Origini e famiglia Giovanni d'Arkel nacque nel 1314, figlio di Giovanni III d'Arkel e della sua seconda moglie Cunegonda di Virneburg, figlia del conte Roberto II di Virneburg. Nelle fonti i dettagli della sua vita sono stati spesso confusi con quelli dell'omonimo fratellastro Giovanni IV d'Arkel, nato dal primo matrimonio del padre con Mabelia di Voorne, o con quelli del nipote Giovanni V d'Arkel.Molte genealogie, per esempio, sostituiscono erroneamente Ermengarda di Kleve (figlia di Ottone di Kleve) a Cunegonda di Virneburg come seconda moglie di Giovanni III e, di conseguenza, madre del vescovo Giovanni d'Arkel. Ermengarda fu però in realtà moglie di Giovanni IV d'Arkel e quindi cognata del vescovo Giovanni.
Sebbene sacerdote, ebbe una lunga relazione con una donna chiamata Ermengarda Peters di Waderle, dalla quale ebbe tre figli:
Cunegonda (1340 ca. - ?) – sposatasi con il cavaliere Dirck de Rover Margherita (1345 ca. - ?) Giovanni (1350-1413) – divenuto signore di Rijnestein
Biografia Formazione ed elezione Avviato alla carriera ecclesiastica, iniziò i suoi studi a Utrecht per poi completarli verosimilmente a Parigi. Al termine degli studi, spese alcuni anni presso la corte di Giovanni di Beaumont, dove affinò le proprie capacità letterarie grazie al contatto con numerose personalità di spicco del mondo intellettuale e umanistico dell'epoca, tra cui Jean Le Bel e probabilmente anche Jean Froissart.
Una volta divenuto diacono, entrò a far parte come canonico del capitolo della cattedrale di Utrecht ma, data la sua vasta erudizione, fu presto trasferito ad Avignone. Nel 1340, quando le condizioni di salute del vescovo di Utrecht Giovanni di Diest iniziarono seriamente a peggiorare, i cinque capitoli decisero di eleggere già un nuovo successore tra i loro ranghi. Presto i voti degli elettori si concentrarono su due candidati: il prevosto Giovanni di Bronckhorst, sostenuto dal duca Rinaldo II di Gheldria, e il diacono Giovanni d'Arkel, sostenuto dal conte Guglielmo IV d'Olanda. Poiché le due fazioni non erano ancora riuscite a trovare un accordo quando nel 1341 il vescovo morì, papa Benedetto XII scelse come successore il legato pontificio Niccolò Capocci, che prese possesso della diocesi all'inizio del 1342. Il Capocci tuttavia, già gradendo poco la destinazione affidatagli e avvertendo inoltre l'aperta ostilità del clero utrechtino, diede le dimissioni pochi mesi dopo, raccomandando come suo successore proprio Giovanni d'Arkel. Il suggerimento fu accolto dal nuovo pontefice Clemente VI e l'Arkel fu quindi ufficialmente scelto come nuovo vescovo della sede di Utrecht il 20 novembre 1342. Secondo il diritto canonico, erano necessari almeno 35 anni di età per poter ottenere la dignità episcopale, mentre Giovanni ne aveva meno di 30, motivo per cui dovette ricevere una dispensa speciale dal pontefice. Ricevette la consacrazione episcopale il 25 aprile 1343 dalle mani del cardinale Gauscelin de Jean e fece il suo solenne ingresso a Utrecht come nuovo vescovo l'8 maggio seguente, accolto da una folla festante.
