Dati generali La regione confina a nord-ovest con il Molise, a ovest con la Campania, a sud-ovest con la Basilicata ed è bagnata dal mar Adriatico a est e nord e dal mar Ionio a sud, ed è la regione dell'Italia meridionale con la più lunga estensione costiera. Oltre che dal mare, i confini della regione sono segnati approssimativamente dal corso del fiume Fortore, dai monti della Daunia (ove si ergono i rilievi più alti della regione) e dalla depressione Bradano.
Le acque interne sono relativamente scarse e includono per lo più alcuni laghi costieri (tra i quali il lago di Lesina, il lago di Varano, il lago Salso e i piccoli laghi Alimini), mentre il lago Pescara (esteso su 3 ettari, profondo 6 metri e situato alle falde del monte Cornacchia a ) è il principale lago naturale montano della Puglia. Il grande lago di Occhito, al confine col Molise, è invece un bacino artificiale realizzato dall'Acquedotto pugliese per fronteggiare le frequenti crisi idrica della regione.
Il resto del territorio pugliese è per lo più collinare o pianeggiante. La parte collinare è rappresentata prevalentemente dal Gargano, dalle Murge e dalle Serre salentine, rilievi calcarei di antica formazione. La parte pianeggiante, che costituisce circa il 53% del territorio, è formata dal Tavoliere delle Puglie, dalla Terra di Bari e dalla pianura salentina.
Aspetto fisico Il territorio pugliese è pianeggiante per il 53,3%, collinare per il 45,3% e montuoso solo per l'1,5% il che la rende la regione con meno zone di montagna d'Italia. Le vette più elevate si ergono nei monti della Daunia, dove si toccano i 1152 m del monte Cornacchia, 1145 m del monte Saraceno e i 1105 m del monte Crispignano, e sul Gargano con i 1055 m del monte Calvo, i 1014 m del Monte Nero e i 1008 m del Monte Spigno.
Pianure
Le pianure sono costituite dal Tavoliere delle Puglie, dalla fascia costiera della Terra di Bari e dalla pianura salentina.
Il Tavoliere occupa quasi la metà della Capitanata; nato come pianura di sollevamento (infatti un tempo era sottomarino) si estende per circa 3000 km² tra i monti Dauni a ovest, il promontorio del Gargano e il mare Adriatico a est, il fiume Fortore a nord e l'Ofanto a sud. È la più vasta pianura d'Italia dopo la Pianura Padana; è geologicamente classificabile come preistorico fondo marino.
Il nome Tavoliere deriva dal catasto romano, organizzato in Tabulae censuariae, sul quale erano annotate le proprietà terriere adibite al pascolo o alle coltivazioni.
In autunno e in inverno la pianura è talvolta soggetta alle esondazioni del Fortore, del Cervaro, dell'Ofanto e di diversi torrenti, mentre in primavera e in estate è spesso segnata dalla siccità.
La pianura salentina, chiamato anche Piana Messapica o Tavoliere di Lecce, è un vasto e uniforme bassopiano del Salento compreso tra i rialti terrazzati delle Murge a nord e le serre salentine a sud. Si estende per gran parte del brindisino (piana brindisina), per tutta la parte settentrionale della provincia di Lecce, a nord della linea che grossomodo congiunge Gallipoli e Otranto, fino ad Avetrana, Lizzano, Sava e Manduria nel tarantino. Nella sua zona mediana corre la strozzatura del cosiddetto "istmo messapico", fra Porto Cesareo e l'antica Valesio, nei pressi di Torchiarolo, in cui si raggiunge la minor distanza tra l'Adriatico e lo Ionio (un braccio di terra di circa 35 km).
Caratteristiche della pianura salentina sono i poderosi strati di terra rossa e l'assenza di corsi d'acqua di superficie. Il terreno carsico tuttavia presenta innumeroveli inghiottitoi (chiamate vore o capoventi), punti di richiamo delle piovane, che convogliano l'acqua nel sottosuolo alimentando veri e propri fiumi carsici. Solcano poi la superficie numerosi canali scavati per favorire il deflusso delle piovane negli inghiottitoi, e per evitare quindi la formazione di acquitrini.
