Fondazione e primo cinquantennio (1879-1930) Anne Connell, figlia del rettore della chiesa di St.Mark di Gornel, a sud-est di Manchester, cercò di creare attività per gli uomini del luogo, in modo tale da frenare l'alcolismo e la violenza nell'area. Venne fondato, nel 1879, un club di cricket. Non vi erano però passatempi per la stagione invernale. Proprio a questo proposito, Connell, con l'aiuto dei custodi della chiesa William Beastow e Thomas Goodbehere, fondò un club di calcio parrocchiale, il "St Mark's West Gorton", a volte scritto come "West Gorton (St.Mark's)". p17 La prima partita ricordata negli annali ci fu il 23 novembre 1880, contro un'altra squadra parrocchiale di Macclesfield. Nel 1884, il club si fuse con un altro, il "Gorton Athletic", ma la fusione durò solo pochi mesi, dopo i quali il club si divise ancora, e la rappresentativa di West Gorton si chiamò "Gorton A.F.C." mentre il Gorton Athletic si ribattezzò "West Gorton Athletic".Gary James, Manchester: The Greatest City (Polar Publishing, 2002), 15. Nel 1887 il Gorton A.F.C. diventò un club professionistico, e ciò comportò lo spostamento della sede delle partite in casa ad Hyde Road, cambiando quindi il nome originale in "Ardwick A.F.C.", per richiamare la nuova collocazione nell'est cittadino.
L'Ardwick guadagnò maggior fama nel 1891, vincendo la Manchester Cup per la prima volta battendo il Newton Heath per 1-0 in finale.p17 Questo successo influì positivamente sulla Football Alliance, che accettò l'Ardwick come ulteriore franchigia per la stagione 1891-1892. L'Alliance si fuse con la Football League nel 1892, cosicché l'Ardwick divenne membro della seconda divisione della Football League. Problemi finanziari nella stagione 1893-94 portarono ad una riorganizzazione del club, che divenne il Manchester City Football Club, società formalmente registrata il 16 aprile 1894.
La vittoria della seconda divisione della Football League nel 1899 diede al club i suoi primi onori e la promozione alla più alta serie calcistica inglese, la Football League first division. Il club ebbe il suo più grande successo il 23 aprile del 1904, battendo il Bolton Wanderers 1-0 al National Sports Centre per vincere il più prestigioso torneo ad eliminazioneManchester: The Greatest City, 59-65. del calcio inglese, la FA Cup, sfiorando il "double" e finendo secondi classificati in campionato. Nelle stagioni seguenti al trionfo in FA Cup, il club fu accusato di irregolarità finanziarie, che culminarono nel 1906 nella sospensione di diciassette giocatori, incluso il capitano Billy Meredith. Per la rabbia dei tifosi del City, molti dei giocatori sospesi andarono a giocare dai rivali locali del Manchester United, formando il nucleo della prima squadra vincente di quest'ultimo. Un incendio ad Hyde Road distrusse la tribuna principale nel 1920 e nel 1923 il club si spostò a Maine Road, nel Moss Side di Manchester.
Finali di coppa consecutive (anni '30-'50) Negli anni '30 il Manchester City raggiunse due finali di FA Cup consecutive, perdendo contro l'Everton nel 1933 prima di vincere la coppa battendo il Portsmouth nel 1934. Il club vinse anche la first division nel 1937, venendo però retrocesso nella stagione seguente, nonostante avesse il miglior attacco della divisione. Dopo una stagione in second division, i campionati furono sospesi a causa dell'inizio della seconda guerra mondiale.
Quando si ripresero i campionati, nella stagione 1946-1947, il City riguadagnò lo status di favorita e vinse il suo quinto titolo di second division. Negli anni '50, il City, usando una tattica chiamata "Revie Plan" raggiunse finali consecutive di coppa per la seconda volta nella sua storia, ed esattamente come negli anni '30, perse la prima e vinse la seconda, nel 1955 e 1956 rispettivamente. La finale del 1956, nella quale il Manchester City batté il Birmingham City 3-1, è una delle più famose di tutti i tempi, in quanto il portiere dei Citizens Bert Trautmann continuò a giocare pur avendo il collo rotto.