Episcopato a Utrecht
Il suo predecessore aveva lasciato il principato vescovile di Utrecht in una situazione disastrata sia dal punto di vista economico sia politico: il vescovado aveva accumulato numerosi debiti, a garanzia dei quali aveva dovuto ipotecare alcuni castelli, e i piccoli nobili e cavalieri locali agivano del tutto indisturbati esigendo con la forza decime e tributi dalla popolazione, motivo per cui la città di Utrecht aveva firmato un accordo con il conte d'Olanda nel quale questi si impegnava a fornirle protezione in cambio della sottomissione de facto della città al dominio olandese come protettorato. Per prima cosa Giovanni d'Arkel si dedicò al risanamento della situazione finanziaria: raccolse abbastanza denaro per riscattare le proprietà ipotecate e, per ridurre al minimo le spese amministrative, dismise l'intera corte episcopale e abbandonò persino l'uso del lussuoso palazzo vescovile, scegliendo di risiedere al di fuori dei confini della propria diocesi (probabilmente a Grenoble) e affidando l'amministrazione ordinaria al fratello Roberto di Asperen, che agiva come suo delegato. Sul versante politico poi riuscì a convincere le istituzione cittadine e la borghesia utrechtina che solo una forte autorità centralizzata del vescovo avrebbe potuto tenere a bada i nobili rapaci, e così la città siglò un nuovo accordo di collaborazione con l'Arkel nel 1344, disconoscendo il precedente accordo fatto con la contea d'Olanda.
Guerra con i conti d'Olanda
Roberto d'Asperen fu presto però costretto a richiamare il fratello in patria con urgenza quando l'8 giugno 1345 il conte Guglielmo IV invase il principato vescovile e attaccò e mise sotto assedio Utrecht, col supporto tra l'altro di diversi nobili locali, nel tentativo di riportarla sotto il proprio controllo. Giovanni si affrettò a rientrare e contattò immediatamente il suo ex patrono Giovanni di Beaumont, zio del conte d'Olanda, affinché intercedesse presso il nipote. L'assedio si protrasse per otto settimane, al termine delle quali la città accettò di riconoscere nuovamente il conte come proprio suzerano. Tuttavia, queste condizioni furono disconosciute appena due mesi dopo, quando Guglielmo IV morì nella battaglia di Warns e l'Olanda fu travolta dalla guerra tra ganci e merluzzi.
La nuova contessa, l'imperatrice Margherita di Hainaut, concesse una tregua di due anni a Utrecht, e così, non dovendo più preoccuparsi di interferenze estere, l'Arkel volle per prima cosa vendicarsi in modo esemplare dei vassalli che lo avevano tradito durante l'assedio: sotto la sua guida, tra il 1346 e il 1347 le truppe utrechtine attaccarono e riconquistarono diversi castelli e roccaforti filo-olandesi, tra cui Oudewater, Schoonhoven e Eemnes, che fu data alle fiamme per ordine del vescovo stesso.
Stabilizzatasi nuovamente la situazione, Giovanni d'Arkel decise di lasciare nuovamente Utrecht per risiedere all'estero e, poiché suo fratello Roberto era morto nella battaglia di Les Waleffes il 21 giugno 1347, affidò la gestione economica della città a una commissione di sei nobili scelti tra cavalieri e canonici. Nell'anno successivo visse in modo modesto prima a Verdun e poi a Tours. Tuttavia il 13 giugno 1348 fu di nuovo costretto a rientrare poiché Guglielmo di Baviera, dopo aver sottratto il titolo comitale olandese alla madre, aveva ripreso le ostilità contro il principato di Utrecht. Sotto la sua guida, l'esercito utrechtino vinse un primo scontro a IJsselstein ma fu poi sonoramente sconfitto il successivo 6 settembre a Jutphaas. Gisberto di Bronckhorst, bannereto di Zutphen, approfittò allora di questa battuta d'arresto per attaccare indisturbato l'Oversticht (la parte del principato al di là dello Zuiderzee). l'Arkel dovette perciò chiedere l'aiuto di alcuni baroni come Federico di Eese e Zweder di Voorst per ricacciare indietro il cavaliere invasore, il quale chiese però a sua volta sostegno al duca Rinaldo III di Gheldria, che decise di entrare in guerra al fianco dell'Olanda contro Utrecht. Affidandosi principalmente a piccole schermaglie ed evitando di conseguenza i grandi scontri campali, Giovanni d'Arkel riuscì a prolungare la guerra fino al 1349, costringendo alla fine Guglielmo a sospendere di nuovo le ostilità e a concedere un'altra tregua.
