È fondatore e, dal 3 febbraio 2015, direttore responsabile de il Fatto Quotidiano nella sua edizione cartacea. Specializzato nella cronaca giudiziaria e nell'attualità politica, spazia dalla lotta alla mafia alla corruzione.
È stato fra le figure più rappresentative dell'antiberlusconismo. In seguito è stato anche fra i più accesi critici della politica di Matteo Renzi e del suo governo (2014-2016), del Governo Draghi (2021-2022) e del governo di Giorgia Meloni (2022-presente). Con lo scoppio dei conflitti russo-ucraino del 2022 e israelo-palestinese del 2023, ha esteso il proprio ambito di approfondimento saggistico e giornalistico anche alla geopolitica e alle relazioni internazionali.
Biografia È nato il 13 ottobre 1964 a Torino, figlio di un geometra torinese, «progettista di treni alla Fiat Ferroviaria»; suo fratello minore, Franco Travaglio, è autore, regista e librettista di musical moderno. Ha conseguito la maturità classica presso il liceo salesiano Valsalice di Torino con la votazione di 58/60. Nel 1986 è divenuto giornalista professionista.Biografia di Marco Travaglio in L'odore dei soldi. Origini e misteri. (Nuova edizione), pp. 568-569. (Elio Veltri e Marco Travaglio, 2009, Editori Riuniti, ISBN 978-88-359-8008-7). Ha cominciato la propria attività come giornalista freelance in piccole testate di area cattolica, come Il nostro tempo, dove lavorava all'epoca anche Mario Giordano. All'età di trentadue anni si è laureato in Storia, con una tesi in storia contemporanea, presso l'Università degli Studi di Torino.
La collaborazione con Indro Montanelli
Il Giornale A Il nostro tempo conobbe Giovanni Arpino, che lo presentò a Indro Montanelli. Questi, alla vigilia di Pasqua del 1987, lo chiamò a collaborare a il Giornale come vice-corrispondente da Torino, incarico che durò fino al 1992. In quell'anno, rifiutò una proposta di ingaggio a la Repubblica, motivando molti anni dopo tale scelta col fatto che, considerandosi convinto anticomunista, non apprezzava la vicinanza politica all'area di sinistra del quotidiano romano.
Tuttavia, si espresse sulla medesima scelta anche nelle introduzioni dei libri che ha dedicato a Montanelli: in essi, raccontò di essere stato intenzionato ad accettare a malincuore l'offerta di Repubblica per via del trattamento economico offerto (essendo in vista del matrimonio) e per via del fatto che il direttore generale de Il Giornale gli aveva garantito non esservi possibilità di assunzione al momento; ma quest'ultima posizione cambiò dopo una scenata del direttore. Scelse, allora, di rimanere con Montanelli, che così lo assunse stabilmente nella sua redazione.
La Voce Marco Travaglio lavorò per il Giornale fino al 1994, quando, insieme ad altri cinquanta redattori, lo lasciò per seguire Montanelli a La Voce, il nuovo quotidiano che questi costituì dopo aver abbandonato il Giornale, da lui fondato venti anni prima. Durante l'esperienza a La Voce ebbe modo di collaborare con Enzo Biagi per il programma televisivo Il Fatto, su Rai 1. Al tempo Travaglio curava nel quotidiano di Montanelli la rubrica Una voce poco fa, in cui dava evidenza delle contraddizioni in cui incappavano uomini politici con le loro dichiarazioni; la collaborazione con Biagi nacque dalla volontà di quest'ultimo di sceneggiare tali pezzi all'interno della sua trasmissione.
Con riferimento al periodo di collaborazione con il Giornale e La Voce, Montanelli, nella prefazione a un libro di Travaglio, ebbe a scrivere di lui:
Il periodo con la Repubblica Dopo la chiusura de La Voce, nel 1995, Travaglio ebbe collaborazioni come freelance con diversi quotidiani e periodici, fra cui Sette, Cuore, Il Messaggero, Il Giorno, L'Indipendente, Il Borghese, la Padania e ancora con il programma di Enzo Biagi Il Fatto. Nel 1997, in occasione del 25º anniversario della morte del commissario Luigi Calabresi, curò sul settimanale di destra Il Borghese la pubblicazione, in versione integrale e a puntate, delle intercettazioni telefoniche al movimento Lotta Continua (che coinvolgevano fra gli altri Gad Lerner, Giuliano Ferrara, Andrea Marcenaro e Luigi Manconi), riguardanti le telefonate avvenute il giorno seguente l'arresto di Adriano Sofri per l'accusa di essere il mandante dell'omicidio Calabresi. Sempre nel 1997 collaborò per qualche mese con la Padania, neonato quotidiano ufficiale della Lega Nord.
