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La sesta stagione della serie televisiva E.R. - Medici in prima linea è andata in onda negli Stati Uniti sulla NBC dal 30 settembre 1999 al 18 maggio 2000.

In Italia la stagione è andata in onda su Rai 2 dal 25 settembre al 4 dicembre 2000.

Goran Višnjić e Michael Michele entrano nel cast regolare rispettivamente nei ruoli di Luka Kovač e Cleo Finch.

Paul McCrane, dopo essere apparso nelle due stagioni precedenti come personaggio ricorrente nel ruolo di Robert Romano, entra nel cast regolare.

Erik Palladino compare a partire dal secondo episodio come personaggio ricorrente nel ruolo di Dave Malucci. Viene promosso a personaggio regolare nel settimo episodio.

Gloria Reuben, dopo aver ricoperto il ruolo di Jeanie Boulet, esce di scena nel sesto episodio, viene accreditata tra i membri del cast regolare nel undicesimo episodio sebbene non appaia affatto in questo episodio.

Maura Tierney compare come guest star nell'ottavo episodio nel ruolo di Abby Lockhart. Viene promossa a personaggio regolare nel dodicesimo episodio.

Dal decimo episodio Ming-Na Wen riprende il ruolo di Jing-Mei Chen, già ricoperto nella prima stagione. Entra quindi nel cast regolare.

Kellie Martin, dopo aver ricoperto il ruolo di Lucy Knight, esce di scena nel quattordicesimo episodio.

Julianna Margulies, dopo aver ricoperto il ruolo di Carol Hathaway, esce di scena nel ventunesimo episodio.

George Clooney compare nel ruolo di Doug Ross in un cameo nel ventunesimo episodio; il suo nome non è accreditato né nei titoli di testa, né in quelli di coda.

nº Titolo originale Titolo italiano Prima TV USA Prima TV Italia 1 Leave It to Weaver Un atto di coraggio 30 settembre 1999 25 settembre 2000 2 Last Rites Un pizzico di fede 7 ottobre 1999 3 Greene with Envy L'invidia di Greene 14 ottobre 1999 2 ottobre 2000 4 Sins of the Fathers Le colpe dei padri 21 ottobre 1999 5 Truth and Consequences Un tragico scherzo 4 novembre 1999 9 ottobre 2000 6 The Peace of Wild Things Una brutta sorpresa 11 novembre 1999 7 Humpty Dumpty Emergenza sangue 18 novembre 1999 16 ottobre 2000 8 Great Expectations Grandi speranze 25 novembre 1999 9 How the Finch Stole Christmas Etica professionale 16 dicembre 1999 23 ottobre 2000 10 Family Matters Questioni di famiglia 6 gennaio 2000 11 The Domino Heart Il principio del domino 13 gennaio 2000 30 ottobre 2000 12 Abby Road Abby 3 febbraio 2000 13 Be Still My Heart (1) Destini incrociati 10 febbraio 2000 6 novembre 2000 14 All in the Family (2) Paura 17 febbraio 2000 15 Be Patient Madri e figlie 24 febbraio 2000 13 novembre 2000 16 Under Control Sotto controllo 23 marzo 2000 17 Viable Options Litigi 6 aprile 2000 20 novembre 2000 18 Match Made in Heaven Famiglia numerosa 13 aprile 2000 19 The Fastest Year Parenti stretti 27 aprile 2000 27 novembre 2000 20 Loose Ends Presenze e assenze 4 maggio 2000 21 Such Sweet Sorros Un dolce dolore 11 maggio 2000 4 dicembre 2000 22 May Day Un giorno di maggio 18 maggio 2000

Un atto di coraggio Titolo originale: Leave It to Weaver Diretto da: Jonathan Kaplan Scritto da: Lydia Woodward Trama Carol, ormai incinta di quasi 6 mesi, scampa per pochi secondi a un incidente che avviene nella caffetteria provocato da un furgone che sbandando entra nel locale. Mentre il pronto soccorso è impegnato a salvare le vittime dell'incidente fa il suo ingresso un nuovo medico turnista, Luka Kovač. Nel frattempo Romano viene insignito del nuovo grado di capo del personale; Greene esprime in commissione il suo parere negativo per tale nomina, avendo la certezza di essere appoggiato dalla Weaver, la quale però nel momento in cui si accorge che il resto della commissione appoggerà il dottor Romano tradisce il dottor Greene; inoltre la dottoressa Weaver sarà nominata capo dello staff del pronto soccorso, il che fa infuriare ancora di più Greene, che decide di andare a sfogarsi allenandosi a baseball. Nel frattempo in ospedale arriva la notizia della morte della madre del dottor Greene che sarà presa dalla Weaver.

