Dal 2003 al 2013 è stato detenuto in Russia per varie accuse fiscali. Amnesty International, denunciando le irregolarità dei processi, ha sempre considerato Chodorkovskij un prigioniero di coscienza, e anche l'associazione Memorial l'ha designato come prigioniero politico.

Nel 2023 ha promosso assieme ad altri esuli come Garry Kasparov la Dichiarazione delle Forze Democratiche Russe, e in seguito la Piattaforma delle forze democratiche russe, delegazione presso l'Assemblea parlamentare del Consiglio d'Europa. È inoltre un membro fondatore del Comitato Anti-Guerra Russo e di altri gruppi.

Biografia Nato a Mosca da Boris Chodorkovskij, ebreo, e Marina, cristiano-ortodossa, entrambi ingegneri, compie brillanti studi e si laurea in ingegneria chimica nel 1986. Il giovane Chodorkovskij era un fervente patriota e comunista convinto, attivista del Komsomol e perciò ben introdotto nell'apparato sovietico. Iniziò diverse attività imprenditoriali negli anni della glasnost' e della perestrojka: si impegnò nell'importazione di personal computer e nel 1988 fondò una banca privata chiamata Menatep. Fu consulente finanziario del primo governo El'cin.

Nei primi anni '90, approfittando dell'inflazione galoppante, fece una piccola fortuna con il commercio di valuta. In quegli anni un ristretto gruppo di uomini d'affari, di cui Chodorkovskij fece parte, e che sono noti - secondo una definizione giornalistica - come oligarchi russi, si impadronì, in modo poco trasparente, delle principali compagnie del paese (specialmente quelle attive nell'estrazione di materie prime), e sulla base di queste acquisizioni i membri del gruppo costruirono immensi patrimoni personali.

È il caso della Jukos, una conglomerata impegnata nella produzione di petrolio, di cui a metà anni '90 Chodorkovskij entrò in possesso: egli ottenne il 78% delle azioni della società, del valore di circa 5 miliardi di dollari, con appena 318 milioni di dollari. La crisi finanziaria russa del 1998, però, ebbe gravi ripercussioni per gli affari di Chodorkovskij: Menatep fallì e la stessa Jukos ebbe serie difficoltà trovandosi sull'orlo della bancarotta. Con la ripresa economica Chodorkovskij avviò una profonda ristrutturazione di Jukos e nel 2003, anche grazie all'aumento del prezzo del petrolio, divenne l'uomo più ricco della Russia.

L'arresto e la detenzione Il 25 ottobre 2003 fu arrestato per frode fiscale. La Jukos in breve perse gran parte del suo valore in borsa, finché - a un anno dalla condanna a nove anni di carcere di Chodorkovskij, avvenuta nel 2005 - finì in bancarotta e gli asset più importanti vennero rilevati dalla compagnia di Stato Rosneft. Subito dopo l'arresto Chodorkovsky, secondo il Sunday Times, Khodorkovsky avrebbe trasferito a Jacob Rothschild il controllo di una quota azionaria di Yukos pari a 8 miliardi di sterline.

Nel 2010 Chodorkovskij fu condannato per appropriazione indebita e riciclaggio di denaro, estendendo così la sua carcerazione fino al 2017. Il suo fu considerato dalla maggior parte degli analisti e dei media internazionali un processo politico, voluto da Vladimir Putin per sbarazzarsi di uno degli uomini più potenti del paese e che, prima di finire in carcere, aveva apertamente criticato lo stato di corruzione in cui versava la Russia; Putin accusò inoltre di omicidi il responsabile della sicurezza di Jukos.

