Il sistema sanitario della Slovenia è fondato su un sistema della mutua nazionale, l'Istituto di Assicurazione Sanitaria, di derivazione bismarckiana, che viene finanziato da contributi pagati dai lavoratori, autonomi e non, e dai datori di lavoro, con apposite norme che garantiscono l'assicurazione ai cittadini che non lavorano. Esiste un fondo complementare facoltativo e anche la possibilità di iscriversi ad assicurazioni complementari che operano per profitto.
I cittadini degli Stati che hanno la Tessera europea di assicurazione malattia possono accedere alle medesime condizioni dei cittadini sloveni alle strutture pubbliche, uno specifico accordo con la Croazia prevede ulteriori casi in cui i cittadini croati possono accedere a prestazioni sanitarie slovene.
Ospedali e cliniche sono tendenzialmente di proprietà pubblica, ma non sempre, infatti enti privati possono essere convenzionati se il settore pubblico non è in grado di fornire determinati servizi: le cure primarie sono di competenza municipale, mentre quelle secondarie dello stato centrale.
Dopo la pandemia di COVID-19 vi è stata una grande spinta verso la digitalizzazione della sanità, nella quale la Slovenia si è mostrata pioniera in Europa.
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