Nel 1998 veniva assunto a la Repubblica come redattore ordinario a Torino per la cronaca giudiziaria. Nel 2001 con il quotidiano romano concordò poi un contratto da collaboratore fisso, che proseguì solo fino al 2002. Per la Repubblica tenne una rubrica on-line dal titolo Carta canta, uno spazio in cui sottolineava le incoerenze dei politici italiani, dei commentatori e dei suoi colleghi, attingendo dalle fonti archivistiche giornalistiche. Sempre per il quotidiano fondato da Scalfari curò ancora, nell'edizione cartacea torinese, una rubrica di posta coi lettori intitolata Il Cittadino.
Intervista di Daniele Luttazzi
È del periodo in cui è redattore torinese a la Repubblica la sua clamorosa intervista rilasciata a Daniele Luttazzi alla trasmissione Satyricon, in onda il 14 marzo 2001 su Rai 2. Tale evento lo renderà famoso al pubblico televisivo e lo metterà al centro di aspre polemiche e dibattiti sulla libertà d'informazione e di stampa e sulla censura della satira in Italia. Qui, due mesi prima delle elezioni politiche del 2001, il giornalista presenta il suo libro-inchiesta L'odore dei soldi, scritto con Elio Veltri, in cui è affrontata l'origine dell'arricchimento di Silvio Berlusconi e sono presentati documenti su atti processuali che descrivono possibili coinvolgimenti del Cavaliere e del suo stretto collaboratore Marcello Dell'Utri con esponenti di Cosa nostra. Dopo quell'intervista vari soggetti (Silvio Berlusconi, Forza Italia, Mediaset, Fininvest i principali) intenteranno in totale 8 cause civili per danni contro gli autori e l'editore del libro, nonché contro i responsabili della trasmissione Rai; tutte le cause si concluderanno con il respingimento di tali domande.Commento in quarta di copertina de L'odore dei soldi. Origini e misteri. (Nuova edizione). (Elio Veltri e Marco Travaglio, 2009, Editori Riuniti, ISBN 978-88-359-8008-7). Dopo quell'intervista il programma dello showman sarà sospeso per una settimana e nella stagione successiva rimosso dai palinsesti Rai tra mille polemiche, che rinfocoleranno ulteriormente a distanza di un anno quando il Cavaliere – ormai presidente del Consiglio – pronuncerà in conferenza stampa da Sofia il cosiddetto "editto bulgaro".
Il periodo con L'Unità Nel settembre 2002, chiamato dai direttori Furio Colombo e Antonio Padellaro, Travaglio inizia una collaborazione con l'Unità come editorialista e commentatore, fino al 2009.
Per il quotidiano Travaglio ha curato una rubrica satirica, originariamente intitolata Bananas, in riferimento, sia al film Il dittatore dello stato libero di Bananas di Woody Allen, sia alla frase del 2001 di Gianni Agnelli sulle opinioni di alcuni giornali stranieri riguardo a un'eventuale vittoria elettorale di Silvio Berlusconi: «La cosa che mi è dispiaciuta è che alcuni giornali stranieri hanno dato giudizi sul possibile presidente del Consiglio, rivolgendosi al nostro elettorato come all'elettorato di una repubblica delle banane». Con l'avvento del governo Prodi la rubrica ha poi cambiato nome in Uliwood Party, in riferimento al film Hollywood Party e alla coalizione politica di centro-sinistra L'Ulivo. Nel 2007 questa rubrica ha portato il suo autore a vincere il Premio Satira Politica di Forte dei Marmi. «Per avere inventato Bellachioma. Per aver consacrato Piercasinando. Per non aver mai lasciato in pace Vasa Vasa. Per la testardaggine con cui perseguita Doppio Zero nel senso di Farina. Ma anche per non aver affibbiato nessun nomignolo a Scaramella, che intanto non serve. Per non aver mai dimenticato l'imperativo marxiano di D'Alema e Fassino "fateci sognare" ora che "abbiamo una banca". Per la cura che dedica al ricordo imperituro delle gesta di Guzzanti padre, Riccucci, Previti, Dell’Utri. Per aver beccato Luciano Moggi in visita a Lourdes sotto le umili spoglie di Padre Pijo (si legge Piglio). Premio a Travaglio che con argomenti di destra ha reinventato la miglior satira antipolitica di sinistra. Come era già capitato al democristiano Mario Melloni, indimenticato Fortebraccio.»
