Procugino di Johann Sebastian Bach fu nominato organista a Weimar, dove esercitò il suo incarico per un lungo periodo. Il suo Musicalisches Lexicon (1732) è il padre di tutti i dizionari di musica, il quale unisce i dati biografici dei compositori alle spiegazioni dei termini musicali. Collaborò molto attivamente con il celebre cugino durante il periodo di Weimar e trascrisse per clavicembalo e organo numerosi concerti dei compositori italiani di quell'epoca (fra cui Vivaldi).
Discografia Johann Gottfried Walther: Complete Organ Music (2015). Simone Stella (organo). 12 cd box Brilliant Classics BC 94730 Ad oggi questa è la prima ed unica incisione integrale delle opere per organo di Walther.
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