Nel 1195, ereditò la contea di Hainaut e quella di Fiandra dal padre. Intraprese, nel 1202, la quarta crociata indetta da papa Innocenzo III per liberare Gerusalemme. Non avendo i crociati fondi sufficienti per pagare il nolo delle navi veneziane che li avrebbero trasportati in Terrasanta, il trasporto fu effettuato ugualmente dai veneziani, ma a patto che i crociati provvedessero prima a restaurare sul trono imperiale di Costantinopoli Alessio IV Angelo. Di fatto la spedizione terminò con la conquista della città, il 12 aprile 1204, e successivamente della maggior parte dei territori sotto il controllo bizantino.
Origine Baldovino, sia secondo il Gisleberti Chronicon Hanoniense, che secondo la Chronica Albrici Monachi Trium Fontium e la Flandria Generosa (Continuatio Bruxellensis), era il figlio maschio primogenito del conte di Hainaut, Marchese di Namur e conte di Fiandra, Baldovino V di Hainaut e della contessa di Fiandra, Margherita d'Alsazia.Baldovino V di Hainaut, secondo il Gisleberti Chronicon Hanoniense, era il figlio del conte di Hainaut, Baldovino IV e della moglie, Alice di Namur, che era figlia del conte di Namur, Goffredo I e della sua seconda moglie, l'erede della contea del Lussemburgo, Ermessinda di Lussemburgo, sia secondo la Genealogica comitum Buloniensium, che secondo la Chronica Albrici Monachi Trium Fontium e che, secondo il Herimanni, Liber de Restauratione Sancti Martini Tornacensis, era la sorella del conte di Lussemburgo e di Namur, Enrico IV.Margherita d'Alsazia, secondo la Flandria Generosa (Continuatio Claromariscensis) era la figlia femmina secondogenita del conte delle Fiandre, Teodorico di Alsazia (1099 circa – 4 gennaio 1168) e di Sibilla d'Angiò (1112 circa – 1165), che, anche se l'arcivescovo, Guglielmo, della città di Tiro, nell'odierno Libano, nel suo Historia rerum in partibus transmarinis gestarum ce la presenta come figlia femmina primogenita era la figlia femmina secondogenita del conte d'Angiò e conte di Tours, conte consorte e poi conte del Maine ed infine reggente del principato di Antiochia e re consorte del regno di Gerusalemme, Folco il Giovane, e della contessa del Maine, Eremburga, figlia unica del conte del Maine, Elia I e di Matilde, come riporta nella sua Historia Ecclesiastica, Pars II, Liber IV del monaco e storico medievale, Orderico Vitale, signora di Château-du-Loir, figlia di Gervaso, signore di Château-du-Loir.La nonna di Baldovino, Sibilla d'Angiò, era zia della regina di Gerusalemme, Isabella e per questo i conti di Fiandra, il nonno, Teodorico e poi lo zio, Filippo, si erano recati più volte in Terra santa per aiutare i parenti nel loro sforzo di mantenere il controllo di Gerusalemme.
Giovinezza Nel 1179, il giovane Baldovino, secondo il Gisleberti Chronicon Hanoniense, era stato fidanzato con Maria, figlia del conte di Champagne e di Brie, Enrico I e di Maria di Francia, che, secondo la Chronica Albrici Monachi Trium Fontium era la figlia primogenita del re di Francia, Luigi VII e della duchessa d'Aquitania e Guascogna e contessa di Poitiers, Eleonora.
Il 6 gennaio 1186, Baldovino, come conferma la Chronica Albrici Monachi Trium Fontium, aveva sposato Maria di Champagne. Il matrimonio ci viene confermato anche dalla Historia Rerum in partibus transmarinis gestarum ("L'estoire de Eracles Empereur et la conqueste de la terre d'Outremer"), Continuator. Il cronista Gilberto di Mons descrisse Baldovino come un ragazzo profondamente innamorato della sua sposa, la quale tuttavia preferiva la preghiera al letto matrimoniale.Attraverso il suo matrimonio Baldovino contrasse altre parentele e obblighi verso i difensori della Terra Santa. Infatti il fratello di Maria, Enrico II di Champagne che era stato incoronato re di Gerusalemme nel 1192, nel 1197 morì lasciando una vedova e due figlie che necessitavano di aiuto per riconquistare i territori perduti. Inoltre Maria era nipote sia di Riccardo I Cuor di Leone che di Filippo II di Francia che furono tra i partecipanti alla terza crociata, assieme allo zio di Baldovino, Filippo, che infatti morì durante la Crociata.