La fascia costiera della Terra di Bari è il territorio pianeggiante stretto tra le Murge e il mare Adriatico e comprendente la città di Bari e l'intero litorale dalla foce dell'Ofanto a Fasano.
Colline della Puglia Il territorio collinare pugliese è suddiviso tra le Murge e le serre salentine.
La Murgia (o le Murge), è una subregione pugliese molto estesa, corrispondente ad un altopiano carsico di forma rettangolare sito nella Puglia centrale. È compresa per gran parte nella provincia di Bari e in quella di Barletta-Andria-Trani. Si estende ad occidente fin dentro la provincia di Matera, in Basilicata; inoltre si prolunga verso sud nelle province di Taranto e Brindisi. Il nome deriva dalla parola latina "murex", che significa roccia aguzza (come il guscio della conchiglia murice o Murex), muro a secco.
Si estende per circa 7000 km² ed è situata tra il corso dell'Ofanto situato a nord, e la cosiddetta "soglia messapica" (una depressione che corre lungo la linea Taranto-Ostuni e che la separa dalla penisola salentina) situata a sud. I suoi limiti fisici sono: a sud-ovest la depressione detta bradanica ricadente entro la vicina regione Basilicata; a nord-est il Mare Adriatico; a nord-ovest la valle del fiume Ofanto e la pianura del Tavoliere di Foggia; a sud-est la piana di Brindisi. Si suddivide in Alta Murgia, che rappresenta la parte più alta e rocciosa, costituita prevalentemente da bosco misto e dove la vegetazione è piuttosto povera, e in Bassa Murgia, dove la terra è più fertile e ricoperta in prevalenza da oliveti.
Le serre salentine, o Murge Salentine, sono un elemento collinare che si trova a sud della linea ideale che congiunge grossomodo Gallipoli e Otranto, è caratterizzato da allineamenti di modeste groppe sassose, chiamate localmente Serre. Il punto più alto è nella Serra dei Cianci, a 196 metri. Quelle del versante orientale scendono direttamente a mare (tratto di costa tra Otranto e il capo di Leuca), mentre le Serre della sezione mediana (da Supersano fino al capo) sono caratterizzate da numerosi terrazzamenti, resisi necessari per le coltivazioni agricole.
Montagne
Gli unici elementi propriamente montuosi si trovano in provincia di Foggia e sono rappresentati dai Monti della Daunia (noti anche con i toponimi Monti Dauni o Subappennino dauno), una dorsale montuosa che costituisce il prolungamento orientale dell'Appennino campano. Essa occupa la parte occidentale della Capitanata e corre lungo il confine della Puglia con il Molise e la Campania. Le maggiori vette sono il Monte Cornacchia (1152 m) e il Monte Crispignano (1105 m).
Il Gargano corrisponde sostanzialmente a un massiccio montuoso-collinare chiamato lo "sperone d'Italia". Il Gargano, di matrice calcareo-carbonatica come le Murge e le Serre salentine, era in origine un'isola, poi unita alla terraferma da un progressivo accumulo di depositi alluvionali. Il massiccio culmina nei 1056 m del Monte Calvo (significativo è il nome di questo monte, circondato da imponenti e fittissime foreste, ma caratterizzato da una nuda e sassosa cima), ha una vistosa morfologia carsica, i cui aspetti più interessanti sono le numerose grotte, abitate sin dalla preistoria. Gli altri monti sono: Lo "Spigno", "Giovannicchio", e "Monte Nero".
