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La terza stagione di Ben 10, composta da 13 episodi, è stata trasmessa negli Stati Uniti d'America dal 25 novembre 2006 al 21 aprile 2007. Gli alieni all'interno dell'Omnitrix di questa stagione sono 19: Bestiale, 2×2, Materia Grigia, XLR8, Plusultra, Diamante, Mastica, Pungiglione, Pelle d'Oca, Inferno, Rotolone, Vite Elastica, Spitter, Buzzshock, Iguana Artica, Faraon, Blitzwolfer, Frankenstrike e Vomito.
nº Titolo originale Titolo italiano Prima TV USA 1 Ben 10,000 Il portale del tempo 25 novembre 2006 2 Midnight Madness Follia di mezzanotte 2 dicembre 2006 3 A Change of Face Il ritorno di Incantatrice 9 dicembre 2006 4 Merry Christmas Buon Natale 11 dicembre 2006 5 Benwolf Il lupo alieno 17 febbraio 2007 6 Game Over Ben e Gwen guerrieri sumo 24 febbraio 2007 7 Super Alien Hero Buddy Adventures Kangaroo Kommando 3 marzo 2007 8 Under Wraps La mummia aliena 10 marzo 2007 9 The Unnaturals Attacco al presidente 17 marzo 2007 10 Monster Weather Il mostro del tempo 24 marzo 2007 11 The Return Una brutta sorpresa per Ben 7 aprile 2007 12 Be Afraid of the Dark La Terra è in pericolo 14 aprile 2007 13 The Visitor Una vecchia fiamma 21 aprile 2007
Il portale del tempo Titolo originale: Ben 10,000 Diretto da: Sebastian Montes III Scritto da: Greg Weisman Trama È il compleanno di nonno Max e quando lui si allontana per un istante, Gwen viene rapita da una strana maga che la porta in un portale. Ben la insegue nei panni di XLR8. Attraversando il portale Ben e Gwen scoprono di essere nel futuro e conoscono loro stessi da adulti: Gwen, che ora si fa chiamare con il suo nome completo, Gwendolyne, adesso è una potente maga e Ben è un famoso supereroe con il soprannome di Ben 10.000, poiché ora ha accesso 10.000 forme aliene e, in più, ha anche sbloccato il controllo principale dell'Omnitrix. Dopo una battaglia contro il futuro Dr. Animus, lo scienziato riesce a far rivivere Vilgax, che il futuro Ben uccise anni fa, facendolo diventare ancora più forte di quanto fosse prima. Essendo a conoscenza delle future mosse degli alieni di Ben 10.000, Vilgax riesce continuamente a sopraffare l'eroe e la sua versione giovane. Ispirato dal Ben di 10 anni, Ben 10.000 si ritrasforma nella sua forma umana e così, usando un hoverboard, porta Vilgax davanti una grande vasca piena d'acqua dove viene spinto dentro da Diamante (giovane Ben) e congelato al suo interno da un alieno del grande Ben, che ha il potere di congelare con un raggio che spara dalla bocca. Il giovane Diamante nomina il nuovo alieno del sé futuro Iguana Artica (che poi, nelle serie successive, verrà rinominato "Arcticguana"). Dopo aver sconfitto anche Animus, Gwendolyne rispedisce i giovani Ben e Gwen nel presente, dove i due possono tornare a festeggiare il compleanno di Nonno Max insieme a lui.
Debutto degli alieni dell'Omnitrix: (di Ben 10.000) Spitter, Buzzshock e Iguana Artica.
Follia di mezzanotte Titolo originale: Midnight Madness Diretto da: Scooter Tidwell Scritto da: Marty Isenberg Trama Mentre stanno visitando un gigantesco centro commerciale, Ben e Gwen guardano lo show di un ipnotizzatore. Gwen fa offrire Ben come volontario e il conduttore, Sublimino, lo ipnotizza con successo. Quando gli viene chiesto di comportarsi come un alieno, Ben come gesto condizionato attiva l'Omnitrix e quasi si trasforma di fronte al pubblico. Anche se viene fermato da Gwen, i problemi non finiscono lì. Sublimino è capace di usare coloro che ipnotizza per fargli commettere crimini sotto ipnosi e Ben, equipaggiato con i suoi molti alieni, sembra essere un complice perfetto. Usando Ben, Sublimino ruba delle parti meccaniche per costruire un dispositivo ipnotico molto più grande, questa volta ipnotizzando l'intero centro commerciale con l'esclusione di Ben. Ben lo ferma come Vite Elastica e Sublimino viene presumibilmente arrestato.
