La storia di Bobbio segue la storia dell'Italia, specie settentrionale, ma anche europea. Dal periodo romano e soprattutto all'arrivo di San Colombano (614) e alla poi formazione della sua abbazia che diverrà: Sede vescovile (1014), Contea vescovile (1028), Signoria prima del Malaspina (1304) e poi dei Visconti (1341), Contea del Ducato di Milano sotto i Dal Verme (1436-1805), Marchesato sempre sotto i Dal Verme (1516) sotto il Principato di Pavia, Provincia di Bobbio (1743-1861) sotto i Savoia (con la parentesi ligure: 1805-1859), Circondario (1861) e dal 1923 comune piacentino.
Preistoria I reperti archeologici consentono di stabilire una presenza dell'uomo durante il neolitico (5000-2800 a.C.). L'insediamento neolitico principale era il villaggio del Groppo, collocato nell'area fra il monte Groppo (1.000 m s.l.m.) e la cima del monte Pan Perduto (1.008 m s.l.m.) a poca distanza dal monte Pradegna, vicino alla frazione bobbiese di Cadelmonte e vicino alla cima di Pietra Corva, qui gli scavi hanno rivelato manufatti litici e numerosi frammenti di ceramica impressa. Accette ed asce realizzate con serpentino verde scuro e verde grigio, minerale abbondante con la presenza in zona di numerosi affioramenti di ofioliti, e lame in selce biancastra. Nel 1928 nell'area di Pian dei Castelli, collocata nel displuvio verso il Trebbia, raggiungibile dalla strada di Carana e scendendo dalla località La Riva verso il Trebbia in vista delle anse di San Salvatore di Bobbio; si trovarono reperti risalenti all'età del Bronzo (2300-1100 a.C.), un'ascia ad alette e una punta di lancia in bronzo a forma di foglia. Anche nel villaggio del Groppo si sono rinvenuti reperti bronzei, come braccialetti, anelli ed asce. La maggior parte dei reperti sono conservati al Museo di archeologia ligure di Genova a Pegli, altro materiale rinvenuto in epoca successiva è oggi al Museo archeologico nazionale di Parma; probabilmente vi erano altri insediamenti rimasti sconosciuti anche per l'interruzione delle ricerche archeologiche[M. Bernabò Brea, La Valtrebbia dal Paleolitico all'età del Ferro].
Liguri (1100 a.C.) Il popolo dei Liguri era diviso in vari gruppi, quello che si stabilì nella valle di Bobbio fu il Bagienno, dominò la zona per più di cinque secoli. Il suo arrivo nella val Trebbia si può collocare verso l'inizio dell'Età del ferro (1100 a.C.). I Liguri preferivano abitare in villaggi aperti, in semplici capanne di legno. Le loro risorse provenivano dall'agricoltura e dalla pastorizia e solo occasionalmente dal baratto dei prodotti. Fibule, asce, scalpelli e aghi crinali, sono state rinvenute presso il villaggio del Groppo e la tomba rupestre della Spanna (questo toponimo, "Spennella", era già presente nella Tavola alimentaria di Velleia). Presso l'area del Groppo è presente un "castelliere" che evidenza un vallo circolare tipico di queste strutture difensive, il sito risulta ancora utilizzato in epoca romana: probabilmente fu una delle ultime fortezze liguri a cedere al nascente Impero attorno al 14 a.C.
Celti Durante il V secolo a.C., l'arrivo nella pianura Padana dei Celti e successivamente dei Galli Boi, spinse i Liguri a riparare nelle valli interne dell'Appennino. La medesima sorte tocco alle popolazioni celtiche quando i Romani, nel 222 a.C., riuscirono a conquistare gran parte della Pianura Padana. Nel 218 a.C., le popolazioni celtiche e liguri della zona, alleate di Annibale parteciparono alla Battaglia della Trebbia sconfiggendo il console Tiberio Sempronio Longo. Pare che lo stesso Annibale scese con i suoi dal Monte Penice per poter da lassù vedere tutto il circondario e stabilire la sua tattica di guerra, in cima al monte vi era un luogo sacro dedito al culto pagano-celtico che poi diventò cristiano. La loro influenza rimane nella toponomastica locale: "Saltus Boielis", il primitivo nome del Monte Penice, deriva dalla radice Boi, che passa al vicino torrente e nell'epoca romana all'insediamento (Boi, Boielis, Bouium, Bovium, Bobium) di Bobbio; il nome "Penice" viene da penn, colle; da dubro (acqua) derivano i nomi di due torrenti, il Dorbida e il Dorba vicino a Bobbio.
