Carriera Dal 1987 al 1996 allena squadre di serie minori quali il Campillo, il Motilla, l'Alcázar, il Conquense, il Manzanares ed il Moralo.
Nel 1996 approda al Recreativo de Huelva, dove rimane tre anni per poi trasferirsi, per la stagione 1999-2000, al Villarreal. In questa annata riesce a portare il club dalla Segunda División alla Primera División.
Durante l'estate del 2000 viene ingaggiato dal Siviglia, sulla cui panchina resta per cinque stagioni. In questo periodo forgia una squadra altamente competitiva, basata su giocatori esperti e giovani. La sua politica è "hombres, y no nombres", ovvero "uomini, e non nomi", con la quale il tecnico riesce a tirare fuori il meglio da giocatori di medio-basso livello.
In effetti il Siviglia che l'allenatore costruisce è quello che ottiene la qualificazione alla Coppa UEFA al termine dell'annata 2004-05 e che poi, partito Caparrós, dominerà questa competizione nei due anni successivi vincendo, inoltre, una Coppa del Re, una Supercoppa UEFA e una Supercoppa spagnola.
Dopo aver raggiunto la qualificazione alla Coppa UEFA, viene chiamato sulla panchina del Deportivo la Coruña, dove rimane per due stagioni, ottenendo un ottavo posto e un quattordicesimo posto in massima serie.
Nell'estate del 2007 viene ingaggiato dall'Athletic Club, con cui ottiene buoni risultati, tra cui una finale di Coppa del Re, una finale della Supercoppa di Spagna e due qualificazioni in UEFA Europa League, valorizzando nel contempo i giovani del vivaio. Lascia il club nell'estate del 2011, a seguito dell'elezione del nuovo presidente Josu Urrutia.
Il 27 luglio 2011 prende la guida della squadra svizzera del , ma in seguito alle 5 sconfitte consecutive in avvio di campionato e alle reiterate intemperanze del presidente, il 3 settembre rassegna le dimissioni dall'incarico, con la squadra ultima a quota 6 punti dopo 7 giornate.
Il 4 ottobre 2011 viene nominato allenatore del Maiorca. Viene esonerato il 4 febbraio 2013, con la squadra ultima in classifica.
Nella stagione 2013-2014 allena il Levante, che conduce al decimo posto nella Liga. Il 23 maggio 2014 rinnova il contratto per due anni, ma una settimana dopo si accorda con il .
Nella stagione seguente, il 16 gennaio 2015, con il Granada ultimo nella Liga ed eliminato malamente dalla Coppa del Re dal (1-6 il risultato complessivo), viene sollevato dall'incarico.
Nel giugno 2017 è ingaggiato dai qatarioti dell', ma il 27 dicembre si dimette per ragioni personali.
Il 28 aprile 2018 subentra a Vincenzo Montella sulla panchina del per le ultime quattro partite della stagione, conducendo la squadra al settimo posto, valido per la qualificazione ai preliminari di Europa League. Al termine del campionato è nominato direttore sportivo del club andalusoCaparrós, director de fútbol del Sevilla, elpais.com..
Il 15 marzo 2019 torna panchina del Siviglia dopo l'esonero di Pablo Machín. Il 22 maggio, dopo aver condotto la squadra al sesto posto nella Liga, passa a ricoprire il ruolo di direttore dell'area scouting del club andaluso.
Il 10 marzo 2020 viene nominato commissario tecnico della nazionale armena. Nel novembre 2020, battendo la per 1-0 a Nicosia, la squadra vince il proprio girone di Lega C di UEFA Nations League e viene promossa in Lega B, ottenendo nel contempo la possibilità di giocarsi un posto al tramite i play-off. Nel marzo 2021 l'Armenia consegue tre vittorie consecutive nelle qualificazioni a Qatar 2022, ma nelle successive partite i risultati peggiorano, con la squadra che chiude al quarto posto il girone. Il 29 settembre 2022, dopo 5 sconfitte in 6 partite della UEFA Nations League 2022-2023, con conseguente retrocessione in Lega C, Caparrós e la federcalcio armena decidono di risolvere il contratto dell'allenatore in modo consensuale.
Dopo oltre 2 anni lontano dai campi da calcio, il 13 aprile 2025 torna alla guida del Sevilla per la quarta volta, firmando un accordo fino al termine della stagione .
Statistiche Statistiche da allenatore Club Statistiche aggiornate al 13 luglio 2025.