Territori naturali Anche se la Puglia può essere suddivisa in aree morfologiche diverse con caratteristiche ben definite, riesce comunque a conservare una sua precisa identità regionale. Da nord a sud si susseguono gradualmente, senza netti contrasti, sei distretti geografici:
Il Gargano: lo sperone d'Italia che entra nel mar Adriatico, presenta delle caratteristiche culturali proprie a causa della barriera naturale delle montagne e della fitta vegetazione. Il Tavoliere delle Puglie: si estende per circa 3000-4000 km² Sull'estensione del Tavoliere ci sono fonti discordanti:questo sito, riporta 4000 km². Mentre la maggior parte dei testi scolastici di geografia italiani indicano 3000 km². Probabilmente i testi scolastici si riferiscono alla parte non paludosa e storicamente adibita a pascolo della pianura, che, per secoli, fino al 1930, è stata di 3150 km² tra i monti Dauni a ovest, il promontorio del Gargano e il mare Adriatico a est, il fiume Fortore a nord e Ofanto a sud. Da un punto di vista culturale il Tavoliere risente delle mescolanze con le popolazioni abruzzesi e molisane che per secoli hanno attraversato questa terra per svernare le greggi che qui trovavano i pascoli invernali, il fenomeno è detto transumanza e a testimonianza di esso il territorio è tuttora solcato da diversi e importanti tratturi e tratturelli. Il Subappennino Dauno: inteso in senso lato, coincide essenzialmente con la dorsale dei monti della Daunia (ne resta escluso il solo versante occidentale, condiviso tra Molise e Campania). A causa della sua posizione eccentrica rispetto alle colonie greche, la Daunia era scarsamente legata sia alla civiltà greca e magnogreca sia a quella campana, tanto da sviluppare una ricca cultura peculiare. Diversamente dagli altri rilievi pugliesi, ma analogamente al limitrofo Appennino campano, i monti Dauni sono costituiti da rocce argillose per cui qui non si verifica il fenomeno del carsismo. la Murgia: subregione pugliese molto estesa, corrispondente ad un altopiano carsico di forma rettangolare sito nella Puglia centrale. È compresa per gran parte nella provincia di Bari e in quella di Barletta-Andria-Trani di nuova istituzione e si estende ad occidente fin dentro la provincia di Matera, in Basilicata; inoltre si prolunga verso sud nelle province di Taranto e Brindisi. L'Arco Ionico tarantino: è un territorio subcollinare (sistema premurgiano) e pianeggiante e costituito prevalentemente da un'area carsica ma molto fertile. L'Arco Ionico tarantino è una subregione della Puglia che si estende dalla Murgia a nord fino ad addentrarsi nel Salento nord-occidentale. Il Salento: noto anche come penisola salentina e popolarmente conosciuto come Tacco d'Italia, è una subregione dell'Italia che si estende sulla parte meridionale della Puglia (comprendendo le province di Brindisi, Lecce e Taranto), tra il mar Ionio ad ovest e il mar Adriatico ad est. Gli abitanti dell'area, che comprende la parte meridionale della Puglia, partendo dalla soglia messapica sulla linea Taranto-Ostuni, si distinguono per caratteristiche glottologiche e culturali ben diverse da quelle del resto della regione. Da un punto di vista storico il Salento ha fatto parte per molti secoli dell'antica circoscrizione denominata Terra d'Otranto.
Fiumi
I principali fiumi della Puglia sono situati nella provincia di Foggia hanno carattere torrentizio,come:il Candelaro, il Cervaro e il Carapelle, ma esistono anche dei fiumi maggiori che bagnano solo in parte la Puglia quali l'Ofanto e il Fortore.
Ricade in territorio pugliese anche parte del bacino del Bradano, il cui corso principale è però interamente in territorio lucano. In generale, a causa della natura carsica del suolo pugliese - specie sul Gargano e sulle Murge - le acque meteoriche si infiltrano nel sottosuolo e scorrono in profondità fino al mare. Le più evidenti manifestazioni del carsismo sono la dolina Pozzatina seconda dolina più grande d'Europa nei pressi di Rignano Garganico e gli Uvala nel Gargano interno detti "Chiancate" in provincia di Foggia e ancora il Pulo di Altamura, il Pulo di Molfetta, le grotte di Castellana e di Putignano.
Nella Terra di Bari si hanno invece dei torrenti, chiamati "lame" che versano acqua solo in caso di pioggia. Le sei lame esistenti sfociano tutte nel comune di Bari. Da ricordare è la lama Balice che sfocia a San Girolamo, quartiere nord di Bari, dopo aver attraversato Ruvo di Puglia, Bitonto e buona parte del comune di Modugno.
A causa della scarsità di acque superficiali, i pugliesi ottennero la costruzione dell'Acquedotto pugliese che, con una serie di condotti e canali sotterranei, porta in Puglia le acque del fiume Sele, dalla sorgente di Caposele fino a Santa Maria di Leuca.