Romanizzazione della valle (14 a.C.)
Solamente dopo il 14 a.C. i romani riescono a sottomettere le bellicose popolazioni dei liguri, la zona di Bobbio entrò a far parte della Gallia Cisalpina e del municipio di Velleia come Pagus Bagienno con altri 15 pagiTavola alimentaria di Velleia, che risale al periodo dell'imperatore Traiano (99-117 d.C.). Il nome del pago deriva dalla popolazione dei liguri Bagienni (o Vagienni) che spinti dai celti colonizzarono l'area della Val Trebbia, con sede nei pressi di Bobbio. Confinava con il pago Domizio (Mezzano Scotti) nella zona di Barberino, il pago Albensis (Ferriere-Val Nure), il pago Moninas (Ottone), una porzione del pago Martius (Rovegno) e con lo spartiacque risalente dal Monte Lesima al Monte Pradegna direttamente con il municipio di Libarna. Il territorio comprendeva: Barberino-valle del Perino-monte Osero-spartiacque della val Nure-Rufinati (rivus finalis)-torrente Aveto, Confiente (ad confluentiam)-il fiume Trebbia fino a Ponteorganasco-il monte Lesima (saltus Lesis)- il monte Penice (saltus Boielis)-monte Pradegna (saltus Dinium)-Barberino; ora il territorio oggi compreso dai comuni di Bobbio, Corte Brugnatella, Brallo di Pregola, Coli e la parte di Ferriere posta sull'Aveto. Delle attività economiche romane rimane traccia nello sfruttamento delle acque salse per uso termale e per la produzione di sale e quella dei laterizi nella fornace del rio Gambado.
Il territorio della Gallia Cisalpina intorno al 7 d.C. venne suddiviso sotto l'imperatore Augusto in quattro regioni, la zona bobbiese, la Val Trebbia ed il piacentino furono divise fra Liguria ed Emilia; Bobbio e l'alta val Trebbia, entrarono a far parte della Regio IX Liguria. Il Monte di Barberino vicino a Bobbio divenne il confine emiliano, rimanendo tale fino al 1923. In seguito vi fu la decadenza del municipio di Velleia ed il suo abbandono.
Probabilmente la crescita del borgo con il formarsi del Castrum Bobium si ebbe attorno al IV secolo. A questa data risale la tomba della famiglia patrizia dei Cocceio, tra i quali il console C. Cocceio Alessandro ed il figlio Terenziano, parenti dell'imperatore Marco Cocceio Nerva.
Nel centro di Bobium, proprio sull'area dell'odierna abbazia e vicino all'antico pozzo cittadino romano, un ignoto missionario, forse inviato dal vescovo di Piacenza San Savino, eresse una chiesa dedicata a San Pietro (fine IV secolo), che ebbe poi il titolo di Basilica, con l'intento di combattere il paganesimo ancora diffuso nelle campagne. Sull'area ora occupata dal castello sorse anche l'antica chiesa romana di Santa Maria (ne rimangono i resti assieme alla torre del vescovo).
Invasioni barbariche Tra il 554 e il 568, dopo la fine della guerra gotica che decretò la riconquista bizantina dell'Italia intera, venne costituita la provincia romana di Alpi Cozie, comprendendo Piemonte e Liguria. Paolo Diacono, infatti, descrivendo le province in cui era suddivisa l'Italia al tempo dell'invasione longobarda, descrive una provincia dal nome Alpi Cozie:
In seguito alla conquista longobarda delle città più a settentrione la provincia fu soppressa e accorpata e intorno al 584 la parte della Liguria rimasta bizantina assunse il nome di Provincia Maritima Italorum, cadendo in mano longobarda intorno al 643, in seguito alle conquiste di re Rotari.