Un pizzico di fede Titolo originale: Last Rites Diretto da: Feliz Enriquez Alcalã Scritto da: Jack Orman Trama Greene dopo il funerale della madre ritorna in ospedale e deve occuparsi di una ragazza maggiorenne malata di cancro allo stadio terminale con l'obbligo di non rianimarla, ma mentre è solo in stanza con lei, la ragazza confessa a Mark di non voler morire quel giorno, quindi viene intubata; il padre scoprendo quello che ha fatto denuncia la situazione non essendo convinto che sia volontà della figlia; purtroppo nonostante l'intubazione la ragazza va in arresto, Greene nonostante l'ordine impartito dalla Weaver cerca di rianimarla ma sarà costretto a dichiararne la morte. Benton ha problemi familiari poiché Carla vuole portare il loro bambino in Germania, ma Benton si oppone; Carla rivela che potrebbe non essere suo figlio in quanto ha avuto una relazione di una notte con un altro. Carter intrattiene una relazione con l'ex moglie di suo cugino ma scopre che è malata. Compare un nuovo medico: Dave Malucci.

L'invidia di Greene Titolo originale: Greene with Envy Diretto da: Peter Markle Scritto da: Patrick Harbinson Trama Al pronto soccorso arriva il dottor Gabriel Lawrence, ex insegnante di Kerry, a cui lei è molto affezionata. L'uomo si dà subito da fare, dando dimostrazione di possedere un grande spirito d'iniziativa: questo comportamento predispone Mark a un atteggiamento negativo nei suoi confronti, sembra quasi che il medico invidi il collega.

Si susseguono intanto le emozioni nell'ospedale più famoso del mondo: un giovane riconosce il suo aggressore in un sedicente cugino andato a fargli visita, con l'intervento della sicurezza si scatena addirittura un conflitto a fuoco; Elizabeth anticipa la mastectomia di Elaine, ma la paziente è assalita da mille timori; Loren, una giovane donna, dice di essere caduta da una scaletta, ma ha anche due costole rinsaldate: si sospetta che sia il marito l'artefice della ferita della donna.

Jeanie e Reggie si sposano: la donna tiene il piccolo Carlos tra le braccia e, in attesa dell'affidamento definitivo del bambino, comincia a comprare pannolini.

Le colpe dei Padri Titolo originale: Sins of the Fathers Diretto da: Ken Kwapis Scritto da: Doug Palau Trama L'ospedale viene criticato da un articolo pubblicato in seguito a un'intervista con la Corday. Cleo viene assalita dai sensi di colpa per aver sbagliato una diagnosi su un bambino di 4 anni. Carter si organizza per vedere Elaine, mentre Carol deve curare una cameriera incinta senza assicurazione sanitaria.

Un tragico scherzo Titolo originale: Truth & Consequences Diretto da: Steve De Jarnatt Scritto da: R. Scott Gemmill Trama Un esperimento in un laboratorio di chimica in una scuola superiore provoca un incidente e gli studenti e gli insegnanti sono costretti a ricorrere al pronto soccorso. Lo stress per le emergenze multiple porta Lawrence al limite della sopportazione. Greene difende un paziente da un genitore violento e finisce per essere punito per questo. Lucy aiuta uno degli studenti feriti. La Hathaway apprende che la donna incinta che voleva aiutare fa uso di droga. Elaine dice a Carter che intende andare in Europa per un paio di mesi, dicendogli di chiamarla.

Una brutta sorpresa Titolo originale: The Peace of Wild Things Diretto da: Steve De Jarnatt Scritto da: R. Scott Gemmill Trama Elaine cerca un modo per lasciare John. La donna teme che il giovane le resti accanto perché impietosito dalla sue condizioni di salute. Sarà John a farle cambiare idea. Al Dr. Lawrence intanto viene diagnosticato l'alzheimer precoce: presto non sarà più in grado di lavorare.

Emergenza sangue Titolo originale: Humpty Dumpty Diretto da: Richard Thorpe Scritto da: John Wells Trama Il Dr. Lawrence si vede costretto a lasciare il pronto soccorso e Kerry decide di chiedere a Luka di sostituirlo entrando definitivamente in organico. Elizabeth salva la vita di uno stupratore, anche se pensa di aver fatto un torto al mondo compiendo il suo dovere.

