In base ai rapporti dell'FBI, Atta è stato riconosciuto anche come il leader dei 19 dirottatori coinvolti negli attentati dell'11 settembre 2001.
Biografia La gioventù Nasce il 1º settembre 1968 a Kafr el-Sheikh, una cittadina egiziana sul Delta del Nilo. Di origini saudite, cresce in una famiglia molto severa a Giza, sobborgo del Cairo. John Hooper, , The Guardian, 23 settembre 2001. Atta passa larga parte della sua infanzia e della giovinezza studiando a casa propria con ottimi risultati, secondo quelli che sono i desideri paterni.
Nel 1990 si laurea in Architettura presso l'Università del Cairo e si iscrive al Sindacato degli Ingegneri, controllato dai Fratelli Musulmani (a cui Atta però non si iscriverà mai)., ABC online, 12 novembre 2001. In questo periodo non si dimostra particolarmente religioso.
Il trasferimento in Germania
Nel 1993 Mohamed Atta si trasferisce in GermaniaAlla dogana presenta un passaporto degli Emirati Arabi Uniti, anziché uno egiziano. e si iscrive alla Technische Universität Hamburg-Harburg di Amburgo,Secondo altre ricostruzioni, Atta si iscrive nello stesso periodo alla Facoltà di Medicina dell'Università di Valencia. In questo caso, potrebbe però trattarsi di un caso di omonimia o di un errore. dove segue corsi di pianificazione edilizia. Si paga gli studi lavorando come venditore di automobili. Nicolaas van Rijn, , The Star.com, 15 settembre 2001. Secondo altre fonti, Atta avrebbe lavorato part-time in un'azienda di consulenza per la pianificazione edilizia. Cfr. in tal senso , ABC online, 12 novembre 2001. Fra il 1994 e il 1995, Atta collabora con due suoi colleghi universitari (Ralph Bodenstein e Volker Hauth) nella stesura di un rapporto sui lavori di ristrutturazione delle mura antiche di varie città intrapresi dal Governo egiziano. Contemporaneamente, Atta si reca più volte ad Aleppo (Siria), talvolta assieme ad Hauth, per raccogliere dati sulla sua tesi. I suoi amici tedeschi lo descrivono come un uomo intelligente, religioso e fortemente contrario alla politica occidentale riguardo al Vicino Oriente, compresi gli Accordi di Oslo e la Guerra del Golfo. Ralph Bodenstein dice di lui in un'intervista alla NBC durante lo speciale The Making of the Death Pilots:
La Commissione sull'11 settembre ha affermato che: National Commission on Terrorist Attacks Upon the United States, , p. 161.
Durante la sua permanenza in Germania Atta diventa sempre più religioso, tanto che nel 1994 si reca alla Mecca per il Hajj, il pellegrinaggio rituale islamico.Un terrorista tedesco di origini siriane, Mohammed Haydar Zammar, afferma di aver incontrato Atta in quell'occasione e di averlo reclutato come membro di al-Qa'ida. Il fatto non appare confermato. Ritornato in Germania, Atta inizia a frequentare un gruppo di preghiera islamico presso l'Università, che si pensa sia stato il vero luogo di reclutamento alla causa fondamentalista. Altri studenti ricordano alcune sue affermazioni fortemente anti-americane ed antisemite. Nel 1995, sottoscrive un mutuo senza condizioni di 25.000 dollari per aiutare un certo Muharrem Acar a mettere su una panetteria turca., Cooperative Research.org.
Nel 1996 scrive il suo testamento in presenza di due suoi compagni di preghiera all'Università. Atta è molto deciso nel chiedere per sé un funerale sobrio e rispettoso delle norme islamiche., ABC online. Il documento originale, scritto in arabo, non è mai stato pubblicato dall'FBI. Ne è stata rilasciata solo una traduzione in inglese, pubblicata per la prima volta dal quotidiano tedesco Der Spiegel. Fra la metà del 1997 e l'ottobre del 1998, lascia l'università ed Amburgo per "motivi familiari".Gli investigatori tedeschi sospettano che, durante i suoi 15 mesi di assenza, Atta abbia effettuato un qualche tipo di addestramento presso delle strutture di al-Qāʿida. I sospetti però non appaiono confermati. Effettivamente, Atta torna in Egitto nel 1998 per rivedere la famiglia e concedersi un breve periodo di vacanza. I suoi vecchi amici si accorgono però che è diventato molto più rigido ed osservante di quanto non lo fosse prima.
