All'epoca dell'arrivo dei Romani, la zona era abitata da varie tribù germaniche e celtiche.

L'area a sud del fiume Reno venne inclusa nella provincia della Gallia Belgica, poi Germania inferiore. I Franchi Salici migrarono da questa regione in Gallia, per instaurare, nel Quinto secolo, la potente dinastia merovingia.

In seguito nel paese si stanziarono Sassoni, Batavi, Frisoni e Franchi. Nell'VIII secolo i Paesi Bassi erano parte dell'Impero Carolingio fondato da Carlo Magno e nel X secolo del Sacro Romano Impero. Successivamente i Paesi Bassi si frammentarono in contee e diocesi appartenenti al Ducato di Brabante e di Borgogna e al Sacro Romano Impero. I predecessori di Carlo V non furono mai in grado di sottomettere la Frisia e la Gheldria.

L'unificazione del paese ebbe successo solo nel 1540, sotto la dominazione degli Asburgo. La Riforma protestante fu accolta con favore dalla popolazione olandese. L'imperatore Carlo V finì per accettare la situazione, ma dopo la sua abdicazione (1555) l'intransigenza del suo erede Filippo II (re di Spagna) provocò una rivolta, che scoppiò nel 1566 nelle Fiandre e dilagò poi per tutto il Paese. Il nord in parte protestante dei Paesi Bassi secedette dal sud cattolico. L'indipendenza venne dichiarata nel 1581, ma fu solo nel 1648, con la pace di Vestfalia, alla fine della Guerra dei Trent'anni, che anche la Spagna ne riconobbe l'effettiva autonomia e sovranità.

La guerra d'indipendenza marcò l'inizio dell'età d'oro olandese, un'età di grande prosperità economica e culturale. Nel XVII secolo gli olandesi fondarono numerose colonie in India, Indonesia, Africa e nelle Americhe, i cui commerci furono gestiti dalla Compagnia Olandese delle Indie Occidentali. Tuttavia il secolo terminò con una serie di guerre che segnarono la fine dell'espansione dei Paesi Bassi.

Il successivo XVIII secolo fu relativamente tranquillo fino alla Rivoluzione francese del 1789: pochi anni dopo i francesi invasero i Paesi Bassi, dove costituirono dapprima la Repubblica Batava e poi il Regno di Olanda, fino a che non li annetterono alla Francia.

Il congresso di Vienna del 1815 restaurò i Paesi Bassi storici, cioè nord e sud furono nuovamente uniti. In questo periodo è instaurata la monarchia della Casa d'Orange. Tuttavia, i sentimenti liberali, dopo un periodo fortemente conservatore, non potevano essere ignorati. Il sud, chiamato Belgio, divenne regno a sé nel 1830 e nel 1848 i Paesi Bassi divennero una monarchia costituzionale.

I Paesi Bassi proclamarono la propria neutralità in entrambe le guerre mondiali. Nella prima guerra mondiale essa venne sostanzialmente rispettata. Invece nella seconda guerra mondiale il paese fu occupato dalla Wehrmacht nel corso della campagna di Francia. Molti furono gli ebrei deportati e le fucilazioni collettive. La liberazione giunse solo nel maggio 1945.

I Paesi Bassi restarono fino al Duemila una nazione con forti tradizioni mercantili, anche se dopo la seconda guerra mondiale iniziò a prendere piede l'industrializzazione.

Preistoria Agli albori del III millennio a.C. la cultura della ceramica cordata, spesso associata ai primi indoeuropei giunti nel nord Europa da est, penetra nell'area dei Paesi Bassi.

La cultura del vaso campaniforme appare nel territorio dei Paesi Bassi durante la prima età del bronzo (2800-2100 a.C.) seguita dalla cultura, denominata in inglese "Barbed wire beakers culture" (2100-1800 a.C.) che rappresenta una regionalizzazione della precedente. Dal 1800 all'800 a.C. il territorio è caratterizzato dalla cultura di Hilversum che si estende anche a parte del Belgio settentrionale.

Periodo preromano e romano (800 a.C. – 410 d.C.)