Nell'estate del 1191, durante la terza crociata, morì di peste, senza eredi legittimi, suo zio (il fratello di sua madre), il conte di Fiandra, Filippo d'Alsazia, come ci confermano gli Annales Blandinienses, sua madre, Margherita gli succedette e suo padre, Baldovino divenne così Baldovino VIII, conte delle Fiandre, per diritto di matrimonio.
Il patrimonio di Filippo d'Alsazia destava il desiderio del re di Francia, Filippo Augusto che cercò di nascondere la morte del conte di Fiandra, fino al suo ritorno dalla crociata. Ma la notizia si diffuse rapidamente e il conte e la contessa di Hainaut andarono subito nelle Fiandre per prendere possesso di quelle terre. Sua madre, come discendente di Baldovino Braccio di Ferro e sorella del conte, fu accolta, assieme al marito, nelle città delle Fiandre, mentre Gand ospitava Matilde di Portogallo, vedova di Filippo d'Alsazia, intenzionata a recuperare tutta la contea. Guglielmo dalle Bianche Mani, arcivescovo di Reims ebbe il compito di mediare tra i contendenti; Filippo Augusto rinunciò all'annessione al regno di Francia della contea che fu assegnata ai suoi genitori, Baldovino VIII e MargheritaFrederick Maurice Powicke, "I regni di Filippo Augusto e Luigi VIII di Francia", cap. XIX, vol. V pag. 798, che, ancora secondo gli Annales Blandinienses incorporarono le Fiandre nei loro domini.
Sua madre, Margherita, morì nel 1194, come ci confermano gli Annales Blandinienses; secondo il Gisleberti Chronicon Hanoniense, la contessa si trovava a Male (oggi quartiere di Bruges), dove si ammalò gravemente, e dove morì il 15 novembre e fu sepolta a Bruges, nella chiesa di San Donato.Il figlio maschio primogenito, Baldovino, sempre secondo il Gisleberti Chronicon Hanoniense, divenne così Baldovino IX, conte delle Fiandre, anche se il governo della contea continuò ad essere esercitato dal padre.
Suo padre, Baldovino V, conte di Hainaut e conte di Namur, ancora secondo il Gisleberti Chronicon Hanoniense, dopo lunga malattia morì a Mons il 17 dicembre 1195 (1195, mense Decembri, 12 kal. ianuarii); gli succedette, nella contea di Hainaut, il figlio maschio primogenito, Baldovino, come Baldovino VI, mentre nella contea di Namur gli succedette il figlio maschio secondogenito, Filippo.
Conte di Fiandra e Hainaut Baldovino prese possesso di una contea delle Fiandre drasticamente ridotta nelle sue dimensioni a causa della dote concessa alla sorella, Isabella di Hainaut, andata in sposa al re di Francia Filippo II di Francia, che includeva la regione di Artois, e alla concessione di un'altra vasta zona a sua moglie Maria. Isabella Morì nel 1190, ma Filippo reclamò la sua dote in nome di suo figlio, il futuro Luigi VIII di Francia. Gli otto anni in cui Baldovino regnò nelle Fiandre la sua azione fu completamente tesa a recuperare il controllo di almeno alcune parti dei domini della sua famiglia, culminati, nel gennaio 1200 nel trattato di Péronne, in cui Filippo restituiva a Baldovino gran parte dell'ArtoisFrederick Maurice Powicke, "I regni di Filippo Augusto e Luigi VIII di Francia", cap. XIX, vol. V pagg. 811 e 812.
