenti della Fraternità Sacerdotale San Pio X (FSSPX) che desideravano «rimanere uniti al Successore di Pietro nella Chiesa cattolica, pur conservando le loro tradizioni spirituali e liturgiche», a rientrare nella «piena comunione ecclesiale».
Questione dello stato scismatico della FSPPX Negli anni successivi all'istituzione della PCED, il Vaticano ha costantemente sconsigliato la partecipazione alle liturgie della FSSPX, mettendo in guardia dai pericoli di un'adesione formale allo scisma di Lefebvre che ne avrebbero potuto derivare, pur restando al contempo restio a dichiarare scismatico chiunque partecipasse al rito tridentino. Diverse lettere inviate da commissioni vaticane negli anni '90 mostrano che, in generale, il Vaticano riteneva che, sebbene i sacerdoti della FSSPX probabilmente soddisfacessero i requisiti per essere considerati formalmente scismatici, non fosse possibile stabilire che i laici associati alla FSSPX lo fossero formalmente.
Il caso Hawaii Six Il 18 gennaio 1991, il vescovo di Honolulu Joseph Ferrario emise un ammonimento canonico formale nei confronti della laica Patricia Morley, affermando che lei e i suoi collaboratori erano coinvolti in attività scismatiche in relazione alla Fraternità sacerdotale San Pio X (FSSPX) e che sarebbero stati dichiarati scomunicati se avessero continuato a compierle. Il 1° maggio 1991, il vescovo Ferrario emise una dichiarazione formale secondo la quale i laici in questione erano stati scomunicati ipso facto. Morley e i suoi sostenitori presentarono ricorso contro questa decisione al Vaticano e, dopo diversi scambi, ottennero infine una tregua con una lettera del 4 giugno 1993 della Congregazione per la Dottrina della Fede, firmata dall'allora prefetto, Joseph Ratzinger. Nella lettera si affermava che la dichiarazione di scomunica del vescovo Ferrario era nulla, in quanto le azioni di Morley, «sebbene riprovevoli sotto vari aspetti, non erano sufficienti a costituire il delitto di scisma». La FSSPX considerò questa decisione una conferma a proprio favore, poiché aveva «dimostrato che assistere alla messa o ricevere i sacramenti in una cappella della FSSPX non era considerato un atto scismatico, né tantomeno meritevole di scomunica».
In una lettera del 1995, monsignor Camille Perl, segretario del PCED, chiarì che la decisione del Vaticano nel caso specifico «non conferiva l'approvazione della Chiesa alla Fraternità Sacerdotale San Pio X né a coloro che frequentano le sue cappelle». Nella stessa lettera, Perl spiegava che sarebbe stato «moralmente illecito per i fedeli partecipare alle messe della FSSPX» a meno che non fossero fisicamente o moralmente impossibilitati a partecipare a un rito celebrato da un sacerdote cattolico in regola, e aggiungeva che l'indisponibilità di una messa tridentina «non è considerata un motivo sufficiente per assistere a tali messe [della FSSPX]». Perl segnalava inoltre la possibilità di cadere nello scisma qualora si frequentasse ripetutamente la FSSPX: «Sebbene sia vero che la partecipazione alla Messa e ai sacramenti nelle cappelle della Fraternità Sacerdotale San Pio X non costituisce di per sé una “adesione formale allo scisma”, tale adesione può verificarsi nel corso del tempo, man mano che si assimila lentamente una mentalità che si allontana dal magistero del Sommo Pontefice».
Pontificio Consiglio per i Testi Legislativi Nel 1996, il Pontificio Consiglio per l'Interpretazione dei Testi Legislativi (PCILT) rispose a una domanda del vescovo Norbert Brunner (Diocesi di Sion), riguardante la corretta interpretazione del motu proprio Ecclesia Dei. Pur affermando che le preoccupazioni del vescovo Brunner non soddisfacevano i requisiti per un'"interpretazione autentica", il PCILT fornì dieci note chiarificatrici che potevano essere d'aiuto per le sue preoccupazioni pastorali relative alla FSSPX.
Queste note affermarono in modo inequivocabile che «non si può ragionevolmente dubitare della validità della scomunica dei vescovi dichiarata nel motu proprio [Ecclesia Dei] e nel Decreto [Dominus Marcellus Lefebvre]». Il PCILT sottolineò che, per ottenere una scomunica latae sententiae, era necessaria un'adesione formale allo scisma, e fornì una descrizione provvisoria di cosa significasse quest'ultimo punto, indicando due requisiti: 1) «uno di natura interna, consistente in un consenso libero e informato sulla sostanza dello scisma»; 2) «l'altro di carattere esterno, consistente nell'esternazione di tale scelta».
Per quanto riguardava il requisito esterno, aggiunse che l'adesione esterna non manifestava necessariamente un'adesione interna, nemmeno nei fedeli che frequentavano le celebrazioni della FSSPX escludendo qualsiasi altra. Tuttavia, affermò che «nel caso dei diaconi e dei sacerdoti lefebvriani non sembra esservi dubbio che la loro attività ministeriale nell'ambito del movimento scismatico costituisca un segno più che evidente del fatto che i due requisiti» per l'adesione formale allo scisma «sono stati soddisfatti». Il PCILT ribadì:
Il Pontificio Consiglio inoltre pose l'accento sulla distinzione tra il peccato e il delitto canonico di scisma, punibile con la scomunica, per il quale erano necessarie le condizioni specifiche di cui ai canoni 1323–1324 del Codice di Diritto Canonico del 1983.
Ulteriori lettere da parte della Pontificia Commissione Ecclesia Dei