In carcere Il 30 maggio 2005, Mikhail Chodorkovskij è stato condannato a nove anni in un carcere di media sicurezza, venendo detenuto a Matrosskaya Tishina, una prigione di Mosca. Il 1º agosto 2005, un saggio politico scritto da Chodorkovskij nella sua cella di prigione, intitolato Svolta a sinistra, è stato pubblicato sul quotidiano Vedomosti, chiedendo una svolta verso uno stato più socialmente responsabile. Ha dichiarato:

"La prossima amministrazione russa dovrà includere il Partito Comunista della Federazione Russa e il Partito della Patria, o i successori storici di questi partiti. I liberali di sinistra, tra cui Yabloko, e la destra Ryzhkov, Khakamada e altri dovrebbero decidere se unirsi all'ampia coalizione socialdemocratica o rimanere scontrosi e senza rilevanza ai margini politici. A mio parere, devono aderire perché solo la più ampia composizione di una coalizione in cui le opinioni liberal-socialiste (socialdemocratiche) giocheranno il ruolo chiave può salvarci dall'emergere, nel processo di questa svolta a sinistra, da un nuovo regime ultraautoritario. Le nuove autorità russe dovranno affrontare un'agenda di sinistra e soddisfare una richiesta irrefrenabile da parte del popolo di giustizia. Ciò significherà in primo luogo i problemi della legalizzazione della privatizzazione e del ripristino di programmi e approcci paternalistici in diverse aree".

Il 19 agosto 2005, Khodorkovsky annunciò di essere in sciopero della fame in segno di protesta contro il collocamento del suo amico e socio Platon Lebedev nella cella di punizione della prigione. Secondo Khodorkovsky, Lebedev aveva diabete mellito e problemi cardiaci, e tenerlo nella cella di punizione equivaleva a un omicidio.

Il 31 agosto 2005 ha annunciato che si sarebbe candidato al parlamento. Questa iniziativa è stata resa possibile da una scappatoia legale: un criminale condannato non può votare o candidarsi per un parlamento, ma se il suo caso viene presentato alla Corte d'appello gode ancora di tutti i diritti elettorali. Di solito ci vuole circa un anno perché un appello si faccia strada attraverso la Corte d'appello, quindi avrebbe dovuto esserci abbastanza tempo per l'elezione di Khodorkovsky. Affinché un membro del parlamento russo sia imprigionato, il parlamento deve votare per revocare la sua immunità. Così aveva la speranza di evitare l'accusa. Ma la Corte d'appello, insolitamente, ha impiegato solo un paio di settimane per elaborare l'appello di Khodorkovsky, riducendo la sua condanna di un anno e invalidando qualsiasi piano elettorale da parte sua fino alla fine della sua condanna.

Come riportato il 20 ottobre 2005, Khodorkovsky è stato consegnato al campo di lavoro YaG-14/10 (Исправительное учреждение общего режима ЯГ-14/10) nella città di Krasnokamensk, vicino a Čita. Il campo di lavoro è adiacente a una miniera di uranio, che un tempo serviva. Khodorkovsky fu messo a lavorare nella fabbrica di guanti della colonia. Dormiva in una caserma e spesso trascorreva le sue giornate in una fredda cella solitaria come punizione per la sua presunta violazione di varie regole.

La seconda parte del saggio di Khodorkovsky, Left Turn, è stata pubblicata su Kommersant l'11 novembre 2005, in cui ha espresso opinioni socialdemocratiche.

Il 13 aprile 2006, Khodorkovsky è stato aggredito dal detenuto Alexander Kuchma mentre dormiva dopo un'accesa conversazione. Kuchma tagliò la faccia di Khodorkovsky con un coltello e disse che era una risposta alle avances sessuali dell'uomo d'affari. I media occidentali hanno accusato le autorità russe di cercare di minimizzare l'incidente. Nel gennaio 2009 lo stesso prigioniero ha intentato una causa per 500.000 rubli (circa $ 15.000) contro Khodorkovsky, accusandolo di molestie omosessuali. Kuchma ha detto in un'intervista che è stato costretto ad attaccare Khodorkovsky da due ufficiali, picchiato e minacciato di morte per commettere l'attacco. Nel 2011 Kuchma ha ammesso che gli era stato detto di attaccare Khodorkovsky "da persone sconosciute che erano venute nella colonia della prigione e lo avevano picchiato e minacciato".

Il 5 febbraio 2007 nuove accuse di appropriazione indebita e riciclaggio di denaro sono state mosse contro Khodorkovsky e Platon Lebedev. I sostenitori di Khodorkovsky hanno sottolineato che le accuse sono arrivate pochi mesi prima che Khodorkovsky e Lebedev diventassero eleggibili per la libertà condizionale, così come un anno prima delle successive elezioni presidenziali russe. Il 28 gennaio 2008 Khodorkovsky ha iniziato uno sciopero della fame per aiutare il suo socio Vasily Aleksanyan, malato e tenuto in prigione negandogli le cure mediche di cui aveva bisogno. Aleksanyan è stato trasferito da una prigione preventiva a un ospedale oncologico l'8 febbraio 2008, dopo di che Khodorkovsky ha terminato il suo sciopero.

