Con il nome di cromosoma 3 si indica, per convenzione, il terzo più grande cromosoma umano. Le persone presentano solitamente due copie del cromosoma 3, come di ogni autosoma. Il cromosoma 3 possiede quasi 200 milioni di nucleotidi. I due cromosomi 3 rappresentano all'incirca il 6,5% del DNA totale nelle cellule umane.

Il cromosoma 3 contiene di certo oltre 1300 geniNon è possibile indicare un numero preciso di geni, dal momento che esistono diversi approcci per il calcolo di tale numero, ma si ritiene possa contenerne fino a 1500 .

Il numero di polimorfismi a singolo nucleotide (SNP) individuati è di oltre 700.000.

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