Mohamed Atta si laurea solo nel 1999 con una tesi sull'evoluzione del paesaggio urbano di Aleppo, esplorando i temi generali del conflitto fra la civiltà araba e la modernità. Nel suo lavoro, critica il modo in cui i grattacieli e i moderni progetti di sviluppo hanno "rovinato" il tessuto della città siriana, bloccandone le strade ed alterandone la skyline. Liz Jackson, , ABC online, 18 ottobre 2001. Cfr. anche John Cloud, , Time Magazine, 8 ottobre 2001.
La "cellula di Amburgo"
Secondo la ricostruzione dell'FBI, il 1º novembre 1998 Atta si trasferisce in un appartamento sulla Marienstraße assieme a Ramzi bin al-Shibh, costituendo la cosiddetta cellula di Amburgo. Richard Bernstein, , New York Times, 10 settembre 2002.
I tre si incontrano tre o quattro volte alla settimana per discutere e per progettare attentati. Molti membri di al-Qa'ida hanno vissuto in quell'appartamento, fra cui Zakariyya al-Sabbar (Essabar) e i dirottatori Marwan al-Shehhi e Walid al-Shehri. In tutto, 29 persone hanno dichiarato di avere il proprio domicilio presso l'appartamento, che però risultava preso in affitto da Atta. Anche l'ideatore degli attentati dell'11 settembre 2001, Khalid Shaykh Muhammad, ha visitato ripetutamente l'appartamento.
Verso la fine del 1999, Atta, al-Shehhi, Bahaji, Ramzi bin al-Shibh e Ziyad Jarrah decidono di andare in Cecenia e combattere contro i russi. Durante il viaggio, vengono intercettati da due uomini di al-Qa'ida, Khalid al-Masri e Mohamedou Ould Slahi, che convincono i cinque componenti della "cellula" a cambiare i propri piani: anziché dirigersi in Cecenia, avrebbero dovuto procurarsi un visto per il Pakistan e, una volta lì, recarsi in uno dei campi di addestramento qaidisti in Afghanistan ed incontrarsi con Osama bin Laden.Queste informazioni provengono da intercettazioni telefoniche ed ambientali operate dalla CIA e dalla Bundesamt für Verfassungsschutz (i servizi segreti tedeschi).
Il 29 novembre 1999, Mohamed Atta si imbarca (assieme ad al-Shehhi e Jarrah) sul volo TK1662 della Turkish Airlines da Amburgo ad Istanbul, dove poi prendono il volo TK1056 per Karachi (Pakistan). Yosri Fouda, , The Sunday Times, 1º ottobre 2006. Dopo circa due giorni di viaggio, raggiungono la loro destinazione: il campo di addestramento di Al-Qa'ida presso le fattorie di Tarnak, vicino a Kandahar, in Afghanistan. Qui i tre si addestrano, secondo le ricostruzioni degli investigatori tedeschi, fra la fine del 1999 e i primi mesi del 2000.Il periodo di addestramento è stato tratteggiato il 23 agosto 2002 dal Capo investigatore Klaus Ulrich Kersten, direttore della Bundeskriminalamt (l'agenzia federale tedesca anti-crimine). Kersten è stato il primo a confermare che Atta, al-Shehhi e Jarrah si sono addestrati in Afghanistan durante quel periodo. Fra le altre cose, Atta impara anche a falsificare passaporti.
Il 18 gennaio 2000 Atta registra il suo video-testamento, che verrà ritrovato solo nell'ottobre del 2006.infra, paragrafo 2.2.2 "Il video-testamento". Il 24 febbraio 2000, i tre dirottatori si imbarcano sul volo TK1057 della Turkish Airlines da Karachi a Istanbul, dove poi prendono il volo TK1661 per Amburgo. Immediatamente dopo essere tornati in Germania, Atta, al-Shehhi e Jarrah dichiarano di aver smarrito il proprio passaporto, probabilmente per cancellare le tracce della loro permanenza in Afghanistan.
Atta ed al-Shehhi hanno compiuto inoltre, fra il 1998 e il 2000, vari viaggi nelle Filippine, alloggiando in un costoso hotel accanto ad un'ex-base aerea statunitense e visitando almeno una scuola di volo locale. Don Kirk, , The International Herald Tribune, 6 ottobre 2001.