Il ritorno di Incantatrice Titolo originale: A Change of Face Diretto da: Scooter Tidwell Scritto da: Thomas Pugsley e Greg Klein Trama Mentre i Tennyson stanno visitando Salem, nel Massachusetts, Incantatrice attacca in un tentativo di scambiare il proprio corpo con quello di Ben per ottenere i poteri dell'Omnitrix. Tuttavia, Gwen interferisce, provocando lo scambio di corpi di Incantatrice con sé stessa. Gwen viene arrestata quindi nel corpo di Incantatrice, mentre la vera Incantatrice rimane con gli incoscienti Ben e nonno Max e prova a preparare un altro incantesimo di scambio di corpi. Gwen scappa di prigione e torna dalla sua famiglia, cercando di convincere Ben della verità prima che Incantatrice provi di nuovo a ottenere il suo corpo. In ogni caso, Incantatrice riesce a produrre nuovamente l'incantesimo, finendo per tornare nel suo corpo ma scambiando nel frattempo Ben e Gwen. I due si scambiano i corpi nuovamente durante il terzo incantesimo di Incantatrice e Rotolone sconfigge la strega malvagia. Durante il combattimento, Gwen si procura il libro degli incantesimi di Incantatrice per imparare a usarlo.
Buon Natale Titolo originale: Merry Christmas Diretto da: Sebastian Montes III Scritto da: James Phillips Trama Ben, Gwen e nonno Max si imbattono in uno strano villaggio, governato da Mr Jingles, un uomo ossessionato dal Natale che crede che nonno Max sia Babbo Natale e lo cattura. Mentre Ben e Gwen esplorano la zona, i due vengono a sapere di uno strano incantesimo lanciato sul villaggio da uno dei suoi pochi elfi infedeli, che si rivela essere il figlio dell'uomo ossessionato dal Natale. Il villaggio venne congelato a Natale, negli anni '30, ma quando Ben, nelle sembianze di Pungiglione, traina una slitta condotta da Gwen e nonno Max e consegna tutti i regali che erano stati fatti, l'incantesimo del villaggio svanisce all'istante. Una strana curiosità: nella scena finale, insieme all'elfo che ha aiutato Ben, ormai tornato umano, si possono notare tre bambini che, a un'attenta analisi, risultano identici ai tre bambini ninja del Team Ebisu dell'anime Naruto: Konohamaru, Moegi e Udon.
Il lupo alieno Titolo originale: Benwolf Diretto da: Alex Soto Scritto da: Duncan Rouleau Trama Durante una visita dei Tennyson nel Nuovo Messico, una creatura simile a un lupo appare in un lampo di luce viola. Una volta lì, il lupo inizia a rubare equipaggiamento satellitare per motivi sconosciuti. Uno dei vecchi amici di nonno Max, Wes Green, crede che questo sia uno "Yenaldooshi Navajo", una sorta di lupo mannaro maledetto. Vite Elastica combatte la creatura, ma il lupo morde una delle radici del Florauna poco prima che Ben torni normale. Il lupo uccide quasi Ben nella sua forma umana, ma viene risparmiato quando lo Yenaldooshi graffia l'orologio invece che lui. Dopo l'accaduto, Ben inizia a trasformarsi lui stesso in un lupo mannaro, presumibilmente come effetto del morso. Gli altri cercano di uccidere lo Yenaldooshi prima della completa trasformazione di Ben. In ogni caso, il gruppo scopre che in realtà il lupo è un alieno. Graffiando l'Omnitrix, la creatura aveva aggiunto il suo DNA nel dispositivo, che ora stava gradualmente trasformando Ben in quella forma. Dopo essere tornato umano poco tempo dopo, Ben combatte il lupo mannaro alieno come Rotolone dentro un vulcano attivo, seppellendolo al suo interno. Il gruppo non riesce a trovare l'equipaggiamento mancante, ma crede che la minaccia sia finita. In ogni caso, l'alieno aveva finito di montare un trasmettitore con le parti rubate, che alla fine si attiva.
Debutto degli alieni dell'Omnitrix: Blitzwolfer.