L'era della gloria (1965-1979)
Nel 1965 fu nominato allenatore Joe Mercer, con Malcolm Allison come assistente: nella prima stagione il City vinse il titolo di seconda divisione ritornando così in First Division. Nella stagione successiva la squadra, rinforzatasi durante il mercato estivo grazie agli acquisti di Mike Summerbee e Colin Bell, riuscì a centrare la salvezza classificandosi al quindicesimo posto: per il raggiungimento di tale traguardo furono decisive le ultime diciassette partite, in cui il City perse solo quattro volte.
Alla fine del campionato 1967-68 il Manchester City riuscì a vincere il secondo titolo della sua storia: i momenti più salienti della stagione furono una gara contro il (trasmessa in televisione e vinta per 4-1 dal City) denominata The Ballet on Ice (Il balletto sul ghiaccio) per via della neve che aveva ricoperto il campo di gioco, la vittoria per 3-1 all'Old Trafford contro il Manchester United (futuro campione d'Europa e rivale dei Citizens nella corsa al titolo) nel derby, e la gara dell'ultima giornata di campionato, vinta per 4-3 contro Newcastle United, che assicurò al City la vittoria del campionato. La gloria durò poco perché pochi giorni dopo lo United vinse la Coppa dei Campioni divenendo il primo club inglese a riuscire nell'impresa. Le pagine dei giornali erano tutte per i Red Devils. Nella stagione successiva, nonostante il raggiungimento del tredicesimo posto in classifica e l'eliminazione in Coppa dei Campioni al primo turno da parte del , la squadra continuò la sua scia di successi andando a vincere la FA Cup.
La vittoria del trofeo nazionale permise al Manchester City di giocare in Coppa delle Coppe per la stagione 1969-70: dopo aver eliminato l'Atlético Bilbao, il , l'Académica Coimbra e lo , i Citizens approdarono in finale a Vienna contro i polacchi del Górnik Zabrze, sconfiggendoli per 2-1 e aggiudicandosi il loro primo trofeo europeo. Alla fine della stagione il Manchester City vinse la Coppa di Lega, diventando così il primo club inglese a vincere un torneo nazionale ed europeo nella stessa stagione.
Nel 1971 Mercer fu promosso come team manager della squadra, lasciando il posto al suo assistente Malcolm Allison: nella sua prima stagione il City lottò per la conquista del campionato trovandosi, a marzo, primo in classifica con quattro punti di distacco minimo sulle inseguitrici. Una crisi di risultati fece tuttavia scivolare la squadra al quarto posto. A seguito di questo insuccesso, i tifosi troveranno il colpevole di ciò nel giocatore Rodney Marsh (il cui acquisto aveva intanto gravato sul bilancio della società), che ammetterà in seguito la sua colpa. Nella stagione successiva la squadra fu abbandonata dal duo Mercer-Allison, i cui rapporti si erano intanto raffreddati: Mercer andò ad allenare il , mentre Allison abbandonò la squadra a metà stagione, lasciandola a metà classifica.
L'inizio della stagione 1973-74 fu caratterizzato da diversi avvicendamenti alla panchina del club, il cui controllo era stato assunto da Peter Swales: incominciò la stagione Johnny Hart, ma a ottobre fu esonerato in favore dell'ex capitano Tony Book che passò la mano a Ron Saunders dopo pochi giorni. Book tornò in panchina alla fine della stagione, rimanendoci fino al 1979, vincendo la Coppa di Lega nel 1976 e raggiungendo il secondo posto nella stagione 1976-77, concludendo il campionato a un punto dal .
Primo declino (1979-1989) Il 1979 vide il ritorno di Malcolm Allison alla guida della squadra, che disputò una stagione anonima da acquisti onerosi rivelatisi poi fallimentari, tra cui gli ingaggi di Asa Hartford, Gary Owen, Peter Barnes o Steve Daley. Nella stagione successiva, sotto la guida di John Bond (subentrato ad Allison a stagione iniziata), il City raggiunse in finale di FA Cup il : la partita finì 1-1 (grazie ad un goal ed un autogoal di Tommy Hutchinson) e fu rigiocata. Vinse il Tottenham, dopo essere passato in svantaggio per 2-1.