Dopo le elezioni politiche del 2008 la sua rubrica si trasforma in Ora d'Aria, e, dall'ottobre 2008, in seguito alla riduzione di formato de l'Unità susseguente alla nomina di Concita De Gregorio come nuovo direttore, ne veniva ridotta la pubblicazione al solo lunedì. Contestualmente, per gli altri giorni della settimana, cura una nuova rubrica più breve, in terza pagina, dal nome Zorro, in onore del programma radiofonico di Oliviero Beha Radio Zorro. Il 29 giugno 2009 Travaglio si congeda dai suoi lettori de l'Unità preannunciando il suo passaggio al nuovo giornale, il Fatto Quotidiano: la rubrica Zorro termina il 30 giugno mentre Ora d'Aria chiude definitivamente a settembre.
In una puntata della trasmissione Annozero di Michele Santoro ha anche espresso il suo parere negativo nei confronti della riforma Mastella – approvata all'unanimità dalla Camera nell'aprile 2007 (447 Sì, nessun No, 7 astenuti) e mai approvata al Senato per l'anticipata interruzione della XV Legislatura – da lui considerata una "legge bavaglio", poiché fortemente limitativa nell'utilizzo da parte dei giornalisti delle intercettazioni telefoniche. Nel dicembre 2007 si è anche espresso negativamente sull'ipotesi di concessione della grazia all'ex funzionario del Sisde Bruno Contrada, condannato a dieci anni per concorso esterno in associazione mafiosa. A causa di questa posizione è stato duramente contestato da Giuliano Ferrara su Il Foglio.
L'8 settembre 2007 ha partecipato con un lungo intervento alla manifestazione V-Day organizzata da Beppe Grillo in Piazza Maggiore a Bologna. Il 25 aprile 2008 ha aderito al V2-Day, partecipando alla manifestazione in Piazza San Carlo a Torino. Nel 10 maggio 2008, nel corso della trasmissione condotta da Fabio Fazio sulla terza rete televisiva della Rai, Travaglio ha parlato del neopresidente del Senato di allora Renato Schifani, eletto nelle liste del PdL, in riferimento a rapporti societari con persone a vario titolo collegate con attività mafiose. Da questo intervento è nato un "caso" molto discusso nei media con forti prese di posizione da entrambe le parti. Per queste affermazioni Schifani ha querelato Travaglio. L'8 luglio 2008 ha partecipato al No Cav Day, organizzato da Paolo Flores d'Arcais, Furio Colombo e Pancho Pardi per protesta contro le cosiddette "leggi canaglia" varate nei primi mesi del governo Berlusconi IV. Oltre a lui e agli organizzatori, sul palco si sono alternati Antonio Di Pietro, Sabina Guzzanti, Rita Borsellino, Moni Ovadia e, in video conferenza, Beppe Grillo.
L'associazione nazionale dei giornalisti tedeschi (DJV, Deutscher Journalisten-Verband) gli ha conferito nel 2009 il "premio per la libertà di stampa": Pressefreiheit Preis. La decisione è stata accompagnata da una dichiarazione del presidente dell'associazione Michael Konken: «Onoriamo in Marco Travaglio un collega coraggioso e attento, che si impegna contro tutti gli ostacoli per difendere la libertà di stampa in Italia».
La fondazione de Il Fatto Quotidiano
Il 30 giugno 2009 conclude la collaborazione con l'Unità, per partecipare alla fondazione de il Fatto Quotidiano, giornale nato il 23 settembre 2009 sotto la direzione di Antonio Padellaro e che vede Travaglio nella carica di vicedirettore. La compagine sociale del giornale comprendeva lo stesso Travaglio, il direttore Padellaro e altri giornalisti membri della redazione.
Il 17 febbraio 2010 gli viene assegnato il Premiolino.