Ben e Gwen guerrieri sumo Titolo originale: Game Over Diretto da: Scooter Tidwell Scritto da: Marty Isenberg Trama Ben e Gwen stanno giocando a un videogioco di Sumo Slammer e Gwen sta vincendo. Per ovviare alla cosa, Ben si trasforma in Plusultra e si fonde al computer per azzerare il punteggio di Gwen. Ma mentre Gwen prova a far uscire Ben, un fulmine colpisce il camper e li trasporta all'interno del gioco. Non passa molto tempo prima che i due scoprano che tutti gli alieni dell'Omnitrix sono bloccati e devono collezionare gettoni per attivarli. Ben e Gwen avanzano attraverso i livelli alla ricerca del gettone di Plusultra che gli permetterebbe di uscire dal gioco, ma il nemico principale del gioco, Kenko il mutaforma, ascolta la loro conversazione e decide di impossessarsi del gettone di Plusultra per uscire dal gioco e impossessarsi del mondo reale.
Kangaroo Kommando Titolo originale: Super Alien Hero Buddy Adventures Diretto da: Scooter Tidwell Scritto da: Marty Isenberg Trama Quando uno show televisivo chiamato "Le avventure degli Amici Supereroi Alieni", i cui protagonisti sono caricature cartoon di 2x2, Inferno e Bestiale, fa la sua comparsa, Ben ne vuole il merito. Inoltre, questo cartoon prende il posto dello show preferito di Ben, "Kangaroo Commando". Accade quindi che Ben e Gwen stiano visitando gli studi produttori dei due show, i Planetary Studios (probabilmente un gioco di parole sui famosi Universal Studios), così il ragazzo prova a parlare con il disegnatore del cartoon. Nel frattempo, strani incidenti iniziano ad accadere all'attore che interpreta Kangaroo Commando, permettendo convenientemente all'attore di fare la parte dell'eroe. Kangaroo Commando crede che sia l'artista produttore del cartoon, Tim Dean, il responsabile, ma Gwen sospetta di qualche scherzetto da parte di Kangaroo Commando.
La mummia aliena Titolo originale: Under Wraps Diretto da: Sebastian Montes III Scritto da: Greg Weisman Trama Per insegnare a Ben e Gwen il valore del duro lavoro, nonno Max li porta in una fattoria. Tuttavia, un ragazzino, Todd Maplewood, figlio della proprietaria della fattoria, Joan Maplewood, rivela a Ben e Gwen che ha visto una mummia arrivare di recente in un lampo di luce viola, suscitando la loro curiosità. I due la trovano intenta a scavare alla ricerca di una strana pietra, ma la mummia li attacca appena li vede. XLR8 la combatte senza risultati, ma la mummia scappa nella confusione della lotta. Max scopre che la strana roccia è un composto chimico instabile chiamato "Corrodio", che causa gravi mutazioni a tutti gli organismi della Terra. I Tennyson rintracciano la mummia in una fabbrica di gelato, ma si ritrovano in pericolo quando la mummia sembra quasi invincibile. Nel combattimento risultante, la mummia per sbaglio tocca l'Omnitrix e aggiunge il suo DNA all'orologio, permettendo a Ben di usare quella forma; in ogni caso, l'Omnitrix decide di trasformare Ben in Plusultra. Quest'ultimo prende possesso di un serbatoio contenente azoto liquido e lo spruzza addosso alla mummia, riuscendo a congelarla; successivamente i Tennyson seppelliscono la mummia sotto una lastra di cemento. La famiglia quindi lascia la fattoria per paura di altri lavori manuali.
Attacco al presidente Titolo originale: The Unnaturals Diretto da: Scooter Tidwell Scritto da: Marty Isenberg Trama Ben va a vedere giocare la squadra di baseball della sua scuola, che milita nella Little League americana, e scopre che i loro avversari, gli Squires, sono in realtà dei robot. Ben decide di barare per aiutare la sua squadra, ma questo porta i robot a rapire alcuni membri della squadra, che grazie all'aiuto di Ben sembravano molto più capaci di quello che erano realmente. Mentre si appresta a salvarli, Ben scopre che il reale piano dei robot consiste nel rapire il presidente degli Stati Uniti, presente anche lui per assistere alla partita. I Tennyson fanno fallire il piano degli Squires e salvano personalmente il presidente. Dopo la loro partenza, però, appare Enoch, rivendicando la paternità del piano. Enoch giura che i Tennyson pagheranno le loro frequenti intromissioni nei suoi piani con le loro vite.
Il mostro del tempo Titolo originale: Monster Weather Diretto da: Sebastian Montes III Scritto da: Thomas Pugsley e Greg Klein Trama