"Nessuna singola causa ha fatto più di quella di Khodorkovsky per ispirare i russofoni ovunque", ha scritto Masha Gessen nel 2012. "Tre degli scrittori più venduti della Russia hanno pubblicato la loro corrispondenza con Khodorkovsky; i compositori gli hanno dedicato sinfonie, una dozzina di artisti hanno partecipato al suo processo e hanno messo insieme una mostra di disegni in aula. Gessen ha osservato che "un gruppo di musicisti classici di origine sovietica si è recato a Strasburgo per organizzare un concerto in onore di Khodorkovsky". Mentre Khodorkovsky era imprigionato, Arvo Pärt, il compositore estone, scrisse infatti la sua Sinfonia n. 4 e gliela dedicò. La sinfonia ha avuto la sua prima il 10 gennaio 2009 a Los Angeles presso la Walt Disney Concert Hall, sotto la direzione di Esa-Pekka Salonen.

Khodorkovsky ha trascorso più della metà del suo tempo in prigione nel centro di detenzione Matrosskaya Tishina a Mosca, dove, secondo Gessen, "le condizioni di vita sono molto più punitive di quelle di una lontana colonia penale". Tuttavia, ha osservato Gessen, "ha rifiutato di descrivere" in dettaglio le condizioni in cui è stato imprigionato, "sostenendo che non è diverso dagli altri detenuti".

In prigione, Khodorkovsky ha annunciato che avrebbe ricercato e scritto una tesi di dottorato sul tema della politica petrolifera russa. La terza parte del saggio/tesi di Khodorkovsky "Left Turn" con il sottotitolo "Global Perestroika" è stata pubblicata a Vedomosti il 7 novembre 2008. In esso egli affermava: "La vittoria di Barack Obama alle elezioni presidenziali americane non è semplicemente l'ultimo cambio di potere in un singolo paese, anche se una superpotenza. Siamo sulla soglia di un cambiamento nel paradigma dello sviluppo mondiale. L'era le cui fondamenta sono state gettate da Ronald Reagan e Margaret Thatcher tre decenni fa sta finendo. Includendo incondizionatamente me stesso in quella parte della società che ha opinioni liberali, vedo: avanti – è una svolta a sinistra".

Nel maggio 2010, Khodorkovsky ha fatto uno sciopero della fame di due giorni per protestare contro quella che ha detto essere una violazione della recente legge contro l'incarcerazione di persone accusate di crimini finanziari. La legge è stata spinta dal presidente Medvedev dopo la scomparsa di Sergei Magnitsky, morto in detenzione preventiva in una prigione di Mosca nel 2009. In appello, le condanne di Khodorkovsky e Platon Lebedev furono ridotte da 11 anni a 10 anni e 10 mesi, il che significa che avrebbero potuto essere rilasciati rispettivamente nell'agosto 2014 e nel maggio 2014. L'appello di Khodorkovsky recitava: "In questo caso, il solito mantra che tutto è legale e ben fondato semplicemente non funzionerà". Ha scritto un libro, My Fellow Prisoners, che descrive in dettaglio il suo tempo in carcere.

La vita in esilio (2013-)

Il 18 dicembre 2013 la Duma approvò un provvedimento di amnistia per i reati di cui è accusato Chodorkovskij (il resto della pena da scontare - fino al 2014 - venne condonato dalla grazia firmata da Putin), il quale il 20 dicembre 2013, appena scarceratoUna liberazione che sembra uno scambio da guerra fredda; Come in un romanzo di Le Carré, Sole 24 ore, 21 dicembre 2013., lasciò la Russia alla volta della Germania. Dopo una richiesta di liberazione da parte di Angela Merkel, la Russia accettò di rilasciarlo se avesse firmato la domanda di grazia, anche senza dichiararsi colpevole, cosa che l'ex oligarca accettò, e si fosse allontanato dalla politica attiva.