Tuttavia, queste azioni militari avevano finito col prosciugare nuovamente le casse della diocesi. Per far fronte alle spese, Giovanni d'Arkel dovette ipotecare l'Oversticht, a eccezione di Vollenhove, a Federico di Eese per ripagarlo del suo aiuto, e per lo stesso motivo dovette concedere a Zwder di Voorst la giurisdizione sul Mastenbroek. L'anno successivo si vide costretto a ipotecare anche Vollenhove e il Nedersticht. Inoltre papa Clemente VI inviò un suo rappresentante a confiscare le lussuose stoviglie del vescovo per costringerlo a pagare i suoi debiti. L'Arkel decise allora di lasciare per l'ennesima volta il principato nelle mani dei suoi sei delegati e, dopo aver nominato vicario uno dei suoi canonici, si trasferì stavolta ad Avignone portando con sé solo il minimo necessario. Nel 1351 dovette tuttavia ancora una volta fare ritorno a Utrecht poiché i sei delegati incaricati di rimettere in ordine i conti del vescovado avevano invece finito col peggiorare ulteriormente la situazione. Nei tre anni seguenti, potendo contare sul pieno supporto del clero e delle istituzioni di Utrecht, riuscì a sistemare le finanze del principato vescovile, a riscattare tutti i territori ipotecati e a ristabilire la propria autorità su tutti i suoi vassalli, conquistando manu militari i castelli dei nobili e dei cavalieri che rifiutavano di sottomettersi. Assicurò inoltre la stabilità politica all'interno della città espellendo gli esponenti della fazione filo-olandese dei Gunterlingen.
Nel 1355 Guglielmo di Baviera attaccò nuovamente il principato, ma dopo pochi scontri poco fortunati decise di siglare un accordo di pace nel 1356, nel quale Giovanni d'Arkel e Utrecht riconoscevano la legittimità del titolo comitale di Guglielmo e quest'ultimo in cambio riconosceva definitivamente il confine tra la contea d'Olanda e il principato vescovile di Utrecht, confine che fu demarcato con l'erezione del Leopaal (letteralmente "Palo del leone"). I risultati ottenuti da Giovanni d'Arkel come principe vescovo garantirono a Utrecht una stabilità di cui mai prima aveva goduto sia sul piano della politica interna sia su quello delle relazioni esterne, che permisero alla città di fiorire e di mantenere la propria indipendenza per secoli a venire.
Guerra contro Zweder di Voorst Nel 1361 il suo vecchio alleato Zweder di Voorst, che essendosi schierato con la fazione perdente nella guerra tra Rinaldo III di Gheldria e suo fratello Edoardo era stato privato di tutti i suoi possedimenti in Gheldria, si era visto escludere dal progetto di espansione del polder di Mastenbroek e in risposta aveva iniziato ad assalire i mercanti di passaggio lungo il corso dell'IJssel per estorcergli pagamenti. Il punto di rottura si raggiunse quando la città di Zwolle iniziò la costruzione di un canale di collegamento con l'IJssel che avrebbe dovuto attraversare alcuni terreni di proprietà di Zweder; questi pretese di avere diritti di sfruttamento e di dazio sul canale stesso ma, quando gli furono negati, per rappresaglia bruciò parte della città di Zwolle.L'Arkel dovette perciò prendere nuovamente le armi per difendere l'Oversitcht e insieme alle forze delle città di Zwolle, Kampen e Deventer mise sotto assedio il castello di Voorst il 29 luglio 1362. Le truppe del principato utilizzarono ogni arma e macchina a loro disposizione per cercare di superare le fortificazioni ma senza risultati, e l'assedio si prolungò per mesi. Alla fine decisero di prendere gli assediati per fame e in più occasioni catapultarono oltre le mura carcasse di animali che diffusero malattie tra gli occupanti del castello. La guarnigione si arrese infine il 9 novembre. Zweder di Voorst fu catturato e imprigionato e il suo castello fu completamente demolito e le sue pietre utilizzate per ricostruire Zwolle.
Vicende successive Nel 1363 l'imperatore Carlo IV concesse a lui e a tutti i suoi successori il privilegio di poter coniare in tutte le città del principato vescovile monete d'oro e d'argento aventi la stessa validità dei coni imperiali.