Biografia È nato il 30 gennaio 1954 a Cotabato. Ha studiato teologia al Saint Francis Regional Major Seminary di Davao e ha frequentato la Xavier University di Cagayan de Oro per conseguire il master in gestione dell'istruzione. Ha poi studiato teologia sistematica alla Weston Jesuit School of Theology di Cambridge.
È stato ordinato presbitero il 25 marzo 1980. Durante il suo sacerdozio è stato presidente del Notre Dame of Tacurong College e vicario generale dell'arcidiocesi di Cotabato.
Il 2 febbraio 2006 papa Benedetto XVI lo ha nominato vescovo ausiliare di Cotabato e vescovo titolare di Vazari-Didda ed è stato consacrato il 25 aprile seguente dall'arcivescovo Orlando Beltran Quevedo nella cattedrale dell'Immacolata Concezione a Cotabato.
Il 25 luglio 2016 papa Francesco lo ha nominato vescovo di Kidapawan ed è stato insediato il 6 settembre seguente.
Nel luglio 2019 è stato eletto presidente della Caritas Filippine, venendo rieletto nel luglio 2023.
In seguito all'arresto dell'ex presidente Rodrigo Duterte, nel marzo 2025, lo ha definito un "passo cruciale verso la giustizia" per le vittime della guerra alla droga di Duterte, e Bagaforo ha invitato egli a collaborare con le indagini della Corte penale internazionale.
Nel dicembre 2025 Bagaforo è stato nominato co-presidente di Pax Christi, un movimento cattolico internazionale per la pace.
Genealogia episcopale La genealogia episcopale è: Cardinale Scipione Rebiba Cardinale Giulio Antonio Santori Cardinale Girolamo Bernerio, O.P. Arcivescovo Galeazzo Sanvitale Cardinale Ludovico Ludovisi Cardinale Luigi Caetani Cardinale Ulderico Carpegna Cardinale Paluzzo Paluzzi Altieri degli Albertoni Papa Benedetto XIII Papa Benedetto XIV Papa Clemente XIII Cardinale Marcantonio Colonna Cardinale Giacinto Sigismondo Gerdil, B. Cardinale Giulio Maria della Somaglia Cardinale Carlo Odescalchi, S.I. Cardinale Costantino Patrizi Naro Cardinale Lucido Maria Parocchi Papa Pio X Cardinale Gaetano De Lai Cardinale Raffaele Carlo Rossi, O.C.D. Cardinale Amleto Giovanni Cicognani Arcivescovo Bruno Torpigliani Cardinale Orlando Beltran Quevedo, O.M.I. Vescovo José Colin Mendoza Bagaforo
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