Grandi speranze Titolo originale: Great Expectations Diretto da: Christopher Misiano Scritto da: Jack Orman

Trama

Etica professionale Titolo originale: How the Finch Stole Christmas Diretto da: Fred Einesman Scritto da: Linda Gase

Trama

Questioni di famiglia Titolo originale: Family Matters Diretto da: Anthony Edwards Scritto da: Patrick Harbinson

Trama

Il principio del domino Titolo originale: The Domino Heart Diretto da: Lesli Linka Glatter Scritto da: Joe Sachs

Trama

Abby Titolo originale: Abby Road Diretto da: Richard Thorpe Scritto da: R. Scott Gemmill

Trama

Destini incrociati Titolo originale: Be Still My Heart Diretto da: Laura Innes Scritto da: Lydia Woodward

Trama È il giorno di San Valentino, tutto lo staff del pronto soccorso addobba il reparto con festoni e cartelli inneggianti all'amore. Yosh regala a tutte le componenti femminili dello staff una cartolina d'auguri per san Valentino. Abby, comincia ad avere problemi economici per colpa dell'ex-marito che non le paga gli alimenti e si trova a dover affrontare il caso di un'anziana signora con gravi problemi respiratori e chiede l'aiuto di Carter.

Jing-Mei e Malucci sono in competizione tra loro e lo dimostrano apertamente quando l'ambulanza porta un paziente trovato svenuto in seguito a un episodio sincopale. I due saranno in contrasto su tutto e ci vorrà tutta l'esperienza e la pazienza del dottor Greene per tenerli a bada. Nel frattempo Lucy si occupa di un giovane ragazzo in stato confusionale, il cui quadro clinico non la convince; teme che il ragazzo possa essere vittima dei primi sintomi della schizofrenia e chiede l'aiuto di Carter per eseguire una puntura lombare e venirne a capo.

John Carter, intanto, si occupa dell'anziana paziente di Abby, e per richiesta esplicita della paziente (si era già occupato del marito) e per aiutare l'inesperta tirocinante, lasciando Lucy da sola nell'attesa del consulto psichiatrico e ammonendola di abbandonare quel caso e dedicarsi agli altri in attesa. Mark lascia rapidamente le consegne a Kovac, per andare, con Elizabeth, a una cena romantica con suo padre e la madre di lei e mentre cominciano i festeggiamenti, Carter va alla ricerca di Lucy, scomparsa da un po'. Entrando nella stanza del paziente schizofrenico, John viene accoltellato al fianco, di spalle, dallo stesso e, svenendo per il forte dolore e l'emorragia, trova la giovane Lucy, anch'essa in una pozza di sangue.

Paura Titolo originale: All in the Family Diretto da: Jonathan Kaplan Scritto da: Jack Orman Trama Proseguono i festeggiamenti per il San Valentino. Approfittando della calma "apparente" infermieri e medici di turno si concedono una piccola pausa mangiando e scherzando. Arriva la Weaver che, prendendo servizio, comincia a riportare l'ordine nel reparto e comincia a visitare un uomo con un problema a una caviglia.

Non riuscendo a guardare la lastra dalla lampada nel corridoio, la dottoressa entra nella stanza dell'orrore e scopre i due corpi esanimi. Il pronto soccorso tutto comincia a prestare soccorso ai colleghi, e vengono addirittura richiamati Greene e la Corday. I poliziotti cominciano a circoscrivere la scena del tentato omicidio e, con l'aiuto fortunoso di Abby, trovano anche l'arma del delitto.

Stabilizzati per quanto possibile i due giovani vengono portati di corsa in sala operatoria: Anspaugh e Benton si occupano di Carter, Romano e Corday di Lucy. John Carter si salva, nonostante qualche complicazione, Lucy, invece, sembrava dapprima fuori pericolo, ma complicazioni post-operatorie le procurano la morte.

Finito il turno alcuni protagonisti si ritrovano da DocMagoo's per attendere aggiornamenti, cominciando a raccontare aneddoti che vedevano protagonisti Carter e Lucy, finché arriva Chuny che rompe l'atmosfera dando la notizia della morte di Lucy.

Madri e figlie Titolo originale: Be Patient Diretto da: Ken Kwapis Scritto da: Sandy Kroopf Trama