Una volta tornati dall'Afghanistan, Atta e i suoi complici si sforzano di non apparire più come dei fondamentalisti: si rasano la barba ed evitano di frequentare alcuni soggetti considerati estremisti. Tuttavia, proprio a partire dal 2000, la CIA pone sotto sorveglianza Atta.
Nel marzo del 2000 Atta inizia a contattare 31 differenti scuole di volo negli Stati Uniti per chiedere informazioni sui corsi, comunque meno costosi rispetto a quelli tedeschi. Fra il 1º e il 2 giugno, Atta si trasferisce a Praga via autobus e, dopo una notte sola di pernottamento, prende il primo aereo per trasferirsi negli Stati Uniti.Fino al 2004, si è ipotizzato che Atta abbia tentato di entrare in Repubblica Ceca già il 30 maggio 2000, ma che fosse stato costretto a tornare a Bonn perché sprovvisto di visto. Si è invece trattato di un caso di omonimia con un uomo d'affari pachistano. Cfr. anche Controversia di Praga.
Il trasferimento negli Stati Uniti Atta mette piede negli Stati Uniti per la prima volta il 3 giugno 2000 all'aeroporto di Newark (New Jersey). Appena arrivati, Atta e gli altri componenti della cosiddetta "cellula di Amburgo" aprono dei conti correnti e continuano a cercare una scuola di volo. Atta acquista anche una Pontiac rossa del 1989. Ken Thomas, , Chicago Sun-Times, 12 settembre 2001. La CIA interrompe le proprie azioni di sorveglianza su Atta a partire dal giorno del suo ingresso negli Stati Uniti. Non è chiaro se l'FBI o qualche altra agenzia sia subentrata o meno nella sorveglianza.
Nel luglio 2000 Atta e Marwan al-Shehhi si trasferiscono a Venice (Florida), dove si iscrivono alla scuola di volo Huffman Aviation. Atta si presenta come un discendente della famiglia reale saudita e presenta al-Shehhi come la sua guardia del corpo. Entrambi conseguono a novembre la licenza di pilota commerciale per velivoli di peso non superiore alle 12.000 libbre.
Il 5 novembre Atta compra alcuni video sulle cabine di pilotaggio dei Boeing 747-200 e dei Boeing 757-200 allo Sporty's Pilot Shop di Batavia (Ohio). L'11 dicembre, Atta acquista sempre presso lo stesso negozio altri due video, rispettivamente sugli Airbus A320 e sui Boeing 767-300ER.
Il 21 dicembre Atta ed al-Shehhi ottengono materialmente le loro licenze da pilota. Fra il 26 e il 27 dicembre, si addestrano con un piper Cherokee che però si blocca sulla pista del Miami International Airport. I due abbandonano il velivolo ai margini di una pista dell'aeroporto. Il giorno successivo un funzionario della FAA telefona alla Huffman e redarguisce il capo istruttore della scuola, Dan Pursell, ma la cosa non ha ulteriori conseguenze.
Il 29 dicembre, si recano all'aeroporto di Opa-locka (Florida) e fanno pratica con un simulatore di volo per Boeing 727. Il 2 gennaio 2001 viene registrata una telefonata di Atta all'Ambasciata del Marocco a Washington. Il giorno dopo al-Shehhi si reca proprio in Marocco, mentre il 4 gennaio Atta si reca in Spagna, per coordinarsi con Ramzi bin al-Shibh. Il 10 gennaio Atta ritorna negli Stati Uniti. Dalla fine di gennaio fino a marzo Atta ed al-Shehhi si trasferiscono in Georgia, dove continuano le esercitazioni e la raccolta di informazioni utili.
Il 3 aprile i due affittano una casella postale a Virginia Beach (in Virginia). L'11 aprile si trasferiscono a Coral Springs, in Florida, dove attendono l'arrivo degli altri dirottatori. Il 16 aprile Atta viene multato a Contea di Broward (Florida) perché trovato in possesso di una patente di guida non valida. Il 2 maggio Atta ne consegue una valida a Lauderdale Lakes, in Florida.
La controversia di Praga
Nei mesi successivi agli attentati dell'11 settembre 2001, alcuni ufficiali del Ministero dell'Interno della Repubblica Ceca affermano che Atta ha compiuto un viaggio a Praga l'8 aprile 2001 per incontrarsi con Ahmed Khalil Ibrahim Samir al-Ani, un agente segreto iracheno. L'informazione viene passata all'FBI come "fonte non valutata". Edward Jay Epstein, , Opinion Journal, 22 novembre 2005.