Alto Medioevo
Longobardi I Longobardi scesi in Italia nel VI secolo, conquistano Pavia nel 572 e dopo pochi anni dopo l'Oltrepò anche l'alta val Trebbia ed il territorio di Bobbio, l'antico Castrum Bobium, passando quindi gli antichi confini ed entrando nella Liguria appenninica. Il borgo di Bobbio che si era preservato dopo la caduta dell'impero romano e le guerre gotiche, anche per la sua posizione isolata e di montagna, non subì distruzioni e dopo la conquista longobarda continuò certamente ad essere regolarmente abitato al fine di sfruttare le antiche fornaci romane e le preziosissime saline, i longobardi pur essendo ariani non perseguitarono i cristiani che poterono continuare ad esercitare il culto nell'antica basilica di San Pietro. Il territorio confluì sotto il Ducato di Pavia ed i terreni confluiscono nel demanio reale, mentre il reddito delle saline apparteneva al condottiero e duca Sundrarit.
San Colombano Nel 612 giunse in Italia il monaco irlandese Colombano. Colombano ed i suoi compagni, nel percorso che dal monastero di Bangor doveva portarli a Roma, avevano già fondato diversi monasteri come Luxeuil, Annegray (La Voivre (Alta Saona)), Fontaine nella Francia dei re Merovingi e San Gallo, nell'odierna Svizzera.
A Milano, Colombano venne ricevuto dal re Agilulfo e dalla regina Teodolinda. I monarchi longobardi erano preoccupati dalla necessità di riallacciare i rapporti con il papato a seguito dello Scisma tricapitolino ed affidarono a Colombano una missione diplomatica in tal senso. In seguito a ciò decisero di ricompensare i monaci con una porzione di terreno demaniale, affinché potessero creare un nuovo cenobio. La scelta cadde su Bobbio, a seguito dell'indicazione di un certo Giocondo. Si tramanda che la stessa regina salì sulla vetta del Monte Penice per ispezionare i luoghi. Il documento di donazione, datato 24 luglio 613, riconobbe a Colombano ed ai suoi la metà dei diritti sulle saline del duca Sundrarit e dell'antico pozzo romano che divenne per metà il pozzo del monastero (diviso dal muro monastico e rimanendo l'altra metà a disposizione dei bobbiesi). Nell'autunno del 614, Colombano arrivò a Bobbio, dove restaurò la vecchia chiesa dedicata a San Pietro, attorno alla quale iniziarono a sorgere le prime costruzioni del monastero. Colombano morì il 23 novembre del 615, dopo appena un anno di permanenza, lasciando la guida del monastero all'abate Attala.
Primi successori di Colombano Sant'Attala (615-627): il complesso si ingrandisce ed aumentano i monaci (tra i quali Giona); San Bertulfo (627-642): che ottiene nel 628 dal Papa Onorio I la protezione pontificia sul cenobio, e incarica Giona di scrivere la biografia di San Colombano; San Bobuleno (643-652): che riforma con il consenso del Papa Teodoro I la vita monastica: alle regole colombaniane viene affiancata in forma mista quella benedettina. Sotto di lui i monaci diventano 150, inoltre dal 643 è il primo Abate mitrato; San Cumiano (653-661): già vescovo in Scozia viene a Bobbio da monaco nel 644; il re Liutprando gli farà dono di una stupenda lapide sepolcrale, oggi conservata nel museo dell'Abbazia; Congello (o Comgall) (beato) (vissuto pochi mesi); Vorgusto; Anastasio (747-800); Gundebaldo (800-833).
Il Cenobio e il Governo abbaziale (VII e VIII secolo) Nei decenni successivi la morte del fondatore, il monastero diventò uno dei maggiori centri culturali dell'Italia settentrionale. La regola colombaniana (ora et labora et studia: pregare, lavorare, studiare) obbligava i monaci a dedicarsi agli studi e, per fornire al cenobio i testi necessari, venne fondato lo Scriptorium di Bobbio. Esso era molto efficiente, grazie anche all'opera di maestri irlandesi e nel IX secolo produsse il Glossarium Bobiese, una delle prime enciclopedie medioevali. La biblioteca aveva dimensioni ragguardevoli: nel 980 il catalogo di Gerberto recensì 700 codici. Dei 150 manoscritti latini anteriori al VII secolo oggi conservati, ben 25 provengono dalla biblioteca del monastero.
Il cenobio sorgeva su un'area demaniale concessa dal sovrano e in sostanza si amministrava autonomamente. L'abate, a cui i re longobardi avevano concesso ampie prerogative di governo, una specie di Governo abbaziale, intratteneva rapporti piuttosto stretti con la Corte. Si ipotizza che l'Editto di Rotari (643) sia stato, almeno in parte, preparato da alcuni monaci bobbiesi nel monastero.