Carriera Mladen Krstajić è nato a Zenica in Bosnia ed Erzegovina da genitori serbi (la madre era di Bijeljina, il padre di Žabljak). Dopo aver giocato nelle giovanili del Čelik Zenica, Krstajić si trasferì a Kikinda, in Serbia, nel 1992, a seguito della guerra civile in Bosnia-Erzegovina. Una volta in Serbia iniziò a giocare con l'OFK Kikinda, per poi trasferirsi, nel 1995, al , dove restò fino al 2000.
Nel 2000 si trasferì nel campionato tedesco, prima al poi, nel 2004, allo .
Krstajić ha fatto parte della difesa della Nazionale serba che durante la fase di qualificazione ai Mondiali 2006 subì solo un gol. Gli altri componenti di tale difesa furono Goran Gavrančić della , Nemanja Vidić del e Ivica Dragutinović del Siviglia. Nel 2009 si trasferisce al Partizan.
Palmarès Giocatore Competizioni nazionali
Schalke 04: 2005
Campionati di Serbia: 2 Partizan Belgrado: 2009-2010, 2010-2011
Coppe di Serbia: 2 Partizan Belgrado: 2009-2010, 2010-2011
Competizioni internazionali
Schalke 04: 2004
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