I primi abitanti dei Paesi Bassi di cui si abbia notizia storica furono i Batavi, una popolazione che viveva sul corso inferiore del Reno e della Mosa, a cui poi si aggiunsero i Frisi, Canninefati e i Camavi. I Batavi furono sottomessi da Giulio Cesare durante la campagna di Gallia (I secolo a.C.). Il Reno fu per secoli il confine dell'Impero romano, per cui la regione a sud del fiume fece parte della provincia romana della Germania Inferiore e vi sorsero i primi forti, poi città: Utrecht, Nimega e Maastricht, mentre a nord la popolazione germanica dei Frisoni rimase indipendente, nonostante ciò fu molto influenzata dalla cultura romana, che introdusse tra i barbari anche la scrittura.

Le relazioni tra romani e gli autoctoni furono nel complesso abbastanza buone. Molti batavi riuscirono ad entrare nella cavalleria romana, anche il commercio fiorì, poiché il sale del Mare del Nord veniva usato in tutto l'impero, tuttavia ciò non impedì la ribellione dei batavi del 69 sotto la guida di Gaio Giulio Civile. Nel 70 l'imperatore Vespasiano inviò alcune legioni, con a capo Quinto Petilio Ceriale per domare la rivolta e i batavi furono sconfitti.

Alto Medioevo (411–1000) Alla caduta dell'Impero romano nei Paesi Bassi giunsero le popolazioni germaniche dei Sassoni (nell'est) e dei Franchi (nel sud). Nel VII secolo le cronologie franche testimoniano la presenza del Regno di Frisia, che comprendeva la zona costiera dei Paesi Bassi e della Germania; il suo centro del potere era la cittadina di Utrecht. Alla fine dell'ottavo secolo i Franchi prevalsero sui loro vicini, tra cui anche i frisoni, ed alla fine dell'Ottavo secolo la regione faceva parte dell'Impero carolingio iniziato da Carlo Magno (che aveva il suo centro nella vicina Aquisgrana) dopo l'incoronazione dal Papa.

Tra l'anno 800 e il 1000, i Paesi Bassi soffrirono considerevolmente delle razzie vichinghe. Tra l'840 e l'880 la maggior parte degli attuali Paesi Bassi fu occupata dal vichingo Rorico. La resistenza all'occupazione vichinga non provenne dall'impero, bensì dai nobili locali. La supremazia vichinga durò fino al 920, quando Enrico I riuscì a liberare Utrecht.

Basso Medioevo (1000–1492)

I re tedeschi dominarono i Paesi Bassi nei secoli centrali del Medioevo. Dopo l'incoronazione di Ottone I, la cittadina neerlandese di Nijmegen divenne luogo di importante dominio degli imperatori tedeschi. Diversi imperatori nacquero e morirono a Nimega, come anche la principessa bizantina Teofane. Utrecht divenne un importante centro mercantile.

La maggior parte dei Paesi Bassi occidentali fu praticamente disabitata durante l'Alto Medioevo. Dopo il 1000 alcuni contadini delle Fiandre e di Utrecht, assistiti dai monaci benedettini, iniziarono a disseccare quei terreni paludosi. Questo processo si sviluppò rapidamente e in poche generazioni si stabilirono abitanti in quel territorio un tempo desolato. Furono costruite fattorie che, caso unico in Europa, non facevano parte di un villaggio. Prima di questo popolamento, la zona era abitata da popolazioni di origine frisone e l'area era conosciuta come "Frisia occidentale". Dopo il ripopolamento, la zona divenne l'attuale Olanda.

Dopo il Mille ci fu un miglioramento delle tecniche agricole allora conosciute, che portò a un forte incremento della produzione di derrate alimentari. L'economia crebbe velocemente, permettendo ai contadini di coltivare la terra non solo per la mera sussistenza, ma anche per commerciare i propri prodotti. Furono fondate le corporazioni delle arti e mestieri e si svilupparono i mercati. Inoltre l'introduzione della moneta rese più facile gli scambi commerciali che in precedenza. Le città più antiche fiorirono, specialmente nel Brabante e nelle Fiandre, e nuove città furono fondate. Nel Basso Medioevo si formò una classe media considerata borghesia. Dato che le città crescevano in ricchezza, riuscirono ad acquistare certi privilegi dal sovrano, tra cui il diritto dell'autogoverno e di emanazione di leggi. In sostanza significava che le città dei Paesi Bassi si resero poco a poco de facto indipendenti. Tra le città più importanti c'era anche Bruges e Anversa che alcuni decenni dopo divennero due dei più importanti porti dell'Europa.