Nella sua lotta contro Filippo, Baldovino contrasse numerose alleanze con alcuni importanti regnanti, tra cui il re di Germania e futuro Imperatore Ottone IV di Brunswick (un'alleanza nel 1196Austin Lane Pool, "Filippo di Svevia e Ottone IV", cap. II, vol. V pag. 60 e la firma sulla lettera che comunicava a papa Innocenzo III l'elezione di Ottone a re di GermaniaAustin Lane Pool, "Filippo di Svevia e Ottone IV", cap. II, vol. V pag. 66 e nota 2) e i due Plantageneti, Riccardo I d'Inghilterra (un'alleanza nel 1196, confermata nel 1198Frederick Maurice Powicke, "I regni di Filippo Augusto e Luigi VIII di Francia", cap. XIX, vol. V pag. 801) e Giovanni SenzaterraFrederick Maurice Powicke, "I regni di Filippo Augusto e Luigi VIII di Francia", cap. XIX, vol. V pag. 802. Un mese dopo il trattato di Péronne, il 23 febbraio 1200, Baldovino prese l'impegno di partire per la Terra Santa, assieme a suo fratello Enrico e a suo cognato, il conte di Champagne e di Brie, Tebaldo IIID.M. Nicol, "La quarta crociata e gli imperi greco e latino, 1204 - 1261", cap. XIV, vol. III, pag. 504, a cui fu concordemente assegnato il comando della quarta crociata. I due anni successivi furono impiegati per preparare la spedizione e per rinsaldare il potere suo e della sua famiglia nelle Fiandre. Nel tentativo di dare ordine ai suoi domini Baldovino promulgò un dettagliato e corposo codice penale, tra cui un'ordinanza sull'usuraPaul Vinogradoff, "Il feudalesimo", cap. XXII, vol. II pag. 818 e stabilì regole ben definite per la successione al trono; regole che sono ancora parte integrante della tradizione giuridica in Belgio.
Baldovino lasciò nelle Fiandre la figlia primogenita e la moglie Maria incinta, la quale, secondo lo storico britannico, noto medievalista e bizantinista, Steven Runciman, all'inizio del 1204 partì alla volta dell'oriente per ricongiungersi al marito, contando di ritornare nelle Fiandre in capo ad un paio di anni. Al momento della partenza della contessa Maria, la reggenza delle Fiandre e la custodia delle figlie passò al fratello di Baldovino Filippo I di Namur, mentre la reggenza di Hainaut passò allo zio Guglielmo di Thy.Ancora secondo il Runciman, prima di giungere a Costantinopoli, Maria visitò la Palestina, morendo in quello stesso anno a Gerusalemme; mentre la Flandria Generosa (Continuatio Claromariscensis) ci conferma che Maria era giunta via mare ad Acri, dove a seguito di una grave malattia (gravibus macerata egretudinibus), morì. Venne a sapere dell'elezione del marito, ma morì di peste nell'agosto 1204 prima di potersi ricongiungere a lui.
Imperatore Latino
Intanto, la crociata era stata deviata verso Costantinopoli, per aiutare Alessio Angelo a conquistare il trono di Costantinopoli contro lo zio, l'imperatore Alessio III Angelo, che aveva deposto il proprio fratello e padre di Alessio, l'imperatore Isacco II AngeloD.M. Nicol, "La quarta crociata e gli imperi greco e latino, 1204 - 1261", cap. XIV, vol. III, pagg. 507 - 509; dopo che Alessio, divenuto nel frattempo Alessio IV, nel febbraio del 1204, era stato imprigionato e strangolato, al trono era salito Alessio V DucasD.M. Nicol, "La quarta crociata e gli imperi greco e latino, 1204 - 1261", cap. XIV, vol. III, pag. 511, che ripudiò tutti gli accordi presi coi crociatiD.M. Nicol, "La quarta crociata e gli imperi greco e latino, 1204 - 1261", cap. XIV, vol. III, pag. 512, che decisero di combattere e ci fu un trattato tra i capi dei crociati tra cui, Baldovino, il doge di Venezia, Enrico Dandolo e Bonifacio del Monferrato, per la spartizione del bottino, l'elezione di un imperatore latino e la divisione delle province; i crociati, nel mese di aprile riuscirono a conquistare Costantinopoli e per tre giorni si abbandonarono al saccheggio sfrenato e all'uccisione di circa abitantiD. M. Nicol, "La quarta crociata e gli imperi greco e latino, 1204 - 1261", cap. XIV, vol. III, pagg. 513 e 514 e, dopo la spartizione del bottino, si apprestarono all'elezione dell'imperatoreD.M. Nicol, "La quarta crociata e gli imperi greco e latino, 1204 - 1261", cap. XIV, vol. III, pag. 514.