StagioneSquadraCampionatoCoppe nazionaliCoppe continentaliAltre coppeTotale% VittoriePiazzamento Comp G V N P Comp G V N P Comp G V N P Comp G V N P G V N P % 1990-1991 Gimnástico Alcázar TD 36 17 10 9 CR 2 0 1 1 - - - - - - - - - - 5° 1991-1992 TD 38+6Play-off promozione 18+0 13+3 7+3 CR 6 2 2 2 - - - - - - - - - - 4°Totale Gimnástico Alcázar 80352619 8233 1992-1993 Conquense TD 38+6 27+3 6+2 5+1 CR 6 3 1 2 - - - - - - - - - - 2° 1994-1995 Manzanares CF TD 38 15 12 11 - - - - - - - - - - - - - - - 7° 1995-1996 Moralo TD 38+6 24+2 7+2 7+2 - - - - - - - - - - - - - - - 3° 1996-1997 SDB 38+6 17+3 12+2 9+1 - - - - - - - - - - - - - - - 4° 1997-1998 SDB 38+6 18+5 13+0 7+1 CR 6 3 1 2 - - - - - - - - - - 2° (prom.) 1998-1999 SD 42 14 16 12 CR 4 1 0 3 - - - - - - - - - - 12° Totale Recreativo Huelva 130574330 10415 ago.-ott. 1999 SD 7 2 3 2 CR - - - - - - - - - - - - - - Eson. 2000-2001 SD 42 23 11 8 CR 1 0 0 1 - - - - - - - - - - 1° (prom.) 2001-2002 PD 38 14 11 13 CR 1 0 0 1 - - - - - - - - - - 8° 2002-2003 PD 38 13 11 14 CR 6 4 1 1 - - - - - - - - - - 10° 2003-2004 PD 38 15 10 13 CR 8 6 0 2 - - - - - - - - - - 6° 2004-2005 PD 38 17 9 12 CR 6 5 0 1 CU 10 5 2 3 - - - - - 6° 2005-2006 PD 38 15 10 13 CR 6 2 2 2 Int. 8 6 0 2 - - - - - 8° 2006-2007 PD 38 12 11 15 CR 8 3 2 3 - - - - - - - - - - 13°Totale Deportivo La Coruna 76272128 14545 8602 2007-2008 PD 38 13 11 14 CR 6 1 4 1 - - - - - - - - - - 11° 2008-2009 PD 38 12 8 18 CR 9 4 2 3 - - - - - - - - - - 13° 2009-2010 PD 38 15 9 14 CR 2 0 1 1 UEL 122 Nei turni preliminari 5 3 4 SS 2 0 0 2 8° 2010-2011 PD 38 18 4 16 CR 4 2 2 0 - - - - - - - - - - 6°Totale Athletic Bilbao 152583262 21795 12534 2002 lug.-ago. 2011 Neuchâtel Xamax SL 5 1 3 1 CS - - - - - - - - - - - - - - Sub. Dimis. ott. 2011-2012 PD 32 12 9 11 CR 6 2 0 4 - - - - - - - - - - Sub. 8° 2012-feb. 2013 PD 22 4 5 13 CR 4 0 2 2 - - - - - - - - - - Eson. Totale Maiorca 54161424 10226 2013-2014 PD 38 12 12 14 CR 6 2 1 3 - - - - - - - - - - 10° 2014-gen. 2015 PD 18 2 8 8 CR 4 1 1 2 - - - - - - - - - - Eson. nov. 2016-gen. 2017 PD 5 0 0 5 CR 3 1 0 2 - - - - - - - - - - Sub. eson. set.-nov. 2017 QSL 11 4 2 5 QSC 5 2 2 1 - - - - - - - - - - Dimis. apr.-mag. 2018 PD 4 3 1 0 CR - - - - UCL - - - - - - - - - Sub. 7° mar.-mag. 2019 PD 11 6 1 4 CR - - - - UEL - - - - SS - - - - Sub. 6° apr.-mag. 2025 PD 7 1 2 4 CR - - - - - - - - - - - - - - Sub. 17°Totale Siviglia 216925668 221516 10523 Totale carriera 918377249292 109442540 301659 2002
Nazionale Statistiche aggiornate al 5 settembre 2021.
StagioneSquadraCampionatoPiazzamentoAndamentoRetiGiocateVittoriePareggiSconfitte% vittorieGFGSDR 2020 UEFA Nations League 1º nel gruppo 2, promosso in lega B || 9 || 6 || +3 2021 Qual. Mondiale 2022 4º nel gruppo J || 9 || 20 || -11 Dal 2020 Amichevoli || 2 || 4 || -2 Totale Armenia || 20 || 30 || -10
Palmarès Allenatore
Siviglia: 2000-2001
Note
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