A metà del campionato 1982-83, con la squadra assestata in una posizione di metà classifica, Bond fu licenziato dopo una discussione con la dirigenza e sostituito con il vice allenatore John Benson: la squadra ebbe un devastante calo di rendimento (11 punti in diciannove partite con tre punti per vittoria) finendo per retrocedere all'ultima giornata a causa di una sconfitta contro il Luton Town (anch'esso in lotta per non retrocedere) quando sarebbe bastato un pareggio per salvarsi. Alla fine della stagione fu ingaggiato Billy McNeill che, dopo una stagione interlocutoria in cui mancò la promozione, nel 1985 riportò i Citizens in massima serie. La permanenza del Manchester City in First Division questa volta fu però breve: dopo essersi salvata stentatamente nella stagione 1985-86, la squadra retrocesse al termine della stagione 1986-87, dopo che McNeill aveva lasciato il posto a Jimmy Frizzell. Ritornato dopo due anni in Second Division, il Manchester City fu affidato a Mel Machin, che nel 1989 riportò la squadra in massima serie grazie al secondo posto in seconda divisione.
Miglioramenti (1987-1993) Machin fu esonerato a novembre 1989 e sostituito dall'ex allenatore dell'Everton Howard Kendall. Ottenuta una salvezza che pareva improbabile, Kendall fece ritorno all'Everton nel novembre 1990 e fu sostituito dal trentaquattrenne centrocampista Peter Reid. Il City concluse la stagione 1990-1991 al quinto posto e si ripeté l'anno dopo, ma non si qualificò per la Coppa UEFA perché all'epoca tale diritto spettava solo alla seconda e alla terza classificata. Nel 1992-1993, stagione inaugurale della Premiership, la squadra si piazzò nona. Fu un buon risultato, ma Reid perse il posto dopo due giornate del campionato 1993-1994.
Primi anni in Premier League e declino (1993-1998) Fu, quella, una stagione tribolata per il City. Il sedicesimo posto conseguito dal nuovo tecnico Brian Horton servì solo ad alimentare le ire dei tifosi, che contestarono il presidente Peter Swales, il quale cedette il controllo della società alla vecchia gloria del club Francis Lee. Nel 1994-1995 una disastrosa seconda parte di stagione fece precipitare la squadra al diciassettesimo posto, due posizioni sopra la zona retrocessione. Horton fu sollevato dall'incarico prima della fine della stagione e sostituito con l'allenatore del James Alan Ball. Ball tentò di rivoluzionare l'organico, caldeggiando la cessione di molti elementi in là con gli anni e inserendo in squadra numerosi giovani promettenti, tra i quali il ventiduenne centrocampista georgiano Georgiou Kinkladze. L'inizio della stagione fu, tuttavia, terribile e costrinse il City a lottare per la salvezza, ma la retrocessione all'ultima giornata giunse a causa della differenza reti e così il club si ritrovò in seconda serie.
Negli ultimi mesi del 1996 il City stentò in Division One e Ball fu esonerato. Al suo posto venne Steve Coppell, che si dimise dopo poche settimane a causa dell'eccessiva pressione accusata. A Natale il Manchester City era a metà classifica e decise di puntare sull'ex allenatore del Nottingham Forest Frank Clark per fermare il declino. Clark concluse al quattordicesimo posto, ma a metà della stagione seguente, nel febbraio 1998, anch'egli fu esonerato, con la squadra nelle ultime cinque della graduatoria. Il suo sostituto, Joe Royle, ereditò una situazione pessima. Vinse l'ultima partita per 5-2 in casa della diretta concorrente Stoke City, ma la vittoria fu inutile, perché anche le altre tre squadre coinvolte nella battaglia per la salvezza (, Queens Park Rangers e Port Vale) ottennero i tre punti. Il City retrocesse così in Division Two, la terza divisione inglese, per la prima volta nella propria storia. Sembrava la fine per il glorioso club celeste che toccava il fondo mentre dall'altra parte della città lo United era la squadra dominante.
Gillingham, la squadra Yo-Yo e l'arrivo di Shinawatra (1998-2008)