Dopo la divisione dell'impero, i Paesi Bassi rimasero formalmente parte dell'Impero, ma vi sorsero vari principati semi-indipendenti (contee d'Olanda e di Zelanda, ducati di Gheldria e del Brabante, Principato vescovile di Utrecht). I vari stati erano sovente in lotta fra di loro. La Gheldria e l'Olanda lottarono per il controllo di Utrecht. Il principato vescovile di Utrecht, che attorno al 1000 controllava circa metà degli attuali Paesi Bassi, fu emarginato, sperimentando continue difficoltà a motivo dell'elezione di nuovi vescovi. Invece, le dinastie degli stati vicini erano più stabili. Groninga, Drenthe e la maggior parte delle città della Gheldria divennero indipendenti da Utrecht. Il ducato del Brabante cercò di conquistare gli stati vicini, ma senza riuscirvi. Anche l'Olanda tentò di conquistare la Zelanda e la Frisia.

Nel nord la Frisia continuava a mantenere la propria indipendenza. Aveva le sue istituzioni e rifiutava il sistema feudale che si era imposto in tutta Europa. La Frisia perse definitivamente la sua indipendenza alla fine del Quattrocento quando fu conquistata dai lanzichenecchi tedeschi del duca Alberto I di Sassonia-Meissen.

Il Regno di Borgogna e la dominazione asburgica (1492–1567)

La maggior parte degli attuali Paesi Bassi, e del Belgio, furono riuniti nel ducato di Borgogna. Prima dell'unificazione della Borgogna, i neerlandesi si identificavano nella città in cui vivevano, nel loro ducato o contea, o come sudditi del Sacro Romano Impero. L'età borgognona fu l'epoca in cui iniziò a formarsi una coscienza nazionale dei neerlandesi.

Dopo alcuni anni di conflitto, nel 1433 il duca di Borgogna Filippo il Buono conquistò la Contea d'Olanda. Il commercio olandese iniziò a svilupparsi rapidamente nel Quattrocento. I nuovi sovrani difesero gli interessi commerciali degli olandesi. Le navi olandesi sconfissero diverse volte le navi della Lega anseatica. Amsterdam divenne il principale porto europeo dove si distribuiva il grano della regione baltica. Questo commercio fu vitale per gli interessi mercantili degli olandesi, poiché l'Olanda non era in grado di produrre il grano per le proprie esigenze.

Merita di essere ricordata fra i vari sovrani la duchessa Giovanna, la quale concesse alle autonomie cittadine una carta di privilegi, la Joyeuse Entrée. Tale carta conteneva, tra l'altro, una clausola di ribellione che poteva essere attivata dai sudditi legittimandoli a disobbedire al sovrano che avesse violato i diritti riconosciuti nella carta. Questi riconoscimenti, estesi con il Gran Privilegio di Olanda e Zelanda (1477), furono fondamentali nel momento della rivoluzione del XVI secolo.

Nel XIV secolo tutti questi furono unificati dai duchi di Borgogna, discendenti da un ramo cadetto dei regnanti di Francia, che vi unirono le Fiandre meridionali (l'attuale Belgio) e gran parte del territorio a cavallo dell'attuale confine franco-tedesco, fino alla Svizzera. Il re di Francia Carlo VII di Valois rinunciò alla sua sovranità sulla Borgogna nel 1435, con la pace di Arras. Le Fiandre divennero presto il centro economico dei domini borgognoni. Il regno arrivò dunque a Carlo il Temerario, il quale concesse in dote alla propria figlia Maria le Fiandre, combinando il suo matrimonio con l'arciduca d'Austria Massimiliano I d'Asburgo. Questi, ereditando nel 1477 il titolo ducale di Borgogna, trasferì la propria sede a Bruxelles. L'eredità di questo importante regno passò dunque a Filippo il Bello d'Asburgo e, alla sua morte, a Carlo d'Asburgo, figlio di Filippo e di sua moglie Giovanna la Pazza, nonché futuro imperatore col nome di Carlo V.